# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02944.fasta.huge -Q ../query/KIAA0202.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0202, 508 aa vs ./tmplib.23147 library 1986997 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5253+/-0.00869; mu= 4.7271+/- 0.588 mean_var=267.7731+/-66.290, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 122 in 1/39 Lambda= 0.078377 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0128 ( 424 res) ha03961 ( 424) 2157 256.8 2.2e-69 KIAA0158 ( 367 res) ha03233 ( 367) 859 109.9 3.1e-25 KIAA0991 ( 630 res) hk06065 ( 630) 862 110.6 3.4e-25 >>KIAA0128 ( 424 res) ha03961 (424 aa) initn: 2157 init1: 2157 opt: 2157 Z-score: 1337.4 bits: 256.8 E(): 2.2e-69 Smith-Waterman score: 2157; 77.724% identity (93.947% similar) in 413 aa overlap (96-508:12-424) 70 80 90 100 110 120 KIAA02 PALVPAHPPGAELAMAATDLERFSNAEPEPRSLSLGGHVGFDSLPDQLVSKSVTQGFSFN :.. :.:::::::::::::.:::.::: :: KIAA01 TDIARQVGEGCRTVPLAGHVGFDSLPDQLVNKSVSQGFCFN 10 20 30 40 130 140 150 160 170 180 KIAA02 ILCVGETGIGKSTLMNTLFNTTFETEEASHHEACVRLRPQTYDLQESNVQLKLTIVDAVG ::::::::.::::::.::::: :: : :.: . :.:. .:::::::::.::::::..:: KIAA01 ILCVGETGLGKSTLMDTLFNTKFEGEPATHTQPGVQLQSNTYDLQESNVRLKLTIVSTVG 50 60 70 80 90 100 190 200 210 220 230 240 KIAA02 FGDQINKDESYRPIVDYIDAQFENYLQEELKIRRSLFDYHDTRIHVCLYFITPTGHSLKS :::::::..::.:::..:::::: :::::::::: : :::.:::::::::.:::::::: KIAA01 FGDQINKEDSYKPIVEFIDAQFEAYLQEELKIRRVLHTYHDSRIHVCLYFIAPTGHSLKS 110 120 130 140 150 160 250 260 270 280 290 300 KIAA02 LDLVTMKKLDSKVNIIPIIAKADTISKSELHKFKIKIMGELVSNGVQIYQFPTDDEAVAE :::::::::::::::::::::::.:::::: :::::: .:::::::::::::::::.::: KIAA01 LDLVTMKKLDSKVNIIPIIAKADAISKSELTKFKIKITSELVSNGVQIYQFPTDDESVAE 170 180 190 200 210 220 310 320 330 340 350 360 KIAA02 INAVMNAHLPFAVVGSTEEVKVGNKLVRARQYPWGVVQVENENHCDFVKLREMLIRVNME ::..:::::::::.:::::.:.:::..::::::::.:::::: ::::::::::::::::: KIAA01 INGTMNAHLPFAVIGSTEELKIGNKMMRARQYPWGTVQVENEAHCDFVKLREMLIRVNME 230 240 250 260 270 280 370 380 390 400 410 420 KIAA02 DLREQTHSRHYELYRRCKLEEMGFQDSDGDSQPFSLQETYEAKRKEFLSELQRKEEEMRQ :::::::.::::::::::::::::.:.: ::.::::::::::::.:::.:::.::::::: KIAA01 DLREQTHTRHYELYRRCKLEEMGFKDTDPDSKPFSLQETYEAKRNEFLGELQKKEEEMRQ 290 300 310 320 330 340 430 440 450 460 470 480 KIAA02 MFVNKVKETELELKEKERELHEKFEHLKRVHQEEKRKVEEKRRELEEETNAFNRRKAAVE :::..::: : :::: :.::::::..::..::.::.:.:.:.. :..:.:::..::.:.: KIAA01 MFVQRVKEKEAELKEAEKELHEKFDRLKKLHQDEKKKLEDKKKSLDDEVNAFKQRKTAAE 350 360 370 380 390 400 490 500 KIAA02 ALQSQALHATSQQPLRKDKDKKN ::::. .: ..: :..::.::: KIAA01 LLQSQGSQAGGSQTLKRDKEKKN 410 420 >>KIAA0158 ( 367 res) ha03233 (367 aa) initn: 784 init1: 259 opt: 859 Z-score: 544.9 bits: 109.9 E(): 3.1e-25 Smith-Waterman score: 859; 41.246% identity (73.591% similar) in 337 aa overlap (102-425:22-354) 80 90 100 110 120 130 KIAA02 HPPGAELAMAATDLERFSNAEPEPRSLSLGGHVGFDSLPDQLVSKSVTQGFSFNILCVGE :.::: .::.:. ::: .:: :... ::: KIAA01 DEASQKMSKQQPTQFINPETPGYVGFANLPNQVHRKSVKKGFEFTLMVVGE 10 20 30 40 50 140 150 160 170 180 KIAA02 TGIGKSTLMNTLFNTTFETEE-----ASHHEACVRLRPQTYDLQESNVQLKLTIVDAVGF .:.:::::.:.:: : . :. : . : :... .: ...: .:.:.::.::. :. KIAA01 SGLGKSTLINSLFLTDLYPERVIPGAAEKIERTVQIEASTVEIEERGVKLRLTVVDTPGY 60 70 80 90 100 110 190 200 210 220 230 240 KIAA02 GDQINKDESYRPIVDYIDAQFENYLQEELKI-RRSLFDYHDTRIHVCLYFITPTGHSLKS :: :: . .. :..::: ::: ::..: . :: ..: .:.: :.:::.: ::.:: KIAA01 GDAINCRDCFKTIISYIDEQFERYLHDESGLNRRHIID---NRVHCCFYFISPFGHGLKP 120 130 140 150 160 250 260 270 280 290 300 KIAA02 LDLVTMKKLDSKVNIIPIIAKADTISKSELHKFKIKIMGELVSNGVQIYQFPT----DDE ::.. :: . .::::.:.::::::.. .: ...: .:. :. ....::..: .:: KIAA01 LDVAFMKAIHNKVNIVPVIAKADTLTLKERERLKKRILDEIEEHNIKIYHLPDAESDEDE 170 180 190 200 210 220 310 320 330 340 350 360 KIAA02 AVAEINAVMNAHLPFAVVGSTEEVKVGNKLVRARQYPWGVVQVENENHCDFVKLREMLIR : . ...: .::.::::.. ... .: ::.: ::::::.::: .: ::.::: ::: KIAA01 DFKEQTRLLKASIPFSVVGSNQLIEAKGKKVRGRLYPWGVVEVENPEHNDFLKLRTMLI- 230 240 250 260 270 280 370 380 390 400 410 KIAA02 VNMEDLREQTHSRHYELYRRCKLEEMG--FQDSDGDSQPFSLQETYEAKR-KEFLSELQR ..:.::.: :.. ::: .: .:.. : .. : ... . :.. : .: .:.....: KIAA01 THMQDLQEVTQDLHYENFRSERLKRGGRKVENEDMNKDQILLEKEAELRRMQEMIARMQA 290 300 310 320 330 340 420 430 440 450 460 470 KIAA02 KEEEMRQMFVNKVKETELELKEKERELHEKFEHLKRVHQEEKRKVEEKRRELEEETNAFN . . . : KIAA01 QMQMQMQGGDGDGGALGHHV 350 360 >>KIAA0991 ( 630 res) hk06065 (630 aa) initn: 829 init1: 265 opt: 862 Z-score: 544.2 bits: 110.6 E(): 3.4e-25 Smith-Waterman score: 862; 41.193% identity (71.023% similar) in 352 aa overlap (47-386:270-611) 20 30 40 50 60 70 KIAA02 SRGRGQGRLRGFSRRRRQGEFPGSGHIGSIQPQPPGRSAS-RSRLVPVAAPALVPAH--- .:::: :. ::. . :::. : KIAA09 AEAPTAPSPAQTLENSEPAPVSQLQSRLEPKPQPPVAEATPRSQEATEAAPSCVGDMADT 240 250 260 270 280 290 80 90 100 110 120 130 KIAA02 PPGAELAMAATDLERFSNAEPEPRSLSLGGHVGFDSLPDQLVSKSVTQGFSFNILCVGET : : : .: . : : : .. :.::.::. .:. :.. ::: :::. ::.. KIAA09 PRDAGLKQAPA-----SRNEKAPVDF---GYVGIDSILEQMRRKAMKQGFEFNIMVVGQS 300 310 320 330 340 350 140 150 160 170 180 KIAA02 GIGKSTLMNTLFNTTF--ETEEASHHE---ACVRLRPQTYDLQESNVQLKLTIVDAVGFG :.:::::.::::.. . .. . . .: .... :.:..:..:..:::..:. ::: KIAA09 GLGKSTLINTLFKSKISRKSVQPTSEERIPKTIEIKSITHDIEEKGVRMKLTVIDTPGFG 360 370 380 390 400 410 190 200 210 220 230 240 KIAA02 DQINKDESYRPIVDYIDAQFENYLQEELKIRRSLFDYHDTRIHVCLYFITPTGHSLKSLD :.::... ..::. .:. :.:.:::::..: :. :::.: ::::: :::::. :: KIAA09 DHINNENCWQPIMKFINDQYEKYLQEEVNINRKK-RIPDTRVHCCLYFIPATGHSLRPLD 420 430 440 450 460 470 250 260 270 280 290 300 KIAA02 LVTMKKLDSKVNIIPIIAKADTISKSELHKFKIKIMGELVSNGVQIY---QFPTDDEAVA . ::.:.. :::.:.::::::.. : .:: .: ..:.:::...: .: :.: KIAA09 IEFMKRLSKVVNIVPVIAKADTLTLEERVHFKQRITADLLSNGIDVYPQKEFDEDSED-R 480 490 500 510 520 310 320 330 340 350 360 KIAA02 EINAVMNAHLPFAVVGSTEEVKVGNKLVRARQYPWGVVQVENENHCDFVKLREMLIRVNM .: . .::::::: .: .:..: . .:. ::...::: .::.:. ::..:::..: KIAA09 LVNEKFREMIPFAVVGSDHEYQVNGKRILGRKTKWGTIEVENTTHCEFAYLRDLLIRTHM 530 540 550 560 570 580 370 380 390 400 410 420 KIAA02 EDLREQTHSRHYELYRRCKLEEMGFQDSDGDSQPFSLQETYEAKRKEFLSELQRKEEEMR ..... : : :.: :: .:.: KIAA09 QNIKDITSSIHFEAYRVKRLNEGSSAMANGVEEKEPEAPEM 590 600 610 620 630 508 residues in 1 query sequences 1986997 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:11:26 2008 done: Thu Dec 18 15:11:27 2008 Total Scan time: 0.450 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]