# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha06751.fasta.huge -Q ../query/KIAA0269.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0269, 567 aa vs ./tmplib.23147 library 1986938 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.7564+/-0.0144; mu= -35.5934+/- 0.972 mean_var=859.9394+/-202.930, 0's: 0 Z-trim: 24 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.043736 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0900 ( 503 res) hk09606s1 ( 503) 1182 89.6 6.2e-19 KIAA1306 ( 1154 res) fh05845 (1154) 347 37.3 0.008 >>KIAA0900 ( 503 res) hk09606s1 (503 aa) initn: 1513 init1: 915 opt: 1182 Z-score: 431.8 bits: 89.6 E(): 6.2e-19 Smith-Waterman score: 1566; 49.911% identity (65.241% similar) in 561 aa overlap (9-565:2-501) 10 20 30 40 50 60 KIAA02 TGTKVNLKMPLVKRNIDPRHLCHTALPRGIKNELECVTNISLANIIRQLSSLSKYAEDIF ::::::::.:::::. :::.:: .::::::: .:: ::::::::::.::::: KIAA09 TMPLVKRNIEPRHLCRGALPEGITSELECVTNSTLAAIIRQLSSLSKHAEDIF 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA02 GELFNEAHSFSFRVNSLQERVDRLSVSVTQLDPKEEELSLQDITMRKAFRSSTIQDQQLF :::::::..: .:.::::.:.:::.:.::::: ::.:::::.:.:::.:::.::::. KIAA09 GELFNEANNFYIRANSLQDRIDRLAVKVTQLDSTVEEVSLQDINMKKAFKSSTVQDQQVV 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA02 DRKTLPIPLQETYDVCEQPPPLNILTPYRDDGKEGLKFYTNPSYFFDLWKEKMLQDTEDK .....: :. . :. ..::::::::::::: :.::::::.::::::::::::::::::: KIAA09 SKNSIPNPVADIYNQSDKPPPLNILTPYRDDKKDGLKFYTDPSYFFDLWKEKMLQDTEDK 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 KIAA02 RKEKRKQK-QKNLDRPHEPEKVPRAPHDRRREWQKLAQGPELAEDDANLLHKHIEVANGP :::::.:: :: .: . : : ..::.::. .: :: : : : . : .: KIAA09 RKEKRRQKEQKRIDGTTREVKKVRKARNRRQEWNMMAYDKELRPD--NRLSQ--SVYHGA 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 KIAA02 ASHFETRPQTYVDHMDGS-YSLSALPFSQMSELLTRAEERVLVRPHEPPPPPPMHGAGDA .:. :.: : . :: : : .. : : : : ..:::. KIAA09 SSEGSLSPDTRSHASDVTDYSYPATPNHSL---------------H-PQPVTPSYAAGDV 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 KIAA02 KPIPTCISSATGLIENRPQSPATGRTPVFVSPTPPPPPPPLPSALSTSSLRASMTSTPPP : ..: : :: : :..: .. : :::::: :.: ..:..:.: KIAA09 PPHGPASQAAEH--EYRPPS-ASARHMALNRPQQPPPPPP-PQAP-----EGSQASAPMA 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 410 KIAA02 PVPPPP-PPPATALQAPAVPPPPAPLQIAPGVLHPAPPPIAPPLVQP-SPPVARAAPVCE :. : :. :::: : : :. : .. :: .: .:: .: . KIAA09 PADYGMLPAQIIEYYNPSGPPPPPP----PPVIPSAQTAFVSPLQMPMQPPFPASASSTH 330 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 KIAA02 TVPVHPLPQGEVQGLPPPPPPPPLPPPGIRPSSPVTVTALAHPPSGLHPTPSTAPGPHVP ..: :: : . :::: ::: :::: ::. :: . KIAA09 AAPPHPPSTGLLVTAPPPPGPPP-PPPG--------------PPG---------PGSSLS 390 400 410 480 490 500 510 520 530 KIAA02 LMPPSPPSQVIPASEPKRHPSTLPVISDARSVLLEAIRKGIQLRKVEEQREQEAKHERIE : : :..: ::. . : :::::: :: ::: ::::.::.::::::::.: . KIAA09 SSPMHGP----PVAEAKRQEPAQPPISDARSDLLAAIRMGIQLKKVQEQREQEAKREPVG 420 430 440 450 460 470 540 550 560 KIAA02 NDVATILSRRIAVEYSDSEDDSEFDEVDWLE ::::::::::::::::::.::::::: :: KIAA09 NDVATILSRRIAVEYSDSDDDSEFDENDWSD 480 490 500 >>KIAA1306 ( 1154 res) fh05845 (1154 aa) initn: 517 init1: 202 opt: 347 Z-score: 142.6 bits: 37.3 E(): 0.008 Smith-Waterman score: 347; 31.502% identity (52.747% similar) in 273 aa overlap (305-559:864-1120) 280 290 300 310 320 330 KIAA02 AEERVLVRPHEPPPPPPMHGAGDAKPIPTCISSATGLIENRPQSPATGRTPVFVSPTPPP : . . .. ::. : : ..: ::: KIAA13 EGPPLAKVEASATLKRRIRAKQNQQENVKFILTESDTVKRRPK--AKERE---AGPEPPP 840 850 860 870 880 340 350 360 370 380 390 KIAA02 PPPPLPSALSTSSLRASMTSTPPPPVPPPPPP---PATAL-QAPAVPPPPAPLQIAPGVL : .. .: : . .. :: .:::::: : : : . : .::: . . KIAA13 PLSVYHNGTGTVRRRPASEQAGPPELPPPPPPAEPPPTDLAHLPPLPPPEGEAR------ 890 900 910 920 930 940 400 410 420 430 440 KIAA02 HPAPPPIAP-P-LVQPSPPV-ARAAPVCETVPVHPLPQG-EVQ---GLPPPPPPPPLPPP .:: ::..: : :.:: : . . .:. . ::. : : . ::. : ::: : : ::: KIAA13 KPAKPPVSPKPVLTQPVPKLQGSPTPTSKKVPL-PGPGSPEVKRAHGTPPPVSPKP-PPP 950 960 970 980 990 1000 450 460 470 480 490 KIAA02 GIRPSSPVTVTALAHPPSGL---HPTPSTAPGPHVPLM-PP-SPPSQ-VIPASEPKRHPS :..: : :.: ::: :.:: : : . : :: .::: . ::. :. KIAA13 ---PTAPKPVKAVAGLPSGSAGPSPAPSPARQPPAALAKPPGTPPSLGASPAKPPSPGAP 1010 1020 1030 1040 1050 500 510 520 530 540 550 KIAA02 TLPV-ISDARSVLLEAIRKGIQLRKVEEQREQEAKHERIENDVATILSRRIAVEYSDSED .: : . :.. : . : .. ....:. : . . ::: . .. KIAA13 ALHVPAKPPRAAAAAAAAAAAPPAPPEGASPGDSARQKLEETSACLAAALQAVEEKIRQE 1060 1070 1080 1090 1100 1110 560 KIAA02 DSEFDEVDWLE :.. KIAA13 DAQGPRDSAAEKSTGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE 1120 1130 1140 1150 567 residues in 1 query sequences 1986938 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:14:02 2008 done: Thu Dec 18 15:14:02 2008 Total Scan time: 0.490 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]