# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/af02425.fasta.huge -Q ../query/KIAA0314.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0314, 1899 aa vs ./tmplib.23147 library 1985606 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.0849+/-0.0111; mu= -19.7649+/- 0.750 mean_var=548.9200+/-132.731, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.054742 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1476 ( 2142 res) fj04778s1 (2142) 904 87.8 3e-17 >>KIAA1476 ( 2142 res) fj04778s1 (2142 aa) initn: 2988 init1: 840 opt: 904 Z-score: 401.4 bits: 87.8 E(): 3e-17 Smith-Waterman score: 2932; 36.497% identity (60.701% similar) in 1570 aa overlap (467-1893:685-2140) 440 450 460 470 480 490 KIAA03 PAASPEISPEVCPAASTVVSPAVFSVVSPASSAVLPAVSLEVPLTASVTSPKASPVTSPA ::. :..:: : .: ..:: KIAA14 EEEDDDDKDQDESDSDTEGEKTSMKLNKTTSSVKSPSMSLTGHSTPRNLHIAKAPGSAPA 660 670 680 690 700 710 500 510 520 530 540 550 KIAA03 AAFP-TASPANKDVSSFLETTADVEEITGEGLTASG-SGDVMRRRIATPEEVRLPLQHGW : . ::: :: :.... ::.: :: :::.. .:.:.::..:: KIAA14 ALCSESQSPA------FLGTSSST-------LTSSPHSGTSKRRRVTDERELRIPLEYGW 720 730 740 750 760 560 570 580 590 600 610 KIAA03 RREVRIKKGSHRWQGETWYYGPCGKRMKQFPEVIKYLSRNVVHSVRREHFSFSPRMPVGD .::.::.. . : :::. ::.::::...:.::::: KIAA14 QRETRIRNFGGRLQGEVAYYAPCGKKLRQYPEVIK------------------------- 770 780 790 620 630 640 650 660 670 KIAA03 FFEERDTPEGLQWVQLSAEEIPSRIQAITGKRGRPRNTEKAKTKEVPKVKRGRGRPPKVK :.:: :. :.. ::.:. :.:::: : .. ...: ...: .::::.: KIAA14 ---------GMQWCLLKEEDVIPRIRAMEGRRGRPPNPDRQRAREESRMRRRKGRPPNVG 800 810 820 830 840 680 690 700 710 KIAA03 ITELLNKTDNRPLKKLEAQET------------LNEEDKAKIAKSKKKMR------QKVQ .:.:...: . :.::.::: :.....:..:: ::.. .: . KIAA14 NAEFLDNADAKLLRKLQAQEIARQAAQIKLLRKLQKQEQARVAKEAKKQQAIMAAEEKRK 850 860 870 880 890 900 720 730 740 750 760 KIAA03 RGECQTTIQGQARNKRKQET---KSLKQK---EAKKKSKAEKEKGKT--KQEKLKEK--- . : .. : . :: :. : :. . :::::.: : ..: ....::: KIAA14 QKEQIKIMKQQEKIKRIQQIRMEKELRAQQILEAKKKKKEEAANAKLLEAEKRIKEKEMR 910 920 930 940 950 960 770 780 790 800 KIAA03 ------VKREKKEKVKM-----------KEKEEVTKAKPACKADKTLATQRRLEERQRQQ .:....:. .. :. :: . : . .: : .:.::.:. . 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KIAA14 DGCDKGCHTYCHRPKITTIPDGDWFCPACIAK-ASGQTLKIKKLHVKGKKTNESKKGKKV 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1750 1760 1770 1780 1790 KIAA03 NFS-----EGDGRRRRVLLRGRESPAAGPRYSEEGLSPSKRRRLSM-------RNHHSDL ... : .. : :: .. : ::. : . .. :. :. .:: KIAA14 TLTGDTEDEDSASTSSSLKRGNKD--LKKRKMEENTSINLSKQESFTSVKKPKRDDSKDL 1990 2000 2010 2020 2030 2040 1800 1810 1820 1830 1840 1850 KIAA03 TFCEIILMEMESHDAAWPFLEPVNPRLVSGYRRIIKNPMDFSTMRERLLRGGYTSSEEFA ..: .:: :::.:. ::::: ::: .:: ::...::.::::::.::.: : : . : :: KIAA14 ALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFA 2050 2060 2070 2080 2090 2100 1860 1870 1880 1890 KIAA03 ADALLVFDNCQTFNEDDSEVGKAGHIMRRFFESRWEEFYQGKQANL :. ::::::.:::::::..:.::: ::..::..: . .. KIAA14 LDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKVS 2110 2120 2130 2140 1899 residues in 1 query sequences 1985606 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:16:01 2008 done: Thu Dec 18 15:16:03 2008 Total Scan time: 1.000 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]