# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -H -O./tmp/sj07613.fasta.huge -Q ../query/FLJ00270.ptfa ./tmplib.10216 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 FLJ00270, 352 aa vs ./tmplib.10216 library 2210642 residues in 2457 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 2.9658+/-0.00341; mu= 22.7094+/- 0.231 mean_var=63.1642+/-13.756, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 15 in 1/39 Lambda= 0.161376 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2457) KIAA0768 ( 872 res) hk05006 ( 872) 385 98.7 1.4e-21 KIAA0279 ( 2854 res) ff05612 (2854) 358 93.3 2e-19 KIAA0786 ( 1021 res) hk05490 (1021) 326 85.1 2.1e-17 KIAA0821 ( 1566 res) hh02631 (1566) 326 85.4 2.6e-17 KIAA0812 ( 1364 res) hg01044 (1364) 296 78.3 3.1e-15 KIAA0550 ( 1524 res) hh15909 (1524) 276 73.8 8.2e-14 KIAA0686 ( 1200 res) fj02322 (1200) 270 72.2 1.9e-13 KIAA0758 ( 1370 res) hh15259 (1370) 264 70.9 5.4e-13 FLJ00170 ( 1310 res) sh07968 (1310) 193 54.3 5e-08 FLJ00046 ( 169 res) as00046 ( 169) 156 44.2 7.3e-06 FLJ00015 ( 307 res) as00015 ( 307) 156 44.6 9.7e-06 KIAA1879 ( 995 res) ah00647 ( 995) 137 41.1 0.00037 FLJ00165 ( 146 res) sh07210 ( 146) 95 29.9 0.13 KIAA1531 ( 1206 res) ph00937 (1206) 93 31.0 0.49 KIAA1828 ( 496 res) ha06249 ( 496) 88 29.2 0.71 KIAA1232 ( 520 res) fh08445 ( 520) 87 29.0 0.86 KIAA0383 ( 1781 res) hh00708s1 (1781) 89 30.4 1.1 KIAA1889 ( 505 res) fk02634 ( 505) 81 27.5 2.2 KIAA1943 ( 1054 res) fh10956 (1054) 83 28.6 2.3 KIAA1748 ( 758 res) pj02084 ( 758) 78 27.2 4.4 KIAA1144 ( 489 res) hj05565 ( 489) 73 25.7 8 KIAA0666 ( 1085 res) hk02075 (1085) 74 26.5 10 FLJ00158 ( 308 res) sh06588 ( 308) 70 24.6 10 FLJ00059 ( 477 res) as00059 ( 477) 71 25.2 11 KIAA1904 ( 821 res) af00058 ( 821) 72 25.8 12 KIAA0952 ( 539 res) hj05359 ( 539) 70 25.0 14 KIAA0493 ( 281 res) hh01176 ( 281) 68 24.1 14 FLJ00028 ( 91 res) as00028 ( 91) 64 22.3 15 FLJ00047 ( 81 res) as00047 ( 81) 63 22.0 17 FLJ00250 ( 332 res) sj08804 ( 332) 67 24.0 17 KIAA0848 ( 988 res) hk05607 ( 988) 70 25.5 18 KIAA0484 ( 97 res) hg00836 ( 97) 63 22.1 18 KIAA0381 ( 1114 res) ah04695 (1114) 70 25.6 19 FLJ00190 ( 521 res) sj02368 ( 521) 67 24.3 22 KIAA0990 ( 883 res) hk05454 ( 883) 68 24.9 24 KIAA0971 ( 665 res) hj06832 ( 665) 67 24.5 24 KIAA0321 ( 1542 res) hg00426 (1542) 69 25.6 26 KIAA0027 ( 418 res) fk03155 ( 418) 65 23.7 27 FLJ00396 ( 172 res) sj06426 ( 172) 62 22.3 28 KIAA2036 ( 1322 res) pf06513 (1322) 68 25.2 29 KIAA0428 ( 373 res) hh01409 ( 373) 64 23.4 30 KIAA0047 ( 268 res) ha01551 ( 268) 63 22.9 30 KIAA0889 ( 535 res) hk08008 ( 535) 65 23.9 30 KIAA0671 ( 537 res) hk02368 ( 537) 65 23.9 30 KIAA0068 ( 1271 res) ha01025 (1271) 67 25.0 33 KIAA1168 ( 1304 res) hk07410 (1304) 67 25.0 33 FLJ00114 ( 348 res) as00114 ( 348) 63 23.1 34 KIAA0859 ( 707 res) hk06485s1 ( 707) 65 24.1 34 KIAA0481 ( 732 res) hm00132 ( 732) 65 24.1 35 KIAA1342 ( 426 res) fj00418 ( 426) 63 23.2 37 >>KIAA0768 ( 872 res) hk05006 (872 aa) initn: 464 init1: 131 opt: 385 Z-score: 480.6 bits: 98.7 E(): 1.4e-21 Smith-Waterman score: 506; 32.362% identity (59.767% similar) in 343 aa overlap (5-335:222-536) 10 20 30 FLJ002 PSISTQEGYTLTCVFWKEGARKQPWGGWSPEGCR ..:... .: ::. . : . : :: .::: KIAA07 PVITAAINKEFSNKVYLADPVVFTVKHIKQSEENFNPNCSFWSYSKRTMT-GYWSTQGCR 200 210 220 230 240 250 40 50 60 70 80 90 FLJ002 TEQPSHSQVLCRCNHLTYFAVLM---QLSPALVPAELLAPLTYISLVGCSISIVASLITV ..... : ::::: ::::: ... . . .:: : :. :: .:.: :: . KIAA07 LLTTNKTHTTCSCNHLTNFAVLMAHVEVKHSDAVHDLL--LDVITWVGILLSLVCLLICI 260 270 280 290 300 100 110 120 130 140 150 FLJ002 LLHFHFRK-QSDSLTRIHMNLHASVLLLNIAFLLSPAFAMSPVPGSACTALAAALHYALL . :: ::: : :: :: :... .. ::.. . .:. ::...:: ::. .: KIAA07 FTFCFFRGLQSDRNT-IHKNLCISLFVAELLFLIGINRTDQPI---ACAVFAALLHFFFL 310 320 330 340 350 360 160 170 180 190 200 FLJ002 SCLTWMAIEGFNLYLLLGRVYNI-YIRRYVFKLGVLGWGAPALLVLLSLSVKSSVYGPCT . .::: .:: .::..: .:.. . :: : : .:.: :::.: .: .: :: KIAA07 AAFTWMFLEGVQLYIMLVEVFESEHSRRKYFYL--VGYGMPALIVAVSAAVDYRSYGT-- 370 380 390 400 410 420 210 220 230 240 250 260 FLJ002 IPVFDSWENGTGFQNMSICWVRSPVVHSVLVMGYGGLTSLFNLVVLAWALWTLRRLRERA :. .::.: . .: . : ..:.. :. ::. . ... : KIAA07 ----DK-----------VCWLRLDTYFIWSFIGPATLIIMLNVIFLGIALYKM--FHHTA 430 440 450 460 270 280 290 300 310 320 FLJ002 DAPSVRACHDTVT--VLG---LTVLLGTTWALAFFSFGVFLLPQLFLFTILNSLYGFFLF .: :.. :.: : ::: :::.... .. . . .::::.::: :.:.: KIAA07 ILKPESGCLDNIKSWVIGAIALLCLLGLTWAFGLMYINESTVIMAYLFTIFNSLQGMFIF 470 480 490 500 510 520 330 340 350 FLJ002 LWFC--SQRCRSEAEAKAQIEAFSSSQTTQ .. : ... :.: KIAA07 IFHCVLQKKVRKEYGKCLRTHCCSGKSTESSIGSGKTSGSRTPGRYSTGSQSRIRRMWND 530 540 550 560 570 580 >>KIAA0279 ( 2854 res) ff05612 (2854 aa) initn: 418 init1: 170 opt: 358 Z-score: 442.2 bits: 93.3 E(): 2e-19 Smith-Waterman score: 400; 29.969% identity (57.798% similar) in 327 aa overlap (3-325:2240-2538) 10 20 30 FLJ002 PSISTQEGYTLTCVFWKEGARKQPWGGWSPEG . :.: ::::... . :::: .: KIAA02 NTPVVSISVHDDEELLPRALDKPVTVQFRLLETEERTKPICVFWNHSILVSGTGGWSARG 2210 2220 2230 2240 2250 2260 40 50 60 70 80 90 FLJ002 CRTEQPSHSQVLCRCNHLTYFAVLMQLSPALVPAELLAPLTYISLVGCSISIVASLITVL :.. ..:.: :.:::.: :::::..: .:.: :: .. :. .....: :.: . KIAA02 CEVVFRNESHVSCQCNHMTSFAVLMDVSRRE-NGEIL-PLKTLTYVALGVTLAALLLTFF 2270 2280 2290 2300 2310 2320 100 110 120 130 140 150 FLJ002 LHFHFRKQSDSLTRIHMNLHASVLLLNIAFLLSPAFAMSPVPGSACTALAAALHYALLSC . .: .. :. :: :.. : ...:::. : : :::..: ::. : KIAA02 FLTLLRILRSNQHGIRRNLTAALGLAQLVFLLGINQADLPF---ACTVIAILLHFLYLCT 2330 2340 2350 2360 2370 2380 160 170 180 190 200 FLJ002 LTWMAIEGFNLYLLLGRVYNIYIRRYVFKLGVLGWGAPALLVLLSLSVKSSVYG-P--CT ..: .:...:: : .: .. . : .::::.::... :.... :: : : KIAA02 FSWALLEALHLYRALTEVRDVNTGPMRFYY-MLGWGVPAFITGLAVGLDPEGYGNPDFCW 2390 2400 2410 2420 2430 2440 210 220 230 240 250 260 FLJ002 IPVFDSWENGTGFQNMSICW-VRSPVVHSVLVMGYGGLTSLFNLVVLAWALWTLRRLRER . ..:. . : .::. .: . :.: .. : : . .: . KIAA02 LSIYDT-----------LIWSFAGPVAFAVSM-------SVFLYILAARASCAAQRQGFE 2450 2460 2470 2480 270 280 290 300 310 320 FLJ002 ADAPSVRACHDTVTVLGLTVLLGTTWALAFFSFGVFLLPQLFLFTILNSLYGFFLFLWFC .: : . . . .:: .::..:: ::..: . : .::. : . : :.:: KIAA02 KKGP-VSGLQPSFAVL---LLLSATWLLALLSVNSDTLLFHYLFATCNCIQGPFIFLSYV 2490 2500 2510 2520 2530 2540 330 340 350 FLJ002 SQRCRSEAEAKAQIEAFSSSQTTQ KIAA02 VLSKEVRKALKLACSRKPSPDPALTTKSTLTSSYNCPSPYADGRLYQPYGDSAGSLHSTS 2550 2560 2570 2580 2590 2600 >>KIAA0786 ( 1021 res) hk05490 (1021 aa) initn: 404 init1: 120 opt: 326 Z-score: 405.8 bits: 85.1 E(): 2.1e-17 Smith-Waterman score: 411; 28.448% identity (57.759% similar) in 348 aa overlap (1-335:338-656) 10 20 30 FLJ002 PSISTQEGYTLTCVFWKEGARKQPWGGWSP : :. .. .. .: ::. . : . : :: KIAA07 TIAVNSHVISVSINKESSRVYLTDPVLFTLPHIDPDNYFNANCSFWNYSERTM-MGYWST 310 320 330 340 350 360 40 50 60 70 80 FLJ002 EGCRTEQPSHSQVLCRCNHLTYFAVLM---QLSPALVPAELLAPLTYISLVGCSISIVAS .::. . ..... : :.::: ::.:: ... ::: :: :. :: ::.: KIAA07 QGCKLVDTNKTRTTCACSHLTNFAILMAHREIAYKDGVHELL--LTVITWVGIVISLVCL 370 380 390 400 410 420 90 100 110 120 130 140 FLJ002 LITVLLHFHFRK-QSDSLTRIHMNLHASVLLLNIAFLLSPAFAMSPVPGSACTALAAALH : .. :: ::: : :: :: .... .. ::.. . . :: .:. :: KIAA07 AICIFTFCFFRGLQSDRNT-IHKNLCINLFIAEFIFLIGIDKTKYAI---ACPIFAGLLH 430 440 450 460 470 480 150 160 170 180 190 200 FLJ002 YALLSCLTWMAIEGFNLYLLLGRVYNI-YIRRYVFKLGVLGWGAPALLVLLSLSVKSSVY . .:. ..:: .:: .:::.: .:.. : :. . : :. :: .: .: .. . : KIAA07 FFFLAAFAWMCLEGVQLYLMLVEVFESEYSRKKYYY--VAGYLFPATVVGVSAAIDYKSY 490 500 510 520 530 210 220 230 240 250 260 FLJ002 GPCTIPVFDSWENGTGFQNMSICWVRSPVVHSVLVMGYGGLTSLFNLVVLAWALWTLRRL : . . ::.. : . .. .. : .... :. . . . :: .. KIAA07 G-----------------TEKACWLH---VDNYFIWSFIGPVTFIILLNIIFLVITLCKM 540 550 560 570 270 280 290 300 310 FLJ002 RERADA--P-SVRACHDTVTVLG---LTVLLGTTWALAFFSFGVFLLPQLFLFTILNSLY ..... : : : . ::: : ::: ::..... .. . . .::::.:.. KIAA07 VKHSNTLKPDSSRLENIKSWVLGAFALLCLLGLTWSFGLLFINEETIVMAYLFTIFNAFQ 580 590 600 610 620 630 320 330 340 350 FLJ002 GFFLFLWFCS--QRCRSEAEAKAQIEAFSSSQTTQ : :.:.. :. .. :.: KIAA07 GVFIFIFHCALQKKVRKEYGKCFRHSYCCGGLPTESPHSSVKASTTRTSARYSSGTQSRI 640 650 660 670 680 690 >>KIAA0821 ( 1566 res) hh02631 (1566 aa) initn: 385 init1: 166 opt: 326 Z-score: 404.2 bits: 85.4 E(): 2.6e-17 Smith-Waterman score: 412; 28.614% identity (57.522% similar) in 339 aa overlap (9-337:890-1199) 10 20 30 FLJ002 PSISTQEGYTLTCVFWKEGARKQPWGGWSPEGCRTEQP .. .: ::. . :.. : :: .::: . KIAA08 IAASINKESSRVFLMDPVIFTVAHLEDKNHFNANCSFWNYSERSM-LGYWSTQGCRLVES 860 870 880 890 900 910 40 50 60 70 80 90 FLJ002 SHSQVLCRCNHLTYFAVLM---QLSPALVPAELLAPLTYISLVGCSISIVASLITVLLHF ..... : :.::: ::::: .. . . ::: :. :. :: ::.: : . KIAA08 NKTHTTCACSHLTNFAVLMAHREIYQGRI-NELL--LSVITWVGIVISLVCLAICISTFC 920 930 940 950 960 970 100 110 120 130 140 150 FLJ002 HFRKQSDSLTRIHMNLHASVLLLNIAFLLSPAFAMSPVPGSACTALAAALHYALLSCLTW .: . . . :: :: ...: .. ::.. .. . :: .:. ::: .:. ..: KIAA08 FLRGLQTDRNTIHKNLCINLFLAELLFLVGIDKTQYEI---ACPIFAGLLHYFFLAAFSW 980 990 1000 1010 1020 1030 160 170 180 190 200 210 FLJ002 MAIEGFNLYLLLGRVYNI-YIRRYVFKLGVLGWGAPALLVLLSLSVKSSVYGPCTIPVFD . .:: .::::: .:.. : : . :: :. :::.: .. .. :: KIAA08 LCLEGVHLYLLLVEVFESEYSRTKYYYLG--GYCFPALVVGIAAAIDYRSYG-------- 1040 1050 1060 1070 1080 220 230 240 250 260 270 FLJ002 SWENGTGFQNMSICWVRSPVVHSVLVMGYGGLTSLFNLVVLAWALWTLRRLRERADA--P . . ::.: : . .. .. : .:. .: :.. . ::... . ... : KIAA08 ---------TEKACWLR---VDNYFIWSFIGPVSFVIVVNLVFLMVTLHKMIRSSSVLKP 1090 1100 1110 1120 1130 280 290 300 310 320 FLJ002 -SVRACHDTVTVLG---LTVLLGTTWALAFFSFGVFLLPQLFLFTILNSLYGFFLFLWFC : : . .:: : ::: :::.... .. . . .::: .:.. : :.:.. : KIAA08 DSSRLDNIKSWALGAIALLFLLGLTWAFGLLFINKESVVMAYLFTTFNAFQGVFIFVFHC 1140 1150 1160 1170 1180 1190 330 340 350 FLJ002 SQRCRSEAEAKAQIEAFSSSQTTQ . . . . : KIAA08 ALQKKVHKEYSKCLRHSYCCIRSPPGGTHGSLKTSAMRSNTRYYTGTQSRIRRMWNDTVR 1200 1210 1220 1230 1240 1250 >>KIAA0812 ( 1364 res) hg01044 (1364 aa) initn: 307 init1: 162 opt: 296 Z-score: 366.9 bits: 78.3 E(): 3.1e-15 Smith-Waterman score: 334; 25.926% identity (58.025% similar) in 324 aa overlap (13-328:532-824) 10 20 30 40 FLJ002 PSISTQEGYTLTCVFWKEGARKQPWGGWSPEGCRTEQPSHSQ :: : . . : :. . :. . . :. KIAA08 HGRNFLRGILESPISLEFRLLQTANRSKAICVQWDPPGLAEQHGVWTARDCELVHRNGSH 510 520 530 540 550 560 50 60 70 80 90 FLJ002 VLCRCNHLTYFAVLMQLSPALV---PAELLAPLTYISLVGCSISIVASLITVLLHFHFRK . :::.. :.:::. :: :::: .:.. . ..:..: ..:. . . .:. KIAA08 ARCRCSRTGTFGVLMDASPRERLEGDLELLAVFTHVVV---AVSVAALVLTAAILLSLRS 570 580 590 600 610 100 110 120 130 140 150 FLJ002 QSDSLTRIHMNLHASVLLLNIAFLLSPAFAMSPVPGSACTALAAALHYALLSCLTWMAIE .... :: :. :.. . .. :::. . . . .:::.: ::: .:: ..:. .. KIAA08 LKSNVRGIHANVAAALGVAELLFLLGIHRTHNQL---VCTAVAILLHYFFLSTFAWLFVQ 620 630 640 650 660 670 160 170 180 190 200 210 FLJ002 GFNLYLLLGRVYNIYIRRYVFKL-GVLGWGAPALLVLLSLSVKSSVYGPCTIPVFDSWEN :..:: . . : . : .... .::::.:: :::.:.: : KIAA08 GLHLYRMQVEPRN--VDRGAMRFYHALGWGVPA--VLLGLAVG---LDP----------- 680 690 700 710 220 230 240 250 260 270 FLJ002 GTGFQNMSICWVRSPVVHSVLVMGYGGLTSLFNLVVLAWALWTLRRLRERADAPSVRACH :. : ..::. :: :. ...: . : ..:. ... : : .. . .: . KIAA08 -EGYGNPDFCWIS---VHEPLIWSFAGPVVL--VIVMNGTMFLLAA-RTSCSTGQREAKK 720 730 740 750 760 770 280 290 300 310 320 330 FLJ002 DTVTVLG----LTVLLGTTWALAFFSFGVFLLPQLFLFTILNSLYGFFLFLWFCSQRCRS .. .: : .:....: ..... . .: .: . : .: :. ..: :: KIAA08 TSALTLRSSFLLLLLVSASWLFGLLAVNHSILAFHYLHAGLCGLQGLAVLLLFCVLNADA 780 790 800 810 820 830 340 350 FLJ002 EAEAKAQIEAFSSSQTTQ KIAA08 RAAWMPACLGRKAAPEEARPAPGLGPGAYNNTALFEESGLIRITLGASTVSSVSSARSGR 840 850 860 870 880 890 >>KIAA0550 ( 1524 res) hh15909 (1524 aa) initn: 233 init1: 141 opt: 276 Z-score: 341.4 bits: 73.8 E(): 8.2e-14 Smith-Waterman score: 280; 26.197% identity (53.521% similar) in 355 aa overlap (13-331:821-1153) 10 20 30 40 FLJ002 PSISTQEGYTLTCVFWKEGARKQPWGGWSPEGCRTEQPSHSQ ::.: .. .. : :: .::.: . :. KIAA05 VVTIRPEPKTTDSFLEIELAHLANGTLNPYCVLWDDSKTNESLGTWSTQGCKTVLTDASH 800 810 820 830 840 850 50 60 70 80 90 100 FLJ002 VLCRCNHLTYFAVLMQLSPALVPAELLAPLTYISLVGCSISIVASLITVLLHFH--FRKQ . : :..:. ::.: : .: . : . . .:: ..: .: :::. . . .: KIAA05 TKCLCDRLSTFAILAQ-QPREIIMESSGTPSVTLIVGSGLSCLA-LITLAVVYAALWRYI 860 870 880 890 900 110 120 130 140 150 160 FLJ002 SDSLTRIHMNLHASVLLLNIAFLLSPAFAMSPVPGSACTALAAALHYALLSCLTWMAIEG . . : .:. :.. :: .:.. . . . : ::. .: ::. .:. . :. :. 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