# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01226.fasta.huge -Q ../query/KIAA0337.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0337, 1609 aa vs ./tmplib.23147 library 1985896 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4977+/-0.00894; mu= -8.2826+/- 0.604 mean_var=320.6319+/-75.848, 0's: 0 Z-trim: 15 B-trim: 9 in 1/39 Lambda= 0.071626 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1626 ( 1284 res) fg01925(revised) (1284) 556 72.4 7e-13 KIAA0294 ( 1405 res) hf00223s1 (1405) 530 69.7 4.8e-12 KIAA1066 ( 1346 res) ah03682 (1346) 426 58.9 8e-09 KIAA0516 ( 1382 res) hg00484s2 (1382) 420 58.3 1.3e-08 KIAA1415 ( 1621 res) hg04328s1 (1621) 374 53.6 3.8e-07 KIAA1362 ( 699 res) fj02381 ( 699) 353 51.2 9.1e-07 KIAA0424 ( 567 res) hh01267 ( 567) 280 43.5 0.00014 KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676) 284 44.3 0.00025 KIAA0006 ( 773 res) ha01154 ( 773) 264 42.0 0.00058 KIAA2016 ( 1715 res) pf04366 (1715) 261 42.0 0.0013 KIAA1112 ( 694 res) hj05505s1 ( 694) 250 40.5 0.0014 >>KIAA1626 ( 1284 res) fg01925(revised) (1284 aa) initn: 657 init1: 283 opt: 556 Z-score: 323.2 bits: 72.4 E(): 7e-13 Smith-Waterman score: 790; 23.465% identity (49.523% similar) in 1466 aa overlap (240-1609:6-1280) 210 220 230 240 250 260 KIAA03 TTGMWRPLSSSSAQTNHHGPGTEDSLGGWALVSPETPPTPGALRRRRKVPPSGSGGSEFS ..: . :: :. .. :. : : . 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KIAA10 SVRDDFFGMGKEVGNLLLENSQLLETKNALNVVKNDLIAKVDQLSGEQEVLRGELEAAKQ 420 430 440 450 460 470 730 740 750 760 770 780 KIAA03 AFLKFLEQSMRENKE--KQALSDLMIKPVQRIPRYELLVKDLLKHTPEDHPDHPLLLEAQ : .: ::. ..: .: :.. :. .: ..: :. : ..:. .. . :. :: KIAA10 AKVK-LENRIKELEEELKRVKSEAII--ARREPKEE--AEDVSSYLCTESDKIPM---AQ 480 490 500 510 520 790 800 810 820 830 840 KIAA03 RNIKQVAERINKGVRSAEEAERHARVLQEIEAHIEGMEDLQAPLRRFLRQEMVIEVKAIG : : ..: ::::.: . . : . .:: .: . : .. KIAA10 R-------------RRFTRVE-MARVLMERNQYKERLMELQEAVRWTEMIRASREHPSVQ 530 540 550 560 570 850 860 870 880 890 900 KIAA03 GKKDRSLFLFTDLIVCTTLKRKSGSLRRSSMSL-YTAASVIDTASKYKMLW------KLP :: ... : . . .. . .. :... : . .. ... . . : KIAA10 EKKKSTIWQFFSRLFSSSSSPPPAKRPYPSVNIHYKSPTTAGFSQRRNHAMCPISAGSRP 580 590 600 610 620 630 910 920 930 940 950 KIAA03 LE---DADIIKGASQATNRENIQKAISRLDEDLTTLGQMSKLSESLGFPHQSL------- :: : : ..: . .::. ... .. .: :... . :: ...: KIAA10 LEFFPDDDCTSSARREQKREQYRQVREHVRNDD---GRLQACGWSLPAKYKQLSPNGGQE 640 650 660 670 680 690 960 970 980 990 1000 KIAA03 DDALRDLSAAMH-RDLSEKQALCYALSFPPTKLELCATRPEGTDSYIFEFPHPDARLGFE : .... . .. : : ::. : :: ::. :.. .. . :: : . KIAA10 DTRMKNVPVPVYCRPLVEKD--------PTMKL-WCAA---GVNLSGWRPNEDDAGNGVK 700 710 720 730 740 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA03 QAFDEAKRKLASSKSCL-DPEFLKAIPIMKTRSGMQFSCAAPTLNSCPEPSPEVWVCNSD : .. :. .. .:. .. : : . . : ... : .::. .: KIAA10 PA--PGRDPLTCDREGDGEPKSAHTSPEKKKAKEL------PEMDAT---SSRVWILTST 750 760 770 780 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA03 GYVGQVCLLSLRAEPDVEACIAVCSARILCIGAVPGLQPRCHREPPPSLRSPPETAPEPA ...: ... : ..::.:..:::...:. . . :: . .. :: KIAA10 LTTSKVVIIDANQPGTVVDQFTVCNAHVLCISSIPAASDSDY--PPGEMFLDSDVNPEDP 790 800 810 820 830 840 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA03 GPELDVEAAADEEAATLAEPGPQPCLHISIAGSGLEMTPGLGEGDPRPELVPFDSDSDDE : . . . . :: . . : : :. :: : .:. . . .. . KIAA10 GADGVLAGITLVGCATRCNVPRSNC---SSRGD----TPVLDKGQGEVATI-----ANGK 850 860 870 880 890 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA03 SSPSPSGTLQSQASRSTISSSFGNEETPSSKEATAETTSSEEEQEPGFLPLSGSFGPGGP .:: : .:...: . : : : . . . .:. : :: ::. KIAA10 VNPSQS---TEEATEATEVPDPGPSE-PETATLRPGPLTEHVFTDPAPTPSSGP-QPGSE 900 910 920 930 940 950 1250 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA03 CGTSPMDGRALRRSSHGSFTRGSLEDLLSVDPEAYQSS----VWLGTEDGCVHVYQSSDS : : .: :: : : :: . :: .:::...: ..:... . KIAA10 NGPEP----------DSSSTRPEPEP--SGDPTGAGSSAAPTMWLGAQNGWLYVHSAVAN 960 970 980 990 1310 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA03 IRDRRNSMKLQHAASVTCILYLNNQVFVSLANGELVVYQREAGHFWDPQNFKSVTLGTQG . .:.::. :: .......:.:.::.: :....: :: .:.. . :: KIAA10 WKKCLHSIKLKD--SVLSLVHVKGRVLVALADGTLAIFHRGEDGQWDLSNYHLMDLGHPH 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1370 1380 1390 1400 1410 1420 KIAA03 SPITKMVSVGGRLWCGCQNRVLVLSPDTLQLEHMFYVGQDSSRCVACMVDSSLGVWVTLK : :. : :.::: .:.: :..: :.:.:. : . : .. . ::::... KIAA10 HSIRCMAVVYDRVWCGYKNKVHVIQPKTMQIEKSFDAHPRRESQVRQLAWIGDGVWVSIR 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1430 1440 1450 1460 1470 1480 KIAA03 GSAHVCLYHPDTFEQLAEVDVTPPVHRMLAGSDAIIRQHKAACLRITALLVCEELLWVGT .. . ::: : ..: .::. : : .:: :. . . .::::::: ::::: KIAA10 LDSTLRLYHAHTHQHLQDVDIEPYVSKML-GTGKL----GFSFVRITALLVAGSRLWVGT 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1490 1500 1510 1520 KIAA03 SAGVVLTMPTSP----------GTVSCPRAPLSPTGLGQGHTGHVR-----------F-- . :::...: . : . .: : : : :: : KIAA10 GNGVVISIPLTETVVLHRGQLLGLRANKTSPTSGEGARPGGIIHVYGDDSSDRAASSFIP 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1530 1540 1550 1560 KIAA03 ---LAAVQL-----PDGFNLLCPTPPPPPDTGPEKLPSLEHR--DSPWHRGPAPARP--- .: .:: :. ... .: : . : .:. ::: .::.:: : KIAA10 YCSMAQAQLCFHGHRDAVKFFVSVP------G-NVLATLNGSVLDSP-AEGPGPAAPASE 1240 1250 1260 1270 1280 1570 1580 1590 1600 KIAA03 -------KMLVISGGDGYEDFRLSSGGGSSSETVGRDDST----------NHLLLWRV ..::.:::.:: :::...: . .: . : : .:...:.: KIAA10 VEGQKLRNVLVLSGGEGYIDFRIGDGEDDETEEGAGDMSQVKPVLSKAERSHIIVWQVSY 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA10 TPE >>KIAA0516 ( 1382 res) hg00484s2 (1382 aa) initn: 609 init1: 274 opt: 420 Z-score: 246.8 bits: 58.3 E(): 1.3e-08 Smith-Waterman score: 608; 23.860% identity (51.326% similar) in 943 aa overlap (765-1609:490-1377) 740 750 760 770 780 790 KIAA03 LEQSMRENKEKQALSDLMIKPVQRIPRYELLVK-DLLKHTPEDHPDHPLLLEAQRNIKQV .:: ::. .. : .. .: . .::. KIAA05 EGADLLGMGREVENLILENTQLLETKNALNIVKNDLIAKVDELTCEKDVLQGELEAVKQA 460 470 480 490 500 510 800 810 820 830 840 KIAA03 AERINKGVRSAEEAERHARVLQE-IEAHIEGMEDLQAPL---RRFLRQEMVIEVKAIGGK .... : :: :.::. : . . . .: . : .:: : ::. . . KIAA05 KLKLEEKNRELEEELRKARAEAEDARQKAKDDDDSDIPTAQRKRFTRVEMARVLMERNQY 520 530 540 550 560 570 850 860 870 880 890 900 KIAA03 KDRSLFL-----FTDLIVCTTLKRKSGSLRRSSMSLYTAASVIDTASKYKMLWKLPLEDA :.: . : .:..: . . .:::. . . .....:. : : . KIAA05 KERLMELQEAVRWTEMIRASRENPAMQEKKRSSIWQFFS-RLFSSSSNTT---KKPEPPV 580 590 600 610 620 630 910 920 930 940 950 KIAA03 DIIKGASQATNRENIQK---AISRLDEDLT-TLGQMSKLSE-SLGFPHQSLDDALRDLSA .. .: . ...: ..:.: : . .. .:. .: ::. ... . :...: KIAA05 NLKYNAPTSHVTPSVKKRSSTLSQLPGDKSKAFDFLSEETEASLASRREQKREQYRQVKA 640 650 660 670 680 690 960 970 980 990 1000 1010 KIAA03 AMHRDLSEKQALCYALSFPPTKLELCATRPEGTDS--------YIFEFPHPDARLGFEQA .... .. ::. ..: : : . .: .: .. :. . . :. . . : KIAA05 HVQKEDGRVQAFGWSL---PQKYKQ-VTNGQGENKMKNLPVPVYLRPLDEKDTSMKLWCA 700 710 720 730 740 750 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA03 F--DEAKRKLASSKSCLDPE-FLKAIPIMKTRSGMQFSCAAPTLNSCPEPSPE------- . . : .. : . : : . . :... : : . .:.. . : KIAA05 VGVNLSGGKTRDGGSVVGASVFYKDVAGLDTEGSKQRSASQSSLDKLDQELKEQQKELKN 760 770 780 790 800 810 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA03 -------VWVCNSDGYVGQVCLLSLRAEPDVEACIAVCSARILCIGAVPGLQPRCHREPP ::.:.: . .: ... .. ..::....:::..::: :: KIAA05 QEELSSLVWICTSTHSATKVLIIDAVQPGNILDSFTVCNSHVLCIASVPGA-----RE-- 820 830 840 850 860 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA03 PSLRSPPETAPEPAGPELDVEAAADEEAATLAEPGPQPCLHISIAGSGLEMTPGLGEGDP . ::: .:. . .:. . . . . :. : :. .. .:: KIAA05 ---------TDYPAGEDLSESGQVDKASLCGSMTSNSSAETDSLLG-GITVVGCSAEGVT 870 880 890 900 910 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA03 RPELVPFDSDSDDESSPSPSGTLQSQASRSTISSSFGNEETPSSKEATAETTSSEEEQEP : : . .:: . . .: : . .:..:...::: : .. : KIAA05 GAATSP----STNGASPVMDKPPEMEAENSEV-----DENVPTAEEATEATEGNAGSAED 920 930 940 950 960 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA03 GF-LPLSGSFGPG---GPCGTS-PMDGRALRRSSHGSFTRGSLEDLLSVDP--------E . .: . : :.. : : . .::. : . .: .:: : : KIAA05 TVDISQTGVYTEHVFTDPLGVQIPEDLSPVYQSSNDS---DAYKDQISVLPNEQDLVREE 970 980 990 1000 1010 1020 1290 1300 1310 1320 1330 KIAA03 AYQSS-----VWLGTEDGCVHVYQSSDSIRDRRNSMKLQHAASVTCILYLNNQVFVSLAN : . : .:::...::..:..: . : .:.::. :. :..... :.:.::. KIAA05 AQKMSSLLPTMWLGAQNGCLYVHSSVAQWRKCLHSIKLKD--SILSIVHVKGIVLVALAD 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1340 1350 1360 1370 1380 1390 KIAA03 GELVVYQREAGHFWDPQNFKSVTLGTQGSPITKMVSVGGRLWCGCQNRVLVLSPDTLQLE : :....: . :: .:.. . :: : :. : ..::: .:.. :..: ....: KIAA05 GTLAIFHRGVDGQWDLSNYHLLDLGRPHHSIRCMTVVHDKVWCGYRNKIYVVQPKAMKIE 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1400 1410 1420 1430 1440 1450 KIAA03 HMFYVGQDSSRCVACMVDSSLGVWVTLKGSAHVCLYHPDTFEQLAEVDVTPPVHRMLAGS . : . . : .. . ::::... .. . ::: :...: .::. : : .:: :. KIAA05 KSFDAHPRKESQVRQLAWVGDGVWVSIRLDSTLRLYHAHTYQHLQDVDIEPYVSKML-GT 1150 1160 1170 1180 1190 1460 1470 1480 1490 1500 KIAA03 DAIIRQHKAACLRITALLVCEELLWVGTSAGVVLTMPTS------------PGTVS---- . . .:::::.: . :::::. ::....: . ::.: KIAA05 GKL----GFSFVRITALMVSCNRLWVGTGNGVIISIPLTETNKTSGVPGNRPGSVIRVYG 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1510 1520 1530 1540 KIAA03 ------------CPRAPLSPTGLG-QGHTGHVRFLAAVQLPDGFNLLCP-TPPPPPD-TG : .. . : .:: :.:..:: : ... : . : :: KIAA05 DENSDKVTPGTFIPYCSMAHAQLCFHGHRDAVKFFVAV--PG--QVISPQSSSSGTDLTG 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1550 1560 1570 1580 1590 KIAA03 PEKLPSLEHRDSPWHRGPAPARPKMLVISGGDGYEDFRLSSGGGSSSETVGRD------- . :: .. : . : . :::::::.:: :::... :: : : .:.: KIAA05 DKAGPSAQE---PGSQTPLKS---MLVISGGEGYIDFRMGDEGGES-ELLGEDLPLEPSV 1320 1330 1340 1350 1360 1600 KIAA03 --DSTNHLLLWRV .::..:.: KIAA05 TKAERSHLIVWQVMYGNE 1370 1380 >>KIAA1415 ( 1621 res) hg04328s1 (1621 aa) initn: 198 init1: 171 opt: 374 Z-score: 220.2 bits: 53.6 E(): 3.8e-07 Smith-Waterman score: 374; 30.877% identity (62.807% similar) in 285 aa overlap (606-876:5-276) 580 590 600 610 620 630 KIAA03 LPLAAPPSAEAKPPEAARPADEPTPASKCCSKPQVDMRKHVAMTLLDTEQSYVESLRTLM :. :. .: : .: ::..:: .:: :. KIAA14 AARESERQLRLRLCVLNEILGTERDYVGTLRFLQ 10 20 30 640 650 660 670 680 KIAA03 QGYMQPLKQP-ENSVLCDPSLVDE----IFDQIPELLEHHEQFLEQVRHCMQTW-HAQQK ..... ..: .:: . .:..: .:..: ..:: :..:: ...:.. ..:.. KIAA14 SAFLHRIRQNVADSV--EKGLTEENVKVLFSNIEDILEVHKDFLAALEYCLHPEPQSQHE 40 50 60 70 80 90 690 700 710 720 730 740 KIAA03 VGALLVQSFSKDVLVNIYSAYIDNFLNAKDAVRVAKEAR--PAFLKFLEQSMRENKEKQA .: .... : :: . .: : .: . :.:. : :. :: . : . .: . KIAA14 LGNVFLK-F-KDKFC-VYEEYCSNH---EKALRLLVELNKIPTVRAFLLSCMLLGGRKTT 100 110 120 130 140 750 760 770 780 790 800 KIAA03 ---LSDLMIKPVQRIPRYELLVKDLLKHTPEDHPDHPLLLEAQRNIKQVAERINKGVRSA : ...:.::: .: ::.:.: :.:: ::::: . : . .: : ::. :. KIAA14 DIPLEGYLLSPIQRICKYPLLLKELAKRTPGKHPDHPAVQSALQAMKTVCSNINETKRQM 150 160 170 180 190 200 810 820 830 840 850 860 KIAA03 EEAERHARVLQEIEAHIEGME--DLQAPLRRFLRQEMVIEVKAIGGKKDRSLFLFTDLIV :. : .:.....:::: : .: ..: : .....: :. ..:..::: .:.: KIAA14 EKLE----ALEQLQSHIEGWEGSNLTDICTQLLLQGTLLKISA-GNIQERAFFLFDNLLV 210 220 230 240 250 260 870 880 890 900 910 920 KIAA03 -CTTLKRKSGSLRRSSMSLYTAASVIDTASKYKMLWKLPLEDADIIKGASQATNRENIQK : .: .:: . . KIAA14 YCKRKSRVTGSKKSTKRTKSINGSLYIFRGRINTEVMEVENVEDGTADYHSNGYTVTNGW 270 280 290 300 310 320 >>KIAA1362 ( 699 res) fj02381 (699 aa) initn: 208 init1: 142 opt: 353 Z-score: 213.4 bits: 51.2 E(): 9.1e-07 Smith-Waterman score: 361; 25.945% identity (56.423% similar) in 397 aa overlap (576-953:157-533) 550 560 570 580 590 600 KIAA03 APSLEDVTKQYMLNLHSGEVPAPVPVDMPCLPLAAPPSAEAKPPEAARPADEPTPASKCC : :. :: : . ... : . .:: KIAA13 EPYEAPDGQLQLGPRHQHSSSGASQEEQNDLGLGDLPSDEEEIINSSDEDDVSSESSKGE 130 140 150 160 170 180 610 620 630 640 650 KIAA03 SKPQVD-------MRK---HVAMTLLDTEQSYVESLRTLMQGYMQPLKQPENSVLCDPSL : : :.. :.: ....:. .:. :. : . . . . . : : . 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KIAA04 KDWWWGQIDDEEGWFPASFVRLWVNQEDEVEEGPSDVQNGHLDPNSDCLCLGRPLQNRDQ 100 110 120 130 140 150 620 630 640 650 660 670 KIAA03 MRKHVAMTLLDTEQSYVESLRTLMQGYMQPLKQPENSVLCDPSLVDEIFDQIPELLEHHE :: .: ...::. :.. :. . .::.. .. . ... : .: :: .: .. . . 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KIAA04 NQQRVFFLFDHQMVLC-----KKDLIRRD--ILYYKGR-IDM-DKYEVVDIEDGRDDDFN 390 400 410 420 430 910 920 930 940 950 KIAA03 --IKGASQATNRENIQKAI---SRLDEDLTTLG------QMSKLSESLGFPHQSLDDALR .:.: . :.:. . . ..:.: . : .: . .:..:: ... . KIAA04 VSMKNAFKLHNKETEEIHLFFAKKLEEKIRWLRAFREERKMVQEDEKIGFE---ISENQK 440 450 460 470 480 490 960 970 980 990 1000 KIAA03 DLSAAMHRDLSEKQALCYALS----FPPTKLELCATR---PEG-TDSYIFEFPHPD-ARL .: : . ..... : : .:: . : . :.: ..: .::: .: .. KIAA04 RQAAMTVRKVPKQKGVNSARSVPPSYPPPQDPLNHGQYLVPDGIAQSQVFEFTEPKRSQS 500 510 520 530 540 550 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA03 GFEQAFDEAKRKLASSKSCLDPEFLKAIPIMKTRSGMQFSCAAPTLNSCPEPSPEVWVCN : : : KIAA04 PFWQNFSRLTPFKK 560 >>KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676 aa) initn: 214 init1: 184 opt: 284 Z-score: 169.7 bits: 44.3 E(): 0.00025 Smith-Waterman score: 296; 21.850% identity (51.994% similar) in 627 aa overlap (331-927:912-1498) 310 320 330 340 350 KIAA03 VDSNLLGSLSPKTGLPATSAMDEGLTSGHSDWSVGSEESKGYQEVIQSIVQG-PGTLGRV .: : : : .: :. ::. . 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