# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha00413.fasta.huge -Q ../query/KIAA0012.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0012, 789 aa vs ./tmplib.23147 library 1986716 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.9056+/-0.00519; mu= 20.9490+/- 0.353 mean_var=110.5604+/-26.524, 0's: 0 Z-trim: 19 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.121976 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0862 ( 584 res) hk06532 ( 584) 196 46.1 1.3e-05 KIAA1497 ( 730 res) hg01608 ( 730) 177 42.9 0.00014 KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618) 174 43.0 0.0003 KIAA1437 ( 811 res) hk07206 ( 811) 169 41.6 0.0004 KIAA0814 ( 1559 res) fh16048 (1559) 164 41.2 0.001 KIAA1801 ( 1227 res) fj21373 (1227) 162 40.7 0.0011 KIAA1469 ( 662 res) fj01881 ( 662) 158 39.5 0.0014 KIAA0416 ( 529 res) hh00236 ( 529) 157 39.1 0.0014 KIAA0848 ( 988 res) hk05607 ( 988) 158 39.8 0.0017 KIAA0918 ( 966 res) hk09360(revised) ( 966) 155 39.2 0.0024 KIAA0405 ( 706 res) hg01274 ( 706) 153 38.6 0.0026 KIAA1163 ( 437 res) hj05329 ( 437) 147 37.2 0.0044 KIAA0231 ( 823 res) fk16230 ( 823) 147 37.7 0.0059 >>KIAA0862 ( 584 res) hk06532 (584 aa) initn: 106 init1: 106 opt: 196 Z-score: 192.8 bits: 46.1 E(): 1.3e-05 Smith-Waterman score: 266; 26.008% identity (58.266% similar) in 496 aa overlap (26-507:101-557) 10 20 30 40 50 KIAA00 CSKMTSIFHFAIIFMLILQIRIQLSEESEFLVDRSKNGLIHV-P---KDLSQKTT ::. . .: :: . ::. : :.:.: : KIAA08 DNTIKRPNPAPGTRKKSSNAEVIKELNKCREENSMRLDLSKRS-IHILPSSIKELTQLTE 80 90 100 110 120 60 70 80 90 100 110 KIAA00 ILNISQNYISELWTSDILSLSKLRILIISHNTIQYLDISVFKFNQELEYLDLSHNKLVKI : . .: .. : ... : .: : .:.:.. : :. .. ..:..::: :::: .: KIAA08 -LYLYSNKLQSL-PAEVGCLVNLMTLALSENSLTSLPDSLDNL-KKLRMLDLRHNKLREI 130 140 150 160 170 180 120 130 140 150 160 KIAA00 SCHPTV-----NLKHLDLSFNAFDALPICKEFGNMSQLKFLGLSTTHLEKSSVLPIAHLN :.: .: : : :: . . . :.. :.:.:..:.. ..... :: :... 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KIAA08 QLESIRSGMFRGLDGLRTLMLRNNRISCIHN-DSFTGLRNVRLLSLYDNQITTVSPGAFD 690 700 710 720 730 740 520 530 540 550 560 570 KIAA00 SCQKMRSIKAGDNPFQCTCELGEFVKNIDQVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGTLLKDFH . :.. ... :::.:.:.:. . . . ... : : .:. :. : :.: KIAA08 TLQSLSTLNLLANPFNCNCQLAWLGGWLRK--RKIVTGNP---RCQNPDFLRQIPLQDVA 750 760 770 780 790 580 590 600 610 620 630 KIAA00 MSELSCNITLLIVTIVATMLVLAVTVTSLCSYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEEL . .. : KIAA08 FPDFRCEEGQEEGGCLPRPQCPQECACLDTVVRCSNKHLRALPKGIPKNVTELYLDGNQF 800 810 820 830 840 850 >>KIAA1437 ( 811 res) hk07206 (811 aa) initn: 82 init1: 82 opt: 169 Z-score: 165.9 bits: 41.6 E(): 0.0004 Smith-Waterman score: 184; 21.364% identity (53.680% similar) in 557 aa overlap (31-545:224-760) 10 20 30 40 50 60 KIAA00 CSKMTSIFHFAIIFMLILQIRIQLSEESEFLVDRSKNGLIHVPKDLSQKTTILNISQNYI .::::..:.. :. : .... ... KIAA14 SMDKKSSTVSEDVEATVPMLQRTKSRIEQGIVDRSETGVLD-KKEGEQAKALFEKVKKFR 200 210 220 230 240 250 70 80 90 100 110 120 KIAA00 SELWTSDILSLSKLRILIISHNTIQYLDISVFKFNQELEYLDLSHNKLVKISCHPTVNLK ... .::. .: :: ..:... : . . :. :: ..: ::... KIAA14 THVEEGDIVYRLYMRQTII--KVIKFILIICYT----VYYV---HNIKFDVDC--TVDIE 260 270 280 290 300 130 140 150 160 170 KIAA00 HLDLSFNAFDALPICKEFGNM-----SQLKFLGLSTTHLEKSSVLPIAHLNISKVLL-VL : . : :. : . : . : :: . .. . . ...: . . KIAA14 SLTGYRTYRCAHPLATLFKILASFYISLVIFYGLICMY----TLWWMLRRSLKKYSFESI 310 320 330 340 350 180 190 200 210 220 KIAA00 GETYGEKEDPEGLQDFNTESLHIVF---PT-NKEFH-FILDVSVKTVANLELSN------ : . .. :. .:: ::.. : .:.: :. .:: . . .:.:.: KIAA14 REESSYSDIPDVKNDFAFM-LHLIDQYDPLYSKRFAVFLSEVSENKLRQLNLNNEWTLDK 360 370 380 390 400 410 230 240 250 260 270 KIAA00 IKCVLEDN---KCSYFLSILAKL-QTNPKLSNLTLNNIETTWNSFI--RILQLVWHTTVW .. : : : : .:. . .: : .: . ..: . : : ::. .: KIAA14 LRQRLTKNAQDKLELHLFMLSGIPDTVFDLVELEVLKLELIPDVTIPPSIAQLTGLKELW 420 430 440 450 460 470 280 290 300 310 320 330 KIAA00 YFSISNVKLQGQ-LDFRDFDYSGTSLKALSIHQVVSDVFGFPQSYIYEIFSNMNIKN--- . . .:... : : . . .: .:... .... .. .:.. .: KIAA14 LYH-TAAKIEAPALAFLRENLRALHIKFTDIKEIPLWIYSLKTLEELHLTGNLSAENNRY 480 490 500 510 520 530 340 350 360 370 380 KIAA00 FTVSGTRMVHML----CPSKIS--PFLHLDFSNNLLTDTVFENCGHLTELETL--ILQMN ....: : .. : :..: : . : . .: .. .. .: :..: . ... KIAA14 IVIDGLRELKRLKVLRLKSNLSKLPQVVTDVGVHLQKLSINNEGTKLIVLNSLKKMANLT 540 550 560 570 580 590 390 400 410 420 430 440 KIAA00 QLK----ELSKIAEMTTQMKSLQQLDISQNSVSYDEKKGDCSWTKSLLSLNMSSNILTDT .:. .: .: . ....::..:...:... :. . . . : :.. : .. KIAA14 ELELIRCDLERIPHSIFSLHNLQEIDLKDNNLKTIEEIISFQHLHRLTCLKLWYNHIAYI 600 610 620 630 640 650 450 460 470 480 490 KIAA00 IFRCLP-PRIKVLDLHSNKIKSIPKQVVKLEALQELNVAFNSLTDLPG-CGSFSSLSVLI .. .. : :. :::..:: :. . :. :... :.:: ::. : ...:. : KIAA14 PIQIGNLTNLERLYLNRNKIEKIPTQLFYCRKLRYLDLSHNNLTFLPADIGLLQNLQNLA 660 670 680 690 700 710 500 510 520 530 540 550 KIAA00 IDHNSVSHPSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCT-CELGEFVKNIDQVSSEVLEGWPDSYK : : . ..:: :.:.:... :.: .: ..::.. :. :. 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KIAA08 LQSIQTLHLAQNPF--VCDCHLKWLADYLQDNPIETSGARCSSPRRLANKRISQIKSKKF 470 480 490 500 510 180 190 200 210 220 KIAA00 ETYGEKEDPEGLQDFNTES-LHIVFPTNKEFH-FILDVS----VKTVANLELSNIKCVLE . : .:: .. :..: . .: : . . . :.: : :. ..: :. KIAA08 RCSG-SEDYRS--RFSSECFMDLVCPEKCRCEGTIVDCSNQKLVRIPSHLPEYVTDLRLN 520 530 540 550 560 570 230 240 250 260 270 280 KIAA00 DNKCSYFLSILAKLQTNPKLSNLTLNNIETTWNSFIRILQLVWHTTVWYFSISNVKLQ-- ::. .:.: :: :: :. .. . .: . ..: . ... .:. KIAA08 DNE----VSVLEATGIFKKLPNLRKINLSNNKIKEVREGAFDGAASVQELMLTGNQLETV 580 590 600 610 620 630 290 300 310 320 330 340 KIAA00 -GQLDFRDFDYSGTSLKALSIHQVVSDVFGFPQSYIYEIFSNMNIKNFTVSGTRMVHMLC :.. :: . :: ::.: .. :...: .. . .: ... ... .:.. . KIAA08 HGRV-FRGL--SG--LKTLMLR---SNLIGCVSNDTFAGLS--SVRLLSLYDNRIT-TIT 640 650 660 670 680 350 360 370 380 390 400 KIAA00 PSKISPFLHLDFSNNLLTDTVFENCGHLTEL-----ETLILQMN-QLKELSKIAEMTTQM :. .. .. :. . :::.. :: ::. : . :.. : . .. . :. : KIAA08 PGAFTTLVSLS-TINLLSNPFNCNC-HLAWLGKWLRKRRIVSGNPRCQKPFFLKEIPIQD 690 700 710 720 730 410 420 430 440 450 KIAA00 KSLQQLDISQNSVSYDEKKGDCSWTKSLL-SLNMSSNILTDTIFRCLPPRIKVLDLHSNK ..:.. . : : . . : . . .. :: .. : .: . : :..:. KIAA08 VAIQDFTCDGNEESSCQLSPRCPEQCTCMETVVRCSNKGLRALPRGMPKDVTELYLEGNH 740 750 760 770 780 790 460 470 480 490 KIAA00 IKSIPKQVVKLEALQELNVAFNSLTDLPG--------------------C------GSFS . ..:... :. : .... ::.. : . : ... 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KIAA08 Y-RCACPYSY-KGKDCTVPINTCIQNPCQHGGTCHLSDSHKDGFSCSC---P-LGFEGQR 980 990 1000 1010 1020 670 680 690 700 710 720 KIAA00 ICLHERNFVPGKSIVENIITCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAHHNLFHEGSNS .. . . :: ::.. . . . ::.. .: : KIAA08 CEINPDDCEDND--CENNATCVDGINNYVCICPPNYT-GELCDEVIDHCVPELNLCQHEA 1030 1040 1050 1060 1070 1080 730 740 750 760 770 780 KIAA00 LILILLEPIPQYSIPSSYHKLKSLMARRTYLEWPKEKSKRGLFWANLRAAINIKLTEQAK KIAA08 KCIPLDKGFSCECVPGYSGKLCETDNDDCVAHKCRHGAQCVDTINGYTCTCPQGFSGPFC 1090 1100 1110 1120 1130 1140 >>KIAA1801 ( 1227 res) fj21373 (1227 aa) initn: 133 init1: 65 opt: 162 Z-score: 157.7 bits: 40.7 E(): 0.0011 Smith-Waterman score: 162; 27.320% identity (56.186% similar) in 194 aa overlap (345-529:827-1010) 320 330 340 350 360 370 KIAA00 FGFPQSYIYEIFSNMNIKNFTVSGTRMVHMLCPSKISPFLHLDFSN--NLLTDTVFENCG :: : : :. : .. :.: . .. ::: KIAA18 EKLVDNTGFCHHLGTSTSYLSLAQVWIPTGLCWSWI-PITSLTKNSDCNFLISHLYWNCG 800 810 820 830 840 850 380 390 400 410 420 430 KIAA00 --HLTELETLILQMNQLKELSKIAEMTTQMKSLQQLDISQNSVSYDEKKGDCSWTKSLLS : .:. :::. ::: . . . . : . :: :.: .. : .:. : KIAA18 LESLKNLQQLILDHNQLINTKGLCDTPT----IVYLDCSHNHLTDVEGVENCGL---LQI 860 870 880 890 900 440 450 460 470 480 KIAA00 LNMSSNILTDTIFRCLPPRIKVLDLH--SNKIKSIPK-QVVKLEALQELNVAFNSLTDLP :....: :.. . : . . .:: .:.:... . : ::..... :::: . KIAA18 LKLQGNYLSE--LPSLENLVLLRELHLDDNSISTVEAFSSYWLPLLQNITISQNSLTKIV 910 920 930 940 950 960 490 500 510 520 530 540 KIAA00 GCGSFSSLSVLIIDHNSVS--HPSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCTCELGEFVKNIDQV : :: : ..:: .: . . .:..: ... .. ::. KIAA18 PLFHFVSLEKLDVSHNCLSDLKSAIKWFDACYSLHELSLTGNPLLQETNWRDSLLKVLPA 970 980 990 1000 1010 1020 550 560 570 580 590 600 KIAA00 SSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGTLLKDFHMSELSCNITLLIVTIVATMLVLAVTVTSLCS KIAA18 LRILNGNILNSNSESRTEEHNQLGSAGFLALCQSQIREFNLLIENYITGKGDVFTLDTAE 1030 1040 1050 1060 1070 1080 >>KIAA1469 ( 662 res) fj01881 (662 aa) initn: 101 init1: 64 opt: 158 Z-score: 156.2 bits: 39.5 E(): 0.0014 Smith-Waterman score: 160; 22.112% identity (55.776% similar) in 303 aa overlap (302-595:96-383) 280 290 300 310 320 KIAA00 WHTTVWYFSISNVKLQGQLDFRDFDYSGTSLKALSIHQVVSDVFGFPQS---YIYEI-FS ::. :. ... :: . :. :. .. 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KIAA14 EKVRGMAIKDLNAELFDCKDSGIVSTIQITTAIPNTVYPAQGQWPAPVTKQPDIKNPKLT 360 370 380 390 400 410 630 640 650 660 670 680 KIAA00 RRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSGHDSFWVKNELLPNLEKEGMQICLHERNFVPGKSI KIAA14 KDHQTTGSPSRKTITITVKSVTSDTIHISWKLALPMTALRLSWLKLGHSPAFGSITETIV 420 430 440 450 460 470 >>KIAA0416 ( 529 res) hh00236 (529 aa) initn: 260 init1: 101 opt: 157 Z-score: 156.1 bits: 39.1 E(): 0.0014 Smith-Waterman score: 166; 21.612% identity (57.143% similar) in 273 aa overlap (331-592:124-385) 310 320 330 340 350 KIAA00 SLKALSIHQVVSDVFGFPQSYIYEIFSNMNIKNFTVSGTRMVHM--LCPSKISPFLHLDF .:.. .:.... .. ... . .::. KIAA04 FASFSQLTWLHLDHNQISTVKEDAFQGLYKLKELILSSNKIFYLPNTTFTQLINLQNLDL 100 110 120 130 140 150 360 370 380 390 400 410 KIAA00 SNNLLTDTVFENCGHLTELETLILQMNQLKELSKIAEMTTQMKSLQQLDISQNSVSYDEK : : :.. : : .:.:: :. :.:. . ... . .::. ::.: : . . 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KIAA08 YLQRNSMRKLYTNSFLHLNNAVSINLGNNALQDIQTGAFNGLKILKRLYLHENKLDVFRN 100 110 120 130 140 150 120 130 140 150 160 KIAA00 HPTV---NLKHLDLSFNAFDALPICKEFGNMSQLKFLGLSTTHLEKSSVLPIAHLNISK- . .:..:. ..:.. . : :.:.:. : :. ....:. :. : KIAA08 DTFLGLESLEYLQADYNVIKRIE-SGAFRNLSKLRVLILN------DNLIPMLPTNLFKA 160 170 180 190 200 170 180 190 200 210 220 KIAA00 VLLVLGETYGEKEDP---EGLQDFNTESLHIVFPTNKEFHFILDVSVKTVANLELSNIKC : :. . :.. .:. : .:: . .. .. .. :. . :: KIAA08 VSLTHLDLRGNRLKVLFYRGMLDHIGRSLMELQLEENPWNCTCEI-VQLKSWLERIPYTA 210 220 230 240 250 260 230 240 250 260 270 KIAA00 VLEDNKCS---YF----LSILAKLQTNPKLSNLTLNNIETTWNSFIRILQLVWHTT---- .. : : .: : . : . : ::. ...:.. . . :.. KIAA08 LVGDITCETPFHFHGKDLREIRKTELCPLLSD---SEVEASLG--------IPHSSSSKE 270 280 290 300 310 280 290 300 310 320 330 KIAA00 -VWYFSISNVKLQGQLDFRDFDYSGTSLKALSIHQVVSDVFGFPQSYIYEIFSNMNIKNF .: . :.. . .. . .:.... . .: . : : .. . : . KIAA08 NAWPTKPSSMLSSVHFTASSVEYKSSNKQPKPTKQPRTPR---PPSTSQALYPGPNQPPI 320 330 340 350 360 370 340 350 360 370 380 390 KIAA00 TVSGTRM-VHMLCPSKISPFLHLDFSNNLLTDTVFENCGHLTELETLILQMNQLKELSKI . :: . ..::. . ::.. . .: .. .. ....:: :. ..: :.. KIAA08 APYQTRPPIPIICPTGCTCNLHIN-DLGLTVNCKERGFNNISELLPRPLNAKKLYLSSNL 380 390 400 410 420 430 400 410 420 430 440 KIAA00 AEMTTQ-----MKSLQQLDISQNSVSYDEKKGDCSWTKSLLSLNMSSN---ILTDTIFRC . . ..::. : ...: .:: . : .: :: ...: :: .:: KIAA08 IQKIYRSDFWNFSSLDLLHLGNNRISY-VQDGAFINLPNLKSLFLNGNDIEKLTPGMFRG 440 450 460 470 480 450 460 470 480 490 500 KIAA00 LPPRIKVLDLHSNKIKSI-PKQVVKLEALQELNVAFNSLTDLPGCGSF--SSLSVLIIDH : .. : .. : :. : : . :. : . : : :: .: .::. : . . KIAA08 LQS-LHYLYFEFNVIREIQPAAFSLMPNLKLLFLNNNLLRTLP-TDAFAGTSLARLNLRK 490 500 510 520 530 540 510 520 530 540 550 560 KIAA00 NSVSH-PSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCTCELGEFVKNIDQVSSEVLEGWPDSYKCDY : . : : .. . . .: ..::..:::.: : . :. .:: . : . : KIAA08 NYFLYLPVAGVLEHLNAIVQIDLNENPWDCTCDLVPFKQWIETISSVSVVG---DVLCRS 550 560 570 580 590 600 570 580 590 600 610 620 KIAA00 PESYRGTLLKDFHMSELSCNITLLIVTIVATMLVLAVTVTSLCSYLDLPWYLRMVCQWTQ ::. .. ... :. : KIAA08 PENLTHRDVRTIEL-EVLCPEMLHVAPAGESPAQPGDSHLIGAPTSASPYEFSPPGGPVP 610 620 630 640 650 660 >>KIAA0918 ( 966 res) hk09360(revised) (966 aa) initn: 97 init1: 63 opt: 155 Z-score: 152.0 bits: 39.2 E(): 0.0024 Smith-Waterman score: 193; 21.755% identity (51.737% similar) in 547 aa overlap (115-580:87-620) 90 100 110 120 130 140 KIAA00 QYLDISVFKFNQELEYLDLSHNKLVKISCHPTVNLKHLDLSFNAFDAL-PICKEFGNMSQ : . :: :: : .. : : .:: :.. 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KIAA09 MPSGVFSGLTLLRLNLRSNHFTSLPVSGVLDQLKSLIQIDLHDNPWDCTCDIVGMKLWVE 530 540 550 560 570 580 550 560 570 580 590 600 KIAA00 QVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGTLLKDFHMSELSCNITLLIVTIVATMLVLAVTVTSL :.. :: : : :... : ..... ::: : KIAA09 QLKVGVL---VDEVICKAPKKFAETDMRSIK-SELLCPDYSDVVVSTPTPSSIQVPARTS 590 600 610 620 630 640 610 620 630 640 650 660 KIAA00 CSYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSGHDSFWVKNELLPNLE KIAA09 AVTPAVRLNSTGAPASLGAGGGASSVPLSVLILSLLLVFIMSVFVAAGLFVLVMKRRKKN 650 660 670 680 690 700 789 residues in 1 query sequences 1986716 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:04:37 2008 done: Thu Dec 18 15:04:38 2008 Total Scan time: 0.590 Total Display time: 0.220 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]