# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01015.fasta.huge -Q ../query/KIAA0334.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0334, 848 aa vs ./tmplib.23147 library 1986657 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6793+/-0.00823; mu= -2.4787+/- 0.556 mean_var=277.8270+/-65.910, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.076946 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0307 ( 716 res) hg00066 ( 716) 235 40.1 0.0011 KIAA1819 ( 1173 res) hh00456 (1173) 223 39.0 0.0037 >>KIAA0307 ( 716 res) hg00066 (716 aa) initn: 328 init1: 99 opt: 235 Z-score: 158.2 bits: 40.1 E(): 0.0011 Smith-Waterman score: 419; 24.648% identity (55.634% similar) in 568 aa overlap (11-519:44-595) 10 20 30 40 KIAA03 YVMLFTVSCSKMSSIVDRDDSSIFDGLVEEDDKDKAKRVS : : .: :: :: . .: .: . KIAA03 DIPGSVTLPVAPMAATGQVRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDE---DG----EGPSKFSREN 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 KIAA03 RNKSEKKRRDQFNVLIKELGSMLPGN---ARKMDKSTVLQKSIDFLRKHKEITAQSDASE ... :...:.... : ::..:.: ::: :: :.:. ... ... . .: . KIAA03 HSEIERRKRNKMTQYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSMRGTGNKSTDGA 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 KIAA03 IRQDWKPTFLSNEEFTQLMLEALDGFFLAIMTD-GSIIYVSESVTSLLEHLPSDLVDQSI .::.::...:. .:.::: :::.... .. : .::::.::: .:.. :. ... KIAA03 ----YKPSFLTEQELKHLILEAADGFLFVVAAETGRVIYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTL 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 KIAA03 FNFI-PE-----------GEHSEVYKILSTHLLESDSLTPEYLKSKNQL------EFCCH .. . :. .:.: . .::. :.. .. : .:. .. : :. KIAA03 YEQVHPDDVEKLREQLCTSENSMTGRILD---LKTGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICR 190 200 210 220 230 200 210 220 230 240 KIAA03 MLRGT--ID--PKEPSTYEYVKF---IGNFKSLNSVSSSAH-NGF------EG-TIQRTH : :. .: : . : .: .: : .. . .: .:. : :: . KIAA03 MRCGNAPLDHLPLNRITTMRKRFRNGLGPVKEGEAQYAVVHCTGYIKAWPPAGMTIPEED 240 250 260 270 280 290 250 260 270 280 290 KIAA03 RPSYE-DRVCFVATVRL---ATPQFIKEMCTVEEPNEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPII . .. :.:: :: ..: . .: . :.: : :::. . . :.: : .: KIAA03 ADVGQGSKYCLVAIGRLQVTSSPVCM-DMNGMSVPTE-FLSRHNSDGIITFVDPRCISVI 300 310 320 330 340 350 300 310 320 330 340 350 KIAA03 GYLPFEVLGTSGYDYYHVDDLENLAKCHEHLMQY-GKGKSCYYRFLTKGQQWIWLQTHYY :: : ..:: . .. : .: .: . ..... :. : .::: ::...:. ..: . KIAA03 GYQPQDLLGKDILEFCHPEDQSHLRESFQQVVKLKGQVLSVMYRFRTKNREWMLIRTSSF 360 370 380 390 400 410 360 370 380 390 400 KIAA03 ITYHQWNSRPEFIVCTHTVVSY-----AEVRAERRRELGIEE----SLPETAADKSQDSG . .... :.:.::.: :. ::.....: :. . .:. : . . KIAA03 TFQNPYSDEIEYIICTNTNVKQLQQQQAELEVHQRDGLSSYDLSQVPVPNLPAGVHEAGK 420 430 440 450 460 470 410 420 430 440 450 460 KIAA03 SDNRINTVSLKEALERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVSDPS--STPTKIPTDTSTPPRQ : .. ... .: :: . . ..:... :: .:.. . : . .:. : . KIAA03 SVEKADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSSASAAGTQQIYSQGSPFPSGHSGKAFS 480 490 500 510 520 530 470 480 490 500 510 520 KIAA03 HLPAHEKMVQRRSSFSSQSINSQSVGSSLTQPVMSQATNLP------IPQGMSQFQFSAQ .: :. .: :: . : .... .:.: .. . . : ::. :. : : KIAA03 SSVVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQLNQSQVAWTGSRPPFPGQQIPSQSSKTQSSPF 540 550 560 570 580 590 530 540 550 560 570 580 KIAA03 LGAMQHLKDQLEQRTRMIEANIHRQQEELRKIQEQLQMVHGQGLQMFLQQSNPGLNFGSV KIAA03 GIGTSHTYPADPSSYSPLSSPATSSPSGNAYSSLANRTPGFAESGQSSGQFQGRPSEVWS 600 610 620 630 640 650 >>KIAA1819 ( 1173 res) hh00456 (1173 aa) initn: 302 init1: 177 opt: 223 Z-score: 148.5 bits: 39.0 E(): 0.0037 Smith-Waterman score: 303; 25.870% identity (55.000% similar) in 460 aa overlap (419-843:326-745) 390 400 410 420 430 440 KIAA03 RELGIEESLPETAADKSQDSGSDNRINTVSLKEALERFDHSPTPSASSRSSRKSSHTAVS :.: .... . .: :. .. ..... KIAA18 SKHMDGQMTQENIFPNRYGDDPGEQLMDPELQELFNELTNISVPPMSDLELENMINATIK 300 310 320 330 340 350 450 460 470 480 490 KIAA03 --DPSSTPTKIPTDTSTPPRQHLPAHEKMVQRRSSFS---------SQSINSQSVGSSLT :: . .. ::: : :: ::.: . : .: : .. :.: ... KIAA18 QDDPFNIDLGQQSQRSTP-RPSLPM-EKIVIK-SEYSPGLTQGPSGSPQLRPPSAGPAFS 360 370 380 390 400 410 500 510 520 530 540 550 KIAA03 QPVMSQATNLPIPQ-GMSQFQFSAQLGAMQHLKDQLE----QRTRMIEANIHRQQEELRK . . .:. :::. .:: : .. :: . : . : :. ..: :: ..:. .... KIAA18 MANSALSTSSPIPSVPQSQAQPQTGSGASRALPSWQEVSHAQQLKQIAAN-RQQHARMQQ 420 430 440 450 460 470 560 570 580 590 600 KIAA03 IQEQLQMVHGQGLQM--------FLQQSNPGLNFGSVQLSSGNSSNIQQLAPINMQGQVV :.: : .. ..: : :.. :. .::. : : .:: . .: . :..:. KIAA18 HQQQHQPTNWSALPSSAGPSPGPFGQEKIPSPSFGQ-QTFSPQSSPMPGVAGGSGQSKVM 480 490 500 510 520 530 610 620 630 640 650 660 KIAA03 PTNQIQSGMNT--GHIGTTQHMIQQQTLQSTSTQSQQNVLSGHSQQTSLPSQTQSTLTAP . . ..: .. ::. ...:: :. : . .: : . : : . : : KIAA18 ANYMYKAGPSAQGGHLD----VLMQQKPQDLSRSFINN---PHPAME--PRQGN---TKP 540 550 560 570 670 680 690 700 710 720 KIAA03 LYNTMVISQPAAGSMVQIPSSMPQNSTQSAAVTTFTQDRQIRFSQGQQLVTKLVTAPVAC :.. ... :.. :.:: .: : .. .. .::..: . .: :: . KIAA18 LFH---FNSDQANQ--QMPSVLP--SQNKPSLLHYTQQQQQQQQQQQQQQQQ-------- 580 590 600 610 620 730 740 750 760 770 780 KIAA03 GAVMVPSTMLMGQVVTAYPTFATQQQQSQTLSVTQQQQQQSSQEQQLTSVQQPSQAQLTQ . . . . : ....::::.: :.. :::::..:.:: :: .: : : KIAA18 ---QQQQQQQQQQQQQQQSSISAQQQQQQQSSISAQQQQQQQQQQQ----QQQQQQQQQQ 630 640 650 660 670 790 800 810 820 830 KIAA03 PPQQFLQTSRLLHGNPSTQLILSAAFPLQQSTFPQSHHQQ------HQSQQQQQLSRHRT :: .:. .. :: : .: . .::::. . :. ..: .: .:::. ..: . KIAA18 QQQQQQPSSQPAQSLPS-QPLLRSPLPLQQKLLLQQMQNQPIAGMGYQVSQQQRQDQHSV 680 690 700 710 720 730 840 KIAA03 ---DSLPDPSKVQPQ .. :.:: KIAA18 VGQNTGPSPSPNPCSNPNTGSGYMNSQQSLLNQQLMGKKQTLQRQIMEQKQQLLLQQQML 740 750 760 770 780 790 848 residues in 1 query sequences 1986657 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:04 2008 done: Thu Dec 18 15:17:05 2008 Total Scan time: 0.610 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]