# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00186.fasta.huge -Q ../query/KIAA0313.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0313, 1508 aa vs ./tmplib.23147 library 1985997 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2392+/-0.0083; mu= -1.5085+/- 0.564 mean_var=288.5283+/-68.245, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.075506 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0277 ( 583 res) ha06833 ( 583) 576 77.1 1.1e-14 KIAA0351 ( 590 res) hg01609 ( 590) 289 45.8 2.9e-05 KIAA1308 ( 745 res) fh08652 ( 745) 236 40.1 0.0019 KIAA0959 ( 820 res) hj05718 ( 820) 231 39.6 0.0029 KIAA0846 ( 691 res) hk05386 ( 691) 214 37.7 0.0094 KIAA1526 ( 963 res) fj04743(revised) ( 963) 217 38.2 0.0094 >>KIAA0277 ( 583 res) ha06833 (583 aa) initn: 625 init1: 335 opt: 576 Z-score: 355.4 bits: 77.1 E(): 1.1e-14 Smith-Waterman score: 582; 29.541% identity (60.080% similar) in 501 aa overlap (422-914:65-535) 400 410 420 430 440 KIAA03 RRLMTLTKPSREAPLPFILLGGSEKGFGIFVDSVDSGSKATEAGLKRGDQILE--VNGQN :::. : .. .: ..::: .: . 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KIAA13 AMKDYLYGRLINFEKRRKEFEVIAQIKLLQSACNNYSIAPDEQFGAWFRAVERLSETESY 380 390 400 410 420 430 950 960 970 980 990 1000 KIAA03 ATVLDV---AQTGGHKKRVRRSSFLNAKKLYEDAQMARKVKQYLSNLELEMDEESLQTLS .. ...... :..... . : . : : ..: . .: . . KIAA13 NLSCELEPPSESASNTLRTKKNTAIV--KRWSDRQAPS------TELSTSGSSHSKSCDQ 440 450 460 470 480 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA03 LQCEP-----------ATNTLPKNPGDKKPVKSETSPVAPRAGSQQKAQSLPQPQQQ-PP :.: : .... .. .: . .. : .: :...:. . :.:: : KIAA13 LRCGPYLSSGDIADALSVHSAGSSSSDVEEINISFVPESPD-GQEKKVTACPSPQYPFPS 490 500 510 520 530 540 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA03 PAHKINQGLQVPAVSLYPSRKKVPVKDLP---PFG------INSPQALKKILSLSEEGSL : : .: . : . : . .. :. .: : : . ::..: :.. :.: KIAA13 PHSKSMHGARKPWI-LNTASRRFPIWQLAWGAPTGQWDLLILPSPSVLGISLTVIP-GDL 550 560 570 580 590 600 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA03 ERHKKQAEDTISNASSQLSSPPTSPQSSPRKGYTLAPSGTVDNFSDSGHSEISSRSSIVS ::. KIAA13 -RHQLSLQQHLVLLSLHHARGCHTHPQALCLRALQLQLRAAALQPAGGRLLYHPRQPGRG 610 620 630 640 650 660 >>KIAA0959 ( 820 res) hj05718 (820 aa) initn: 205 init1: 136 opt: 231 Z-score: 150.4 bits: 39.6 E(): 0.0029 Smith-Waterman score: 271; 23.377% identity (54.174% similar) in 539 aa overlap (698-1205:256-752) 670 680 690 700 710 720 KIAA03 PEGVIKQRRLPDQLSKLADRIQLSGRYYLKNNMETETLCSDEDAQELLRESQISLLQLST :.. . : :. .:: . . .: KIAA09 YLTRMMPGSDPERRAQNLLEQFQKQEVETDNGLPNTISFSLEEEEELEGGESAEFTCFSE 230 240 250 260 270 280 730 740 750 760 770 780 KIAA03 VEVATQLSMRNFELFRNIEPTEYIDDLFKLRSKTSCANLK-RFEEVINQETFW---VASE :: ::.. . .::... : . . ... :.: .: .. .:.: . :.: KIAA09 DLVAEQLTYMDAQLFKKVVPHHCLGCIWSRRDKKENKHLAPTIRATISQFNTLTKCVVST 290 300 310 320 330 340 790 800 810 820 830 840 KIAA03 IL--RETNQLKRMKIIKHFIKIALHCRECKNFNSMFAIISGLNLAPVARLRTTWEKLPNK :: .: . .: :::...:.:: .:: :::.:. ::.:.:. . ::. :: .: KIAA09 ILGGKELKTQQRAKIIEKWINIAHECRLLKNFSSLRAIVSALQSNSIYRLKKTWAAVPRD 350 360 370 380 390 400 850 860 870 880 890 900 KIAA03 YEKLFQDLQDLFDPSRNMAKYRNVLNSQNLQPPIIPLFPVIKKDLTFLHEGNDSKVDGLV .:..:.:.: . . : :.:..: ...::. :: KIAA09 RMLMFEELSDIF------SDHNNHLTSREL----------------LMKEGT-SK----- 410 420 430 910 920 930 940 950 KIAA03 NFEKLRMIAKEI-RHVGRMASVNMDPALMFRTRKKKWRSLGSLSQGSTNATVLDVAQT-- : .: .:: ... : ... : ..: : ::.. :. :.::.: KIAA09 -FANLDSSVKENQKRTQRRLQLQKDMGVMQGTVPY----LGTFL---TDLTMLDTALQDY 440 450 460 470 480 960 970 980 990 1000 KIAA03 --GG---HKKRVRRSSFLNAKKLYEDAQMA------RKVKQYLSNLELEMDEESLQTLSL :: .:: :. . :: ..: . .: :... .: .::: .:: KIAA09 IEGGLINFEKRRREFEVIAQIKLLQSACNSYCMTPDQKFIQWFQRQQLLTEEESY-ALSC 490 500 510 520 530 540 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA03 QCEPATNTLPKNPGDKKPVKSETSPVAPRAGSQQKAQSLPQPQQQPPPAHKINQGLQVPA . : :... .: .: . .. : . ::.. .. : ..:: . . ..: .. . 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KIAA08 FINVAKKLLQLKNFNTLMAVVGGLSHSSISRLKETHSHLSSEVTKNWNEMTELVSSNGNY 230 240 250 260 270 280 860 870 880 890 900 910 KIAA03 AKYRNVLNSQNLQPPIIPLFPVIKKDLTFLHE-----GNDSKVDGLVNFEKLRMIAKEIR .::... . . ::.. : ::: .: ...::. .:....: . .:. KIAA08 CNYRKAFA--DCDGFKIPILGVHLKDLIAVHVIFPDWTEENKVN-IVKMHQLSVTLSELV 290 300 310 320 330 340 920 930 940 950 960 970 KIAA03 HVGRMASVNMDPALMFRTRKKKWRSLGSLSQGSTNATVLDVAQTGGHKKRVRRSSFLNAK . . :: ...: . KIAA08 SL-QNASHHLEPNMDLINLLTLSLDLYHTEDDIYKLSLVLEPRNSKSPTSPTTPNKPVVP 350 360 370 380 390 400 >>KIAA1526 ( 963 res) fj04743(revised) (963 aa) initn: 298 init1: 217 opt: 217 Z-score: 141.3 bits: 38.2 E(): 0.0094 Smith-Waterman score: 217; 50.000% identity (79.412% similar) in 68 aa overlap (406-473:346-413) 380 390 400 410 420 430 KIAA03 GGHLRLLNIACAAKAKRRLMTLTKPSREAPLPFILLGGSEKGFGIFVDSVDSGSKATEAG : . . ::.: :.::.. .:: ::.: .: KIAA15 QQEGDRRSTLHLLQGGDEKKVNLVLGDGRSLGLTIRGGAEYGLGIYITGVDPGSEAEGSG 320 330 340 350 360 370 440 450 460 470 480 490 KIAA03 LKRGDQILEVNGQNFENIQLSKAMEILRNNTHLSITVKTNLFVFKELLTRLSEEKRNGAP :: :::::::::..: :: ..:...:... :: .::: KIAA15 LKVGDQILEVNGRSFLNILHDEAVRLLKSSRHLILTVKDVGRLPHARTTVDETKWIASSR 380 390 400 410 420 430 500 510 520 530 540 550 KIAA03 HLPKIGDIKKASRYSIPDLAVDVEQVIGLEKVNKKSKANTVGGRNKLKKILDKTRISILP KIAA15 IRETMANSAGFLGDLTTEGINKPGFYKGPAGSQVTLSSLGNQTRVLLEEQARHLLNEQEH 440 450 460 470 480 490 1508 residues in 1 query sequences 1985997 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:15:59 2008 done: Thu Dec 18 15:16:00 2008 Total Scan time: 0.830 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]