# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh13320.fasta.huge -Q ../query/KIAA0080.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0080, 486 aa vs ./tmplib.23147 library 1987019 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9303+/-0.00521; mu= 13.9416+/- 0.355 mean_var=106.1611+/-25.274, 0's: 0 Z-trim: 16 B-trim: 27 in 1/39 Lambda= 0.124478 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1342 ( 426 res) fj00418 ( 426) 1497 279.5 3.1e-76 KIAA1427 ( 439 res) fh02770 ( 439) 412 84.6 1.4e-17 KIAA0985 ( 697 res) hj08038 ( 697) 285 62.1 1.4e-10 KIAA0439 ( 995 res) hj00462 ( 995) 192 45.6 1.9e-05 KIAA1228 ( 843 res) fh05620s1 ( 843) 189 44.9 2.5e-05 KIAA0340 ( 1053 res) hg01396 (1053) 181 43.6 7.6e-05 KIAA0751 ( 1200 res) hk04424 (1200) 177 43.0 0.00014 KIAA1597 ( 913 res) fj09819 ( 913) 173 42.1 0.00019 KIAA0093 ( 927 res) ha00935 ( 927) 164 40.5 0.00058 >>KIAA1342 ( 426 res) fj00418 (426 aa) initn: 1124 init1: 825 opt: 1497 Z-score: 1460.4 bits: 279.5 E(): 3.1e-76 Smith-Waterman score: 1497; 52.995% identity (79.493% similar) in 434 aa overlap (56-485:2-425) 30 40 50 60 70 80 KIAA00 LYSCCLGTDRGFPELSYHCKNVIATASDYDMAEITNIRPSFDVSPVVAGLIGASVLVVCV :: ::. : :: :.:.:...: :: : KIAA13 KMAPITTSREEFDEIPTVVGIFSAFGLVFTV 10 20 30 90 100 110 120 130 140 KIAA00 SVTVFVWSCCHQQAEKKHKNPPYKFIHMLKGISIYPETLSNKKKIIKVRRD--KDGPGRE :. :.: ::.... :..:.:::::.:.:::..::::.:..:::. .. :. :. KIAA13 SL--FAWICCQRKSSKSNKTPPYKFVHVLKGVDIYPENLNSKKKFGADDKNEVKNKPAVP 40 50 60 70 80 150 160 170 180 190 200 KIAA00 GGRRNLLVDAAEAGLLSR-DKDPRGPSSGSCIDQLPIKMDYGEELRSPITSLTPGESKT- . .: .: . : . : :.: : ... :. :.. :..: :. KIAA13 --KNSLHLDLEKRDLNGNFPKTNLKPGSPSDLENATPKL----FLEGEKESVSPESLKSS 90 100 110 120 130 140 210 220 230 240 250 260 KIAA00 TSPSSPEEDVMLGSLTFSVDYNFPKKALVVTIQEAHGLPVMDDQTQGSDPYIKMTILPDK :: .: :.. ::.: ::..::: .::.::.:.::.:::.::.:.. :::::::::::.: KIAA13 TSLTSEEKQEKLGTLFFSLEYNFERKAFVVNIKEARGLPAMDEQSMTSDPYIKMTILPEK 150 160 170 180 190 200 270 280 290 300 310 320 KIAA00 RHRVKTRVLRKTLDPVFDETFTFYGIPYSQLQDLVLHFLVLSFDRFSRDDVIGEVMVPLA .:.::::::::::::.::::::::::::.:.:.:.::: .::::::::::.::::..::. KIAA13 KHKVKTRVLRKTLDPAFDETFTFYGIPYTQIQELALHFTILSFDRFSRDDIIGEVLIPLS 210 220 230 240 250 260 330 340 350 360 370 380 KIAA00 GVDPSTGKVQLTRDIIKRNIQKCISRGELQVSLSYQPVAQRMTVVVLKARHLPKMDITGL :.. : ::. ..:.:::::..: .:::: .:: :: ... .:::::::::::: :..:: KIAA13 GIELSEGKMLMNREIIKRNVRKSSGRGELLISLCYQSTTNTLTVVVLKARHLPKSDVSGL 270 280 290 300 310 320 390 400 410 420 430 440 KIAA00 SGNPYVKVNVYYGRKRIAKKKTHVKKCTLNPIFNESFIYDIPTDLLPDISIEFLVIDFDR : .::::::.:...:::.:::::::::: : .::: :..::: . : :::.::::.: .: KIAA13 S-DPYVKVNLYHAKKRISKKKTHVKKCTPNAVFNELFVFDIPCEGLEDISVEFLVLDSER 330 340 350 360 370 380 450 460 470 480 KIAA00 TTKNEVVGRLILGAHSVTASGAEHWREVCESPRKPVAKWHSLSEY ..:::.:.:.::: .. ..:.:::.:.:. ::. .:::: : . KIAA13 GSRNEVIGQLVLGA-AAEGTGGEHWKEICDYPRRQIAKWHVLCDG 390 400 410 420 >>KIAA1427 ( 439 res) fh02770 (439 aa) initn: 404 init1: 168 opt: 412 Z-score: 407.2 bits: 84.6 E(): 1.4e-17 Smith-Waterman score: 412; 25.917% identity (57.110% similar) in 436 aa overlap (70-483:19-437) 40 50 60 70 80 90 KIAA00 LSYHCKNVIATASDYDMAEITNIRPSFDVSPVVA--GLIGA--SVLVVCVSVTVFVWSCC ::.: . .:. :.:..: .:: . : KIAA14 AAAGPSPSPGAGTMVLSVPVIALGATLGTATSILALC-GVTCL---CR 10 20 30 40 100 110 120 130 140 KIAA00 HQQAEK----KHKNPPYK-----FIHMLKGISIYPETLSNKKKIIKVRRDKDGPGREGGR :.. .: . ..: . .. . ... : . . . : :: : . KIAA14 HMHPKKGLLPRDQDPDLEKAKPSLLGSAQQFNVKKSTEPVQPRALLKFPDIYGP-RPAVT 50 60 70 80 90 100 150 160 170 180 190 200 KIAA00 RNLLVDAAEAGLLSRDKDPRGPSSGSCIDQLPIKMDYGEELRS-PITSLTPGES--KTTS ... :. .: : . .: .:.: . .. .: . ::: : .... .: . KIAA14 APEVINYADYSLRSTE-EPTAPASPQPPNDSRLKRQVTEELFILPQNGVVEDVCVMETWN 110 120 130 140 150 160 210 220 230 240 250 260 KIAA00 PSSPEEDVMLGSLTFSVDYNFPKKALVVTIQEAHGLPVMDDQTQGSDPYIKMTILPDKRH : . . .: . .::. : : :: :: : ... : : :.. .. .. KIAA14 PEKAASWNQAPKLHYCLDYDCQKAELFVTRLEA----VTSNHDGGCDCYVQGSV-ANRTG 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 320 KIAA00 RV--KTRVLRKTLDPVFDETFTFYGIPYSQLQDLVLHFLVLSFDRFSRDDVIGEVMVPLA : .: . .. : ...: ... . .: .: . . . ::::: .: ::. . : KIAA14 SVEAQTALKKRQLHTTWEEGLVL-PLAEEELPTATLTLTLRTCDRFSRHSVAGELRLGLD 220 230 240 250 260 270 330 340 350 360 370 380 KIAA00 GVDPSTGKVQLTRDIIKRNIQK-CISRGELQVSLSYQPVAQRMTVVVLKARHLPKMDITG :.. : .: . .: . .. . ::. .:.:: :.:.:. ::..::..: . . KIAA14 GTSVPLGAAQWGE--LKTSAKEPSAGAGEVLLSISYLPAANRLLVVLIKAKNLHSNQSKE 280 290 300 310 320 330 390 400 410 420 430 KIAA00 LSGNPY-VKVNVYYGRKRIAKKKTHVKKCTLNPIFNESFIYDIPTDLLPDISIEFLVIDF : :. :::.. . ... ::.:. : .::..:: .....: ::: :.:. :. KIAA14 LLGKDVSVKVTLKHQARKLKKKQTKRAKHKINPVWNEMIMFELPDDLLQASSVELEVLGQ 340 350 360 370 380 390 440 450 460 470 480 KIAA00 DRTTKNEVVGRLILGAHSVTASGAE--HWREVCESPRKPVAKWHSLSEY : . .. ..:. :: :. ::.: ::.:. ..::. .: ::.: KIAA14 DDSGQSCALGHCSLGLHT---SGSERSHWEEMLKNPRRQIAMWHQLHL 400 410 420 430 >>KIAA0985 ( 697 res) hj08038 (697 aa) initn: 470 init1: 147 opt: 285 Z-score: 281.7 bits: 62.1 E(): 1.4e-10 Smith-Waterman score: 477; 29.082% identity (56.633% similar) in 392 aa overlap (137-483:304-688) 110 120 130 140 150 160 KIAA00 PYKFIHMLKGISIYPETLSNKKKIIKVRRDKDGPGREGGR---RNLLVDAAEAGLLSRDK . ::: .:: .. : .. : . . KIAA09 NSVQASRPAPGSVQSPAPPQPGQPGTPGGSRPGPG-PAGRFPDQKPEVAPSDPGTTAPPR 280 290 300 310 320 330 170 180 190 200 210 KIAA00 DPRGPSSGS--CIDQLPIKMDYGEELRSPITSLTPGESKTTSPSSPEED----------- . : . :. . .:.. : .. .: . . .: :::. KIAA09 EERTGGVGGYPAVGAREDRMSHPSGPYSQASAAAPQPAAARQPPPPEEEEEEANSYDSDE 340 350 360 370 380 390 220 230 240 250 260 KIAA00 -VMLGSLTFSVDYNFPKKALVVTIQEAHGLPVMDDQTQG-SDPYIKMTILP--DKRHRVK . ::.: ::. :. ...: :: .:.:: :: ..: .:::.:. .:: .: .... KIAA09 ATTLGALEFSLLYDQDNSSLQCTIIKAKGLKPMD--SNGLADPYVKLHLLPGASKSNKLR 400 410 420 430 440 450 270 280 290 300 310 320 KIAA00 TRVLRKTLDPVFDETFTFYGIPYSQLQDLVLHFLVLSFDRFSRDDVIGEVMVPLAGVDPS :..::.: .:...::....:: ..: .:.. : . :.:.... :::. : . :. KIAA09 TKTLRNTRNPIWNETLVYHGITDEDMQRKTLRISVCDEDKFGHNEFIGETRFSLKKLKPN 460 470 480 490 500 510 330 340 350 360 KIAA00 TGK---VQLTRDI-IKR----------------NIQKCIS---RGELQVSLSYQPVAQRM : . : : : .:: .... . ::.. ::: :. . KIAA09 QRKNFNICLERVIPMKRAGTTGSARGMALYEEEQVERVGDIEERGKILVSLMYSTQQGGL 520 530 540 550 560 570 370 380 390 400 410 420 KIAA00 TVVVLKARHLPKMDITGLSGNPYVKVNVYYGRKRIAKKKTHVKKCTLNPIFNESFIYDIP : ... :: :: .: : .:.::. . . ::.::..:: :::: ::: :.::: KIAA09 IVGIIRCVHLAAMDANGYS-DPFVKLWLKPDMGKKAKHKTQIKKKTLNPEFNEEFFYDIK 580 590 600 610 620 430 440 450 460 470 480 KIAA00 TDLLPDISIEFLVIDFDRTTKNEVVGRLILGAHSVTASGA--EHWREVCESPRKPVAKWH . : :... : :.: .:. .: :: ..:.: .:: : .. : . .:: KIAA09 HSDLAKKSLDISVWDYDIGKSNDYIGGCQLG---ISAKGERLKHWYECLKNKDKKIERWH 630 640 650 660 670 680 KIAA00 SLSEY .: KIAA09 QLQNENHVSSD 690 >>KIAA0439 ( 995 res) hj00462 (995 aa) initn: 103 init1: 103 opt: 192 Z-score: 189.8 bits: 45.6 E(): 1.9e-05 Smith-Waterman score: 192; 26.842% identity (56.316% similar) in 190 aa overlap (185-358:13-194) 160 170 180 190 200 210 KIAA00 EAGLLSRDKDPRGPSSGSCIDQLPIKMDYGEELRSPITSLTPGESKTTSPSSPEEDVMLG :.:.::. .. : .. . : . : KIAA04 PGGWLRRALPGRERLQSPVHAVPPQHGTSHS----RLLVTWP 10 20 30 220 230 240 250 260 KIAA00 SLTFSVDYNFPKKALVVTIQEAH------GLPVMDDQ-TQG-SDPYIKMTILPDKRHR-- . . :.. : :. .. : ::. :. : :::.:... ..: KIAA04 GAGRDQDFSSPPLLLLGETDHLHLDLPLSPLPTSDELFLPGICDPYVKLSLYVADENREL 40 50 60 70 80 90 270 280 290 300 310 320 KIAA00 --VKTRVLRKTLDPVFDETFTFYGIPYSQLQDLVLHFLVLSFDRFSRDDVIGEVMVPLAG :.:....:::.: ..: : : : .. : : :.. .:..::: .:.: :::. KIAA04 ALVQTKTIKKTLNPKWNEEFYFRVNPSNHR----LLFEVFDENRLTRDDFLGQVDVPLSH 100 110 120 130 140 150 330 340 350 360 370 KIAA00 V---DPSTGKVQLTRDIIKR-NIQKCISRGELQVSLSYQPVAQRMTVVVLKARHLPKMDI . ::. . .:.. : .: .: :.....:.: KIAA04 LPTEDPTMERPYTFKDFLLRPRSHKSRVKGFLRLKMAYMPKNGGQDEENSDQRDDMEHGW 160 170 180 190 200 210 380 390 400 410 420 430 KIAA00 TGLSGNPYVKVNVYYGRKRIAKKKTHVKKCTLNPIFNESFIYDIPTDLLPDISIEFLVID KIAA04 EVVDSNDSASQHQEELPPPPLPPGWEEKVDNLGRTYYVNHNNRTTQWHRPSLMDVSSESD 220 230 240 250 260 270 >>KIAA1228 ( 843 res) fh05620s1 (843 aa) initn: 302 init1: 128 opt: 189 Z-score: 187.7 bits: 44.9 E(): 2.5e-05 Smith-Waterman score: 248; 35.000% identity (65.000% similar) in 180 aa overlap (163-335:672-835) 140 150 160 170 180 190 KIAA00 VRRDKDGPGREGGRRNLLVDAAEAGLLSRDKDPRGPSSGSCIDQLPIKMDYGEELRSPIT :.: :: .: :. ::: .:::. . KIAA12 AQPPEAGPQGLHDLGRSSSSLLASPGHISVKEPT-PSIASDIS-LPIAT---QELRQRLR 650 660 670 680 690 200 210 220 230 240 250 KIAA00 SLTPGESKTTSPSSPEEDVMLGSLTFSVDYNFPKKALVVTIQEAHGLPVMDDQTQGSDPY .: :. :: .:: ::.. ... .. .. :.:... ..: ..... ::::: KIAA12 QL---ENGTTLGQSP-----LGQIQLTIRHSSQRNKLIVVVHACRNLIAFSED--GSDPY 700 710 720 730 740 260 270 280 290 300 KIAA00 IKMTILPDKRH--RVKTRVLRKTLDPVFDETFTFYGIPYSQLQDLVLHFLVLSFDRF-SR ..: .:::::. : ::.: .:::.::::..: : .. ..: .: : . : :. KIAA12 VRMYLLPDKRRSGRRKTHVSKKTLNPVFDQSFDF-SVSLPEVQRRTLDVAVKNSGGFLSK 750 760 770 780 790 800 310 320 330 340 350 360 KIAA00 DD-VIGEVMVPLAGVDPSTGKVQ---LTRDIIKRNIQKCISRGELQVSLSYQPVAQRMTV : ..:.:.: ::. . . : .: ::.: KIAA12 DKGLLGKVLVALASEELAKGWTQWYDLTEDGTRPQAMT 810 820 830 840 >>KIAA0340 ( 1053 res) hg01396 (1053 aa) initn: 121 init1: 72 opt: 181 Z-score: 178.8 bits: 43.6 E(): 7.6e-05 Smith-Waterman score: 181; 25.153% identity (61.963% similar) in 163 aa overlap (165-320:711-867) 140 150 160 170 180 190 KIAA00 RDKDGPGREGGRRNLLVDAAEAGLLSRDKDPRGP-SSGSCIDQLPIKMDYGEELRSPITS :: : :: ... ... . : :. KIAA03 ATNEEVYNIILESKSEPQVEIIVSRPIGDIPRIPESSHPPLESSSSSFESQKMERPSISV 690 700 710 720 730 740 200 210 220 230 240 250 KIAA00 LTPGESKTTSPSSPEE--DVMLGSLTFSVDYNFPKKALVVTIQEAHGLPVMDDQTQGSDP ..: :::.. .. .:. :.:. .. :. . :.:.. .: ::. : . .: KIAA03 ISP-----TSPGALKDAPQVLPGQLSVKLWYDKVGHQLIVNVLQATDLPARVDG-RPRNP 750 760 770 780 790 260 270 280 290 300 KIAA00 YIKMTILPDKRHRVK--TRVLRKTLDPVFDETFTFYGIPYSQLQDLVLHFLVLSFDRFSR :.:: .:::. . : :....: :.: ...::.. . .... .:.. : . : .. KIAA03 YVKMYFLPDRSDKSKRRTKTVKKILEPKWNQTFVYSHVHRRDFRERMLEITVWDQPRVQE 800 810 820 830 840 850 310 320 330 340 350 360 KIAA00 DD--VIGEVMVPLAGVDPSTGKVQLTRDIIKRNIQKCISRGELQVSLSYQPVAQRMTVVV .. .::... : KIAA03 EESEFLGEILIELETALLDDEPHWYKLQTHDESSLPLPQPSPFMPRRHIHGESSSKKLQR 860 870 880 890 900 910 >>KIAA0751 ( 1200 res) hk04424 (1200 aa) initn: 169 init1: 100 opt: 177 Z-score: 174.3 bits: 43.0 E(): 0.00014 Smith-Waterman score: 181; 28.378% identity (64.189% similar) in 148 aa overlap (202-336:579-724) 180 190 200 210 220 KIAA00 SCIDQLPIKMDYGEELRSPITSLTPGESKTTSPSSPE--EDV---MLGSLTFSVDYNFPK ::: :: .:: . :.:.... .. KIAA07 PRIPDSTHAQLESSSSSFESQKMDRPSISVTSPMSPGMLRDVPQFLSGQLSIKLWFDKVG 550 560 570 580 590 600 230 240 250 260 270 280 KIAA00 KALVVTIQEAHGLPVMDDQTQGSDPYIKMTILPDK--RHRVKTRVLRKTLDPVFDETFTF . :.::: :. :: .: . .::.:. .:::. ... .:....:::.: ...:: . KIAA07 HQLIVTILGAKDLPSREDG-RPRNPYVKIYFLPDRSDKNKRRTKTVKKTLEPKWNQTFIY 610 620 630 640 650 660 290 300 310 320 330 KIAA00 YGIPYSQLQDLVLHFLVLSFDRFSRDD--VIGEVMVPL--AGVD--PSTGKVQLTRDIIK . .... .:.. . . : ... .::... : : .: : :.: :.:. 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