# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -H -O./tmp/sh04964.fasta.huge -Q ../query/FLJ00302.ptfa ./tmplib.10216 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 FLJ00302, 853 aa vs ./tmplib.10216 library 2210141 residues in 2457 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2829+/-0.00464; mu= 10.4401+/- 0.312 mean_var=148.8919+/-33.978, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.105109 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2457) KIAA1527 ( 801 res) fj06850s1 ( 801) 3946 610.6 2.5e-175 KIAA1863 ( 452 res) fj07583 ( 452) 116 29.6 1.2 FLJ00103 ( 678 res) as00103 ( 678) 118 30.1 1.3 KIAA1673 ( 712 res) fg00690 ( 712) 114 29.5 2 FLJ00375 ( 708 res) sh07824 ( 708) 113 29.3 2.2 KIAA1295 ( 550 res) fg01760 ( 550) 110 28.8 2.5 KIAA2038 ( 917 res) pj01991 ( 917) 113 29.5 2.6 KIAA1668 ( 791 res) fh11717 ( 791) 108 28.6 4 KIAA0434 ( 1571 res) hh02165 (1571) 111 29.4 4.6 FLJ00253 ( 349 res) sj09455 ( 349) 101 27.2 4.8 KIAA1447 ( 1721 res) fh04686 (1721) 111 29.5 4.9 KIAA0438 ( 726 res) hj00450 ( 726) 104 28.0 5.7 KIAA1788 ( 413 res) fh22801 ( 413) 99 26.9 6.7 KIAA1211 ( 803 res) fh00041 ( 803) 103 27.9 6.8 KIAA0697 ( 2486 res) hk04486s1 (2486) 110 29.5 6.9 KIAA1683 ( 832 res) fh24307 ( 832) 102 27.7 7.7 KIAA1301 ( 1581 res) fg06833 (1581) 105 28.5 8.6 KIAA1035 ( 1220 res) hk08527 (1220) 103 28.1 9 KIAA1064 ( 1315 res) hj05008s1 (1315) 103 28.1 9.4 KIAA0054 ( 1943 res) ha00503s1 (1943) 104 28.5 11 FLJ00139 ( 585 res) sh03241 ( 585) 96 26.7 12 KIAA1259 ( 1561 res) hh15706 (1561) 102 28.1 12 KIAA0181 ( 2079 res) ha02522s1 (2079) 103 28.3 13 FLJ00267 ( 1110 res) sj04085 (1110) 99 27.4 13 KIAA0226 ( 973 res) fg02838 ( 973) 97 27.1 15 FLJ00197 ( 178 res) sj03274 ( 178) 86 24.6 15 KIAA1030 ( 763 res) fh00432 ( 763) 95 26.6 15 KIAA1866 ( 1783 res) pf09734 (1783) 100 27.8 16 FLJ00305 ( 789 res) sh05120 ( 789) 94 26.5 17 KIAA1865 ( 723 res) fj14303 ( 723) 93 26.3 18 KIAA1188 ( 339 res) hg02860a ( 339) 87 25.0 21 KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984) 98 27.6 21 KIAA1753 ( 818 res) pj02614 ( 818) 92 26.2 22 KIAA1247 ( 885 res) pj01452 ( 885) 92 26.3 23 KIAA1764 ( 1029 res) fj10485(revised) (1029) 92 26.3 25 KIAA1784 ( 1167 res) fh08226 (1167) 92 26.4 28 KIAA0890 ( 1210 res) hk08057 (1210) 92 26.4 28 KIAA0514 ( 483 res) hf00310 ( 483) 86 25.1 29 KIAA1079 ( 1476 res) hj06972 (1476) 93 26.7 29 KIAA1024 ( 917 res) fg00935s1 ( 917) 90 26.0 29 KIAA0338 ( 934 res) hg01242 ( 934) 90 26.0 29 KIAA0275 ( 510 res) ha06214 ( 510) 86 25.1 30 KIAA0431 ( 719 res) hh01739 ( 719) 88 25.6 30 KIAA0647 ( 1195 res) hj03819s1 (1195) 91 26.3 31 KIAA1296 ( 815 res) fg03576 ( 815) 88 25.6 33 KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 92 26.5 33 KIAA0742 ( 1338 res) hk04073s1 (1338) 91 26.3 33 FLJ00344 ( 1055 res) sf00013 (1055) 89 25.9 35 KIAA0298 ( 901 res) hf00341(revised) ( 901) 88 25.7 35 KIAA1111 ( 1084 res) hj04651s1 (1084) 89 25.9 36 >>KIAA1527 ( 801 res) fj06850s1 (801 aa) initn: 3946 init1: 3946 opt: 3946 Z-score: 3240.9 bits: 610.6 E(): 2.5e-175 Smith-Waterman score: 3946; 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FLJ001 GDDIMATLGFGDSPKAEKRQIGDQEGPRPARSTLDELLGRGMATK-LLARPGTGEHREFK 230 240 250 260 270 280 760 770 780 790 FLJ003 CSQN----SSSSSVWWLKSPAFSSG-----SSEG-----DSPWSYLNSSGSSWVSLPGKM ... ..: ..: .. .:.. :::: .: .. .::.. . ::. 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KIAA16 WSSYQSPSPTPSSSWSPGGGGYGGWGGSQGRDHRRGLNGGITPLNSISPLKKNFASNHIQ 290 300 310 320 330 340 600 610 620 630 640 650 FLJ003 EISERGAGPTFKASP-SWVDPEGETAEST---EDAP--LDFHRVLHNSLGNISMLPCSSF .. : :. .: ::.. . :.. : : .:.: :..:: .: ... KIAA16 --LQKYARPSSAFAPKSWMEDSLNRADNIFPFPDRPRTFDMHS-LESSLIDIMRAENDTI 350 360 370 380 390 400 660 670 680 690 700 710 FLJ003 TPNWPVQNPDSRKSGGPVAEQGIDPDASTVDEEGQLLDST-DVPCTNGHGSHRLCILRQP .: : ..... : :.: : :. : : .: :: . :. .: KIAA16 ---------KARTYGRRRGQSSLFPM-----EDGFLDDGRGDQPLHSGLGSPH-CFSHQN 410 420 430 440 720 730 740 750 760 770 FLJ003 PGQRAETPNSSVSGNILFPVLSEDCTTTEEGNQPGNMLNCSQNSSSSSVWWLKSPAFSSG :.:.: . .: . : : ..:: : KIAA16 -GERVERYSRKVFVGGLPPDIDEDEITASFRRFGPLIVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLF 450 460 470 480 490 500 >>FLJ00375 ( 708 res) sh07824 (708 aa) initn: 177 init1: 79 opt: 113 Z-score: 100.3 bits: 29.3 E(): 2.2 Smith-Waterman score: 113; 26.190% identity (50.000% similar) in 126 aa overlap (604-724:370-491) 580 590 600 610 620 630 FLJ003 AFEIIVEFPETNCDVKDRQGKEQGEEISERGAGPTFKASPSWVDPEGETAESTEDAPLDF : : .::.:. : : . : . 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FLJ003 LWAHQGPEGLVRPPPGLDLI-SFGAAGPPRREPEAP--PPPVPPKSEAVKEECRLLNAPP 400 410 420 430 440 450 700 710 720 730 740 FLJ003 VPCTNGHGSHRLCIL-----RQPPGQRAETPNSSVSGNILFPVLSEDCTTTEEGNQPGNM :: .:.:: :: : : : ...:.::.: FLJ003 VPPRGGNGSGRLSSSPPVPPRFPKLQPVHSPSSSLSYYSSGLQDGAGSRSGSGSPSPDTY 460 470 480 490 500 510 750 760 770 780 790 800 FLJ003 LNCSQNSSSSSVWWLKSPAFSSGSSEGDSPWSYLNSSGSSWVSLPGKMRKEILEARTLQP FLJ003 SLYCYPCTWGDCKEPVLEPFDPFELGQGSSPEPELLRSQEPRAVGTPGPGPPLSPLGPSK 520 530 540 550 560 570 >>KIAA1295 ( 550 res) fg01760 (550 aa) initn: 84 init1: 53 opt: 110 Z-score: 99.1 bits: 28.8 E(): 2.5 Smith-Waterman score: 111; 20.128% identity (46.467% similar) in 467 aa overlap (339-782:111-546) 310 320 330 340 350 360 FLJ003 KNEQKDAKTGVCITALKTEIKNIDTVSTTQEKPHCQRDTGISSSLMGKNVQRELRRGGRR . :: :.:. : :. . ::... 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KIAA12 LPMMPAKHIPPARDSRRPEPKPDKSRLF----------QLKNDMGLECGHKVLAK----E 200 210 220 230 240 490 500 510 520 530 FLJ003 LQEPNNDNLEPSQNQ-PQQQMPLTPFSP--HNTPGIFLAPGAGLLEGAPEGIQEVRNMGP ...:: . :... :... :: .: .. : . :. . :.: ..: KIAA12 VKKPNLRPISKSKTDLPEEKPDATPQNPFLKSRPQVRPKPAPSPKTEPPQGEDQVDIC-- 250 260 270 280 290 300 540 550 560 570 580 590 FLJ003 RNTSAHSRPSYRSASWSSDSGRPKNIGTHPSVQKEEAFEIIVEFPETNCDVKDRQGKEQG : .. ::. . . :. :. .: .. :: : ..:: ::..: KIAA12 -NLRSKLRPAKSQDKSLLDGEGPQAVGG-----QDVAFSRSFLPGEGPGRAQDRTGKQDG 310 320 330 340 350 600 610 620 630 640 650 FLJ003 ---EEISERGAGPTFKASPSWVDPEGETAE-STEDAPLDFHRVLHNSLGNISMLPCSSFT .::: : .: :. . :: .... ..:: . . :. :: KIAA12 LSPKEISCR--APPRPAKTT--DPVSKSVPVPLQEAPQQ-RPVVPPRRPPPPKKTSSSSR 360 370 380 390 400 410 660 670 680 690 700 FLJ003 PNWPVQNP-----DSRKSGGPVAEQGIDPDASTV--DEEGQLLDSTDVPCTNGHGSHRLC : :..: .:: . : . : :. . : :. . :. .. 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KIAA12 ENREKAAA-ASVPNADGLKDSLYVAVADFEGDKDTSSFQEGTVFEVREKNSSG--WWFCQ 480 490 500 510 520 770 780 790 800 810 820 FLJ003 PAFSSGSSEGDSPWSYLNSSGSSWVSLPGKMRKEILEARTLQPDDFEKLLAGVRHDWLFQ .. : :: : .:: KIAA12 VLSGAPSWEGWIPSNYLRKKP 530 540 550 >>KIAA2038 ( 917 res) pj01991 (917 aa) initn: 149 init1: 79 opt: 113 Z-score: 98.9 bits: 29.5 E(): 2.6 Smith-Waterman score: 118; 23.214% identity (49.554% similar) in 224 aa overlap (404-620:579-790) 380 390 400 410 420 430 FLJ003 DAFRVSLDQDVETETEPSDYSNDEGAVFNKSLSGSQTSSAWSNLSGFSSSASWEEVNYHV : ::: . : .. : . .: . . : KIAA20 VPPRFPKLQPVHSPSSSLSYYSSGLQDGAGSRSGSGSPSP-DTYSLYCYPCTWGDCK--V 550 560 570 580 590 600 440 450 460 470 480 490 FLJ003 DDRSARKEPGK--EHLVDTQCSTALSEELENDREGRAMHSLRSQLHDLSLQEPNNDNLEP . :.: :: .: : ::.: : ::: :: . .. . ..: KIAA20 GESSSRPAPGPLPSTTQPSQASRALTEPLS----GRAA-SLLGADTPVKTYHSCPPLFKP 610 620 630 640 650 660 500 510 520 530 540 550 FLJ003 SQNQPQQQM-PLTPFSPHNTPGIFLAPGAGLLEGAPEGIQEVRNMGPRNTSAHSRPSYRS :. ::... :. ..: . :. .:.:.: : : . :: . . . :. 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