# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha06116mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0288.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0288, 1097 aa vs ./tmplib.23147 library 1986408 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4391+/-0.0103; mu= -8.0913+/- 0.693 mean_var=395.3609+/-94.950, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 135 in 1/39 Lambda= 0.064503 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0600 ( 1080 res) fh08981 (1080) 1792 181.7 4.7e-46 KIAA0744 ( 619 res) hk04110 ( 619) 1649 168.2 3.3e-42 KIAA0901 ( 1233 res) hk09716 (1233) 774 87.1 1.7e-17 >>KIAA0600 ( 1080 res) fh08981 (1080 aa) initn: 2641 init1: 1745 opt: 1792 Z-score: 918.6 bits: 181.7 E(): 4.7e-46 Smith-Waterman score: 3472; 52.848% identity (72.656% similar) in 1141 aa overlap (14-1097:44-1080) 10 20 30 40 KIAA02 AISNHLKEWTLLAMSSQSHPDGLSGRDQPVELLNPARVNHMPS :.: .. ::.:::. .:.: . .. .: KIAA06 CYRLSLLTSPQLHPLPSQPPTPASCRPRAGMNSPNESDGMSGREPSLEILPRTSLHSIPV 20 30 40 50 60 70 50 60 70 80 90 KIAA02 TVDVATALPLQVAPSAV-------PMDLRLDHQFSLPVAEPALREQQLQQELLALKQKQQ ::.: .:: .. ::.. : ..: . : .:.:::::::::::::::.:: KIAA06 TVEVKPVLP-RAMPSSMGGGGGGSPSPVELRGALVGSV-DPTLREQQLQQELLALKQQQQ 80 90 100 110 120 130 100 110 120 130 140 KIAA02 IQRQILIAEFQRQHEQLSRQHEAQLHEHIKQQQEMLAMKHQQELL--------EHQRKLE .:.:.:.::::.::..:.::::.::..:.:::::::: :.:::.: :.::. : KIAA06 LQKQLLFAEFQKQHDHLTRQHEVQLQKHLKQQQEMLAAKQQQEMLAAKRQQELEQQRQRE 140 150 160 170 180 190 150 160 170 180 190 200 KIAA02 RHRQEQELEKQHREQKLQQLKNKEKGKESAVASTEVKMKLQEFVLNKKKALAHRNLNHCI ..::: :::::. ::.: :.::::.::::.::::::..::::.:.:.: . .::: . 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KIAA06 TEQQEVLLGEGALT-MPREGSTESESTQEDLEEEDEEDDGEEEEDCIQVKDEEGESGAEE 600 610 620 630 640 650 600 610 620 630 640 650 KIAA02 -PSEQELLFRQQALLLEQQRIHQLRNYQASMEAAGIPVSFGGHRPLSRAQSSPASATFPV :. .: . :. . : .. :. ::: . : .: :. :.:.:::::. : KIAA06 GPDLEEPGAGYKKLFSDAQPLQPLQVYQAPLSLATVP-----HQALGRTQSSPAA---PG 660 670 680 690 700 710 660 670 680 690 700 710 KIAA02 SVQEPPTKPRFTTGLVYDTLMLKHQCTCGSSSSHPEHAGRIQSIWSRLQETGLRGKCECI ... :: .: .:: KIAA06 GMKSPPDQP------------VKH------------------------------------ 720 720 730 740 750 760 770 KIAA02 RGRKATLEELQTVHSEAHTLLYGTNPLNRQKLDSKKLLGSLASVFVRLPCGGVGVDSDTI :. :.:.. ::. .. :::::.::::::. KIAA06 --------------------LFTTGPIS-QKM------------YAVLPCGGIGVDSDTV 730 740 780 790 800 810 820 830 KIAA02 WNEVHSAGAARLAVGCVVELVFKVATGELKNGFAVVRPPGHHAEESTPMGFCYFNSVAVA :::.::..:.:.::::..::.::::.::::::::..::::::::::: ::::.:::::.. 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KIAA07 GFLQQNPSSLKNSKPDGVAGREQ---LLAQQRMHSMISSVDVKSEVPVGLEPIS- 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA02 PMDLRLDHQFSLPVAEPALREQQLQQELLALKQKQQIQRQILIAEFQRQHEQLSRQHEAQ :.::: : .. .::..:..::.::::::: ..:.::::.:.::::::.:::.:.:::.:: KIAA07 PLDLRTDLRMMMPVVDPVVREKQLQQELLLIQQQQQIQKQLLIAEFQKQHENLTRQHQAQ 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA02 LHEHIKQQQEMLAMKHQQELLEHQRKLERHRQEQELEKQHREQKLQQLKNKEKGKESAVA :.:::: :.::.:.::::::...:::..:::::.:...:::.: :..:..:.: ::: KIAA07 LQEHIK---ELLAIKQQQELLEKEQKLEQQRQEQEVERHRREQQLPPLRGKDRGRERAVA 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 KIAA02 STEVKMKLQEFVLNKK--KALAHRNLNHCISSDPRYWYGKTQHSSLDQSSPPQSGVSTSY :::::.:::::.:.:. : . :: .: :. :: ..:.:::::::: ::.: :: KIAA07 STEVKQKLQEFLLSKSATKDTPTNGKNHSVSRHPKLWYTAAHHTSLDQSSPPLSGTSPSY 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 KIAA02 NHPVLGMYDAKDDFPLRKTASEPNLKLRSRLKQKVAERRSSPLLRRKDGPVVTALKKRPL .. . : ::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::: :::..::: . KIAA07 KYTLPGAQDAKDDFPLRKTASEPNLKVRSRLKQKVAERRSSPLLRRKDGNVVTSFKKRMF 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 KIAA02 DVTDSACSSA-PGSGPSSPNNS-SGSVSA-ENGIAPAVPSIPAETSLAHRLVAREGSAAP .::.:. ::. ::::::::::. .:::. :... : .: .: .:.. .: : KIAA07 EVTESSVSSSSPGSGPSSPNNGPTGSVTENETSVLPPTPHAEQMVS-QQRILIHEDSMNL 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 KIAA02 LPLYTSPSLPNITLGLPATGPSAGTAGQ--QDTERLTLPALQQRLSLFPGTH--LTPYLS : ::::::::::::::::. :: .:.. .. .. .:.: . : :: . : : KIAA07 LSLYTSPSLPNITLGLPAV-PSQLNASNSLKEKQKCETQTLRQGVPL-PGQYGGSIPASS 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 KIAA02 TSP---LE-RDGGAAHSPLLQHMVLLEQPPAQAPLVTGLGALPLHAQS-LVGADRVSPSI . : :: . ...:. ::::..: :: : ::. :..::: :: :. .:.::.: KIAA07 SHPHVTLEGKPPNSSHQALLQHLLLKEQMRQQKLLVA--GGVPLHPQSPLATKERISPGI 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 KIAA02 ---HKLRQHRPLGRTQSAPLPQNAQALQHLVIQQQHQQFLEKHKQQFQQQQLQMNKIIPK ::: .::::.:::::::::. .: .:::::::::::::.:: :::..:::.. : KIAA07 RGTHKLPRHRPLNRTQSAPLPQS--TLAQLVIQQQHQQFLEKQKQY--QQQIHMNKLLSK 470 480 490 500 510 530 540 550 560 570 KIAA02 PSEPARQPESHPEETEEELREHQALLDEPYLDRLPG-----QKEAHA-------QAG-VQ : .:: :: ::.::::. ::. . :: :. .... : :.: :. KIAA07 SIEQLKQPGSHLEEAEEELQGDQAMQE----DRAPSSGNSTRSDSSACVDDTLGQVGAVK 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 KIAA02 VKQEPIESDEEEAEPPREVEPGQRQPSEQELLFRQQALLLEQQRIHQLRNYQASMEAAGI ::.::..:::. .:.: :.. :... .. : KIAA07 VKEEPVDSDEDAQ--IQEMESGEQAAFMQQVIGKDLAPGFVIKVII 580 590 600 610 640 650 660 670 680 690 KIAA02 PVSFGGHRPLSRAQSSPASATFPVSVQEPPTKPRFTTGLVYDTLMLKHQCTCGSSSSHPE >>KIAA0901 ( 1233 res) hk09716 (1233 aa) initn: 938 init1: 430 opt: 774 Z-score: 406.0 bits: 87.1 E(): 1.7e-17 Smith-Waterman score: 1030; 46.000% identity (69.750% similar) in 400 aa overlap (658-1045:483-853) 630 640 650 660 670 680 KIAA02 AGIPVSFGGHRPLSRAQSSPASATFPVSVQEPPTKPRFT-------TGLVYDTLMLKHQC :::. : .: :::::: :..: : KIAA09 WEVLVRSTETVERDNMEEDNVEESEEEGPWEPPVLPILTWPVLQSRTGLVYDQNMMNH-C 460 470 480 490 500 510 690 700 710 720 730 KIAA02 TCGSSSSHPEHAGRIQSIWSRLQETGLRGKCECIRGRKATLEELQTVHSEAHT-LLYGTN . .: ::: :: : ::.: :: :.: . : :: :: : :: .. : .:. KIAA09 NLWDSH-HPEVPQRILRIMCRLEELGLAGRCLTLTPRPATEAELLTCHSAEYVGHLRATE 520 530 540 550 560 570 740 750 760 770 780 790 KIAA02 PLNRQKLDSKKLLGSLASVFVRLPCGGVGVDSDTIWNEVHSAGAARLAVGCVVELVFKVA .. ..: .. ... :... : . . . :.::.: . .:: : KIAA09 KMKTRELHRES--SNFDSIYI---CPS-------------TFACAQLATGAACRLVEAVL 580 590 600 610 800 810 820 830 840 850 KIAA02 TGELKNGFAVVRPPGHHAEESTPMGFCYFNSVAVAAKLLQQRLS--VSKILIVDWDVHHG .::. :: :::::::::::... :::.::::::::. : .: . .::::::::::: KIAA09 SGEVLNGAAVVRPPGHHAEQDAACGFCFFNSVAVAARH-AQTISGHALRILIVDWDVHHG 620 630 640 650 660 670 860 870 880 890 900 910 KIAA02 NGTQQAFYSDPSVLYMSLHRYDDGNFFP-GS-GAPDEVGTGPGVGFNVNMAFTGGLDPPM ::::. : .::::::.:::::: :.::: :. :: ...: . :.::.::.:..: : : KIAA09 NGTQHMFEDDPSVLYVSLHRYDHGTFFPMGDEGASSQIGRAAGTGFTVNVAWNG---PRM 680 690 700 710 720 920 930 940 950 960 970 KIAA02 GDAEYLAAFRTVVMPIASEFAPDVVLVSSGFDAVEGHPTPLGGYNLSARCFGYLTKQLMG :::.::::.. .:.::: :: :..::::.::::..: :::: ..: . ...::. ::: KIAA09 GDADYLAAWHRLVLPIAYEFNPELVLVSAGFDAARGD--PLGGCQVSPEGYAHLTHLLMG 730 740 750 760 770 780 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA02 LAGGRIVLALEGGHDLTAICDASEACVSALLGNELDPLPEKVLQQRPNANAVRSMEKVME ::.:::.: ::::..::.: .. ::. .::: :: : .: . : ..:. :. .... KIAA09 LASGRIILILEGGYNLTSISESMAACTRSLLG---DPPPLLTLPRPPLSGALASITETIQ 790 800 810 820 830 840 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA02 IHSKYWRCLQRTTSTAGRSLIEAQTCENEEAETVTAMASLSVGVKPAEKRPDEEPMEEEP .: .::: :. KIAA09 VHRRYWRSLRVMKVEDREGPSSSKLVTKKAPQPAKPRLAERMTTREKKVLEAGMGKVTSA 850 860 870 880 890 900 1097 residues in 1 query sequences 1986408 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:14:43 2008 done: Thu Dec 18 15:14:44 2008 Total Scan time: 0.730 Total Display time: 0.130 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]