# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -H -O./tmp/sh04102.fasta.huge -Q ../query/FLJ00259.ptfa ./tmplib.10216 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 FLJ00259, 659 aa vs ./tmplib.10216 library 2210335 residues in 2457 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7534+/-0.00594; mu= 10.7102+/- 0.398 mean_var=268.4821+/-60.389, 0's: 0 Z-trim: 15 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.078274 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2457) KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496) 306 48.5 6e-06 FLJ00376 ( 931 res) sh07947 ( 931) 260 43.0 0.00017 KIAA0992 ( 772 res) hk07554 ( 772) 253 42.1 0.00027 KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073) 246 41.5 0.00055 KIAA0756 ( 1222 res) ff01911 (1222) 244 41.4 0.00069 KIAA1132 ( 2092 res) hh01132s1 (2092) 238 41.1 0.0015 KIAA1355 ( 1189 res) fj01564 (1189) 228 39.5 0.0024 KIAA1628 ( 980 res) fh14247(revised) ( 980) 196 35.8 0.026 KIAA1263 ( 850 res) hj00608 ( 850) 188 34.8 0.046 KIAA1497 ( 730 res) hg01608 ( 730) 185 34.4 0.054 KIAA0657 ( 1237 res) hk01859s1 (1237) 184 34.6 0.076 KIAA0343 ( 1187 res) hg01457 (1187) 181 34.2 0.095 KIAA1938 ( 1376 res) hg00912s1 (1376) 173 33.4 0.19 KIAA1061 ( 693 res) hj00491 ( 693) 164 32.0 0.27 KIAA0605 ( 1031 res) hg03238a (1031) 160 31.8 0.45 KIAA1496 ( 920 res) fj09513 ( 920) 154 31.0 0.68 KIAA1883 ( 1480 res) fh02249 (1480) 157 31.7 0.7 KIAA1862 ( 1070 res) aj00563 (1070) 154 31.1 0.74 FLJ00420 ( 613 res) sj09535 ( 613) 147 30.0 0.96 KIAA0691 ( 762 res) hk03735 ( 762) 148 30.2 0.99 KIAA1811 ( 715 res) ha06731 ( 715) 136 28.8 2.5 FLJ00091 ( 170 res) as00091 ( 170) 126 26.7 2.5 KIAA1224 ( 997 res) fh02652 ( 997) 134 28.8 3.4 KIAA0749 ( 678 res) hk04328 ( 678) 131 28.2 3.5 KIAA1484 ( 700 res) fj06928 ( 700) 130 28.1 3.9 KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 134 29.1 4.3 FLJ00305 ( 789 res) sh05120 ( 789) 128 28.0 4.8 KIAA1928 ( 757 res) fg05950(revised) ( 757) 126 27.7 5.5 KIAA1777 ( 954 res) fh19201x1 ( 954) 127 28.0 5.8 KIAA1514 ( 1598 res) fh00815(revised) (1598) 130 28.7 6 KIAA1246 ( 832 res) hh00149a ( 832) 124 27.6 6.8 KIAA1639 ( 2584 res) af14886 (2584) 131 29.1 7.2 KIAA1441 ( 1258 res) hg02860b (1258) 123 27.7 9.1 KIAA1668 ( 791 res) fh11717 ( 791) 119 27.0 9.8 KIAA1568 ( 1380 res) fh22308 (1380) 120 27.5 12 FLJ00201 ( 705 res) sj04110 ( 705) 115 26.4 13 KIAA1619 ( 869 res) fj14720 ( 869) 116 26.7 13 KIAA0487 ( 234 res) fk08362 ( 234) 107 24.8 13 KIAA1048 ( 897 res) hh02560 ( 897) 116 26.7 13 FLJ00385 ( 509 res) sj03289 ( 509) 112 25.9 13 KIAA1297 ( 2242 res) fg03883 (2242) 120 27.8 16 KIAA1511 ( 1253 res) fg04486(revised) (1253) 116 26.9 16 KIAA1736 ( 1244 res) ph00725 (1244) 115 26.8 17 FLJ00014 ( 725 res) as00014 ( 725) 111 26.0 17 KIAA0429 ( 666 res) hk07754 ( 666) 110 25.8 18 FLJ00411 ( 437 res) sf00010 ( 437) 107 25.2 18 FLJ00084 ( 641 res) as00084 ( 641) 109 25.7 19 KIAA1163 ( 437 res) hj05329 ( 437) 106 25.1 20 KIAA0653 ( 558 res) hk01718 ( 558) 107 25.4 21 KIAA0545 ( 1368 res) hh00165s1 (1368) 113 26.7 21 >>KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496 aa) initn: 253 init1: 111 opt: 306 Z-score: 200.1 bits: 48.5 E(): 6e-06 Smith-Waterman score: 355; 26.738% identity (51.337% similar) in 374 aa overlap (296-609:268-639) 270 280 290 300 310 320 FLJ002 GSRAPGLGGDAGSPAPPFHSSSYRISLAGVEPSLVQAALGQLVRLSCSDDTAPESQAAWQ ::. .... :. : ..: . :. . : KIAA02 ICEYPRRIQGRSVATITPEELNCERPRITSEPQDADVTSGNTVYFTCRAEGNPKPEIIWL 240 250 260 270 280 290 330 340 350 360 370 FLJ002 KDGQPIS--SD-RHRLQFDGSLIIHPLQAEDAGTYSC-GSTRPGR-DSQKIQLRIIG--- .... .: .: : : ::.:.:. : : : :.: ... :. .:.. :: .: KIAA02 RNNNELSMKTDSRLNLLDDGTLMIQNTQETDQGIYQCMAKNVAGEVKTQEVTLRYFGSPA 300 310 320 330 340 350 380 390 400 FLJ002 ---------------GDMAVL------------SEAELSRFPQPRDPAQDFGQAGA---- :. ..: : .. .: : : :: .. .:. 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KIAA09 KVSGLPTPDLSWQLDGKPVRPDSAHKMLVRENGVHSLIIEPVTSRDAGIYTCIATNRAGQ 550 560 570 580 590 600 510 520 530 540 550 FLJ002 DQRWVQLRVLGELTISGLPPTVT-------VPEGDTARLLCVVAG-ESVNIRWSRNGLPV .. ..: : .. . ::. : .: .:: : : : .: :.... . KIAA09 NSFSLELVVAAKE--AHKPPVFIEKLQNTGVADGYPVRLECRVLGVPPPQIFWKKENESL 610 620 630 640 650 660 560 570 580 590 FLJ002 QADGHRV--HQSPDG--TLLI----------YNLRARDE-GSYTCSA----YQGSQAVSR . :: ::. : ::: :.. :..: : .:.: : . :. KIAA09 THSTDRVSMHQDNHGYICLLIQGATKEDAGWYTVSAKNEAGIVSCTARLDVYTQWHQQSQ 670 680 690 700 710 720 600 610 620 630 640 650 FLJ002 STEVKVVSPAPT--AQPRDPGRD--CVDQPELANCDLILQAQLCGNEYYSSFCCASCSRF ::. : : :. . : : : : . ::: : :.. : .: KIAA09 STKPKKVRPSASRYAALSDQGLDIKAAFQPEANPSHLTLNTALVESEDL 730 740 750 760 770 FLJ002 QPHAQPIWQ >>KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073 aa) initn: 174 init1: 105 opt: 246 Z-score: 164.8 bits: 41.5 E(): 0.00055 Smith-Waterman score: 246; 31.056% identity (53.416% similar) in 161 aa overlap (431-583:616-774) 410 420 430 440 450 460 FLJ002 FGQAGAAGPLGAIPSSHPQPANRLRLDQNQPRVVDASPGQRIRMTCRAEGFPPPAIEWQR : . : :. : ::: : : : ::. 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KIAA07 KAKFENFNKALRITNVSEEDSGEYFCLASNKMGSIRHTISVRVKAAPYWLDEPKNLILAP 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 FLJ002 AELSRFP--QPRDPAQDFGQAGAAGPLGAIPSSHPQPANR--------LRLDQNQPR--- .: .:. .: . :: . : :.: :: .: : . : KIAA07 GEDGRLVCRANGNPKPTVQWMVNGEPLQSAP---PNP-NREVAGDTIIFRDTQISSRAVY 420 430 440 450 460 470 440 450 460 FLJ002 ------------------VVDASPGQ--------------RIRMTCRAEGFPPPAIEWQR :.:. : . : :. : : : :...: . KIAA07 QCNTSNEHGYLLANAFVSVLDVPPRMLSPRNQLIRVILYNRTRLDCPFFGSPIPTLRWFK 480 490 500 510 520 530 470 480 490 500 510 FLJ002 DGQP--VSSPRHQLQPDGSLVISRVAVEDGGFYTCVAFNGQDRDQRWVQLRVLGELTISG .:: ... ... .::: :. . :: :.::::: : . . :.:.: : KIAA07 NGQGSNLDGGNYHVYENGSLEIKMIRKEDQGIYTCVATNILGKAENQVRLEVKDPTRIYR 540 550 560 570 580 590 520 530 540 550 560 570 FLJ002 LPPTVTVPEGDTARLLCVVAGE---SVNIRWSRNGLPVQADGHRVHQSPDGTLLIYNLRA .: .. .: :..: : : . .... : .. :. :.:... : .: :... 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