# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh25236.fasta.nr -Q ../query/KIAA0291.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0291, 1024 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7810375 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6682+/-0.000203; mu= 8.3710+/- 0.011 mean_var=137.7953+/-27.138, 0's: 43 Z-trim: 125 B-trim: 545 in 2/63 Lambda= 0.109259 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119590009|gb|EAW69603.1| cytoplasmic linker 2, (1011) 6459 1030.3 0 gi|114614005|ref|XP_531035.2| PREDICTED: cytoplasm (1011) 6445 1028.1 0 gi|148687480|gb|EDL19427.1| cytoplasmic linker 2, (1025) 5979 954.7 0 gi|24657655|gb|AAH39162.1| CAP-GLY domain containi (1012) 5954 950.7 0 gi|31418549|gb|AAH53048.1| CAP-GLY domain containi (1012) 5949 949.9 0 gi|119590010|gb|EAW69604.1| cytoplasmic linker 2, (1046) 3562 573.7 1.7e-160 gi|114614003|ref|XP_001150007.1| PREDICTED: cytopl (1046) 3561 573.5 1.9e-160 gi|119917079|ref|XP_583422.3| PREDICTED: similar t (1047) 3263 526.6 2.6e-146 gi|149063106|gb|EDM13429.1| cytoplasmic linker 2 [ (1047) 3201 516.8 2.2e-143 gi|76364161|sp|Q9Z0H8.2|CLIP2_MOUSE RecName: Full= (1047) 3173 512.4 4.8e-142 gi|148687481|gb|EDL19428.1| cytoplasmic linker 2, (1060) 3173 512.4 4.8e-142 gi|76364162|sp|O55156.1|CLIP2_RAT RecName: Full=CA (1046) 3096 500.3 2.2e-138 gi|73957730|ref|XP_546915.2| PREDICTED: similar to ( 983) 3086 498.6 6.1e-138 gi|3850794|emb|CAA13068.1| CLIP-115 [Mus musculus] (1046) 3084 498.4 8e-138 gi|126314548|ref|XP_001379664.1| PREDICTED: simila (1059) 2959 478.7 6.9e-132 gi|118100048|ref|XP_415736.2| PREDICTED: similar t (1040) 2720 441.0 1.5e-120 gi|52354715|gb|AAH82814.1| LOC494731 protein [Xeno (1489) 2071 338.8 1.2e-89 gi|149063305|gb|EDM13628.1| restin (Reed-Steinberg (1278) 2045 334.7 1.8e-88 gi|148687680|gb|EDL19627.1| restin (Reed-Steinberg (1391) 2044 334.5 2.2e-88 gi|81879884|sp|Q922J3.1|CLIP1_MOUSE RecName: Full= (1391) 2044 334.5 2.2e-88 gi|119618726|gb|EAW98320.1| restin (Reed-Steinberg (1392) 2017 330.3 4.2e-87 gi|180622|gb|AAA35693.1| cytoplasmic linker protei (1392) 2017 330.3 4.2e-87 gi|73994499|ref|XP_859560.1| PREDICTED: similar to (1392) 2017 330.3 4.2e-87 gi|194218939|ref|XP_001493911.2| PREDICTED: CAP-GL (1128) 2008 328.8 9.6e-87 gi|109099102|ref|XP_001097991.1| PREDICTED: restin (1392) 2006 328.5 1.4e-86 gi|89130381|gb|AAI14214.1| CAP-GLY domain containi (1392) 2004 328.2 1.7e-86 gi|149531150|ref|XP_001507612.1| PREDICTED: simila ( 672) 1984 324.8 9.1e-86 gi|134025749|gb|AAI35452.1| LOC100124823 protein [ (1150) 1987 325.5 9.7e-86 gi|194214356|ref|XP_001496868.2| PREDICTED: simila (2101) 1989 326.0 1.2e-85 gi|114647525|ref|XP_001166892.1| PREDICTED: restin (1175) 1976 323.8 3.3e-85 gi|114647507|ref|XP_001167104.1| PREDICTED: restin (1387) 1976 323.8 3.7e-85 gi|114647505|ref|XP_001167317.1| PREDICTED: restin (1389) 1976 323.8 3.7e-85 gi|126324220|ref|XP_001364577.1| PREDICTED: simila (1385) 1955 320.5 3.7e-84 gi|73994495|ref|XP_859497.1| PREDICTED: similar to (1316) 1917 314.5 2.2e-82 gi|49903415|gb|AAH76824.1| LOC445831 protein [Xeno (1429) 1908 313.1 6.4e-82 gi|47209963|emb|CAF92812.1| unnamed protein produc (1055) 1880 308.6 1.1e-80 gi|189519686|ref|XP_686943.3| PREDICTED: similar t ( 768) 1867 306.4 3.6e-80 gi|125817349|ref|XP_684289.2| PREDICTED: similar t (1041) 1817 298.6 1e-77 gi|149633353|ref|XP_001506575.1| PREDICTED: simila (1264) 1580 261.4 2.1e-66 gi|90084327|dbj|BAE91005.1| unnamed protein produc ( 293) 1565 258.4 3.8e-66 gi|3024541|sp|O42184.1|CLIP1_CHICK RecName: Full=C (1433) 1565 259.0 1.2e-65 gi|194042904|ref|XP_001929016.1| PREDICTED: simila (1437) 1551 256.8 5.6e-65 gi|116497023|gb|AAI26306.1| CLIP1 protein [Homo sa (1438) 1550 256.7 6.2e-65 gi|76638923|ref|XP_614458.2| PREDICTED: CAP-GLY do (1427) 1549 256.5 6.9e-65 gi|109658674|gb|AAI17210.1| CLIP1 protein [Homo sa (1438) 1548 256.4 7.7e-65 gi|266902|sp|P30622.1|CLIP1_HUMAN RecName: Full=CA (1427) 1543 255.6 1.3e-64 gi|73994487|ref|XP_859351.1| PREDICTED: similar to (1215) 1541 255.2 1.5e-64 gi|57105566|ref|XP_534659.1| PREDICTED: similar to (1427) 1541 255.3 1.6e-64 gi|73994501|ref|XP_859601.1| PREDICTED: similar to (1429) 1541 255.3 1.7e-64 gi|109099100|ref|XP_001098085.1| PREDICTED: restin (1427) 1523 252.4 1.2e-63 >>gi|119590009|gb|EAW69603.1| cytoplasmic linker 2, isof (1011 aa) initn: 6459 init1: 6459 opt: 6459 Z-score: 5505.9 bits: 1030.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 6459; 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