# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02586.fasta.huge -Q ../query/KIAA0222.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0222, 1204 aa vs ./tmplib.23147 library 1986301 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0052+/-0.0115; mu= -2.4452+/- 0.786 mean_var=566.2776+/-134.456, 0's: 0 Z-trim: 32 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.053896 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0390 ( 1312 res) hj00075 (1312) 1000 93.8 1.9e-19 KIAA1956 ( 680 res) fk08713 ( 680) 304 39.2 0.0026 KIAA1827 ( 469 res) fk01409 ( 469) 297 38.4 0.0031 KIAA1611 ( 813 res) fj12627 ( 813) 297 38.8 0.0042 KIAA1710 ( 515 res) fj18457 ( 515) 286 37.6 0.0059 KIAA2007 ( 580 res) fj01689 ( 580) 278 37.1 0.0096 >>KIAA0390 ( 1312 res) hj00075 (1312 aa) initn: 1224 init1: 377 opt: 1000 Z-score: 441.1 bits: 93.8 E(): 1.9e-19 Smith-Waterman score: 1254; 38.264% identity (62.058% similar) in 622 aa overlap (66-647:133-739) 40 50 60 70 80 90 KIAA02 AASVLRMDRNREAEMELRRGPSPTRAGRGHEVDGDKATCHTCCICGKSFPFQSSLSQHMR : :. : . : .::: : :.: :: ::: KIAA03 EVDTSLNGRVDLQQFLNGQNLGIMSQMSDIEDDARKNRKYPCPLCGKRFRFNSILSLHMR 110 120 130 140 150 160 100 110 120 130 140 KIAA02 KHTGEKPYKCPYCDHRASQKGNLKIHIRSHRTGTLIQGH----EPEAGEAPLGE---MRA ::::::.:::::::::.::::::::.:.:. :.: .:. : . : : .: KIAA03 THTGEKPFKCPYCDHRAAQKGNLKIHLRTHKLGNLGKGRGRVREENRLLHELEERAILRD 170 180 190 200 210 220 150 160 170 180 190 200 KIAA02 SEGLDACASPTKSASACNRLLNGASQADGARVLNGASQADSGRVLLRSSKKGAEGSACAP .. . .: . . . .. : . . : : .. . . ... .: :: KIAA03 KQLKGSLLQPRPDLKPPPHAQQAPLAACTLALQANHSVPDVAHPVPSPKPASVQEDAVAP 230 240 250 260 270 280 210 220 230 240 250 260 KIAA02 GEAKAAVQCSFCKSQFERKKDLELHVHQAHKPFKCRLCSYATLREESLLSHIERDHITAQ . :. .:.:::..:.....:. :.. :::.:: ::..:. .:: :.::.:. ::::. 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KIAA18 IFSQKSDLIRHRKTHTDEKPYKCNKCGTAFREFSDLTAHFLIHSGEKPYECKECGKVFRY 260 270 280 290 300 310 330 340 350 360 370 380 KIAA02 PWFLKNHMKAHGPKTGSKNRPKSELDPI-ATINNVVQEEVIVAGLSLYEVCAKCGNLFTN : .: . : :: : .. . . .:.: .. : .: . :. : .::..:.. 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