# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hf00226.fasta.huge -Q ../query/KIAA0295.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0295, 981 aa vs ./tmplib.23147 library 1986524 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8992+/-0.00603; mu= -6.1235+/- 0.405 mean_var=311.0239+/-72.608, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.072724 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1281 ( 1534 res) hh04108s1 (1534) 495 66.3 3.3e-11 KIAA0845 ( 1034 res) hk05234s1 (1034) 245 39.9 0.002 >>KIAA1281 ( 1534 res) hh04108s1 (1534 aa) initn: 1353 init1: 324 opt: 495 Z-score: 293.0 bits: 66.3 E(): 3.3e-11 Smith-Waterman score: 2215; 43.095% identity (64.782% similar) in 1079 aa overlap (1-981:513-1533) 10 20 30 KIAA02 KASPSSANKRKNKPLSDMELNSSSEDSKGS ::::::.::::::: ...:::::::.: . 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KIAA08 PEKAKSPVKEEAKTPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPEKAKTLD--VKSPEAKT---PAKEE 740 750 760 770 780 460 470 480 490 500 510 KIAA02 KDSPYYQGFESYYSPSYAQSSPGALNPSSQAGVESQALKTKRDEEPESIEGKVKNDICEE :: . :. :: . . .: . . .. :. . : :.. : ::. . :: KIAA08 ARSPADKFPEKAKSPVKEEVK----SPEKAKSPLKEDAKAPEKEIPKKEE--VKSPVKEE 790 800 810 820 830 840 520 530 540 550 560 570 KIAA02 KKPELSSSSQQPSVIQQRPNMYMQSLYYNQYAYVPPYGYSDQSYHTHLLSTNTAYRQQYE .::. . .. :. .. . : . : .. . . . : . . : KIAA08 EKPQEVKVKEPPKKAEE------------EKAPATPKTEEKKDSKKEEAPKKEAPKPKVE 850 860 870 880 580 590 600 610 620 KIAA02 EQQ-------KRQSLEQQQRGVDKKAEMGLKEREAALKEEWKQKPSIPPTLTKAPSLTDL :.. :....: ... .. : .. :.:: : : :. .: :.. KIAA08 EKKEPAVEKPKESKVEAKKEEAEDKKKVPTPEKEAPAKVEVKED-------AKPKEKTEV 890 900 910 920 930 940 630 640 650 660 670 680 KIAA02 VKSGP--GKAKEPGADPAKSVIIPKLDDS----SKLPGQAPEGLKVKLSDASHLSKEASE .:. : .:::::. :. :. :. .: : . :. : . :::: :. KIAA08 AKKEPDDAKAKEPSKPAEKKEAAPEKKDTKEEKAKKPEEKPKTEAKAKEDDKTLSKEPSK 950 960 970 980 990 1000 690 700 710 720 730 740 KIAA02 AKTGAECGRQAEMDPILWYRQEAEPRMWTYVYPAKYSDIKSEDERWKEERDRKLKEERSR : KIAA08 PKAEKAEKSSSTDQKDSKPPEKATEDKAAKGK 1010 1020 1030 981 residues in 1 query sequences 1986524 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:15:01 2008 done: Thu Dec 18 15:15:02 2008 Total Scan time: 0.670 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]