# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -H -O./tmp/sh04977.fasta.huge -Q ../query/FLJ00364.ptfa ./tmplib.10216 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. 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KIAA01 GPS-PHMAQQHG-DPAT-TANNDVSLSQMMPDVS-IQQTNMVPPHVQAMQGNSASGNHFS 810 820 830 840 850 860 290 300 310 320 330 340 FLJ003 GNSVN-NIPAAMTHLGIRSSSGLQSSRSNPSIQATLNKTVLSSSLNNHPQTSVPNASALH :.... : : . . : . : : .::.. .. . :. : : : :... :: : KIAA01 GHGMSFNAPFSGAPNGNQMSCG-----QNPGFPVNKDVTLTSPLLVNLLQSDI---SAGH 870 880 890 900 910 350 360 370 380 FLJ003 PSLRLFSLSNPSLSTTNLSGPSRRRQPPV----------SPLTLSPGPE--------AHQ :...: . ..:: . : ....:: .: : : : ..: KIAA01 -----FGVNNKQ-NNTNANKP-KKKKPPRKKKNSQQDLNTPDTRPAGLEEADQPPLPGEQ 920 930 940 950 960 390 400 410 420 430 FLJ003 GFSRQLSSTSPLAP--------YPTSQMVSSDRSQLSFLPTEAQAQVSPPPPYPAPQELT :.: :....: : :: :: : .. :. .: . . .:.::: : ::. 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KIAA01 NPDSQRMPMQQSGSVPVMVSLQGPASVPPSPDKQRMPMPVNTPLGSNSRKMVYQESPQNP 1080 1090 1100 1110 1120 1130 550 560 570 580 590 FLJ003 NSA----LAGLPEVSLNVDTPFPLEEELQIEPLSLDGLNMLSDSSMGLLDPSVEETFRTD .:. .:.:::.: KIAA01 SSSPLAEMASLPEASGSEAPSVPGGPNNMPSHVVLPQNQLMMTGPKPGPSPLSATQGATP 1140 1150 1160 1170 1180 1190 >>KIAA2030 ( 1023 res) ef00583 (1023 aa) initn: 155 init1: 83 opt: 199 Z-score: 111.1 bits: 31.4 E(): 0.55 Smith-Waterman score: 204; 25.397% identity (52.063% similar) in 315 aa overlap (258-564:653-948) 230 240 250 260 270 280 FLJ003 DVGGGNAFPHNGQNLGLSPFLGTLNTGGSLPDLTNLHYSTPLPASLDTTDHHFGSMSVGN : . : ::: :.. . .: . : .: . 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KIAA20 PASRGSNLNSSGANRTSLSGGTGSGTQGATKPLSTPHR-PSTASGSSVVTASVQSTAGAS 850 860 870 880 890 900 530 540 550 560 570 FLJ003 SNCGSLPNTIL--PDSSTSLFKDLNSALAGLPEVSLNVDTPFPLEEELQIEPLSLDGLNM .. : :.. : : :. . :.:: :.. . :::: KIAA20 LLANASPLTLMTSPLSVTNQNVTPFGMLGGLVPVTMPFQ--FPLEIFGFGTDTAGVTTTS 910 920 930 940 950 960 580 590 600 FLJ003 LSDSSMGLLDPSVEETFRTDRL KIAA20 GSTSAAFHHSLTQNLLKGLQPGGAQHAATLSHSPLPAHLQQAFHDGGQSKGDTKLPRKSQ 970 980 990 1000 1010 1020 >>KIAA1930 ( 664 res) fj11193 (664 aa) initn: 82 init1: 54 opt: 191 Z-score: 109.4 bits: 30.4 E(): 0.67 Smith-Waterman score: 191; 26.316% identity (53.759% similar) in 266 aa overlap (236-491:12-266) 210 220 230 240 250 260 FLJ003 PLPKQLWETKEIQSLSGRPRSCDVGGGNAFPHNGQ-NLGLSPFLGTLNTGGSLPDLTNLH ::. : .:...::.: : .. . KIAA19 CHYHYPQCSKPPHSHYYRLHPKPIISTLTTTGPTLNIIGPV 10 20 30 40 270 280 290 300 310 320 FLJ003 YSTPLPA-SLDTTDHHFGSMS-VGNSVNNIPAAMTHLGIRSSSGLQSSRSNPSIQATLNK .: :. .. . : .: . ...: .. :.. :: : : .. .:: .. : . KIAA19 QTTTSPTHTMPSPTHTTASPTHTSTSPTHTPTSPTHK--TSMSPPTTTSPTPSGMG-LVQ 50 60 70 80 90 330 340 350 360 370 380 FLJ003 TVLSSSLNNHPQTSVPNASALHPSLRLFSLSNPSLSTTNLSGPSRRRQPPVSPLTLSP-G :. : . :: :: :. . : : : :. :: ..::.::.. .: . : . KIAA19 TATSPT---HPTTS-PTHPTTSPILINVSPST-SLELATLSSPSKHSDPTLPGTDSLPCS 100 110 120 130 140 150 390 400 410 420 430 FLJ003 PEAHQGFSRQLSSTSPLAPYPTSQMVSSDRSQLSFLPTEAQAQV-----SPPPPYPAPQE : . .... : . .: .:.: : :: . : : ... : .: :: ::::. KIAA19 PPVSNSYT-QADPMAPRTPHP-SPAHSSRKPLTSPAPDPSESTVQSLSPTPSPPTPAPQH 160 170 180 190 200 210 440 450 460 470 480 490 FLJ003 LTQPLLQQPRAPEAPAQQPQAASSLPQSDFQLLPAQGSSLTNFFPDV-GFDQQSMRPGPA : . ..: : .. :: .. :. : .. . ::.. :..:. : KIAA19 SDLCLAMAVQTPVPTAAGGSGDRSLEEALGALMAAL-DDYRGQFPELQGLEQEVTRLESL 220 230 240 250 260 270 500 510 520 530 540 550 FLJ003 FPQQVPLVQQGSRELQDSFHLRPSPYSNCGSLPNTILPDSSTSLFKDLNSALAGLPEVSL KIAA19 LMRQGLTRSRASSLSITVEHALESFSFLNEDEDEDNDVPGDRPPSSPEAGAEDSIDSPSA 280 290 300 310 320 330 >>KIAA0579 ( 910 res) bg00015 (910 aa) initn: 141 init1: 62 opt: 193 Z-score: 108.9 bits: 30.8 E(): 0.72 Smith-Waterman score: 193; 25.225% identity (49.249% similar) in 333 aa overlap (228-549:522-842) 200 210 220 230 240 250 FLJ003 ENLLNVPKPLPKQLWETKEIQSLSGRPRSCDVGGGNAFPHNG-QNL-GLSPFLGTLNTGG :: ..: ::. : : ::: . : . KIAA05 HSLLSLEERNKGSGPRSSMKVDKSFGSAMMDVLPASA-PHQPVQVLSGLSESSSMSPTVS 500 510 520 530 540 550 260 270 280 290 300 310 FLJ003 SLPDLTNLHYSTPLPASLDTTDHHFGSMSVGNSVNNIPAAMTHLGIRSSSGLQSSRSNPS : .: :: : : :... . ....... :... : . : : : : :. KIAA05 FGPRTKVVHAST-LDRVLKTAQQPALVVETSTAATGTPSTVLH-AARPPIKLLLSSSVPA 560 570 580 590 600 320 330 340 350 360 370 FLJ003 IQATLNKTVLSSSLNNHPQTSVPNASALHPSLRLFSLSNPSLSTTNLSG-PSRRRQPPVS .: ..: : :. : ::: : ..: :.. .: ... . .:. : : KIAA05 DSAISGQT----SCPNNVQISVPPA-IINPRTALYT-ANTKVAFSAMSSMPVGPLQGGFC 610 620 630 640 650 660 380 390 400 410 420 430 FLJ003 PLTLSPGPEAHQGFSRQLSSTSPLAPYPTSQMVSSDRSQLSFLPTEAQAQVSPPPPYPAP . . .: .: . : .: : : :.:. . :. . :: . . . . : : KIAA05 ANSNTASPSSHPSTSFANMATLPSCPAPSSSPALSSVPESSFYSSSGGGGSTGNIPASNP 670 680 690 700 710 720 440 450 460 470 480 490 FLJ003 QELTQPLLQQPRAPEAPAQQPQAA---SSLPQSDFQLLPAQGSSLTNFFPDVGFDQQSMR .. . ::: :: :: : . .: : . : .:.: :. :. KIAA05 NHHHHHHHQQPPAPPQPAPPPPGCIVCTSCGCSGSCGSSGLTVSYANYFQH-PFSGPSVF 730 740 750 760 770 780 500 510 520 530 540 FLJ003 PGPAFPQQVPLVQQGSRELQD-----SFHLRPSPYSNCGSLPNTILPDSSTSLFKDLNSA : .: . :. ..: :. .: . .:::. :. :. .: .:: ... KIAA05 TFPFLPFS-PMCSSGYVSAQQYGGGSTFPVVHAPYSSSGT-PDPVLSGQSTFAVPPMQNF 790 800 810 820 830 550 560 570 580 590 600 FLJ003 LAGLPEVSLNVDTPFPLEEELQIEPLSLDGLNMLSDSSMGLLDPSVEETFRTDRL .:: KIAA05 MAGTAGVYQTQGLVGSSNGSSHKKSGNLSCYNCGATGHRAQDCKQPSMDFNRPGTFRLKY 840 850 860 870 880 890 >>KIAA1587 ( 991 res) fj08327 (991 aa) initn: 108 init1: 53 opt: 170 Z-score: 98.1 bits: 28.9 E(): 2.9 Smith-Waterman score: 176; 24.745% identity (49.490% similar) in 392 aa overlap (212-585:59-414) 190 200 210 220 230 FLJ003 NNGHGEVASFPGPLKEENLLNVPKPLPKQLWETKEIQSLSGRPRSCDVGGGNAF--PHNG : . . : : :: :... : .. 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KIAA15 QILQGLCASEGP--STSVLPT-SAEGPSTFVPPTISEASSASGQPTISEGPGTSVLPTPS 90 100 110 120 130 140 300 310 320 330 340 350 FLJ003 THLGIRS----SSGLQSSRSNPSIQATLNKTVLSSSLNNHPQTSVPNASALHPSLRLFSL :. . :.:: .: . . .. .. .:: ..:.:::: ... :: : KIAA15 EGLSTSGPPTISKGLCTSVTLAASEGRNTSRPPTSS--EEPSTSVPPTASEVPSTSLPPT 150 160 170 180 190 200 360 370 380 390 400 FLJ003 SNPSLST----TNLSGPSRRR--QPPVSPLT-LSPGPEAHQGFSRQLSSTSPLAPYPTSQ . . :: : ::: : .: : . : : : : :..: :. :: KIAA15 PGEGTSTSVPPTAYEGPSTSVVPTPDEGPSTSVLPTPGEGPGTSVPLAATEGLS---TSV 210 220 230 240 250 410 420 430 440 450 460 FLJ003 MVSSDRSQLSFLPTEAQAQVSPPPPYPAPQELTQPLLQQPRAP-EAPAQQPQAASSLPQS ... :.. . .: : .: : : : . : . : .: :.:. . :.: :: KIAA15 QATPDEGPSTSVPPTATEGLSTPVP---PTRDEGPSTSVPATPGEGPSTSVLPAASDGQS 260 270 280 290 300 310 470 480 490 500 510 520 FLJ003 DFQLLPAQGSSLTNFFPDVGFDQQSMRPGPAFPQQVPLVQQGSRELQDSFHLRPSPYSNC ..:.:..:.. .. : .. . : . : : . .:: : . :.: KIAA15 -ISLVPTRGKGSSTSVPPTATE------GLSTSVQ-PTAGEGS-----STSVPPTP---G 320 330 340 350 530 540 550 560 570 580 FLJ003 GSLPNTILPDSSTSLFKDLNSALAGLPEVSLNVDTPFPLEE-ELQIEPLSLDGLNMLSDS :.: ... : .. : .. . . : .:. :.: : .. : . :: ::. KIAA15 GGLSTSVPPTATEELSTSVPPTPGEGPSTSV---LPIPGEGLSTSVPPTASDG----SDT 360 370 380 390 400 410 590 600 FLJ003 SMGLLDPSVEETFRTDRL :. KIAA15 SVPPTPGEGASTLVQPTAPDGPGSSVLPNPGEGPSTLFSSSASVDRNPSKCSLVLPSPRV 420 430 440 450 460 470 >>KIAA0346 ( 1682 res) hg01508s1 (1682 aa) initn: 169 init1: 63 opt: 174 Z-score: 97.5 bits: 29.6 E(): 3.1 Smith-Waterman score: 189; 32.227% identity (47.867% similar) in 211 aa overlap (364-547:510-706) 340 350 360 370 380 390 FLJ003 QTSVPNASALHPSLRLFSLSNPSLSTTNLSGPSRRRQPPVSPLTLSPGPEAHQGFS--RQ :: : ::. :: : . :: : KIAA03 PPPPAWLKGPACRAAREDGEILEELFFGTEGPPRPAPPPLPHREGFLGPPASR-FSVGTQ 480 490 500 510 520 530 400 410 420 430 440 450 FLJ003 LSSTSPLAPYPTSQMVSSDRSQLSFLPTEAQAQVS-PPPPYPAPQELTQPLLQQPRAPEA : : : : ::.. .:. .. : :. . :: ::::: : . .:: :: : . KIAA03 DSHTPPTPPTPTTSSSNSNSGSHSSSPA---GPVSFPPPPYLARS--IDPL---PR-PPS 540 550 560 570 580 460 470 480 490 FLJ003 PAQQPQAASSLPQSDFQLLPAQGSS----LTNFF-------PDVGFDQQS-MRPGPA--- :::.:: .: . . : :: :: .. : : :.: . . ::: KIAA03 PAQNPQDPPLVPLT-LALPPAPPSSCHQNTSGSFRRPESPRPRVSFPKTPEVGPGPPPGP 590 600 610 620 630 640 500 510 520 530 540 FLJ003 ---FPQQVPLVQQGSRELQDS----FHLRPSPYSNCGSLPNT--ILPDSSTSLFKDLNSA :: :: : :: : . :.: . : ::::. ....: :. . KIAA03 LSKAPQPVP---PGVGELPARGPRLFDFPPTPLEDQFEEPAEFKILPDGLANIMKMLDES 650 660 670 680 690 700 550 560 570 580 590 600 FLJ003 LAGLPEVSLNVDTPFPLEEELQIEPLSLDGLNMLSDSSMGLLDPSVEETFRTDRL . KIAA03 IRKEEEQQQHEAGVAPQPPLKEPFASLQSPFPTDTAPTTTAPAVAVTTTTTTTTTTTATQ 710 720 730 740 750 760 >>KIAA0618 ( 1052 res) hg03971 (1052 aa) initn: 134 init1: 58 opt: 167 Z-score: 96.5 bits: 28.7 E(): 3.6 Smith-Waterman score: 181; 23.047% identity (49.609% similar) in 512 aa overlap (17-503:337-806) 10 20 30 40 FLJ003 EDRAAHAETGRGDAGLRAAHDRPHPVAGSISEASATAPYTVPWRIL .: .:. ...:..: : : : : . KIAA06 LTLPPPPQLGYSITAEDLDLEKKASLQWFNQALEDKSDAASNSVTE---TPPITQP--SF 310 320 330 340 350 360 50 60 70 80 90 100 FLJ003 TKCEPAAEQCVRVSAVISQADNVRGTRHHGLVERPSRNRFHPLHRRSGDKPGRQFDGSAF : ::: ..... . : . . :: . : . .: . .. KIAA06 TFTLPAAAPASPPTSLLAPSTNPLLESLKKMQTPPS---LPPCPESAGAATTEALSPPKT 370 380 390 400 410 110 120 130 140 150 FLJ003 GANYSSQPLDESWPRQQ-P-PWKDEKHPGFRL-----TSALNRTNSDSALHTSA-LSTKP . :..: : : : : : : : : . :.. . .: .::: KIAA06 PSLLPPLGLSQSGPPGLLPSPSFDSKPPTTLLGLIPAPSMVPATDTKAPPTLQAETATKP 420 430 440 450 460 470 160 170 180 190 200 210 FLJ003 QDPYGGGGQSAWPAPYMGFCDGENNGHGEVASFPGPLKEENLLNVPKPL----PKQLWET : . .. ::: ..: : .: . :. . .. ::. ::. KIAA06 Q-----ATSAPSPAPKQSFLFGTQNTSPSSPAAPAASSAPPMF---KPIFTAPPKS---E 480 490 500 510 520 220 230 240 250 260 270 FLJ003 KEIQSLSGRPRSCDVGGGNAFPHNGQNLG--LSPFLGTLNTGGSLPDLTNLHYSTPLPAS :: . : . . .....: . .. . ..: ..... .:.: . . .: ::. KIAA06 KEGPTPPGPSVTATAPSSSSLPTTTSTTAPTFQPVFSSMGPPASVPLPAPFFKQTTTPAT 530 540 550 560 570 580 280 290 300 310 320 FLJ003 LDTTDHHF--GSMSVGNSVNNIPAAM--THLGIRSSSGLQ-SSRSNPSIQATLNKTVLSS :: . : :. ..: : .: : . . . :. .: :. :...: . .. .: KIAA06 APTTTAPLFTGLASATSAVAPITSASPSTDSASKPAFGFGINSVSSSSVSTTTSTATAAS 590 600 610 620 630 640 330 340 350 360 370 380 FLJ003 S--LNNHPQTSVPNASALHPSL-RLFSLSNP-SLSTTNLSGPSRRRQPPVSPLTLSPGPE . : . ::.: :... :.. .:....: .: ::. . . : . : . KIAA06 QPFLFGAPQAS---AASFTPAMGSIFQFGKPPALPTTTTVTTFSQSLHTAVPTATSSSAA 650 660 670 680 690 700 390 400 410 420 430 440 FLJ003 AHQGFSRQLSSTSP-LAPYPTSQMVSSDRSQLSF-LPTEAQAQVSPPPPYPAPQELTQPL .::. :....: . :: .. :. : .: .: ..:. :: : ::. ..: KIAA06 DFSGFGSTLATSAPATSSQPT--LTFSNTSTPTFNIPFGSSAK-SPLPSYPG----ANP- 710 720 730 740 750 450 460 470 480 490 500 FLJ003 LQQPRAPEAPAQQPQAASSLPQSDFQLLPAQGSSLTNFFPDVGFDQQSMRPGPAFPQQVP :: : .: : ::. : : :. :::.: : . . . : :: :... KIAA06 --QPAFGAAEGQPPGAAK--PA----LAPSFGSSFT--FGNSA--APAAAPTPAPPSMIK 760 770 780 790 800 510 520 530 540 550 560 FLJ003 LVQQGSRELQDSFHLRPSPYSNCGSLPNTILPDSSTSLFKDLNSALAGLPEVSLNVDTPF .: KIAA06 VVPAYVPTPIHPIFGGATHSAFGLKATASAFGAPASSQPAFGGSTAVFFGAATSSGFGAT 810 820 830 840 850 860 >>KIAA1887 ( 967 res) fk02232 (967 aa) initn: 99 init1: 58 opt: 164 Z-score: 95.5 bits: 28.4 E(): 4 Smith-Waterman score: 182; 24.593% identity (45.389% similar) in 553 aa overlap (5-508:312-821) 10 20 FLJ003 EDRAAHAETGRGDAGLRAAHDRPH---------- :.: .. ...:: .. ::. KIAA18 FLASSLLSAAAKAQHPPLPPPSTLQGRRPRAQAPSASHSSSLRPSQRRPRRPPTVFRLLE 290 300 310 320 330 340 30 40 50 60 70 FLJ003 ---PVAGSISEASATAPYTVPWRILTKCEPAAEQCVRVSAVI----SQAD---NVRGTRH : . :. : :: :. . .: . . . .. :..: :. :. KIAA18 GRGPQTPRRSRPRAPAPVPQPFSLPEPSQPILPSVLSLLGLPTPGPSHSDGSFNLLGSDA 350 360 370 380 390 400 80 90 100 110 120 130 FLJ003 HGLVERPSRNRFHPLHRRSGDKPGRQFDGSAFGANYSSQPLDESWPRQQPPWKDEKHPGF : : :. . : . : .:. . :.. :. :: : . : :: : : KIAA18 H-LPPPPTLSSGSPPQPRHPIQPS--LPGTTSGS-LSSVP---GAP--APP-AASKAP-- 410 420 430 440 140 150 160 170 180 190 FLJ003 RLTSALNRTNSDSALHTSALSTKPQDPYGGGGQSAWPAPYMGFCDGENNGHGEVASFPGP . : . .. :.. : .: . : : .:: .:.: .:. .: : ::: KIAA18 VVPSPVLQSPSEG-LGMGAGPACPLPPLAGGEAFPFPSPEQGLA---LSGAG----FPGM 450 460 470 480 490 500 200 210 220 230 240 FLJ003 LKEENL-LNVPKPLPKQLWETKEIQSLSG---RPRSCDV---GGGNAFPHN-GQNLG--- : : :.. .: :. : . . . :.: .: . :: . : :. : KIAA18 LGALPLPLSLGQPPPSPLLNHSLFGVLTGGGGQPPPEPLLPPPGGPGPPLAPGEPEGPSL 510 520 530 540 550 560 250 260 270 280 290 FLJ003 -----LSPFLGTLNTGGSLPDLTNLHYSTPLPASLDTTDHHFGSMSVGNSVNNIPAAMTH : : . : : : . : :: : :. :: ... .. : .. KIAA18 LVASLLPPPPSDLLPPPSAPPSNLLASFLPLLALGPTAGDGEGSAEGAGGPSGEP--FSG 570 580 590 600 610 300 310 320 330 340 350 FLJ003 LGIRSSSGLQSSRSNPSIQATLNKTVLSSSLN----NHPQTSVPNASALHP--SLRLFSL :: : : : : .::...:...:. . :: : .: : : . KIAA18 LG-DLSPLLFPPLSAPPTLIALNSALLAATLDPPSGTPPQPCVLSAPQPGPPTSSVTTAT 620 630 640 650 660 670 360 370 380 390 400 FLJ003 SNPSLSTTNLSGPSRRRQPP--VSPLTLSPGPEAHQGFSRQLSSTSPLAPY--PTSQMVS ..:. :. . ..:: .:: .::: : .: :: . : : . ..: KIAA18 TDPGASSLG-KAPSNSGRPPQLLSPLL---GASLLGDLSSLTSSPGALPSLLQPPGPLLS 680 690 700 710 720 730 410 420 430 440 450 460 FLJ003 SDRSQLSFLPTEAQAQVSPPPPYPAPQELT---QPLLQQPRAPEAPAQQPQAASSLPQSD .. . :..:: . .::: : . :. : : :. :::: :.. : : KIAA18 GQLG-LQLLPGGG----APPPLSEASSPLACLLQSLQIPPEQPEAPCLPPES----PASA 740 750 760 770 780 470 480 490 500 510 520 FLJ003 FQLLPAQGSSLTNFFPDVGFDQQSMRPGPAFPQQVPLVQQGSRELQDSFHLRPSPYSNCG .. ::. :. . : : : : :. . .:.: KIAA18 LEPEPAR-PPLSALAPPHG------SPDPPVPELLTGRGSGKRGRRGGGGLRGINGEARP 790 800 810 820 830 530 540 550 560 570 580 FLJ003 SLPNTILPDSSTSLFKDLNSALAGLPEVSLNVDTPFPLEEELQIEPLSLDGLNMLSDSSM KIAA18 ARGRKPGSRREPGRLALKWGTRGGFNGQMERSPRRTHHWQHNGELAEGGAEPKDPPPPGP 840 850 860 870 880 890 601 residues in 1 query sequences 2210393 residues in 2457 library sequences Tcomplib [34.26] (2 proc) start: Fri Feb 27 11:01:54 2009 done: Fri Feb 27 11:01:54 2009 Total Scan time: 0.640 Total Display time: 0.200 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]