# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -H -O./tmp/as00040.fasta.huge -Q ../query/FLJ00040.ptfa ./tmplib.10216 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 FLJ00040, 1060 aa vs ./tmplib.10216 library 2209934 residues in 2457 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8001+/-0.00441; mu= 19.0265+/- 0.299 mean_var=126.3462+/-28.977, 0's: 0 Z-trim: 38 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.114102 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2457) KIAA1223 ( 1089 res) pg00513 (1089) 321 65.2 6.9e-11 KIAA1334 ( 989 res) fh15842 ( 989) 311 63.4 2.1e-10 KIAA0957 ( 693 res) hj05670 ( 693) 306 62.4 3e-10 FLJ00246 ( 1486 res) sj08543 (1486) 304 62.6 5.7e-10 KIAA0697 ( 2486 res) hk04486s1 (2486) 304 62.9 7.5e-10 KIAA0379 ( 1059 res) hh00505s1 (1059) 294 60.7 1.5e-09 KIAA1636 ( 1864 res) ff02660 (1864) 295 61.2 1.8e-09 KIAA1728 ( 1644 res) pg00239 (1644) 283 59.2 6.6e-09 KIAA1785 ( 617 res) fh12727 ( 617) 270 56.4 1.7e-08 KIAA1758 ( 1662 res) fh20539(revised) (1662) 272 57.4 2.3e-08 KIAA1876 ( 803 res) pf01162s1 ( 803) 267 56.1 2.8e-08 KIAA1250 ( 1777 res) pf01137 (1777) 267 56.6 4.3e-08 KIAA0396 ( 627 res) hg00180s1 ( 627) 259 54.6 6e-08 KIAA0946 ( 667 res) hj04787 ( 667) 253 53.6 1.2e-07 KIAA1074 ( 1715 res) hj06637 (1715) 251 53.9 2.6e-07 KIAA1977 ( 606 res) fh18284(revised) ( 606) 239 51.3 5.8e-07 KIAA2015 ( 996 res) fk09763 ( 996) 241 51.9 6.1e-07 KIAA0229 ( 1180 res) ha02570 (1180) 235 51.1 1.3e-06 KIAA1139 ( 1124 res) hk00330 (1124) 228 49.9 2.9e-06 KIAA1386 ( 1214 res) fj06274 (1214) 228 49.9 3e-06 KIAA1981 ( 862 res) fk03148(revised) ( 862) 225 49.2 3.5e-06 KIAA1323 ( 396 res) fh13878 ( 396) 210 46.2 1.3e-05 KIAA1255 ( 1232 res) hh14633s1 (1232) 214 47.6 1.5e-05 KIAA1561 ( 1416 res) fh20178s1 (1416) 212 47.4 2e-05 KIAA1146 ( 271 res) hg00368 ( 271) 188 42.4 0.00013 KIAA0823 ( 578 res) hh02763s1 ( 578) 178 41.2 0.0006 FLJ00160 ( 1696 res) sh06621 (1696) 183 42.7 0.00061 KIAA0148 ( 704 res) fh23975 ( 704) 175 40.8 0.00093 KIAA0172 ( 1366 res) ha02512s1 (1366) 178 41.8 0.00095 KIAA0865 ( 1900 res) hk06640y1 (1900) 177 41.8 0.0013 KIAA0771 ( 948 res) hk05113 ( 948) 166 39.5 0.0031 KIAA1716 ( 804 res) hj06603 ( 804) 165 39.3 0.0031 KIAA1521 ( 1484 res) ha02560 (1484) 166 39.8 0.0039 KIAA0400 ( 1022 res) hg01091 (1022) 162 38.9 0.005 KIAA1518 ( 876 res) sh00483 ( 876) 157 38.0 0.0082 FLJ00249 ( 419 res) sj08743 ( 419) 150 36.4 0.012 KIAA0050 ( 796 res) ha01557 ( 796) 152 37.1 0.014 KIAA0838 ( 677 res) hk03864 ( 677) 148 36.4 0.02 KIAA0041 ( 781 res) ha00469s1 ( 781) 140 35.1 0.054 KIAA1975 ( 597 res) aj01061 ( 597) 134 34.0 0.092 KIAA1099 ( 864 res) hk07834 ( 864) 134 34.2 0.11 KIAA0167 ( 844 res) ha01026 ( 844) 123 32.4 0.39 FLJ00309 ( 564 res) sh05969 ( 564) 121 31.8 0.39 KIAA1604 ( 937 res) fj10713 ( 937) 107 29.8 2.6 KIAA0544 ( 583 res) hg04431 ( 583) 104 29.0 2.8 KIAA1198 ( 553 res) fg01911 ( 553) 100 28.3 4.3 KIAA0336 ( 1635 res) hg01120 (1635) 103 29.5 5.5 KIAA1806 ( 481 res) fk00438 ( 481) 94 27.3 7.8 KIAA0692 ( 783 res) hk03772 ( 783) 94 27.6 10 FLJ00132 ( 572 res) sh02007 ( 572) 92 27.0 11 >>KIAA1223 ( 1089 res) pg00513 (1089 aa) initn: 788 init1: 308 opt: 321 Z-score: 288.8 bits: 65.2 E(): 6.9e-11 Smith-Waterman score: 498; 29.978% identity (56.376% similar) in 447 aa overlap (470-904:367-758) 440 450 460 470 480 490 FLJ000 MCHPLCFCDDCEKLVSGRLNDPSVVTPFSRDDRGHTPLHVAAVC-----GQASLIDLLVS : :.: : :::.: :.::...::.. 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KIAA09 FMSQQDAVAALSERLLVAAYKGQTENVVQLIN 10 20 30 680 690 700 710 720 FLJ000 KKDYREVEKLLR-----AVADGDLEMVRYLLEWTEEDLEDAEDTVSAADPEFCHPLCQCP : : : : :. : : .:. ::. . :: :..: .: : KIAA09 KGARVAVTKHGRTPLHLAANKGHLPVVQILLK-AGCDL-DVQDD---GDQTALHR----A 40 50 60 70 80 730 740 750 760 770 780 FLJ000 KCAPAQKRLAKVPASGLGVNVTSQDGSSPLHVAALHGRADLIPLLLKHGANAGARNADQA . . .: . : ... ..::.. :: :. :: .. ::.: :::. :.: KIAA09 TVVGNTEIIAALIHEGCALDRQDKDGNTALHEASWHGFSQSAKLLVKAGANVLAKNKAGN 90 100 110 120 130 140 790 800 810 820 830 840 FLJ000 VPLHLACQQGHFQVVKCLLDSNAKPNKKDLSGNTPLIYACSGGHHELVALLLQHGASINA . ::::::..: : .. :: .... . :. .:.: : : .: .. ::: :.. KIAA09 TALHLACQNSHSQSTRVLLLAGSRADLKNNAGDTCLHVAARYNHLSIIRLLLTAFCSVHE 150 160 170 180 190 200 850 860 870 880 890 900 FLJ000 SNNKGNTALHEAVIEKHVFVVELLLLHGASVQVLNKRQRTAVDCAE--QNSKIMELLQVV .:. :.:::: :. .: :...:: ::.. ..:. .: .. :. .: .. :: . KIAA09 KNQAGDTALHVAAALNHKKVAKILLEAGADTTIVNNAGQTPLETARYHNNPEVALLLTKA 210 220 230 240 250 260 910 920 930 940 950 960 FLJ000 PSCVASLDDVAETDRKEYVTVKIRKKWNSKLYDLPDEPFTRQFYFVHSAGQFKGKTSREI :. .: :. ... . .: ... : : : . . . :. .. 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FLJ002 NLEEVNDEGYTPLMEAAREGHEEMVALLLAQGANINAQTEETQETALTLACCGGFSEVAD 480 490 500 510 520 530 810 820 830 840 850 860 FLJ000 CLLDSNAKPNKKDLSGNTPLIYACSGGHHELVALLLQHGASINASNNKGNTALHEAVIEK :. ..: .:. .:::. : . :: ::: :: ::...:.. :.::: : . FLJ002 FLIKAGAD---IELGCSTPLMEASQEGHLELVKYLLASGANVHATTATGDTALTYACENG 540 550 560 570 580 590 870 880 890 900 910 920 FLJ000 HVFVVELLLLHGASVQVLNKRQRTAVDCAEQNSKIMELLQVVPSCVASLDDVAETDRKEY :. :...:: ::.. FLJ002 HTDVADVLLQAGADLDKQEDMKTILEGIDPAKHQEHESEGGRTPLMKAARAGHLCTVQFL 600 610 620 630 640 650 >>KIAA0697 ( 2486 res) hk04486s1 (2486 aa) initn: 955 init1: 249 opt: 304 Z-score: 270.1 bits: 62.9 E(): 7.5e-10 Smith-Waterman score: 436; 30.238% identity (55.476% similar) in 420 aa overlap (470-877:178-572) 440 450 460 470 480 490 FLJ000 MCHPLCFCDDCEKLVSGRLNDPSVVTPFSRDDRGH----TPLHVAAVCGQASLIDLLVSK .::: : : .:: :..... ::... KIAA06 TEEGESLLCLACSAGYYELAQVLLAMHANVEDRGIKGDITSLMAAANGGHVKIVKLLLAH 150 160 170 180 190 200 500 510 520 530 540 550 FLJ000 GAMVNATDYHGATPLHLACQKGYQSVTLLLLHYKASAEVQDNNGNTPLHLACTYGHEDCV : ::: . : : : :: :: .:. .::. :: : ...::.::: : . :: . . KIAA06 KADVNAQSSTGNTALTYACAGGYVDVVKVLLESGASIEDHNENGHTPLMEAGSAGHVEVA 210 220 230 240 250 260 560 570 580 590 600 610 FLJ000 KALVYYDVESCRLDI-GNEKGDTPLHIAARWGYQGVIETLLQNGASTEIQNRLKETPLKC . :. .. .. .:: .. : .: :. ... ::. ::. : : .. KIAA06 RLLLE---NGAGINTHSNEFKESALTLACYKGHLEMVRFLLEAGADQE----HKTDEMHT 270 280 290 300 310 320 620 630 640 650 660 FLJ000 ALNSKILSVMEAYHLSFERRQKSSEAPVQSPQRSVDSISQESSTSSFSSMSA------SS :: . . :.. :. : .: : :. : : .: .. .. ..: .: KIAA06 AL---MEACMDG-HVEVARLLLDSGAQVNMPADSFESPLTLAACGGHVELAALLIERGAS 330 340 350 360 370 670 680 690 700 710 720 FLJ000 RQEETKKDYREVEKLLRAVADGDLEMVRYLLEWTEEDLEDAEDTVSAADPEFCHPLCQCP .: . . : :..:. .: ::: :: . ..:.: .: : : KIAA06 LEEVNDEGYTP---LMEAAREGHEEMVALLLGQGANINAQTEETQETALTLAC-----CG 380 390 400 410 420 730 740 750 760 770 780 FLJ000 KCAPAQKRLAKVPASGLGVNVTSQDGSSPLHVAALHGRADLIPLLLKHGANAGARNADQA . : : .: ... :.:: :: .:. .:. :: :::. : .: KIAA06 GFLEVADFLIK---AGADIELGC---STPLMEAAQEGHLELVKYLLAAGANVHATTATGD 430 440 450 460 470 480 790 800 810 820 830 840 FLJ000 VPLHLACQQGHFQVVKCLLDSNAKPNKKDLSGNTPLIYACSGGHHELVALLLQHGASIN- . : ::..:: .:. ::...: .... .: :::. : .:: : .:...::..: KIAA06 TALTYACENGHTDVADVLLQAGADLEHESEGGRTPLMKAARAGHVCTVQFLISKGANVNR 490 500 510 520 530 540 850 860 870 880 890 900 FLJ000 ASNNKGNTALHEAVIEKHVFVVELLLLHGASVQVLNKRQRTAVDCAEQNSKIMELLQVVP .. :. .:.: : :. :::::: ::: KIAA06 TTANNDHTVLSLACAGGHLAVVELLLAHGADPTHRLKDGSTMLIEAAKGGHTSVVCYLLD 550 560 570 580 590 600 >>KIAA0379 ( 1059 res) hh00505s1 (1059 aa) initn: 956 init1: 278 opt: 294 Z-score: 264.9 bits: 60.7 E(): 1.5e-09 Smith-Waterman score: 527; 26.488% identity (58.541% similar) in 521 aa overlap (447-927:253-766) 420 430 440 450 460 470 FLJ000 SGNQKEVERLLSQEDHDKDTVQKMCHPLCFCDDCEKLVSGRLNDPSVVTPFSRDDRGHTP : . . .: ..: : .... .....: :: KIAA03 GMISVVKYLLDLGVDMNEPNAYGNTPLHVACYNGQDVVVNELIDCGAIVN-QKNEKGFTP 230 240 250 260 270 280 480 490 500 510 520 530 FLJ000 LHVAAVCGQASL-IDLLVSKGAMVNATDYHGATPLHLACQKGYQSVTLLLLHYKASAEVQ :: ::. ...: ..:::..:: :: . : ::::.. .: : . ... : . . KIAA03 LHFAAASTHGALCLELLVGNGADVNMKSKDGKTPLHMTALHGRFSRSQTIIQSGAVIDCE 290 300 310 320 330 340 540 550 560 570 580 590 FLJ000 DNNGNTPLHLACTYGHEDCVKALVYYDVESCRLDIGNEKGDTPLHIAARWGYQGVIETLL :.:::::::.: :::: ...:. ... . : .: :::.:: :.. . :: KIAA03 DKNGNTPLHIAARYGHELLINTLITSGADTAKRGI---HGMFPLHLAALSGFSDCCRKLL 350 360 370 380 390 600 610 620 630 640 650 FLJ000 QNGASTEIQNRLKETPLKCAL---NSKILSVMEAYHLSFERRQKSSEAPVQSPQRSVDSI ..: . . . . .: :. : : . :... .:....: ...:.. . . KIAA03 SSGFDIDTPDDFGRTCLHAAAAGGNLECLNLLLNTGADFNKKDKFGRSPLHYAAANCNYQ 400 410 420 430 440 450 660 670 680 690 FLJ000 SQESSTSSFSSMSASSRQ--------EETKKDYREVEKLLRAVADGDLE------MVRYL . ..: .:.. ... . : . .: ::: :. .. :.: KIAA03 CLFALVGSGASVNDLDERGCTPLHYAATSDTDGKCLEYLLRNDANPGIRDKQGYNAVHYS 460 470 480 490 500 510 700 710 720 730 740 FLJ000 LEW----------TEEDLE-----DAEDTVSAADPEFC-HPLCQCPKCAPAQKRLAKVPA . .: :. .. : .: .: . :: . : : . KIAA03 AAYGHRLCLQLIASETPLDVLMETSGTDMLSDSDNRATISPLHLAAYHGHHQA-LEVLVQ 520 530 540 550 560 570 750 760 770 780 790 800 FLJ000 SGLGVNVTSQDGSSPLHVAALHGRADLIPLLLKHGANAGARN-ADQAVPLHLACQQGHFQ : : ..: ...: .:: .::..:... . .:...::. ... . .:.: : .:: . KIAA03 SLLDLDVRNSSGRTPLDLAAFKGHVECVDVLINQGASILVKDYILKRTPIHAAATNGHSE 580 590 600 610 620 630 810 820 830 840 850 FLJ000 VVKCLLDSNAKPNK----KDLSGNTPLIYACSGGHHELVALLLQHGASINASNNKGNTAL .. :: .::.:.. .: .:.:::. . .:: . : ::..::...:... : ::: KIAA03 CLR-LLIGNAEPQNAVDIQDGNGQTPLMLSVLNGHTDCVYSLLNKGANVDAKDKWGRTAL 640 650 660 670 680 690 860 870 880 890 900 910 FLJ000 HEAVIEKHVFVVELLLLHGASVQVLNKRQRTAVDCAEQNSKIMELLQVVPSCVASLD-DV :.... : :. :: :::. . ..: :: . . ..: : .. : .::.: . KIAA03 HRGAVTGHEECVDALLQHGAKCLLRDSRGRTPIHLSAACGHIGVLGALLQS-AASMDANP 700 710 720 730 740 750 920 930 940 950 960 970 FLJ000 AETDRKEYVTVKIRKKWNSKLYDLPDEPFTRQFYFVHSAGQFKGKTSREIMARDRSVPNL : .: . :... KIAA03 ATADNHGYTALHWACYNGHETCVELLLEQEVFQKTEGNAFSPLHCAVINDNEGAAEMLID 760 770 780 790 800 810 >>KIAA1636 ( 1864 res) ff02660 (1864 aa) initn: 656 init1: 283 opt: 295 Z-score: 263.4 bits: 61.2 E(): 1.8e-09 Smith-Waterman score: 321; 26.799% identity (51.613% similar) in 403 aa overlap (477-879:763-1099) 450 460 470 480 490 500 FLJ000 CDDCEKLVSGRLNDPSVVTPFSRDDRGHTPLHVAAVCGQASLIDLLVSKGAMVNATDYHG : : . : . .. ::. :: :.:.. : KIAA16 YTPNIKVSRLLILGGANINYRTEVLNNAPILCVQSHLGYTEMVALLLEFGANVDASSESG 740 750 760 770 780 790 510 520 530 540 550 560 FLJ000 ATPLHLACQKGYQSVTLLLLHYKASAEVQDNNGNTPLHLACTYGHEDCVKALVYYDVESC ::: : :: :...:: . .:... :.::. : : :: . :: :. .: KIAA16 LTPLGYAAAAGYLSIVVLLCKKRAKVDHLDKNGQCALVHAALRGHLEVVKFLI-----QC 800 810 820 830 840 570 580 590 600 610 620 FLJ000 RLDIGNEKGDTPLHIAARWGYQGVIETLLQNGASTEIQNRLKETPLKCALNSKILSVMEA ..... :::.. : ::. : : : . . . 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KIAA16 VDNGAATDHADKNGRTPLDLAAFYGDAEVVQFLVDHGAMIEHVDYSGMRPLDRAVGCRNT 1030 1040 1050 1060 1070 1080 870 880 890 900 910 920 FLJ000 FVVELLLLHGASVQVLNKRQRTAVDCAEQNSKIMELLQVVPSCVASLDDVAETDRKEYVT :: :: .::.. KIAA16 SVVVTLLKKGAKIGPATWAMATSKPDIMIILLSKLMEEGDMFYKKGKVKEAAQRYQYALK 1090 1100 1110 1120 1130 1140 >>KIAA1728 ( 1644 res) pg00239 (1644 aa) initn: 630 init1: 282 opt: 283 Z-score: 253.2 bits: 59.2 E(): 6.6e-09 Smith-Waterman score: 283; 36.000% identity (64.000% similar) in 150 aa overlap (747-893:852-1001) 720 730 740 750 760 770 FLJ000 DPEFCHPLCQCPKCAPAQKRLAKVPASGLGVNVTSQD---GSSPLHVAALHGRADLIPLL :.:.. : : . : .:: .:. .. :: KIAA17 HALQQALTAAASMGHSSVVQCLLGMEKEHEVEVNGTDTLWGETALTAAAGRGKLEVCELL 830 840 850 860 870 880 780 790 800 810 820 830 FLJ000 LKHGANAGARNADQAVPLHLACQQGHFQVVKCLLDSNAKPNKKDLSGNTPLIYACSGGHH : ::: .. : . :: : .:::.:.:. ::. . : .: .: :::. : :: KIAA17 LGHGAAVSRTNRRGVPPLFCAARQGHWQIVRLLLERGCDVNLSDKQGRTPLMVAACEGHL 890 900 910 920 930 940 840 850 860 870 880 890 FLJ000 ELVALLLQHGASINASNNKGNTALHEAVIEKHVFVVELLLLHGASVQVLNKRQRTAVDCA : .::..::.... ...: .:: : .. : ::. :. .::... .: :: .: : KIAA17 STVEFLLSKGAALSSLDKEGLSALSWACLKGHRAVVQYLVEEGAAIDQTDKNGRTPLDLA 950 960 970 980 990 1000 900 910 920 930 940 950 FLJ000 EQNSKIMELLQVVPSCVASLDDVAETDRKEYVTVKIRKKWNSKLYDLPDEPFTRQFYFVH KIAA17 AFYGDAETVLYLVEKGAVIEHVDHSGMRPLDRAIGCRNTSVVVALLRKGAKLGNAAWAMA 1010 1020 1030 1040 1050 1060 >>KIAA1785 ( 617 res) fh12727 (617 aa) initn: 481 init1: 258 opt: 270 Z-score: 245.8 bits: 56.4 E(): 1.7e-08 Smith-Waterman score: 285; 35.802% identity (65.432% similar) in 162 aa overlap (753-903:40-201) 730 740 750 760 770 780 FLJ000 PLCQCPKCAPAQKRLAKVPASGLGVNVTSQDGSSPLHVAALHGRADLIPLLLKHGANA-- .:..:: .:: .:. :.. .::.. . . 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KIAA17 LSAEAQVNAADKNGFTPLCAAAAQGHFECVELLISYDANINHAADGGQTPLYLACKNGNK 770 780 790 800 810 820 840 850 860 870 880 890 FLJ000 ELVALLLQHGASINASNNKGNTALHEAVIEKHVFVVELLLLHGASVQVLNKRQRTAVDCA : . :::. :.. ..... : : .: :: .: ..::. : KIAA17 ECIKLLLEAGTNRSVKTTDGWTPVHAAVDTGNVDSLKLLMYHRIPAHGNSFNEEESESSV 830 840 850 860 870 880 900 910 920 930 940 950 FLJ000 EQNSKIMELLQVVPSCVASLDDVAETDRKEYVTVKIRKKWNSKLYDLPDEPFTRQFYFVH KIAA17 FDLDGGEESPEGISKPVVPADLINHANREGWTAAHIAASKGFKNCLEILCRHGGLEPERR 890 900 910 920 930 940 1060 residues in 1 query sequences 2209934 residues in 2457 library sequences Tcomplib [34.26] (2 proc) start: Fri Feb 27 10:30:31 2009 done: Fri Feb 27 10:30:32 2009 Total Scan time: 0.830 Total Display time: 0.330 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]