# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -H -O./tmp/sh03241.fasta.huge -Q ../query/FLJ00139.ptfa ./tmplib.10216 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 FLJ00139, 585 aa vs ./tmplib.10216 library 2210409 residues in 2457 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2408+/-0.00944; mu= -8.0225+/- 0.631 mean_var=620.4440+/-142.813, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.051490 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2457) KIAA1668 ( 791 res) fh11717 ( 791) 469 49.5 1.4e-06 FLJ00407 ( 591 res) sj08554 ( 591) 450 47.9 3.2e-06 KIAA0750 ( 1125 res) hk04329 (1125) 425 46.5 1.7e-05 KIAA1364 ( 811 res) fj02442 ( 811) 374 42.5 0.00019 FLJ00043 ( 1415 res) as00043 (1415) 355 41.4 0.0007 KIAA0302 ( 2414 res) hf00409s2 (2414) 359 42.0 0.00078 KIAA0903 ( 962 res) hk09970 ( 962) 336 39.8 0.0015 KIAA0023 ( 2111 res) ha00512 (2111) 252 34.0 0.18 KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800) 255 34.4 0.18 KIAA0754 ( 1174 res) hh06485 (1174) 228 31.9 0.44 KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 212 30.7 1 KIAA0147 ( 1630 res) ha01022s1 (1630) 211 30.8 1.3 KIAA0595 ( 1666 res) hj02929s1 (1666) 204 30.3 1.8 KIAA0512 ( 710 res) hf00239 ( 710) 194 29.0 1.9 KIAA1029 ( 1015 res) fh00363 (1015) 197 29.5 2 KIAA1306 ( 1154 res) fh05845 (1154) 196 29.5 2.2 FLJ00386 ( 811 res) sj04204 ( 811) 191 28.9 2.4 KIAA0035 ( 707 res) ha01976 ( 707) 189 28.6 2.4 KIAA1779 ( 1233 res) hg04229 (1233) 195 29.4 2.4 FLJ00084 ( 641 res) as00084 ( 641) 187 28.4 2.5 KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 196 29.6 2.7 KIAA1858 ( 2469 res) ae00147 (2469) 200 30.2 2.8 FLJ00204 ( 573 res) sj04432 ( 573) 176 27.6 4.2 FLJ00420 ( 613 res) sj09535 ( 613) 173 27.4 5.1 KIAA0309 ( 3053 res) hg00096s1 (3053) 191 29.7 5.1 KIAA1623 ( 1236 res) fj04650 (1236) 180 28.3 5.3 KIAA1683 ( 832 res) fh24307 ( 832) 175 27.7 5.5 KIAA1375 ( 546 res) fj04426 ( 546) 170 27.1 5.5 KIAA0905 ( 1229 res) hk10341 (1229) 179 28.2 5.6 KIAA0691 ( 762 res) hk03735 ( 762) 173 27.5 5.8 KIAA0927 ( 1001 res) hg03734 (1001) 175 27.8 6.1 KIAA0665 ( 760 res) hk02064 ( 760) 169 27.2 7.1 KIAA0669 ( 825 res) hk02346 ( 825) 167 27.1 8.2 KIAA0339 ( 1709 res) hg01304(revised) (1709) 175 28.1 8.3 FLJ00141 ( 1326 res) sh04092 (1326) 172 27.8 8.3 KIAA0638 ( 1384 res) hj03347s1 (1384) 172 27.8 8.6 KIAA1357 ( 836 res) fj01906 ( 836) 166 27.0 8.7 KIAA1139 ( 1124 res) hk00330 (1124) 168 27.4 9.3 KIAA1096 ( 1919 res) pf00402 (1919) 174 28.1 9.3 KIAA0330 ( 2224 res) hg00894s1 (2224) 175 28.3 9.6 FLJ00160 ( 1696 res) sh06621 (1696) 171 27.8 10 KIAA1522 ( 1044 res) fh14706(revised) (1044) 163 27.0 12 KIAA1816 ( 1162 res) fh16716 (1162) 163 27.0 12 KIAA2011 ( 1091 res) pj02017 (1091) 161 26.8 13 KIAA1218 ( 864 res) fh03016 ( 864) 157 26.4 14 KIAA1120 ( 1024 res) hg02941 (1024) 156 26.4 16 KIAA1295 ( 550 res) fg01760 ( 550) 149 25.5 16 KIAA1299 ( 730 res) fg04370 ( 730) 151 25.8 17 KIAA1808 ( 539 res) fk00917 ( 539) 147 25.4 18 KIAA0280 ( 291 res) ha06179 ( 291) 140 24.5 18 >>KIAA1668 ( 791 res) fh11717 (791 aa) initn: 574 init1: 296 opt: 469 Z-score: 211.4 bits: 49.5 E(): 1.4e-06 Smith-Waterman score: 676; 33.078% identity (56.023% similar) in 523 aa overlap (86-582:2-483) 60 70 80 90 100 110 FLJ001 HRPDLINFSALKKENIYENNKLAFRVAEEHLGIPALLDAEDMVALKVPDRLSILTYVSQY :::::::: .:::...::: :::.:::::: KIAA16 ELGIPALLDPNDMVSMSVPDCLSIMTYVSQY 10 20 30 120 130 140 150 160 170 FLJ001 YNYFHGRSPIGGMAGVKRASEDSEEEPSGKKAPVQAAKLPSPAPARKPPLSPAQTNPVVQ ::.: :: :.:::. : :: . :: :: .:.... :.: KIAA16 YNHFC--SP--GQAGVS--------PPRKGLAPCSP---PSVAP------TPVESEDVAQ 40 50 60 70 180 190 200 210 220 230 FLJ001 RRNEGAGGPPPKTDQALAGSLVSSTCGVCGKHVHLVQRHLADGRLYHRSCFRCKQCSCTL .. ..:. ..:. .:. ::::..: .:::::::.::::::::: ::::..:: :: KIAA16 GEELSSGS---LSEQG-TGQTPSSTCAACQQHVHLVQRYLADGRLYHRHCFRCRRCSSTL 80 90 100 110 120 240 250 260 270 280 290 FLJ001 HSGAYKATGEPGTFVCTSHLPAAASASPKL-TGLVPRQPGAMGVDSRTSCSPQKAQEANK :::. : :::::. : : .: .: : : .. ... . . :... KIAA16 LPGAYENGPEEGTFVCAEH---CARLGPGTRSGTRP-GPFSQPKQQHQQQLAEDAKDVPG 130 140 150 160 170 180 300 310 320 330 340 FLJ001 ARPSAWEPAAGN------SP-ARASVPAAPN-PAATS--ATSVHVRSPARPSESRLAPTP . ::. ::... :: :: ..:. : :. . :. : : .. . :: KIAA16 GGPSSSAPAGAEADGPKASPEARPQIPTKPRVPGKLQELASPPAGRPTPAPRKASESTTP 190 200 210 220 230 240 350 360 370 380 390 400 FLJ001 TEGKVRPRVTNSSPMGWSSAAPCTAAAASHPAVPPSAPDPRPATPQGGGAPRVAAPQTTL . ::: . .. .:. . . . .: : : .: ::: : :: KIAA16 APPTPRPRSSLQQENLVEQAGSSSLVNGRLHELPVPKPRGTPKPSEGTPAPRKDPPWITL 250 260 270 280 290 300 410 420 430 440 450 460 FLJ001 SSSSTSAATVD-PPAWTPS--ASRTQQARNKFFQTSAVP-PGTSLSGRGPTPSLVLSKDS .. . . ::. .:. .. ..:..: . : : : .:: .. .: .. KIAA16 VQAEPKKKPAPLPPSSSPGPPSQDSRQVENGGTEEVAQPSPTASLESKPYNP--FEEEEE 310 320 330 340 350 360 470 480 490 500 510 FLJ001 SKEQARNFLKQALSALEEAGAPAPGRPS-------PATAAVPSSQPKTE---APQASPLA .::. .: .: : .:: :.: : . .:.:.:::. ::.: : : KIAA16 DKEE------EAPAAPSLATSPALGHPESTPKSLHPWYGITPTSSPKTKKRPAPRA-PSA 370 380 390 400 410 520 530 540 550 560 FLJ001 KPLQSSSPRVL-GLPSRMEPPAPLSTSSTSQASALPPAGRRNLAESSGVGRVGAGSRPKP .:: . :. . : : ::. : :. :: :: . : : .: . ..:.: KIAA16 SPLALHASRLSHSEPPSATPSPALSVESLSSESASQTAGAE-LLEPPAVPK--SSSEPAV 420 430 440 450 460 470 570 580 FLJ001 EAPMAKGKSTTLTQGE .:: . :. ..:. KIAA16 HAPGTPGNPVSLSTNSSLASSGELVEPRVEQMPQASPGLAPRTRGSSGPQPAKPCSGATP 480 490 500 510 520 530 >>FLJ00407 ( 591 res) sj08554 (591 aa) initn: 472 init1: 208 opt: 450 Z-score: 205.1 bits: 47.9 E(): 3.2e-06 Smith-Waterman score: 478; 26.432% identity (55.066% similar) in 454 aa overlap (20-434:38-449) 10 20 30 40 FLJ001 RRAVPPRGGRAAHMAAIRALQQWCRQQCEGYRDVNICNMTTSFRDGLAF : .::..: :: :.. ....:. ::::. FLJ004 EAQVVPAKQLQPQDRSSVPEHSLLAGTQEELLRWCQEQTAGYPGVHVSDLSSSWADGLAL 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 FLJ001 CAILHRHRPDLINFSALKKENIYENNKLAFRVAEEHLGIPALLDAEDMVALKVPDRLSIL ::...: .: :.. : :. . : . :..:::..::: ...:. .:: . : :... FLJ004 CALVYRLQPGLLEPSELQGLGALEATAWALKVAENELGITPVVSAQAVVAGSDP--LGLI 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 FLJ001 TYVSQYYNYF----HGRSPI-----GGMAGV------------KRASEDSEEEPSGKKAP .:.:.... : :. .:. : ..: .::.:..:. .::: FLJ004 AYLSHFHSAFKSMAHSPGPVSQASPGTSSAVLFLSKLQRTLQRSRAKENAEDA-GGKKLR 130 140 150 160 170 180 150 160 170 180 190 200 FLJ001 VQAAKLPSPAPARKPPLSPAQTNPVVQRRNEGAGGPPPKTDQALAGSLVSSTCGVCGKHV .. . . .:. . : .: :.. :: . ..: ::.: :..::.:. FLJ004 LE---MEAETPSTEVPPDPEPGVPLT---------PPSQHQEAGAGDL----CALCGEHL 190 200 210 220 210 220 230 240 250 260 FLJ001 HLVQRHLADGRLYHRSCFRCKQCSCTLHSGAYKATGEPGTFVCTSHLPAAA-SASPKLTG ....: ..:...:::::::. : :: :.:. : : : .::: . .: . : FLJ004 YVLERLCVNGHFFHRSCFRCHTCEATLWPGGYEQHPGDGHFYCLQHLPQTDHKAEGSDRG 230 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 FLJ001 LVPRQPGAMGVDSRTSCSPQKAQEANKARPSAWEPAAGNSPARASVPAAPNPAATSATSV :..: . . :..: : . . :.: . .:: :. :.:. . .. FLJ004 --PESP-ELPTPSENSMPP------GLSTPTASQEGAG--PV-------PDPSQPTRRQI 290 300 310 320 330 330 340 350 360 370 FLJ001 HVRSPARPSESRLAPTPT---EGKVRP---------RVTNSSPMGWS----SAAPCTAAA .. :: : : : :: : .: .. .:: .::. : .: FLJ004 RLSSPERQRLSSLNLTPDPEMEPPPKPPRSCSALARHALESSFVGWGLPVQSPQALVAME 340 350 360 370 380 390 380 390 400 410 420 430 FLJ001 ASHPAVPPSAPDPRPATPQGGGAPRVAAPQTTLSSSSTSAATVDPPAWTPSA-SRTQQAR . : :. . . .: . . :. . ..::.. . :.: . :... . FLJ004 KEEKESPFSSEEEEEDVPLDSDVE-----QALQTFAKTSGTMNNYPTWRRTLLRRAKEEE 400 410 420 430 440 440 450 460 470 480 490 FLJ001 NKFFQTSAVPPGTSLSGRGPTPSLVLSKDSSKEQARNFLKQALSALEEAGAPAPGRPSPA : : FLJ004 MKRFCKAQTIQRRLNEIEAALRELEAEGVKLELPLRRQSSSPEQQKKLWVGQLLQLVDKK 450 460 470 480 490 500 >>KIAA0750 ( 1125 res) hk04329 (1125 aa) initn: 588 init1: 382 opt: 425 Z-score: 192.1 bits: 46.5 E(): 1.7e-05 Smith-Waterman score: 443; 26.877% identity (56.174% similar) in 413 aa overlap (20-400:523-926) 10 20 30 40 FLJ001 RRAVPPRGGRAAHMAAIRALQQWCRQQCEGYRDVNICNMTTSFRDGLAF : ::.:: :::. ::. ..:::.:.:::. KIAA07 ELEHYPLERLGSVRRSVNLSRKESDIRPSKLLTWCQQQTEGYQHVNVTDLTTSWRSGLAL 500 510 520 530 540 550 50 60 70 80 90 100 FLJ001 CAILHRHRPDLINFSALKKENIYENNKLAFRVAEEHLGIPALLDAEDMVALKVPDRLSIL :::.:: ::.::::..:.... :::.::: :::...::: . ...:.. . ::.::.. KIAA07 CAIIHRFRPELINFDSLNEDDAVENNQLAFDVAEREFGIPPVTTGKEMASAQEPDKLSMV 560 570 580 590 600 610 110 120 130 140 150 160 FLJ001 TYVSQYYNYFHGRSPIGGMAGVKRASEDSEEEPSGKKAPVQAAKLPSPAPARKPPLSPAQ :.:..:. :.: .:. . . .. .. . : :. .. : : .. : .: KIAA07 MYLSKFYELFRG-TPLRPVDSWRKNYGENADL-SLAKSSISNNYLNLTFPRKRTPRVDGQ 620 630 640 650 660 670 170 180 190 200 210 220 FLJ001 T--NPVVQRRNEGAGG--PPPKTDQALAGSLVSSTCGVC--GKHVHLVQRHLADGRLYHR : : . .:: .: . : . .. :: .. :: : . . : . .:. : KIAA07 TGENDMNKRRRKGFTNLDEPSNFSSRSLGS--NQECGSSKEGGNQNKV-KSMANQLL--- 680 690 700 710 720 230 240 250 260 270 FLJ001 SCFRCKQCSCTLHSGAYKATGEPGTFVCTSHLPAAASASPKLTGLVP-------RQPGAM . :. . . .: . ...: .:.: : . : :: .: :: .. KIAA07 AKFEESTRNPSLMKQERRVSGIGKPVLCSSSGPPVHSCCPKPEEATPSPSPPLKRQFPSV 730 740 750 760 770 780 280 290 300 310 320 330 FLJ001 GVDSRTSCSPQKAQEANKARPSAWEPAA------GNSPARASVPAAPNPAATSATSVHVR : ... .... ... :. : :.. :..:.. : : . ..: : KIAA07 VVTGHVLRELKQVSAGSECLSRPWRARAKSDLQLGGTENFATLPST-RPRAQALSGVLWR 790 800 810 820 830 840 340 350 360 370 FLJ001 ---SPARPSESR---LAPTPTEGK-VRPRVTNSSPMGWSSAAP-----CTAAAASHPAVP . ..: :: . : .. .... . : . : . . .:: : KIAA07 LQQVEEKILQKRAQNLANREFHTKNIKEKAAHLASMFGHGDFPQNKLLSKGLSHTHPPSP 850 860 870 880 890 900 380 390 400 410 420 430 FLJ001 PSA-PDPRPATPQGGGAPRVAAPQTTLSSSSTSAATVDPPAWTPSASRTQQARNKFFQTS :: :.: ::. .. .. :.: KIAA07 PSRLPSPDPAASSSPSTVDSASPARKEKKSPSGFHFHPSHLRTVHPQLTVGKVSSGIGAA 910 920 930 940 950 960 >>KIAA1364 ( 811 res) fj02442 (811 aa) initn: 561 init1: 356 opt: 374 Z-score: 173.1 bits: 42.5 E(): 0.00019 Smith-Waterman score: 473; 28.354% identity (52.152% similar) in 395 aa overlap (6-312:345-725) 10 20 30 FLJ001 RRAVPPRGGRAAHMAAIRALQQWCRQQCEGYRDVN :. : .: : ::..: .:: :: KIAA13 RPSQVRHLYDTGETKDIHLEMESLVNSRTTPKLTRNESVARSSKLLGWCQRQTDGYAGVN 320 330 340 350 360 370 40 50 60 70 80 90 FLJ001 ICNMTTSFRDGLAFCAILHRHRPDLINFSALKKENIYENNKLAFRVAEEHLGIPALLDAE . ..: :...:::.:::.::.:::::.:..: ..:. .::.::: .::..::: .. .. KIAA13 VTDLTMSWKSGLALCAIIHRYRPDLIDFDSLDEQNVEKNNQLAFDIAEKELGISPIMTGK 380 390 400 410 420 430 100 110 120 FLJ001 DMVALKVPDRLSILTYVSQYYNYFHG----------------------RSPI------GG .:... ::.::.. :..:.:..:. :::: : KIAA13 EMASVGEPDKLSMVMYLTQFYEMFKDSLPSSDTLDLNAEEKAVLIASTRSPISFLSKLGQ 440 450 460 470 480 490 130 140 150 160 FLJ001 MAGVKRASEDSEEEP---SGKKAPV-QAAKLPSPAPAR--KPPL---------------- . ::. .:..:. .::. . :. . .: : .: : KIAA13 TISRKRSPKDKKEKDLDGAGKRRKTSQSEEEEAPRGHRGERPTLVSTLTDRRMDVAVGNQ 500 510 520 530 540 550 170 180 190 FLJ001 -----------------SPAQTNPVVQR--RNEGAGGP---------PPKTDQALAGSLV .:::. . .. ...::. : : : . ::. KIAA13 NKVKYMATQLLAKFEENAPAQSIGIRRQLTQERGASQPSCCLPGQVRPAPTPRWKQGSMK 560 570 580 590 600 610 200 210 220 230 240 FLJ001 ---------SSTCGVCGKHVHLVQRHLADGRLYHRSCFRCKQCSCTLHSGAYKATGEPGT :.:: : :.:....: :.:...:::::.:. :. ::. .:: : : KIAA13 KEFPQNLGGSDTCYFCQKRVYVMERLSAEGKFFHRSCFKCEYCATTLRLSAYAYDIEDGK 620 630 640 650 660 670 250 260 270 280 290 300 FLJ001 FVCTSHLPAAASASPKLTGLVPRQPGAMGVDSRTSCSPQKAQEANKA-RPSAWEPAAGNS : : : .:.: . :. : . .: ...::. . .: : : . KIAA13 FYCKPHY------CYRLSGYAQRK--------RPAVAPLSGKEAKGPLQDGATTDANGRA 680 690 700 710 720 310 320 330 340 350 360 FLJ001 PARASVPAAPNPAATSATSVHVRSPARPSESRLAPTPTEGKVRPRVTNSSPMGWSSAAPC : :: KIAA13 NAVASSTERTPGSGVNGLEEPSIAKRLRGTPERIELENYRLSLRQAEALQEVPEETQAEH 730 740 750 760 770 780 >>FLJ00043 ( 1415 res) as00043 (1415 aa) initn: 397 init1: 237 opt: 355 Z-score: 163.0 bits: 41.4 E(): 0.0007 Smith-Waterman score: 373; 31.319% identity (51.648% similar) in 364 aa overlap (2-348:917-1241) 10 20 30 FLJ001 RRAVPPRGGRAAHMAAIRALQQWCRQQCEGY : .: . : ... ..: .::.. :: FLJ000 TEASLPEAQVASGAGAGAPRASSPEKAEEDRRLPGSQAPPALVSSSQSLLEWCQEVTTGY 890 900 910 920 930 940 40 50 60 70 80 90 FLJ001 RDVNICNMTTSFRDGLAFCAILHRHRPDLINFSALKKENIYENNKLAFRVAEEHLGIPAL : : : :.:::.:.:::::::::: :: :....: :: .::: :: . ::. : FLJ000 RGVRITNFTTSWRNGLAFCAILHRFYPDKIDYASLDPLNIKQNNKQAFD-GFAALGVSRL 950 960 970 980 990 1000 100 110 120 130 140 FLJ001 LDAEDMVALKVPDRLSILTYVSQYYNYFHGRS------PIGGMAGVKRASEDSEEEPSGK :. ::: :.:::.: ..::. : . :. :: ::. : FLJ000 LEPADMVLLSVPDKLIVMTYLCQIRAFCTGQELQLVQLEGGGGAGTYR------------ 1010 1020 1030 1040 1050 150 160 170 180 190 200 FLJ001 KAPVQAAKLPSPAPARKPPLSPAQTNPVVQR-RNEGAGGPP-PK--TDQAL-AGSLVSST : .:. ::: : . ... ..:: :..:: :: :: .:.: :. :.: FLJ000 ---VGSAQ-PSP-----P--DDLDAGGLAQRLRGHGAEGPQEPKEAADRADGAAPGVASR 1060 1070 1080 1090 1100 210 220 230 240 250 260 FLJ001 CGVCGKHVHLVQRHLADGRLYHRSCFRCKQCSCTLHSGAYKATGEPGTFVCTSHLPAAAS .: : : :: : .. . . : ...: :: . :.. . FLJ000 NAVAG-------RASKDG---GAEAPRESRPAEVPAEGLVNGAGAPGGGGVRLRRPSV-N 1110 1120 1130 1140 1150 270 280 290 300 310 FLJ001 ASPKLTGLVPRQPGAMGVDSRTS----CSPQKAQEANKARPSAWEPAAGNSPARASVPAA . : : :: : : : :.. . .... :.. : .: :: : :. : FLJ000 GEP---GSVP-PPRAHGSFSHVRDADLLKKRRSRLRNSSSFSMDDPDAGAMGAAAAEGQA 1160 1170 1180 1190 1200 320 330 340 350 360 370 FLJ001 PNP--AATSATSVHVRSPARPSESRLAPTPTEGKVRPRVTNSSPMGWSSAAPCTAAAASH :.: : :.. ..: : : :. :. 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KIAA09 EPSDMVLLAIPDKLTVMTYLYQIRAHFSGQELNVVQIEENSSKSTYKVGNYETDTNSSVD 260 270 280 290 300 310 >>KIAA0023 ( 2111 res) ha00512 (2111 aa) initn: 154 init1: 102 opt: 252 Z-score: 119.8 bits: 34.0 E(): 0.18 Smith-Waterman score: 275; 22.989% identity (53.640% similar) in 522 aa overlap (103-584:1311-1812) 80 90 100 110 120 130 FLJ001 ENNKLAFRVAEEHLGIPALLDAEDMVALKVPDRLSILTYVSQYYNYFHGRSPIGGMAGVK :..:. : . :. . :.. .:...:.. KIAA00 TPGEPAASSSRPVAPSGTALSTTSSKLETPPSKLGELLFPSS----LAGET-LGSFSGLR 1290 1300 1310 1320 1330 140 150 160 170 180 FLJ001 RASEDSEEEPSGKKA--------PVQAAKLPSPAPARKPPLSPAQTNPVVQRRNEGAGGP .. :. .:..: . :.... .:: ::. .:.: : .. 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