# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02501s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0178.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0178, 1233 aa vs ./tmplib.23147 library 1986272 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9732+/-0.00699; mu= -15.0973+/- 0.465 mean_var=557.2612+/-137.311, 0's: 0 Z-trim: 27 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.054331 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2034 ( 1571 res) ah04445 (1571) 388 47.0 2.8e-05 KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984) 373 45.9 7.4e-05 KIAA1512 ( 2010 res) fg04660y1 (2010) 365 45.3 0.00011 KIAA0619 ( 1428 res) hg04117 (1428) 346 43.6 0.00026 KIAA1749 ( 1047 res) pj02119y1 (1047) 288 38.9 0.0051 >>KIAA2034 ( 1571 res) ah04445 (1571 aa) initn: 177 init1: 88 opt: 388 Z-score: 186.5 bits: 47.0 E(): 2.8e-05 Smith-Waterman score: 481; 21.429% identity (54.952% similar) in 1050 aa overlap (114-1066:447-1455) 90 100 110 120 130 140 KIAA01 YSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEELEKLGILIK--ARNFLVFQGAVE :. ..::.:. : . ::. .:: : KIAA20 AAYLKLRHWQWWRLFTKVKPLLQVTRQDEVLQARAQELQKVQELQQQSAREVGELQGRVA 420 430 440 450 460 470 150 160 170 180 190 200 KIAA01 SIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDKRKKEMVKAEEDTQFNYHRKKNIAAERKE-AK .. .::. : :.. .:: : .. . ... ... .. . . ..:..: .. 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KIAA08 LNVSTK---LRQLEEERNSLQDQLD-EEMEAKQNLERHISTLNIQL-SDSKKKLQDFAST 1350 1360 1370 1380 1390 750 760 770 780 790 800 KIAA01 INDIKRIIQSREREMKDLKEKMNQVEDEVFEEFCREIGVRNIREFEEEKVKRQNEIAKKR .. .. ....: .:.... .: :... ..:. : . :.:. KIAA08 VEALE---EGKKRFQKEIENLTQQYEEKA----------AAYDKLEKTKNRLQQELDDLV 1400 1410 1420 1430 1440 810 820 830 840 850 860 KIAA01 LEFENQKTRLGIQLDFEKNQLKEDQ----DKVHMWEQTVKKDENEIEKLKKEEQ--RHMK ....::. .. ..::.: : :: .: . . ..:. : : .:: . . KIAA08 VDLDNQRQLVS---NLEKKQRKFDQLLAEEKNISSKYADERDRAEAEAREKETKALSLAR 1450 1460 1470 1480 1490 1500 870 880 890 900 910 920 KIAA01 IIDETMAQLQDLKNQHLAKKSEVNDKNHEMEEIRKKLGGANKEMTHLQKEVTAIETKLEQ ..:.. ..:. . :.:..: ... :.. .: :. .. ..:.::. KIAA08 ALEEALEAKEELERTNKMLKAEMEDLVSSKDDVGKNVHELEKSKRALETQMEEMKTQLEE 1510 1520 1530 1540 1550 1560 930 940 950 960 970 KIAA01 KRSDRHNLLQACKMQDIKLPLSKGTMDDISQEEGSSQGEDSVSGSQRISSIYARE----- ... . .: .... :: .. : . . :.:.. :: : : KIAA08 LEDELQATEDAKLRLEVNMQALKGQFERDLQAR-DEQNEEKRRQLQRQLHEYETELEDER 1570 1580 1590 1600 1610 1620 980 990 1000 1010 KIAA01 ---ALIEIDYGDLCEDLKDA--QA-------EEEIKQ------EMNTLQQKLNEQQSVLQ :: : :::: :: :: ::: .:. .:..:.. .. . 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KIAA15 QSLEELRRQLEEESKAKSALAHAVQALR--HDC-DLLREQHEEEAEAQAELQRLLSKANA 1390 1400 1410 1420 1430 1440 590 600 610 620 630 KIAA01 E--KLRELKGAKLVIDVIRYEPPHIKKALQYACGNALV------CDNVEDARRIAFGGHQ : . : : . . . : . : ::. .. : :...: :. KIAA15 EVAQWRSKYEADAIQRTEELEEAKKKLALRLQEAEEGVEAANAKCSSLEKAK-------L 1450 1460 1470 1480 1490 640 650 660 670 680 690 KIAA01 RHKTVALDGTLFQKSGVISGGASDLKAKARRWDEKAVDKLKEKKERLTEELKEQMKAKRK : .: . : :: . .. ...: : : .: :.:. :...: ::......: .. KIAA15 RLQTESEDVTLELERATSAAAALD---KKQRHLERAL----EERRRQEEEMQRELEAAQR 1500 1510 1520 1530 1540 700 710 720 730 740 750 KIAA01 EAELRQVQSQAHGLQM-RLKYSQSD-LEQTKT-RHLALNLQEK-SKLESELANFGPRIND : :.. : .. ::.... . :: .: .. ::::. : : .... : :.. KIAA15 E-------SRGLGTELFRLRHGHEEALEALETLKRENKNLQEEISDLTDQVSLSGKSIQE 1550 1560 1570 1580 1590 1600 760 770 780 790 800 810 KIAA01 IKRIIQSREREMKDLKEKMNQVEDEVFEEFCREIGVRNIREFEEEKVKRQNEIAKKRLEF ... .. : : .... ....: . : . . .. :. . :.. . ..:.: : KIAA15 LEKTKKALEGEKSEIQAALEEAEGALELEETKTLRIQ--LELSQVKAEVDRKLAEKDEEC 1610 1620 1630 1640 1650 820 830 840 850 860 KIAA01 ENQKTRLGIQLDFEKNQLKEDQDKVHMWE--QTVKKDENEIEKLKKEEQRHMKIIDETMA : : . : :. : . : . : . :: :.... :. . . . :..: KIAA15 AN--LRRNHQRAVESLQASLDAETRARNEALRLKKKMEGDLNDLELQLGHATRQATEAQA 1660 1670 1680 1690 1700 1710 870 880 890 900 910 920 KIAA01 QLQDLKNQHLAKKSEVNDKNHEMEEIRKKLGGANKEMTHLQKEVTAIETKLEQ-KRSDR- . .. : ... ..... :.... . ... . : :. ... ::: .:: : KIAA15 ATRLMQAQLKEEQAGRDEEQRLAAELHEQAQALERRASLLAAELEELRAALEQGERSRRL 1720 1730 1740 1750 1760 1770 930 940 950 960 970 980 KIAA01 --HNLLQACKMQDIKLPLSKGTMDDISQEEGS-SQ--GE-DSVSGSQRISSIYAREALIE ..::.: . .. . : ... .. :.. .: :: . .. .: . :..:. KIAA15 AEQELLEATERLNLLHSQNTGLLNQKKKLEADLAQLSGEVEEAAQERREAEEKAKKAIT- 1780 1790 1800 1810 1820 1830 990 1000 1010 1020 1030 KIAA01 IDYGDLCEDLKDAQ-AEEEIKQEMNTLQQKLNEQQSVLQRIAAPNMKAMEK-LESVRDKF : . . :.:: : . .... .::.: . : :. :.. ... .: ..... : KIAA15 -DAAMMAEELKKEQDTSAHLERMKKTLEQTVRELQARLEEAEQAALRGGKKQVQKLEAKV 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA01 QETSDEFEAARKRAKKAKQAFEQIKKERFDRFNACFESVATNIDEIYKALSRNSSAQAFL .: :..: .:. .: .. . :.:: KIAA15 RELEAELDAEQKKHAEALKGVR--KHERRVKELAYQAEEDRKNLARMQDLVDKLQSKVKS 1900 1910 1920 1930 1940 1950 >>KIAA0619 ( 1428 res) hg04117 (1428 aa) initn: 196 init1: 79 opt: 346 Z-score: 169.2 bits: 43.6 E(): 0.00026 Smith-Waterman score: 368; 23.162% identity (56.727% similar) in 721 aa overlap (351-1020:475-1159) 330 340 350 360 370 KIAA01 NAQKHYKKRKGDMDELEKEMLSVEKARQEFEERMEEESQS-QGRDLTLEE---NQVKKYH . : .:::: : . :::: :... . 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