# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha01154.fasta.huge -Q ../query/KIAA0006.ptfa ./tmplib.22663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0006, 773 aa vs ./tmplib.22663 library 1986732 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8165+/-0.00754; mu= 7.9059+/- 0.512 mean_var=213.8644+/-51.004, 0's: 0 Z-trim: 15 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.087701 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0142 ( 802 res) ha01169 ( 802) 2022 269.1 1.2e-72 KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676) 334 56.0 3.7e-08 KIAA1415 ( 1621 res) hg04328s1 (1621) 301 51.8 6.5e-07 KIAA0337 ( 1609 res) hg01226 (1609) 264 47.1 1.7e-05 KIAA0294 ( 1405 res) hf00223s1 (1405) 213 40.6 0.0013 KIAA0362 ( 1108 res) hh00083 (1108) 203 39.2 0.0028 KIAA0793 ( 1055 res) hk05692 (1055) 192 37.8 0.0071 >>KIAA0142 ( 802 res) ha01169 (802 aa) initn: 2931 init1: 1452 opt: 2022 Z-score: 1396.1 bits: 269.1 E(): 1.2e-72 Smith-Waterman score: 2903; 59.387% identity (82.423% similar) in 751 aa overlap (49-759:51-794) 20 30 40 50 60 70 KIAA00 KTICDPEEFLKSSLKNGVVLCKLINRLMPGSVEKFCLDPQTEADCINNINDFLKGC-ATL :: . .:..:..:..:: .::.:: :.: KIAA01 RPLCWERGPWASLGLVRGVPAAGHGAQRLCSVLQVYPEPRSESECLSNIREFLRGCGASL 30 40 50 60 70 80 80 90 100 110 120 130 KIAA00 QVEIFDPDDLYSGVNFSKVLSTLLAVNKATED--QLSERPCGRSSSLSAANTSQTNPQGA ..: :: .:::.: ::.::::.:...::.: : :. :.: :: . .. . :. 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KIAA01 QGKLPTTGMTITKLEDSENHRNAFEISGSMIERILVSCNNQQDLQEWVEHLQKQTKVTSV 510 520 530 540 550 560 550 560 570 KIAA00 G--------------------PASCSSLSKTSSSSCSAHS--SFSSTGQPR-----GPLE : :.: . :: . . . :. : : :. :::: KIAA01 GNPTIKPHSVPSHTLPSHPVTPSSKHADSKPAPLTPAYHTLPHPSHHGTPHTTINWGPLE 570 580 590 600 610 620 580 590 600 610 620 630 KIAA00 PPQIIKPWSLSCLRPAPPLRPSAALGYKERMSYILKESSKSPKTMKKFLHKRKTERKPSE ::. :::::::::::::::::::: ::: .: ::::::::.: ::: :::::. KIAA01 PPKTPKPWSLSCLRPAPPLRPSAALCYKEDLS-------KSPKTMKKLLPKRKPERKPSD 630 640 650 660 670 640 650 660 670 680 690 KIAA00 EEYVIRKSTAALEEDAQILKVIEAYCTSANFQQGHGSSTRKDSIPQVLLPEEEKLIIEET ::.. ::::::::::::::::::::::::. .: .::.::.: ::::::::::.:.::: KIAA01 EEFASRKSTAALEEDAQILKVIEAYCTSAKTRQTLNSSSRKESAPQVLLPEEEKIIVEET 680 690 700 710 720 730 700 710 720 730 740 750 KIAA00 RSNGQTIMEEKSLVDTVYALKDEVRELKQENKRMKQCLEEELKSRRDLEKLVRRLLKQTD .:::::..::::::::::::::::.::.:.::.::. :::: ..:.:::::::..::. . KIAA01 KSNGQTVIEEKSLVDTVYALKDEVQELRQDNKKMKKSLEEEQRARKDLEKLVRKVLKNMN 740 750 760 770 780 790 760 770 KIAA00 ECIRGESSSKTSILP . KIAA01 DPAWDETNL 800 >>KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676 aa) initn: 219 init1: 181 opt: 334 Z-score: 238.4 bits: 56.0 E(): 3.7e-08 Smith-Waterman score: 334; 26.199% identity (61.624% similar) in 271 aa overlap (162-423:1111-1379) 140 150 160 170 180 190 KIAA00 PQGAVSSTVSGLQRQSKTVEMTENGSHQLIVKARFNFKQTNEDELSVCKGDIIYVTRVEE : : ... .:::::: ::..: : .. KIAA12 RQKGWFPASHVKLLGPSSERATPAFHPVCQVIAMYDYAANNEDELSFSKGQLINVMNKDD 1090 1100 1110 1120 1130 1140 200 210 220 230 240 KIAA00 GGWWEGTLNGRTGWFPSNYVREIKSSERPLSPKA-VKGFETA-PLTKNYYTVVLQNILDT ::.: .:: :: ::::::. .:. . : .. ..: :. .. . .....: KIAA12 PDWWQGEINGVTGLFPSNYVKMTTDSDPSQQWCADLQTLDTMQPIERKRQGYI-HELIQT 1150 1160 1170 1180 1190 250 260 270 280 290 300 KIAA00 EKEYAKELQSLLVTYLRPLQSNNNLSTVEVTSLLGNFEEVCTFQQTLCQALEECSKFPEN :..: .:: .. .. . . .. :. :.. .. :..:. . : .::. .: . KIAA12 EERYMADLQLVVEVFQKRMAESGFLTEGEMALIFVNWKELIMSNTKLLKALRVRKKTGGE 1200 1210 1220 1230 1240 1250 310 320 330 340 350 360 KIAA00 QHKV---GGCLLSLMPHFKSMYLAYCANHPSAVNVLTQHSDELEQFME--NQGASSPGI- . : : : . . :... :. .:. . ... .: :..:: .: : .. ::.: KIAA12 KMPVQMIGDILAAELSHMQA-YIRFCSCQLNGAALLQQKTDEDTDFKEFLKKLASDPRCK 1260 1270 1280 1290 1300 1310 370 380 390 400 410 420 KIAA00 -LILTTNLSKPFMRLEKYVTLLQELERHMEDTHPDHQDILKAIVAFKTLMGQCQDLRKRK . :.. : ::..:. .: :.. . .. ..: ::... :. . : .: .. ..: KIAA12 GMPLSSFLLKPMQRITRYPLLIRSILENTPESHADHSSLKLALERAEELCSQVNEGVREK 1320 1330 1340 1350 1360 1370 430 440 450 460 470 480 KIAA00 QLELQILSEPIQAWEGEDIKNLGNVIFMSQVMVQYGACEEKEERYLMLFSNVLIMLSASP . KIAA12 ENSDRLEWIQAHVQCEGLAEQLIFNSLTNCLGPRKLLHSGKLYKTKSNKELHGFLFNDFL 1380 1390 1400 1410 1420 1430 >>KIAA1415 ( 1621 res) hg04328s1 (1621 aa) initn: 174 init1: 93 opt: 301 Z-score: 216.0 bits: 51.8 E(): 6.5e-07 Smith-Waterman score: 342; 25.649% identity (62.338% similar) in 308 aa overlap (242-520:15-317) 220 230 240 250 260 270 KIAA00 REIKSSERPLSPKAVKGFETAPLTKNYYTVVLQNILDTEKEYAKELQSLLVTYLRPLQSN ::..:: ::..:. :. : ..:. ...: KIAA14 AARESERQLRLRLCVLNEILGTERDYVGTLRFLQSAFLHRIRQN 10 20 30 40 280 290 300 310 320 KIAA00 ------NNLSTVEVTSLLGNFEEVCTFQQTLCQALEEC-SKFPENQHKVGGCLLSLMPHF ..:. .: :..:.:.. .. . ::: : :..::..:. .:.. .: KIAA14 VADSVEKGLTEENVKVLFSNIEDILEVHKDFLAALEYCLHPEPQSQHELGNVFLKFKDKF 50 60 70 80 90 100 330 340 350 360 370 KIAA00 KSMYLAYCANHPSAVNVLTQHSD--ELEQFMEN---QGASSPGILILTTNLSKPFMRLEK .: ::.:: .:. .:.. . .. :. . :. . . : : .:..:. : KIAA14 -CVYEEYCSNHEKALRLLVELNKIPTVRAFLLSCMLLGGRKTTDIPLEGYLLSPIQRICK 110 120 130 140 150 160 380 390 400 410 420 430 KIAA00 YVTLLQELERHMEDTHPDHQDILKAIVAFKTLMGQCQDLRKR-KQLE-LQILSEPIQAWE : ::.:: .. :::: . .:. :.::. .. .. ... ..:: :. :. :..:: KIAA14 YPLLLKELAKRTPGKHPDHPAVQSALQAMKTVCSNINETKRQMEKLEALEQLQSHIEGWE 170 180 190 200 210 220 440 450 460 470 480 KIAA00 GEDIKNLGNVIFMSQVMVQYGACEEKEERYLMLFSNVLIMLSASPRMSG----------- : .. .. . .... .... .: . .:: ..::.:.:.. . . :..: KIAA14 GSNLTDICTQLLLQGTLLKISAGN-IQERAFFLFDNLLVYCKRKSRVTGSKKSTKRTKSI 230 240 250 260 270 280 490 500 510 520 530 540 KIAA00 ----FIYQGKIPIAGTVVTRLDEIEGNDCTFEITGNTVERIVVHCNNNQDFQEWLEQLNR .:..:.: .: : .....: . .. .: :: KIAA14 NGSLYIFRGRI---NTEVMEVENVEDGTADYHSNGYTVTNGWKIHNTAKNKWFVCMAKTA 290 300 310 320 330 550 560 570 580 590 600 KIAA00 LIRGPASCSSLSKTSSSSCSAHSSFSSTGQPRGPLEPPQIIKPWSLSCLRPAPPLRPSAA KIAA14 EEKQKWLDAIIREREQRESLKLGMERDAYVMIAEKGEKLYHMMMNKKVNLIKDRRRKLST 340 350 360 370 380 390 >>KIAA0337 ( 1609 res) hg01226 (1609 aa) initn: 204 init1: 92 opt: 264 Z-score: 190.7 bits: 47.1 E(): 1.7e-05 Smith-Waterman score: 264; 23.009% identity (57.522% similar) in 339 aa overlap (242-567:616-950) 220 230 240 250 260 270 KIAA00 REIKSSERPLSPKAVKGFETAPLTKNYYTVVLQNILDTEKEYAKELQSLLVTYLRPLQSN : ...::::. :.. :..:. :..::.. KIAA03 AKPPEAARPADEPTPASKCCSKPQVDMRKHVAMTLLDTEQSYVESLRTLMQGYMQPLKQP 590 600 610 620 630 640 280 290 300 310 320 KIAA00 NNLSTVEVTSLLGN-FEEVCTFQQTLCQALEE---CSKFPENQHKVGGCLLS-----LMP .: :.. ::. . :... . . : ::. : . . :.:::. :.. .. KIAA03 EN-SVLCDPSLVDEIFDQIPELLEHHEQFLEQVRHCMQTWHAQQKVGALLVQSFSKDVLV 650 660 670 680 690 700 330 340 350 360 370 380 KIAA00 HFKSMYLAYCANHPSAVNVLTQHSDELEQFMENQGASSPGILILTTNLSKPFMRLEKYVT .. : :. : .:: : . . .:.:.. . :. . :: .:. .: KIAA03 NIYSAYIDNFLNAKDAVRVAKEARPAFLKFLEQSMRENKEKQALSDLMIKPVQRIPRYEL 710 720 730 740 750 760 390 400 410 420 430 KIAA00 LLQELERHMEDTHPDHQDILKAIVAFKTLMGQC-QDLRKRKQLE--LQILSEPIQAWEG- :...: .: . :::: .:.: .: . . . .:. .. : ..:.: :: KIAA03 LVKDLLKHTPEDHPDHPLLLEAQRNIKQVAERINKGVRSAEEAERHARVLQEIEAHIEGM 770 780 790 800 810 820 440 450 460 470 480 490 KIAA00 EDIKNLGNVIFMSQVMVQYGACEEKEERYLMLFSNVLIMLSASPRMSGFIYQGKIPIAGT ::.. .. ...... : :..: :.::.. ::. .. : :: . .... . : KIAA03 EDLQAPLRRFLRQEMVIEVKAIGGKKDRSLFLFTD-LIVCTTLKRKSGSLRRSSMSLY-T 830 840 850 860 870 880 500 510 520 530 540 550 KIAA00 VVTRLDEIEGNDCTFEITGNTVERIVVHCNNNQDFQEWLEQLNRLIRGPASCSSLSKTSS ... .: ... . .. :. .. . .. . ..:: . .. ...:: : KIAA03 AASVIDTASKYKMLWKLPLEDAD-IIKGASQATNRENIQKAISRLDEDLTTLGQMSKLSE 890 900 910 920 930 940 560 570 580 590 600 610 KIAA00 SSCSAHSSFSSTGQPRGPLEPPQIIKPWSLSCLRPAPPLRPSAALGYKERMSYILKESSK : :.:. 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KIAA02 RVSEWDSVEMIGDVFVASFS--KSMVLDAYSEYVNNFSTAVAVLKKTCATKPAFLEFLKQ 530 540 550 560 570 580 360 370 380 390 400 410 KIAA00 QGASSPGILILTTNLSKPFMRLEKYVTLLQELERHMEDTHPDHQDILKAIVAFKTLMGQC . .:: : . . ::..:. ... :::.. .. :::. . :.. ..:: . KIAA02 EQEASPDRTTLYSLMMKPIQRFPQFILLLQDMLKNTSKGHPDRLPLQMALTELETLAEKL 590 600 610 620 630 640 420 430 440 450 460 KIAA00 QDLRKR---KQLELQILSEPIQAWEGEDIKNLGNVIFM-SQVMVQ-----YGACEEKEER .. ::: .. :.. ... :. . . . :. .. :. :.. : . .:: KIAA02 NE-RKRDADQRCEVKQIAKAINERYLNKLLSSGSRYLIRSDDMIETVYNDRGEIVKTKER 650 660 670 680 690 700 470 480 490 500 510 520 KIAA00 YLMLFSNVLIMLSASPRMSGFIYQGKIPIAGTVVTRLDEIEGNDCTFEITGNTVERIVVH ......::. ..: : : KIAA02 RVFMLNDVLMCATVSSRPSHDSRVMSSQRYLLKWSVPLGHVDAIEYGSSAGTGEHSRHLA 710 720 730 740 750 760 >>KIAA0362 ( 1108 res) hh00083 (1108 aa) initn: 117 init1: 56 opt: 203 Z-score: 150.7 bits: 39.2 E(): 0.0028 Smith-Waterman score: 222; 23.544% identity (54.177% similar) in 395 aa overlap (242-599:650-1024) 220 230 240 250 260 KIAA00 REIKSSERPLSPKAVKGFETAPLTKNYYTVVLQNILDTEKEYAKELQSLLVTYL----RP :....::::. :..:: .: : : KIAA03 RRAKSEMSESRQGRGSAGEEEESLAILRRHVMSELLDTERAYVEELLCVLEGYAAEMDNP 620 630 640 650 660 670 270 280 290 300 310 320 KIAA00 LQSNNNLST---VEVTSLLGNFEEVCTFQQTLCQALEECSKFPENQHKVGGCLLSLMPHF :... ::: . :.::.::. :.. . :.: .. . . :: :.: : : KIAA03 LMAHL-LSTGLHNKKDVLFGNMEEIYHFHNRIF--LRELENYTDCPELVGRCFLERMEDF 680 690 700 710 720 730 330 340 350 360 370 380 KIAA00 KSMYLAYCANHPSAVNVLTQHSDELEQFMENQGASSPGILILTTNLSKPFMRLEKYVTLL . .: :: :.: . .. : :: :.: : . : : . : :: .:. :: :: KIAA03 Q-IYEKYCQNKPRSESLWRQCSD-CPFFQECQ-RKLDHKLSLDSYLLKPVQRITKYQLLL 740 750 760 770 780 790 390 400 410 420 430 440 KIAA00 QELERHMEDTHPDHQDILKAIVAFKTLMGQCQDLRKRKQLELQILSEPIQAWEGEDIKNL .:. .. .. . .:. .:. .. .. .: ..... : ...: .. .: KIAA03 KEMLKYSRNCE-GAEDLQEALSSILGILKAVND-------SMHLIA--ITGYDG-NLGDL 800 810 820 830 840 450 460 470 480 KIAA00 GNVIFMSQVMV----QYGACEEKE-------ERYLMLFSNVLIMLSASP-------RMSG :....... : . : . :: .:.:.: ..... . . . 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