# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha00117mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0021.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0021, 703 aa vs ./tmplib.23147 library 1986802 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9370+/-0.00827; mu= 9.0017+/- 0.561 mean_var=280.0001+/-67.354, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 13 in 1/39 Lambda= 0.076647 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1346 ( 999 res) fj00671 ( 999) 323 49.7 1.6e-06 KIAA2029 ( 1021 res) pj01256 (1021) 307 47.9 5.5e-06 KIAA1312 ( 1471 res) fh11767 (1471) 285 45.7 3.6e-05 KIAA0366 ( 1201 res) hh00124 (1201) 244 41.1 0.00075 KIAA0688 ( 849 res) hk03410 ( 849) 240 40.4 0.00084 >>KIAA1346 ( 999 res) fj00671 (999 aa) initn: 259 init1: 90 opt: 323 Z-score: 209.0 bits: 49.7 E(): 1.6e-06 Smith-Waterman score: 385; 25.758% identity (49.848% similar) in 660 aa overlap (2-577:159-775) 10 20 30 KIAA00 QGYVEGVHNSSIALSDCFGLRGLLHLENASY : :.: .:. ::: : :.:: ..: . .: KIAA13 APGFTLQNVGRKSGSETPLPETDLAHCFYSGTVNGDPSSAAALSLCEGVRGAFYLLGEAY 130 140 150 160 170 180 40 50 60 KIAA00 GIEPLQNSS----------------HFEHIIYR--MDDVY-------KEPLKCGVSNKDI :.:: .: .: :.. : . :: :: : .. . 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KIAA20 PSHGGKFCEGSTRTLKLCNSQKCPRDSVDFRAAQCAEHNS--RRFRGRHYKWKPYTQVED 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 KIAA00 AIIQTPSRGTKCWGVDFQLGSDVPDPGMVNEGTK--CGAGKICRNFQCVDASVLNYDCDV . .. . :.:.. : : .: .. : : ::. : : .::. : : KIAA20 QDLCKLYCIAEGFDFFFSLSNKVKDGTPCSEDSRNVCIDG-ICERVGC-D-NVLGSDA-V 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 KIAA00 QKKCHGHGVCNSNKN-CHCENGWAPPNCETKGYGGSVDSGPTYNEMNTALRDGLLVFFFL . : ::::.:.. : . : . .:. : : . :. . ..: KIAA20 EDVC---GVCNGNNSACTIHRGLYTKHHHTNQYYHMV-TIPSGAR---SIR--------- 530 540 550 560 570 590 600 610 620 630 640 KIAA00 IVPLIVCAIFIFIKRDQLWRSYFRKKRSQTYESDGKNQANPS----RQPGSVPRHVSPVT : . : . .: . :. : : :. . : . :. . . . :. . :... . KIAA20 IYEMNVSTSYISV-RNALRRYYLNGH--WTVDWPGRYKFSGTTFDYRRSYNEPENLIATG 580 590 600 610 620 650 660 670 680 690 700 KIAA00 PPREVPI----YANRFAVPTYAAKQPQQFPSRPPPPQPKVSSQGNLIPARPAPAPPLYSS : :. : . .: .. ..:. . :: ::. . KIAA20 PTNETLIVELLFQGRNPGVAWEYSMPRLGTEKQPPAQPSYTWAIVRSECSVSCGGGQMTV 630 640 650 660 670 680 KIAA00 LT KIAA20 REGCYRDLKFQVNMSFCNPKTRPVTGLVPCKVSACPPSWSVGNWSACSRTCGGGAQSRPV 690 700 710 720 730 740 >>KIAA1312 ( 1471 res) fh11767 (1471 aa) initn: 221 init1: 84 opt: 285 Z-score: 184.7 bits: 45.7 E(): 3.6e-05 Smith-Waterman score: 323; 24.961% identity (48.992% similar) in 645 aa overlap (8-566:4-612) 10 20 30 40 50 KIAA00 QGYVEGVHNSSIALSDCFGLRGLLHLENASYGIEPLQNSSHFE--------HIIYRMDDV :.. :.: : :. : .. ....: :::::. .. : ::::: . 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KIAA13 GGIKTAIRECNRPEPKNGGKY--CVGRRMKFKSCNTEPCLKQKRDFRDEQCAHFDGKHFN 450 460 470 480 490 500 470 480 490 500 510 KIAA00 VFGIVPAIIQTPSRG-----TKCWGVDFQLGSDVPDP--GMVNEGTKCG--AGKICRNFQ . :..: . .:. . .: :. . : .:: :: .. :: . KIAA13 INGLLPNVRWVPKYSGILMKDRCKLFCRVAGNTAYYQLRDRVIDGTPCGQDTNDICVQGL 510 520 530 540 550 560 520 530 540 550 560 570 KIAA00 CVDAS---VLNYDCDVQKKCHGHGVCNSNKNCHCENGWAPPNCETKGYGGSVDSGPTYNE : .:. ::: . :: :::... : :.. . : ::. : KIAA13 CRQAGCDHVLNSKAR-RDKC---GVCGGD-NSSCKTVAGTFNTVHYGYNTVVRIPAGATN 570 580 590 600 610 620 580 590 600 610 620 630 KIAA00 MNTALRDGLLVFFFLIVPLIVCAIFIFIKRDQLWRSYFRKKRSQTYESDGKNQANPSRQP KIAA13 IDVRQHSFSGETDDDNYLALSSSKGEFLLNGNFVVTMAKREIRIGNAVVEYSGSETAVER 630 640 650 660 670 680 >>KIAA0366 ( 1201 res) hh00124 (1201 aa) initn: 257 init1: 91 opt: 244 Z-score: 161.0 bits: 41.1 E(): 0.00075 Smith-Waterman score: 373; 22.900% identity (49.753% similar) in 607 aa overlap (2-548:146-708) 10 20 30 KIAA00 QGYVEGVHNSSIALSDCFGLRGLLHLENASY : . . ..:.:.:.: :: :... .: : KIAA03 ITDPINNHQPGSATYRIRKTEPLQTNCAYVGDIVDIPGTSVAISNCDGLAGMIKSDNEEY 120 130 140 150 160 170 40 50 60 70 KIAA00 GIEPLQNSSHFE------HIIYRMDDVYKEPLKCG----VSNKDIE--KETAKDEEEEPP ::::. ....: :..:. . : . :. . ..:.: . . . 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