# /usr/local/bin/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/sh02303.fasta.nr -Q ../query/FLJ00133.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 FLJ00133, 1282 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7806237 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1439+/-0.000196; mu= 15.0101+/- 0.011 mean_var=93.6063+/-17.819, 0's: 39 Z-trim: 146 B-trim: 227 in 1/63 Lambda= 0.132563 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|18676472|dbj|BAB84888.1| FLJ00133 protein [Homo (1282) 9373 1804.1 0 gi|119591638|gb|EAW71232.1| hCG2013435, isoform CR (1288) 9373 1804.1 0 gi|158563933|sp|Q8TER0.2|SNED1_HUMAN RecName: Full (1413) 9373 1804.2 0 gi|158563903|sp|Q5ZQU0.2|SNED1_RAT RecName: Full=S (1403) 7993 1540.3 0 gi|148878330|gb|AAI45887.1| Sushi, nidogen and EGF (1403) 7970 1535.9 0 gi|158563954|sp|Q70E20.2|SNED1_MOUSE RecName: Full (1403) 7969 1535.7 0 gi|37605781|emb|CAE48492.1| secreted nidogen domai (1403) 7951 1532.2 0 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557) 3413 663.9 7.7e-188 gi|119591634|gb|EAW71228.1| hCG2013435, isoform CR ( 587) 3337 649.4 1.9e-183 gi|20379832|gb|AAH27939.1| SNED1 protein [Homo sap ( 600) 3337 649.4 1.9e-183 gi|119591639|gb|EAW71233.1| hCG2013435, isoform CR ( 615) 3337 649.4 2e-183 gi|218675625|gb|AAI69202.2| 6720455I24Rik homolog ( 420) 3301 642.4 1.8e-181 gi|18676498|dbj|BAB84901.1| FLJ00146 protein [Homo ( 522) 3020 588.7 3.1e-165 gi|109486392|ref|XP_237415.4| PREDICTED: similar t (1404) 2842 555.1 1.1e-154 gi|33316189|gb|AAQ04601.1|AF439719_1 insulin respo ( 499) 2705 528.5 4.1e-147 gi|189520247|ref|XP_001341690.2| PREDICTED: simila (1369) 2487 487.2 2.9e-134 gi|33316036|gb|AAQ04563.1|AF439718_1 insulin respo ( 387) 2423 474.4 6e-131 gi|47207800|emb|CAF96703.1| unnamed protein produc (2061) 1651 327.5 5.2e-86 gi|115632733|ref|XP_001204251.1| PREDICTED: simila (1499) 1612 319.9 7.4e-84 gi|62088474|dbj|BAD92684.1| Notch homolog 3 varian (1289) 1606 318.7 1.5e-83 gi|210099579|gb|EEA47670.1| hypothetical protein B ( 606) 1597 316.6 2.9e-83 gi|26328583|dbj|BAC28030.1| unnamed protein produc ( 282) 1574 311.9 3.6e-82 gi|73981154|ref|XP_858190.1| PREDICTED: similar to (2381) 1528 304.1 6.9e-79 gi|33315927|gb|AAQ04557.1|AF439716_1 insulin respo ( 259) 1456 289.3 2.1e-75 gi|193641183|ref|XP_001948396.1| PREDICTED: simila (2475) 1461 291.3 5.1e-75 gi|210099384|gb|EEA47479.1| hypothetical protein B ( 576) 1410 280.9 1.6e-72 gi|2570351|gb|AAB82088.1| notch homolog [Lytechinu (2531) 1400 279.6 1.7e-71 gi|210108136|gb|EEA56050.1| hypothetical protein B (2623) 1400 279.6 1.7e-71 gi|190584200|gb|EDV24270.1| hypothetical protein T (1014) 1384 276.1 7.6e-71 gi|210085587|gb|EEA34046.1| hypothetical protein B ( 613) 1363 271.9 8.7e-70 gi|115893465|ref|XP_797212.2| PREDICTED: similar t (1368) 1364 272.5 1.3e-69 gi|210086771|gb|EEA35174.1| hypothetical protein B (1468) 1360 271.7 2.3e-69 gi|22770986|gb|AAN06819.1| notch-like protein [Boo (2428) 1360 272.0 3.3e-69 gi|210126079|gb|EEA73768.1| hypothetical protein B (1609) 1346 269.1 1.6e-68 gi|12057020|emb|CAC19873.1| putative notch recepto (2524) 1335 267.2 9.3e-68 gi|210126685|gb|EEA74371.1| hypothetical protein B (4468) 1321 264.8 8.8e-67 gi|210086776|gb|EEA35179.1| hypothetical protein B ( 501) 1308 261.3 1.1e-66 >>gi|18676472|dbj|BAB84888.1| FLJ00133 protein [Homo sap (1282 aa) initn: 9373 init1: 9373 opt: 9373 Z-score: 9684.3 bits: 1804.1 E(): 0 Smith-Waterman score: 9373; 100.000% identity (100.000% similar) in 1282 aa overlap (1-1282:1-1282) 10 20 30 40 50 60 FLJ001 EDVRHYFPELLDFNATWVFVATWYRVTFFGGSSSSPVNTFQTVLITDGKLSFTIFNYESI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|186 EDVRHYFPELLDFNATWVFVATWYRVTFFGGSSSSPVNTFQTVLITDGKLSFTIFNYESI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 FLJ001 VWTTGTHASSGGNATGLGGIAAQAGFNAGDGQRYFSIPGSRTADMAEVETTTNVGVPGRW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|186 VWTTGTHASSGGNATGLGGIAAQAGFNAGDGQRYFSIPGSRTADMAEVETTTNVGVPGRW 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 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