# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03631.fasta.nr -Q ../query/KIAA0083.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0083, 1077 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7825303 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0944+/-0.000181; mu= 13.9002+/- 0.010 mean_var=71.3658+/-13.879, 0's: 28 Z-trim: 40 B-trim: 0 in 0/65 Lambda= 0.151820 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|122937299|ref|NP_001073918.1| DNA replication h (1146) 7107 1566.8 0 gi|114631066|ref|XP_001163213.1| PREDICTED: DNA2 D (1147) 7029 1549.7 0 gi|119370373|sp|P51530.3|DNA2L_HUMAN RecName: Full (1060) 6979 1538.7 0 gi|119574681|gb|EAW54296.1| hCG32858 [Homo sapiens (1068) 6902 1521.9 0 gi|55957531|emb|CAI17238.1| DNA2 DNA replication h (1040) 6830 1506.1 0 gi|194679327|ref|XP_613907.4| PREDICTED: similar t (1137) 6271 1383.7 0 gi|194205942|ref|XP_001502648.2| PREDICTED: DNA re (1055) 6134 1353.7 0 gi|194042294|ref|XP_001925667.1| PREDICTED: simila (1039) 6130 1352.8 0 gi|73953279|ref|XP_546133.2| PREDICTED: similar to (1046) 5795 1279.4 0 gi|119368660|sp|Q6ZQJ5.2|DNA2L_MOUSE RecName: Full (1062) 5624 1242.0 0 gi|26390571|dbj|BAC25919.1| unnamed protein produc (1062) 5616 1240.2 0 gi|109509445|ref|XP_241671.4| PREDICTED: similar t (1117) 5566 1229.3 0 gi|109510042|ref|XP_001080557.1| PREDICTED: simila (1072) 5560 1227.9 0 gi|126272592|ref|XP_001369134.1| PREDICTED: simila (1407) 5091 1125.3 0 gi|109732330|gb|AAI15717.1| Dna2 protein [Mus musc ( 966) 4917 1087.1 0 gi|39793966|gb|AAH63664.1| DNA2 protein [Homo sapi ( 829) 4417 977.5 0 gi|84627485|gb|AAI11741.1| DNA2 protein [Homo sapi ( 687) 4379 969.1 0 gi|19483918|gb|AAH25182.1| Dna2 protein [Mus muscu ( 800) 4369 967.0 0 gi|82105075|sp|Q8QHA5.1|DNA2L_XENLA RecName: Full= (1053) 4326 957.7 0 gi|220678691|emb|CAX13876.1| novel protein similar (1020) 3934 871.8 0 gi|189526935|ref|XP_687974.3| PREDICTED: similar t (1393) 3911 866.9 0 gi|82082124|sp|Q5ZKG3.1|DNA2L_CHICK RecName: Full= ( 992) 3828 848.6 0 gi|31657176|gb|AAH53574.1| DNA2 protein [Homo sapi ( 494) 3231 717.6 4.1e-204 gi|149625513|ref|XP_001520571.1| PREDICTED: simila ( 597) 3105 690.0 9.5e-196 gi|34783461|gb|AAH41115.1| DNA2 protein [Homo sapi ( 435) 2842 632.3 1.6e-178 gi|148700123|gb|EDL32070.1| DNA2 DNA replication h ( 998) 2408 537.5 1.3e-149 gi|55957530|emb|CAI17237.1| DNA2 DNA replication h ( 374) 2346 523.6 7.4e-146 gi|20380180|gb|AAH28188.1| DNA2 protein [Homo sapi ( 378) 2340 522.3 1.8e-145 gi|149043918|gb|EDL97369.1| rCG60675 [Rattus norve ( 991) 2326 519.6 3.3e-144 gi|149593466|ref|XP_001517413.1| PREDICTED: simila ( 449) 2149 480.6 8.3e-133 gi|109089566|ref|XP_001083328.1| PREDICTED: simila ( 329) 1943 435.3 2.5e-119 gi|198433360|ref|XP_002125539.1| PREDICTED: simila (1322) 1883 422.6 6.6e-115 gi|47218708|emb|CAG05680.1| unnamed protein produc (1043) 1828 410.5 2.3e-111 gi|20988116|gb|AAH30382.1| Dna2 protein [Mus muscu ( 357) 1773 398.1 4.3e-108 gi|221110029|ref|XP_002170802.1| PREDICTED: simila (1032) 1658 373.3 3.7e-100 gi|115655445|ref|XP_790939.2| PREDICTED: similar t ( 971) 1625 366.0 5.3e-98 gi|199433984|emb|CAR65924.1| DEHA2G06820p [Debaryo (1531) 1419 321.1 2.9e-84 gi|50426495|ref|XP_461844.1| hypothetical protein (1512) 1413 319.7 7.1e-84 gi|108884569|gb|EAT48794.1| DNA replication helica (1097) 1383 313.1 5.3e-82 gi|193620297|ref|XP_001944621.1| PREDICTED: simila (1073) 1329 301.2 1.9e-78 gi|157021006|gb|EDO64843.1| AGAP004685-PB [Anophel ( 951) 1287 292.0 1e-75 gi|157021005|gb|EAA03204.4| AGAP004685-PA [Anophel (1130) 1287 292.1 1.2e-75 gi|5052396|gb|AAD38528.1|AF144384_1 Dna2p [Schizos (1397) 1252 284.5 2.8e-73 gi|15213981|sp|Q9URU2.1|DNA2_SCHPO RecName: Full=D (1398) 1252 284.5 2.8e-73 gi|212003349|gb|EEB09009.1| DNA replication ATP-de (1178) 1247 283.3 5.2e-73 gi|30089668|gb|AAP20828.1| LD18775p [Drosophila me (1054) 1246 283.0 5.5e-73 gi|158031772|gb|AAF46543.2| CG2990, isoform C [Dro (1099) 1246 283.1 5.7e-73 gi|22833065|gb|AAN09623.1| CG2990, isoform B [Dros (1100) 1246 283.1 5.7e-73 gi|115756213|ref|XP_001201651.1| PREDICTED: simila ( 633) 1243 282.2 5.9e-73 gi|190648928|gb|EDV46206.1| GG18336 [Drosophila er (1100) 1239 281.5 1.7e-72 >>gi|122937299|ref|NP_001073918.1| DNA replication helic (1146 aa) initn: 7107 init1: 7107 opt: 7107 Z-score: 8403.9 bits: 1566.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 7107; 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