# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -H -O./tmp/sh07824.fasta.huge -Q ../query/FLJ00375.ptfa ./tmplib.10216 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 FLJ00375, 708 aa vs ./tmplib.10216 library 2210286 residues in 2457 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2364+/-0.00837; mu= -4.2048+/- 0.557 mean_var=545.7339+/-127.228, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.054901 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2457) KIAA2038 ( 917 res) pj01991 ( 917) 3329 278.6 2.1e-75 KIAA0865 ( 1900 res) hk06640y1 (1900) 227 33.4 0.29 KIAA0754 ( 1174 res) hh06485 (1174) 192 30.3 1.5 KIAA1471 ( 1421 res) fj02383s1 (1421) 193 30.5 1.6 KIAA0749 ( 678 res) hk04328 ( 678) 185 29.4 1.7 KIAA1522 ( 1044 res) fh14706(revised) (1044) 188 29.9 1.8 KIAA0900 ( 503 res) hk09606s1 ( 503) 180 28.8 1.8 KIAA0079 ( 1102 res) ha03543 (1102) 183 29.6 2.4 KIAA1887 ( 967 res) fk02232 ( 967) 181 29.3 2.5 KIAA0482 ( 1332 res) hj01880 (1332) 182 29.6 2.9 KIAA1543 ( 917 res) hh05613a ( 917) 178 29.0 2.9 KIAA1357 ( 836 res) fj01906 ( 836) 176 28.8 3.1 KIAA0181 ( 2079 res) ha02522s1 (2079) 184 30.0 3.3 KIAA1491 ( 757 res) fj08187 ( 757) 172 28.4 3.6 FLJ00420 ( 613 res) sj09535 ( 613) 168 28.0 4 KIAA1172 ( 929 res) hj03919(revised) ( 929) 172 28.6 4 KIAA0691 ( 762 res) hk03735 ( 762) 168 28.1 4.5 KIAA0755 ( 1093 res) hk04532 (1093) 169 28.4 5.2 KIAA1856 ( 1134 res) fh03203 (1134) 168 28.4 5.6 FLJ00353 ( 1766 res) sh01144 (1766) 172 29.0 5.8 FLJ00086 ( 399 res) as00086 ( 399) 154 26.6 6.8 KIAA1306 ( 1154 res) fh05845 (1154) 164 28.1 7.1 KIAA1760 ( 2219 res) af00030 (2219) 169 28.9 7.8 KIAA1355 ( 1189 res) fj01564 (1189) 162 27.9 8 KIAA1608 ( 872 res) fj20142 ( 872) 158 27.4 8.4 KIAA0722 ( 1066 res) hk02030s1 (1066) 160 27.7 8.4 FLJ00224 ( 896 res) sj06244 ( 896) 158 27.4 8.5 KIAA1205 ( 1217 res) fg03511a (1217) 161 27.9 8.6 KIAA0665 ( 760 res) hk02064 ( 760) 156 27.2 8.7 KIAA1727 ( 1130 res) pg00153 (1130) 160 27.7 8.7 KIAA1883 ( 1480 res) fh02249 (1480) 162 28.1 9.1 FLJ00056 ( 1310 res) as00056 (1310) 160 27.8 9.5 KIAA1986 ( 334 res) pg00636 ( 334) 146 25.9 9.5 KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 158 27.6 10 FLJ00128 ( 1546 res) sh01521 (1546) 160 27.9 10 KIAA0304 ( 2415 res) af07172 (2415) 164 28.5 11 KIAA0346 ( 1682 res) hg01508s1 (1682) 160 28.0 11 KIAA1249 ( 949 res) hh04184 ( 949) 154 27.2 11 KIAA1224 ( 997 res) fh02652 ( 997) 153 27.1 12 KIAA1935 ( 441 res) fk03135(revised) ( 441) 144 25.9 12 KIAA1029 ( 1015 res) fh00363 (1015) 151 27.0 13 KIAA1139 ( 1124 res) hk00330 (1124) 152 27.1 13 KIAA1818 ( 1157 res) hg00622 (1157) 152 27.1 14 KIAA1869 ( 935 res) hh01800 ( 935) 149 26.8 14 KIAA1762 ( 1460 res) fh27937(revised) (1460) 153 27.4 15 KIAA1902 ( 1112 res) hj04383 (1112) 150 26.9 15 KIAA1511 ( 1253 res) fg04486(revised) (1253) 151 27.1 15 KIAA1690 ( 482 res) fh27434 ( 482) 141 25.7 15 KIAA0170 ( 2090 res) ha02399 (2090) 156 27.8 15 KIAA0669 ( 825 res) hk02346 ( 825) 146 26.4 16 >>KIAA2038 ( 917 res) pj01991 (917 aa) initn: 3306 init1: 3306 opt: 3329 Z-score: 1446.9 bits: 278.6 E(): 2.1e-75 Smith-Waterman score: 4222; 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KIAA14 SPFPSSTGPGPHYLSGPLPPGTYSGPTQLIQPRAPGPHAMPVAPGPALYPAPAYTPELGL 820 830 840 850 860 870 380 390 400 410 420 FLJ003 V---SPDWAAAPEP-----AAPP-AEIPYEELWAHQGPE-GLVRPPPGLDLISFGAAGP- : ::. ... : ::: : .: .::: ... : . :. : : KIAA14 VPRSSPQHGVVSSPYVGVGPAPPVAGLPSAPPPQFSGPELAMAVRPATTTVDSIQAPIPS 880 890 900 910 920 930 430 440 450 460 470 FLJ003 ---PRREPE-APPPP---VPPKSEAVKEECRLLNAP-PVPPRGGNGSGRLSSSPPVPPRF :: .: ::::: ::: . .: :.: . .:: . .. :.: KIAA14 HTAPRPNPTPAPPPPCFPVPPPQPLPTPYTYPAGAKQPIPAQHHFSSG-IPTGFPAPRIG 940 950 960 970 980 990 480 490 500 510 520 530 FLJ003 PKLQPVHSPSSSLSYYSSGLQDGAGSRSGSGSPSPDTYSLYCYPCTWGDCKEP-VL-EPF :. :: .: : .. . :. . : :.. .: . .: :: .: KIAA14 PQPQPHPQPHPSQAFGPQPPQQPLPLQHPHLFP-PQAPGLLPPQSPYPYAPQPGVLGQPP 1000 1010 1020 1030 1040 540 550 560 570 580 590 FLJ003 DPFELGQGSSPEPELLRSQEPRAVGTPGPGPPLSPLGPSKAFEPEGLVLHQVPTPLSPAA :.. .: . : .. :. :.:::: : : :. : . . : .: . KIAA14 PPLHTQLYPGPAQDPLPAHSG-ALPFPSPGPPQPP-HPPLAYGPAPSTRPMGPQA-APLT 1050 1060 1070 1080 1090 1100 600 610 620 630 640 650 FLJ003 LQGPEAGGALFLTQGRLEGPPASPRDGATGFGVRDASSWQPPADLSALSLEEVSRSLGFI ..:: ..: . . .: :: : . : .. :: KIAA14 IRGPSSAGQSTPSPHLVPSPAPSPGPGPV--PPRPPAAEPPPCLRRGAAAADLLSSSPES 1110 1120 1130 1140 1150 1160 660 670 680 690 700 FLJ003 GLSEDVVSFFARERIDGSIFVQLSEDILADDFHLTKLQVKKIIQFIKGWRPKI KIAA14 QHGGTQSPGGGQPLLQPTKVDAAEGRRPQALRLIERDPYEHPERLRQLQQELEAFRGQLG 1170 1180 1190 1200 1210 1220 >>KIAA0749 ( 678 res) hk04328 (678 aa) initn: 163 init1: 65 opt: 185 Z-score: 102.4 bits: 29.4 E(): 1.7 Smith-Waterman score: 196; 29.885% identity (48.659% similar) in 261 aa overlap (351-602:117-341) 330 340 350 360 370 380 FLJ003 PDEYSTAVREAPAELAEDCASPRRARLCLPAPRAPGLARAPGPLAPAPAGEGDREYVSPD :::. :: :.:: : : ..: KIAA07 REAKETERKRRKAGGARRSPPGRPRPEPRNAPRVAQLAGLPAPLRP--------ERLAP- 90 100 110 120 130 390 400 410 420 430 FLJ003 WAAAPEPAAPPAEIPYEELWAHQGPEGLVRP-PPGLD--LISFGAAGP-PRREPEAPPPP . ::.:.: : : :: :: : :: ::. . :. :.:: :::. . ::: KIAA07 VGRAPRPSAQPQSDPGSA-WA--GPWGGRRPGPPSYEAHLLLRGSAGTAPRRRWDRPPPY 140 150 160 170 180 190 440 450 460 470 480 490 FLJ003 V-PPKSEAVKEECRLLNAPPVPPRGGNGSGRLSSSPPVPPRFP---KLQPVHSPSSSLSY : ::. :. . : :.. : ::.. ::.: . : . . .: . KIAA07 VAPPSYEGPH---RTLGTKRGP---GNSQVPTSSAPAATPARTDGGRTKKRLDPRIYRDV 200 210 220 230 240 500 510 520 530 540 550 FLJ003 YSS-GLQDGAGSRSGSGSPSPDTYSLYCYPCTWGDCKEPVLEPFDPFELGQGSSPEPELL .. ::..: : .:: : . : : : . .:..::. .: KIAA07 LGAWGLRQGQGLLGGS----PGCGAARARPEPGKGVVEKSL-GLAAADLNSGSDSHP--- 250 260 270 280 290 300 560 570 580 590 600 610 FLJ003 RSQEPRAVGTPGPGPPLSPLGPSKAFEPEGLVLHQVPTPLSPAALQGPEAGGALFLTQGR . .:.:. : ..: : . : : . : :.: : :.: . : KIAA07 ---QAKATGSAGT--EIAPAGSATA-AP--CAPH--PAPRSRHHLKGSREGKEGEQIWFP 310 320 330 340 350 620 630 640 650 660 670 FLJ003 LEGPPASPRDGATGFGVRDASSWQPPADLSALSLEEVSRSLGFIGLSEDVVSFFARERID KIAA07 KCWIPSPKKQPPRHSQTLPRPWAPGGTGWRESLGLGEGAGPETLEGWKATRRAHTLPRSS 360 370 380 390 400 410 >>KIAA1522 ( 1044 res) fh14706(revised) (1044 aa) initn: 127 init1: 90 opt: 188 Z-score: 101.8 bits: 29.9 E(): 1.8 Smith-Waterman score: 238; 25.948% identity (47.230% similar) in 343 aa overlap (313-620:582-911) 290 300 310 320 330 340 FLJ003 LLLTDTPRFALPQGLLAGDPRVERLVRDSASYCRERFDPDEYSTAVREAPAELAEDCASP : : :: . . . . :.. . : KIAA15 PASPGKAQPPKPERVTSLRSPGASVSSSLTSLCSSSSDPAPSDRSGPQILTPLGDRFVIP 560 570 580 590 600 610 350 360 370 380 390 FLJ003 RRARLCLPAPRAPGLARAPGPLAPA---PA---GEGDREYVSPDWAAAPEPAAPP-AEIP . .. : :. :.:.: ::: :: : . .::. .:. . : : : KIAA15 PHPKVPAPFSPPPSKPRSPNPAAPALAAPAVVPGPVSTTDASPQSPPTPQTTLTPLQESP 620 630 640 650 660 670 400 410 420 430 440 450 FLJ003 YEELWAHQGPEGLVRPPPGLDLISFGAAGPPRREPEAPPPPVPPKSEAVKEECRLLNAPP . :.: ::: :. :: ..::. .: ::...: . : :: KIAA15 V--ISKDQSPPP--SPPP-----SYHPPPPPTKKPEVVVE-APSASETAEEPLQDPNWPP 680 690 700 710 720 460 470 480 490 500 FLJ003 VPPRGGNGSG-RLSSSPPVPPRFPKL---QPVHSPSSSLSYYSSGLQDGAGSRS----GS :: . . . ... :: : .. .:. .::.: :: ..... . KIAA15 PPPPAPEEQDLSMADFPPPEEAFFSVASPEPA-GPSGSPELVSSPAASSSSATALQIQPP 730 740 750 760 770 780 510 520 530 540 550 FLJ003 GSPSPDTYSLYCYPCTWGDCKEPVLEPFDPFELGQGSSPE----------PELLRSQEPR :::.: : . . . : .: ..:..: : ::. . : KIAA15 GSPDPPPAPPAPAPASSAPGHVAKLPQKEPVGCSKGGGPPREDVGAPLVTPSLLQMVRLR 790 800 810 820 830 840 560 570 580 590 600 FLJ003 AVGTPGPGPPLSPLGPSKAFEPEGLVLHQVPTPLSPAALQGPEAGGALF---------LT .::.:: : : :::: .: .: .:. :: .: .:. : :. KIAA15 SVGAPG-GAPTPALGPSAPQKPLRRALSGRASPV-PAPSSGLHAAVRLKACSLAASEGLS 850 860 870 880 890 610 620 630 640 650 660 FLJ003 QGRLEGPP-ASPRDGATGFGVRDASSWQPPADLSALSLEEVSRSLGFIGLSEDVVSFFAR ... .::: : :: KIAA15 SAQPNGPPEAEPRPPQSPASTASFIFSKGSRKLQLERPVSPETQADLQRNLVAELRSISE 900 910 920 930 940 950 >>KIAA0900 ( 503 res) hk09606s1 (503 aa) initn: 161 init1: 110 opt: 180 Z-score: 101.6 bits: 28.8 E(): 1.8 Smith-Waterman score: 190; 33.108% identity (46.622% similar) in 148 aa overlap (350-488:309-439) 320 330 340 350 360 370 FLJ003 DPDEYSTAVREAPAELAEDCASPRRARLCLPAPRAPGLARAPGPLAPAPAGEGDREYVSP : :.:: ..: .:.::: : . . KIAA09 ASQAAEHEYRPPSASARHMALNRPQQPPPPPPPQAPEGSQASAPMAPADYGMLPAQIIEY 280 290 300 310 320 330 380 390 400 410 420 430 FLJ003 DWAAAPEPAAPPAEIPYEELWAHQGPEGLVRPPPGLDLISFGAAGPPRREPE------AP ..: : :: :: . : .: . :: : :.::. : :: KIAA09 YNPSGPPPPPPPPVIPSAQT-AFVSPLQMPMQPPFPASASSTHAAPPH-PPSTGLLVTAP 340 350 360 370 380 390 440 450 460 470 480 490 FLJ003 PPPVPPKSEAVKEECRLLNAPPVPPRGGNGSGRLSSSP-PVPP--RFPKLQPVHSPSSSL ::: :: :: :: : ::. ::::: :: . . .:.. : : KIAA09 PPPGPPPP------------PPGPP--GPGSS-LSSSPMHGPPVAEAKRQEPAQPPISDA 400 410 420 430 440 500 510 520 530 540 550 FLJ003 SYYSSGLQDGAGSRSGSGSPSPDTYSLYCYPCTWGDCKEPVLEPFDPFELGQGSSPEPEL KIAA09 RSDLLAAIRMGIQLKKVQEQREQEAKREPVGNDVATILSRRIAVEYSDSDDDSEFDENDW 450 460 470 480 490 500 >>KIAA0079 ( 1102 res) ha03543 (1102 aa) initn: 111 init1: 80 opt: 183 Z-score: 99.4 bits: 29.6 E(): 2.4 Smith-Waterman score: 183; 25.632% identity (46.570% similar) in 277 aa overlap (355-616:57-321) 330 340 350 360 370 380 FLJ003 STAVREAPAELAEDCASPRRARLCLPAPRAPGLARAPGP-LAPAPAGEGDREYVSPDWAA :: ..: .. :: . : .: .. 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KIAA00 AQGHPGIQTPQRS-APSQASSFTPPASGGPRLPSMTGPLLPGQSFGGPSVSQPNHV-SSP 210 220 230 240 250 560 570 580 590 600 FLJ003 PRAV--GTPGPGPPLSPLGPSKAFEPEGLVLHQVPTPLSPAALQGPEA--GGALFL--TQ :.:. :: :: :.:: : .. . : .: . ..:: .::.. :: : KIAA00 PQALPPGTQMTGP-LGPLPPMHSPQQPGYQPQQNGS-FGPA--RGPQSNYGGPYPAAPTF 260 270 280 290 300 310 610 620 630 640 650 660 FLJ003 GRLEGPPASPRDGATGFGVRDASSWQPPADLSALSLEEVSRSLGFIGLSEDVVSFFARER : ::: KIAA00 GSQPGPPQPLPPKRLDPDAIPSPIQVIEDDRNNRGTEPFVTGVRGQVPPLVTTNFLVKDQ 320 330 340 350 360 370 >>KIAA1887 ( 967 res) fk02232 (967 aa) initn: 183 init1: 80 opt: 181 Z-score: 99.2 bits: 29.3 E(): 2.5 Smith-Waterman score: 287; 27.132% identity (45.736% similar) in 516 aa overlap (158-640:266-732) 130 140 150 160 170 180 FLJ003 CAKTTKERSRFTTLLRKLGRAGALAGVGGGGPASAGAAGGTGGGGARPVKGKMPCLICMN :: :.: . : :: : .. : KIAA18 LPPSNNLPAHPGPASQPPVSSATMHLPLVLGPL--GGAPTVEGPGAPPFLAS-SLLSAAA 240 250 260 270 280 290 190 200 210 220 230 240 FLJ003 HRTNESLSLPFQCQGRFSTRSPLELQMQEGEHT--VRAIIERVRLPVNV--LVPSRPPRN . . : : ::: : . : . :. .: .: : : .: :. .: :.. KIAA18 KAQHPPLPPPSTLQGR----RP-RAQAPSASHSSSLRPSQRRPRRPPTVFRLLEGRGPQT 300 310 320 330 340 250 260 270 280 290 FLJ003 PYDLHPVREGHCYKLVSIISKTV-VLGLALRREG---PAPLH----FLLLTDTPRFALPQ : .: . . :. . .: .: : :.: : : :: . .. : KIAA18 PRRSRPRAPAPVPQPFSLPEPSQPILPSVLSLLGLPTPGPSHSDGSFNLLGSDAHLPPPP 350 360 370 380 390 400 300 310 320 330 340 350 FLJ003 GLLAGDPRVERL-VRDSASYCRERFDPDEYSTAVREAPAELAEDCAS--PRRARLCLPAP : .:.: : .. : : : .. .:. : :: : : .: KIAA18 TLSSGSPPQPRHPIQPSL--------PGTTSGSLSSVPGAPAPPAASKAPVVPSPVLQSP 410 420 430 440 450 360 370 380 390 400 410 FLJ003 RAPGLARAPGPLAPAP--AGEGDREYVSPDWAAAPEPAAPPAEIPYEELWAHQGPEGLVR . ::. . :: : : :: . ::. . : :. :. : : : .: . KIAA18 -SEGLGMGAGPACPLPPLAGGEAFPFPSPEQGLALSGAGFPGM-----LGALPLPLSLGQ 460 470 480 490 500 510 420 430 440 450 460 FLJ003 PPPG--LDLISFGA----AGPPRREPEAPPP--PVPPKSEAVKEECRLLNAPPVPPRGGN :::. :. ::. .: : :: ::: : :: . . : :: : .:: .. 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KIAA18 GLGDLSPLLFPPLSAPPTLIALNSALLAATLDPPSGTPPQPCVLSAPQPGPPTSSV-TTA 620 630 640 650 660 670 580 590 600 610 620 630 FLJ003 AFEPEGLVLHQVPTPLS-PAALQGPEAGGALFLTQGRLEGPPASPRDGATGFGVRDASSW . .: . : ..:. . : : .: :..:. : : . .:: :: : KIAA18 TTDPGASSLGKAPSNSGRPPQLLSPLLGASLL---GDLSSLTSSP--GAL------PSLL 680 690 700 710 720 640 650 660 670 680 690 FLJ003 QPPADLSALSLEEVSRSLGFIGLSEDVVSFFARERIDGSIFVQLSEDILADDFHLTKLQV :::. : KIAA18 QPPGPLLSGQLGLQLLPGGGAPPPLSEASSPLACLLQSLQIPPEQPEAPCLPPESPASAL 730 740 750 760 770 780 >>KIAA0482 ( 1332 res) hj01880 (1332 aa) initn: 136 init1: 71 opt: 182 Z-score: 98.2 bits: 29.6 E(): 2.9 Smith-Waterman score: 182; 29.864% identity (47.964% similar) in 221 aa overlap (426-632:901-1113) 400 410 420 430 440 450 FLJ003 YEELWAHQGPEGLVRPPPGLDLISFGAAGPPRREPEAPPPPVPPKSEAVKEECRLLNAPP : : . : :.:: . . : KIAA04 PSRRHHCRSKAKRSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPV 880 890 900 910 920 930 460 470 480 490 500 FLJ003 VPPRGGNGSGRLSSSPP-VPPR-FPKLQPVHSPSSSL---SYY---SSGLQDGAGSRSGS :::: : .: ::: :: :. .: .: .: :. :: . . 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KIAA04 GPGSSAGPPPPSAEAAEPEAR-LAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGT-GSAAS 1050 1060 1070 1080 1090 1100 630 640 650 660 670 680 FLJ003 GATGFGVRDASSWQPPADLSALSLEEVSRSLGFIGLSEDVVSFFARERIDGSIFVQLSED :. : :. ..: KIAA04 GSLGSGLGSGSGSGSHEGGSTSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQ 1110 1120 1130 1140 1150 1160 708 residues in 1 query sequences 2210286 residues in 2457 library sequences Tcomplib [34.26] (2 proc) start: Fri Feb 27 11:02:17 2009 done: Fri Feb 27 11:02:18 2009 Total Scan time: 0.710 Total Display time: 0.210 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]