# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha00065.fasta.nr -Q ../query/KIAA0004.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0004, 1307 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7802431 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9636+/-0.000212; mu= 6.1438+/- 0.012 mean_var=176.9359+/-33.634, 0's: 32 Z-trim: 178 B-trim: 0 in 0/65 Lambda= 0.096420 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|409466|gb|AAB65853.1| CG1 protein gi|119601 (1300) 8049 1133.4 0 gi|154426114|gb|AAI51336.1| KTN1 protein [Bos taur (1302) 7156 1009.2 0 gi|109658796|gb|AAI17133.1| Kinectin 1 (kinesin re (1306) 6838 964.9 0 gi|194380864|dbj|BAG64000.1| unnamed protein produ (1329) 6475 914.4 0 gi|34098465|sp|Q86UP2.1|KTN1_HUMAN RecName: Full=K (1357) 6475 914.5 0 gi|296164|emb|CAA80271.1| 156 kDa Protein [Homo sa (1356) 6445 910.3 0 gi|73963936|ref|XP_537455.2| PREDICTED: similar to (1495) 6139 867.8 0 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(1302 aa) initn: 7150 init1: 5941 opt: 7156 Z-score: 5387.6 bits: 1009.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 7204; 88.563% identity (93.905% similar) in 1329 aa overlap (8-1307:1-1302) 10 20 30 40 50 60 KIAA00 DHIDKSTMEFYESAYFIVLIPPIVITVIFLFFWLFMKETLYDEVLAKQKREQKLIPTKTD ::::::.::::::: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|154 MEFYESTYFIVLIPSVVITVIFLFFWLFMKETLYDEVLAKQKREQKLIPTKTD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA00 KKKAEKKKNKKKEIQNGNLHESDSESVPRDFKLSDALAVEDDQVAPVPLNVVETSSSVRE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::::::::. .:::: gi|154 KKKAEKKKNKKKEIQNGNLHESDSESVPRDFKLSDALAVEDEQVVPVPLNVVESPTSVRE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA00 RKKKEKKQKPVLEEQVIKESDASKIPGKKVEPVPVTKQPTPPSEAAASKKKPGQKKSKNG :::::::.:::::::: ::::.:::: :::::::::::::::::: :::::::::::::: gi|154 RKKKEKKHKPVLEEQVTKESDVSKIPCKKVEPVPVTKQPTPPSEAPASKKKPGQKKSKNG 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 KIAA00 SDDQDKKVETLMVPSKRQEALPLHQETKQESGSGKKKASSKKQKTENVFVDEPLIHATTY :::::::::.: 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