# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02399.fasta.huge -Q ../query/KIAA0170.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0170, 2090 aa vs ./tmplib.23147 library 1985415 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.4489+/-0.0122; mu= -33.4252+/- 0.819 mean_var=722.1147+/-174.707, 0's: 0 Z-trim: 26 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.047728 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800) 438 47.3 6.7e-05 KIAA0563 ( 1652 res) fh23589 (1652) 351 41.1 0.0029 KIAA1211 ( 803 res) fh00041 ( 803) 317 38.5 0.0086 >>KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800 aa) initn: 201 init1: 164 opt: 438 Z-score: 179.8 bits: 47.3 E(): 6.7e-05 Smith-Waterman score: 625; 21.515% identity (49.012% similar) in 1822 aa overlap (177-1829:740-2496) 150 160 170 180 190 200 KIAA01 TVEETPRVQGETQPQRLLLAEDSEEEVDFLSERRMVKKSRTTSSSVIVPESDEEGHSPVL :. : ...:. : : .: .. ....: KIAA03 TPARRGRSRSRTPARRSGRSRSRTPARRGRSRSRTPRRGRSRSRS-LVRRGRSHSRTPQR 710 720 730 740 750 760 210 220 230 240 250 260 KIAA01 GGLGPPFAFNLN----SDTDVEEGQQPATEEASSAARRGATVEAKQSEAEVVTEIQ--LE : . . : :. . ...: ... ..::. .. . .:.:. .. : KIAA03 RGRSGSSSERKNKSRTSQRRSRSNSSPEMKKSRISSRRSRSLSSPRSKAKSRLSLRRSLS 770 780 790 800 810 820 270 280 290 300 310 320 KIAA01 KDQPLVKERDNDTKVKRGAGNGVVPAGVILERSQPPGEDSDTDVDDDSRPPGRPAEVHLE ..: :.... . .:.. . : . :: .. ... .. :.. 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KIAA03 RGLQRSRSRSRREKTRTTRRRDRSGSSQSTSRRRQRSRSRSRVTRRRRGGSGYHSRSPAR 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1260 1270 1280 1290 1300 1310 KIAA01 PVTSEPTYQATRGR-------KNRSSVKT-PEPVVPTAPELRPSTST-DRPVTPKPTSRT .:. . . ::: ..:: .: : : . . :.: .: :: . : KIAA03 QESSRTSSRRRRGRSRTPPTSRKRSRSRTSPAPWKRSRSRASPATHRRSRSRTPLISRRR 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA01 TRSRTNMSSVKTPETVVPTAPELQISTSTDQPV--------TPKPTSRTTRSRTNMSSVK .:::: : :. .. :. . : : .:: :: : : .:::: . . KIAA03 SRSRT--SPVSRRRSRSRTSVTRRRSRSRASPVSRRRSRSRTPPVTRRRSRSRTPTTRRR 1940 1950 1960 1970 1980 1990 1370 1380 1390 1400 1410 1420 KIAA01 NPESTVPIAPELPPSTSTEQPVTPEPT-SRATRGRKNRSSGKT-PETLVPTAPKLEPSTS . : :.. . : : ::: . . ::.. . :: ..: : : . . : : KIAA03 SRSRTPPVTRRR--SRSRTPPVTRRRSRSRTSPITRRRSRSRTSPVTRRRSRSRTSPVTR 2000 2010 2020 2030 2040 2050 1430 1440 1450 1460 1470 KIAA01 TDQPVTPEP-TSQATRGRTNRSSVKTPETVVPTAPELQPSTSTDQPVTPEPTSQATR-GR . : : . .:.:: . . .. .: :. . . . . . :.. : .: KIAA03 RRSRSRTSPVTRRRSRSRTPPAIRRRSRSRTPLLPRKRSRSRSPLAIRRRSRSRTPRTAR 2060 2070 2080 2090 2100 2110 1480 1490 1500 1510 1520 1530 KIAA01 TDRSSVKTPETVVPTAPELQAS-ASTDQPVTSEPTSRTTRGRKNRSSVKTPETVVPAA-- :: ...: :. . .:: .:.:. .. : . .:.:. .:: ... .. KIAA03 GKRSLTRSP----PAIRRRSASGSSSDRSRSATPPA-----TRNHSGSRTPPVALNSSRM 2120 2130 2140 2150 2160 1540 1550 1560 1570 1580 KIAA01 -----PELQPPTSTDRPVTP---EP--TSRATRGRTNRSSVKTPESIVPIAPELQPST-- : ..: : :: .: :: .::. . .... . .. : :. : .. KIAA03 SCFSRPSMSP-TPLDRCRSPGMLEPLGSSRTPMSVLQQAGGSMMDGPGPRIPDHQRTSVP 2170 2180 2190 2200 2210 2220 1590 1600 1610 1620 KIAA01 -----SRNQLVT---------PEPTSRATRCRTNRSSVKTPEPVVP--TAPEPH-----P :: :. : :. :. . :.: .: :.. ::: . : KIAA03 ENHAQSRIALALTAISLGTARPPPSMSAAGLAARMSQVPAPVPLMSLRTAPAANLASRIP 2230 2240 2250 2260 2270 2280 1630 1640 1650 1660 KIAA01 TTSTDQ--------PVTPKLTSRATRRKTNRSS---VKTPKP-VEPAASDL-EPFTPTDQ ..:. :. : .. : : .. . .:. : :.: .: .: ::: KIAA03 AASAAAMNLASARTPAIPTAVNLADSRTPAAAAAMNLASPRTAVAPSAVNLADPRTPTAP 2290 2300 2310 2320 2330 2340 1670 1680 1690 1700 1710 1720 KIAA01 SV------TPEAIAQGGQSKTLRSSTVRAMPVPT-TPEFQSPVTTDQPISPEPI--TQPS .: :: :.: . . . :. .: . :: :.:.... ..:. : : KIAA03 AVNLAGARTPAALAALSLTGSGTPPTAANYPSSSRTP--QAPASANL-VGPRSAHATAPV 2350 2360 2370 2380 2390 1730 1740 1750 1760 1770 KIAA01 CI--KRQRAAGNPGSLAAPIDHKPCSAPLEPK-SQASRNQRWGAVRAAESLTAIPEPASP : .: :: :.::. :: . : : :. .. . : : ... .:: KIAA03 NIAGSRTAAALAPASLT--------SARMAPALSGANLTSPRVPLSAYERVSG---RTSP 2400 2410 2420 2430 2440 1780 1790 1800 1810 1820 1830 KIAA01 QLLETPIHASQIQKVEPAGRSRFTPELQPKASQSRKRSLATMDSPPHQKQPQRGEVSQKT ::. :. :. .::.: : :. :. .. . :: : ::. 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KIAA05 ETLEDIQSSSLQQEAPAQL----PQLLEEEPSSMQQEAPAL-P-PESSMESLTLPNHEVS 250 260 270 280 290 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA01 PVPSGSQSGGRGSP-VSPRRHQKGLLNCKMPPAE-KASRIRAAEKVSRGDQESPDACLPP : : ... : .. . . . . : : ..:. . .. .. :.: KIAA05 VQPPGEDQAYYHLPNITVKPADVEVTITSEPTNETESSQAQQETPIQFPEEVEPSATQQE 300 310 320 330 340 350 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA01 AVPEAPAPPQKPLNSQSQKHLAPPPLLSPLLPSIKPTVRKTRQDGSQ-EAPEAPLSSELE : : :.::.. : :... .:. :: . :..... .: :.: : KIAA05 APIEPPVPPMEHELSISEQQ-------QPVQPS--ESSREVESSPTQQETPGQP------ 360 370 380 390 400 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA01 PFHPKPKIRT--RKSSRMTPFPATSAAPEPHPSTSTAQPVTPKPTSQATRSRTNRSSVKT : : . . ..... :..:. : : .:.: . :: . . :.: : . KIAA05 PEHHEVTVSPPGHHQTHHLASPSVSVKPPDVQLTIAAEPSAEVGTSLVHQEATTRLS-GS 410 420 430 440 450 460 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA01 PEPVVPTAPELQPSTSTDQPVTSEPTSQVTRGRKSRSSVKTPETVVPTALELQPSTSTDR . : : : .: . : .:: .. .. ....: ..:: : : .:: . .. KIAA05 GNDVEP--PAIQHGGPPLLPESSEEAGPLAV--QQETSFQSPE---PINNE-NPSPTQQE 470 480 490 500 510 1220 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA01 PVTSEPTSQATRGRKNRSSVKTPEPVVPTAPELQPSTSTDQPVTSEPTYQATRGRKNRSS .. .: . : .:... . ..: . ::. :.. . :: ::: . . KIAA05 AAAEHPQT-AEEGESSLTHQEAPAQT----PEF-PNVVVAQPPEHSHLTQATVQPLDLGF 520 530 540 550 560 1280 1290 1300 1310 1320 1330 KIAA01 VKTPEPVVPTAPELRPS---TSTDRPVTPKPTSRTTRSRTNMSSVKTPETVVPTAPELQI . ::: . : :: :. : :. : : :. .. :: . . .. :..: . . KIAA05 TITPESM--TEVELSPTMKETPTQPPKKVVPQLRVYQGVTNPTPGQD-QAQHPVSPSVTV 570 580 590 600 610 620 1340 1350 1360 1370 1380 1390 KIAA01 ST-STDQPVTPKPTSRTTRS---RTNMSSVKNPESTVPIAPELPPSTSTEQPVTPEPTSR . . .::.::... .: . .. : :.:: :.: : ...:.. .: KIAA05 QLLDLGLTITPEPTTEVGHSTPPKRTIVSPKHPEVTLP----HPDQVQTQHS----HLTR 630 640 650 660 670 1400 1410 1420 1430 1440 1450 KIAA01 ATRGRKNRSSGKTPETLVPTAPKLEPSTSTDQPVTPEPT-SQATRGRTNRSSVKTPETVV :: . . ::.... . :. :.. : :: : . .:....: . : :: KIAA05 ATVQPLDLGFTITPKSMTEVEPSTALMTTAPPPGHPEVTLPPSDKGQAQHSHL-TQATVQ 680 690 700 710 720 730 1460 1470 1480 1490 1500 KIAA01 PTAPELQPSTSTDQPVTPEPTSQATRGRTDRSSVKTPE---TVVPTAPELQASASTDQPV : :: .:. : : :: :...:.. :. ...: : ... :: KIAA05 PLDLELTITTKPTTEVKPSPT-------TEETSTQLPDLGLAIIPE-PTTETGHSTALEK 740 750 760 770 780 1510 1520 1530 1540 1550 1560 KIAA01 TSEPT-SRTTRGRKNRSSVKTPETVV-PAAPEL-QPPTSTDRPVTPEPTSRATRGRTNRS :. : .:. ... . : : : . :: : : . :. . : . . :: KIAA05 TTAPRPDRVQTLHRSLTEVTGPPTELEPAQDSLVQSESYTQNKALTAPEEHKASTSTNIC 790 800 810 820 830 840 1570 1580 1590 1600 1610 1620 KIAA01 SVKTPESIVPIAPELQPSTSRNQLVTPEPTSRATRCRTNRSSVKTPEPVVPTAPEPHPTT . : . . .:.: :. .:::.. 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