# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hf00368.fasta.huge -Q ../query/KIAA0299.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0299, 1907 aa vs ./tmplib.23147 library 1985598 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9439+/-0.00798; mu= -1.1574+/- 0.538 mean_var=285.0149+/-68.485, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.075970 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0716 ( 1388 res) ah04178 (1388) 4860 547.9 6.4e-156 KIAA0209 ( 1842 res) ha04649 (1842) 2020 236.7 3.9e-62 KIAA1771 ( 1302 res) pj02581(revised) (1302) 283 46.2 6.3e-05 >>KIAA0716 ( 1388 res) ah04178 (1388 aa) initn: 3433 init1: 3112 opt: 4860 Z-score: 2891.1 bits: 547.9 E(): 6.4e-156 Smith-Waterman score: 5207; 56.634% identity (79.539% similar) in 1432 aa overlap (463-1883:12-1384) 440 450 460 470 480 490 KIAA02 FNNHALYLGLPCCKEDYNGCPNIPSSLIFQRSTKESFFISTQLSSTKLTQNVDLLALLKW ..::::: :.. : ::::::: :.: :::: KIAA07 GIFLGNNNQAMKATKESFCITSFLCSTKLTQNGDMLDLLKW 10 20 30 40 500 510 520 530 540 550 KIAA02 KAFPDRIMDVLGRLRHVSGEEIVKFLQDILDTLFVILDDNTEKYGLLVFQSLVFIINLLR .. ::.: :..:....: :::::::: ::::: :::.:..::: ::.::: :::::. 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KIAA07 SP--GLISNSPVLSGSYSSGISSLSRCSTSETSGFENQVNEQSAPLPVPVPVPVPSYGGE 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1810 1820 1830 1840 1850 1860 KIAA02 EDL-EPPYLPVHYSLSESAVLDSIKAQPCRSHSAPGCVIPQDPMDPPALPPKPYHPRLPA : . . : ::. : .. . : :: :: .:::::::: : KIAA07 EPVRKESKTPPPYSVYERTLRRPVPL-P---HSLS---IPVTS-EPPALPPKPLAARSSH 1320 1330 1340 1350 1360 1870 1880 1890 1900 KIAA02 LEHDEGVLLREETERPRGLHRKAPLPPGSAKEEQARMAWEHGRGEQ ::. :. . ::: : :: KIAA07 LEN--GARRTDPGPRPRPLPRKVSQL 1370 1380 >>KIAA0209 ( 1842 res) ha04649 (1842 aa) initn: 2564 init1: 617 opt: 2020 Z-score: 1207.4 bits: 236.7 E(): 3.9e-62 Smith-Waterman score: 3647; 38.594% identity (70.927% similar) in 1565 aa overlap (3-1535:140-1656) 10 20 30 KIAA02 DLRRQLLSGHLTQDQVREVKRHITVRLDWGNE : ::::: : .:...:.:...: ..:.::. KIAA02 WGSIWKQLYVASKKERFLQVQSMMYDLMEWRSQLLSGTLPKDELKELKQKVTSKIDYGNK 110 120 130 140 150 160 40 50 60 70 80 90 KIAA02 HLGLDLVPR-KDFEVVDSDQISVSDLYKMHLSSRQSVQQSTSQ-VDTMRPRHGETCRMPV : :::. : .: ...: :. :: .:.. : . ... . .. .. .: .. :. 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