# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha00949s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0059.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0059, 724 aa vs ./tmplib.23147 library 1986781 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7636+/-0.0073; mu= 4.6631+/- 0.495 mean_var=288.1477+/-69.191, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 11 in 1/39 Lambda= 0.075556 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0843 ( 691 res) hk05155 ( 691) 2234 257.2 3.7e-69 KIAA1808 ( 539 res) fk00917 ( 539) 1660 194.5 2.2e-50 KIAA0613 ( 734 res) hg01088b ( 734) 267 42.9 0.00014 >>KIAA0843 ( 691 res) hk05155 (691 aa) initn: 1702 init1: 729 opt: 2234 Z-score: 1333.4 bits: 257.2 E(): 3.7e-69 Smith-Waterman score: 2523; 52.828% identity (74.621% similar) in 725 aa overlap (28-724:13-691) 10 20 30 40 50 KIAA00 NPGALCMLMTLEMTELTDPHHTMGDYKVAHPQDPHHP-SEKPVIHCHKCGEPCKGEVLRV . . :.:..: . . ::.:..::. :::::.:: KIAA08 KTQCKDITMNTSIPYQQNPYNPRGSSNVIQCYRCGDTCKGEVVRV 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 KIAA00 QTKHFHIKCFTCKVCGCDLAQGGFFIKNGEYLCTLDYQRMYGTRCHGCGEFVEGEVVTAL ...::::.::::.:::: :::.:::.:: ::.:: :::..::::: .: .:. :::..:: KIAA08 HNNHFHIRCFTCQVCGCGLAQSGFFFKNQEYICTQDYQQLYGTRCDSCRDFITGEVISAL 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 KIAA00 GKTYHPNCFACTICKRPFPPGDRVTFNGRDCLCQLCAQPMSSS-PKETTFSSNCAGCGRD :.::::.::.:..:..::: ::.:::.:..:.:: :.: :.:: : . :.:::: .. 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KIAA08 EY-------------------------KIYPYELLLVTTRGRNRLPKDVDRTRLERHLSQ 630 640 650 700 710 720 KIAA00 EVFREIFGMSIQEFDRLPLWRRNDMKKKAKLF : : ..:::.:.::::: ::.::..::.:.:: KIAA08 EEFYQVFGMTISEFDRLALWKRNELKKQARLF 660 670 680 690 >>KIAA1808 ( 539 res) fk00917 (539 aa) initn: 2114 init1: 995 opt: 1660 Z-score: 996.4 bits: 194.5 E(): 2.2e-50 Smith-Waterman score: 2089; 50.667% identity (67.111% similar) in 675 aa overlap (55-724:1-539) 30 40 50 60 70 80 KIAA00 DYKVAHPQDPHHPSEKPVIHCHKCGEPCKGEVLRVQTKHFHIKCFTCKVCGCDLAQGGFF :::::: :.::::::.::.::::::.:::: KIAA18 EVLRVQDKYFHIKCFVCKACGCDLAEGGFF 10 20 30 90 100 110 120 130 140 KIAA00 IKNGEYLCTLDYQRMYGTRCHGCGEFVEGEVVTALGKTYHPNCFACTICKRPFPPGDRVT ...:::.:::::::.::::: .: .:.:::::.::::::::.::.:..:. ::::::::: KIAA18 VRQGEYICTLDYQRLYGTRCFSCDQFIEGEVVSALGKTYHPDCFVCAVCRLPFPPGDRVT 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 KIAA00 FNGRDCLCQLCAQPMS--SSPKETTFSSNCAGCGRDIKNGQALLALDKQWHLGCFKCKSC :::..:.:: :. :.: :: . . .:.::: .:::::::.::::.::::::::::: KIAA18 FNGKECMCQKCSLPVSVGSSAHLSQGLRSCGGCGTEIKNGQALVALDKHWHLGCFKCKSC 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 KIAA00 GKVLTGEYISKDGAPYCEKDYQGLFGVKCEACHQFITGKVLEAGDKHYHPSCARCSRCNQ ::.:..::::::: :::: ::.. ::..:..:...:::.:::::.:::::::: : ::.: KIAA18 GKLLNAEYISKDGLPYCEADYHAKFGIRCDSCEKYITGRVLEAGEKHYHPSCALCVRCGQ 160 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 320 KIAA00 MFTEGEEMYLQGSTVWHPDCKQSTKTEEKLRPTRTSSESIYSRPGSSIPGSPGHTIYAKV ::.::::::::::..::: :.:...::.. . :::::::: : :.:: :::...::::. 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KIAA06 RGGPAYTPAGPQVPPLARGTVQRAERFPASSRTPL--CGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPE 530 540 550 560 570 580 70 80 90 100 110 120 KIAA00 CFTCKVCGCDLAQGGFFIKNGEYLCTLDYQRMYGTRCHGCGEFVEGEVVTALGKTYHPNC ::: : .::. : .... : :..... : :. . :::. :: .:.: .: KIAA06 EFTCAYCKTSLADVCFVEEQNNVYCERCYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTC 590 600 610 620 630 640 130 140 150 160 170 180 KIAA00 FACTICKRPFPPGDRVTFNGRDCLCQLCAQPMSSSPKETTFSSNCAGCGRDIKNGQALL- :.:. ::.:: :. . :. .: ..:. . . ::..: :: .. :. .. KIAA06 FVCAACKKPF--GNSL-FHMED------GEPYCEKDYINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIE 650 660 670 680 690 190 200 210 220 230 240 KIAA00 ALDKQWHLGCFKCKSCGKVLTGE-YISKDGAPYCEKDYQGLFGVKCEACHQFITGKVLEA :: . :: :: : : : :. . :: : :.: KIAA06 ALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSKKDRPLCKKHAHTINL 700 710 720 730 250 260 270 280 290 300 KIAA00 GDKHYHPSCARCSRCNQMFTEGEEMYLQGSTVWHPDCKQSTKTEEKLRPTRTSSESIYSR 724 residues in 1 query sequences 1986781 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:20 2008 done: Thu Dec 18 15:06:21 2008 Total Scan time: 0.550 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]