# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01528mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0347.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0347, 1281 aa vs ./tmplib.23147 library 1986224 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.1048+/-0.0106; mu= -17.3727+/- 0.715 mean_var=512.2101+/-123.721, 0's: 0 Z-trim: 8 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.056670 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0482 ( 1332 res) hj01880 (1332) 1893 170.6 1.5e-42 KIAA1779 ( 1233 res) hg04229 (1233) 1543 142.0 6e-34 >>KIAA0482 ( 1332 res) hj01880 (1332 aa) initn: 2832 init1: 1712 opt: 1893 Z-score: 855.6 bits: 170.6 E(): 1.5e-42 Smith-Waterman score: 3153; 44.275% identity (66.031% similar) in 1310 aa overlap (23-1271:56-1282) 10 20 30 40 50 KIAA03 HRGLGTRTPASQLRSLRSESFVPEPSMNGYAEFPPSPSNPTKEPVEPQPSQV :.:. . :::. : ..: : :: KIAA04 SVVASLPSLFCSPHGPDMSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPC-PGPS-- 30 40 50 60 70 80 60 70 80 90 100 KIAA03 PLQEDVDMSS-GSSGHETNENCSTGRDSQGSDCDDSG--KELGMLVEPPDAR----QSPD : .:.: .: ::::.:.: . : : ....: ..:: :. ..: ... :::. KIAA04 -LADDTDANSNGSSGNESNGHESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPS 90 100 110 120 130 140 110 120 130 140 150 KIAA03 ------TFSLMMAKSEH-NPSTSGCSSDQSSKVDTHKELIKTLKELKVHLPADKKAKGKA ..::. :.::. :::::::::.::... :.:::. .:.:::..:: ....::.. KIAA04 PPSSSIAYSLLSASSEQDNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRS 150 160 170 180 190 200 160 170 180 190 200 210 KIAA03 STLATLKYALRSVKQVKANEEYYQLLMSSEGHPCGADVPSYTVEEMESVTSEHIVKNADM .:::::.::: ::::.::.:::: ::.::. :. .::.::.: .:::. ..: : KIAA04 GTLATLQYALACVKQVQANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDT 210 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 270 KIAA03 FAVAVSLVSGKILYISDQVASIFHCKRDAFSDAKFVEFLAPHDVGVFHSFTSPYKLPLWS :.::::...:.:.:::.:.: ...::::.: ..: :.:::.:::::.. :.: .:: :. 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KIAA17 LQSEREAGCGPSQHDVE-PRGDLEMPRGEAPGPGR--RGA 10 20 30 90 100 110 120 130 140 KIAA03 DCDDSGKELGMLVEPPDARQSPDTFSLM--MAKSEHNPSTSGCSSDQSSKVDTHKELIKT . :.: : : ::. : :. .: : : :.:... . .::: . KIAA17 KDEALGEESG-------ERWSPE-FHLQRKLADSSH--------SEQQDRNRVSEELIMV 40 50 60 70 80 150 160 170 180 190 200 KIAA03 LKELKVHLPADKKAKGKASTLATLKYALRSVKQVKANEEYYQLLMSSEGHPCGADVPSYT ..:.: ..:.... .: ::: .:.:::: :..:.:: :..:.: :..: : ::: :. KIAA17 VQEMKKYFPSERR--NKPSTLDALNYALRCVHSVQANSEFFQIL-SQNGAP-QADVSMYS 90 100 110 120 130 210 220 230 240 250 260 KIAA03 VEEMESVTSEHIVKNADMFAVAVSLVSGKILYISDQVASIFHCKRDAFSDAKFVEFLAPH .::. ...::: ::.: :... :..::....::.:.: :.. :.:......::..:::. 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KIAA17 SSWSSFVNPWSRKISFIIGRHKVRTSPLNEDVFA----TKIKKMNDNDKDITELQEQIYK 380 390 400 410 420 430 500 510 520 530 540 KIAA03 LLLQPVPHSGSSGYGSLGSNGSHEHLMSQTSSSDSNGH--EDSRRRRA---EICKNGNKT :::::: : :::::::::.::.:.:.: .:::...:: :... .. .. . :: KIAA17 LLLQPVHVSVSSGYGSLGSSGSQEQLVSIASSSEASGHRVEETKAEQMTLQQVYASVNKI 440 450 460 470 480 490 550 560 570 580 590 KIAA03 KNRSHYSH-ESGEQKK-KSVTEMQTNPPAEKKAVPAMEKDSLGVSFPEELA--------C :: .. . :: ... : :: .:.: . ... . . . .:: . : : KIAA17 KNLGQQLYIESMTKSSFKPVTGTRTEPNGGGESANGGGECKTFTSFHQTLKNNSVYTEPC 500 510 520 530 540 550 600 610 620 630 640 650 KIAA03 KN----QPTCSYQQISCLDSVIRYLESCNEAATLKRKCEFPANVPALRSS-DKR--KATV .. . . :::::.:.:::::::.: : : ::::: .:. . : ::. :: KIAA17 EDLRNDEHSPSYQQINCIDSVIRYLKSYNIPA-LKRKCISCTNTTSSSSEEDKQNHKADD 560 570 580 590 600 610 660 670 680 690 700 KIAA03 SPGPHAG---EAEPPSRV--NSR---TGVGT-HLTSLALPGKAESVASLTSQCSYSSTIV . .:: : : :.. :.: :: :. .. : :. :..: :::.:::::: KIAA17 VQALQAGLQIPAIPKSEMPTNGRSIDTGGGAPQILSTAM----LSLGSGISQCGYSSTIV 620 630 640 650 660 710 720 730 740 750 760 KIAA03 HVGDKKPQPELEMVEDAASGPESLDCLAGPALACGLSQEKEPFKKLGLTKEVLAAHTQKE :: : :: : .:. .: :..:. ::..::: ::.:::::: KIAA17 HV----PPPETARDATLFCEPWTLNMQPAP-----LTSEE--FKHVGLTAAVLSAHTQKE 670 680 690 700 710 770 780 790 800 810 820 KIAA03 EQSFLQKFKEIRKLSIFQSHCHYYLQERSKGQPSERTAPGLRNTSGIDSPWKKTGKNRKL ::....::.: .:..: :::..:... . : ... : . ::... 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KIAA17 YLVPAFPLPAATS-----PGREYAAPGTAPEGLHGPPLSEGLQPYPAFPFPYLDTFMTVF 830 840 850 860 870 880 940 950 960 970 980 990 KIAA03 LPSYSF-PSGTPN-LPQAFFPSQPQFPSHPTLTSEMASASQPEFPSRTSIPRQPCACPAT ::. : .:. :: :. . . :...: :. . .: :: :: :. : KIAA17 LPDPPVCPLLSPSFLPCPFLGATASSAISPSMSSAMSPTLDPP-PSVTSQRREEEKWEA- 890 900 910 920 930 940 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA03 RATPPSAMGRASPPLFQSRSSSPLQLNLLQLEEAPEGGTGA----MGTTGATETAAV--- .. :. :.. ::::::::::::: :: :. . . .: :: : KIAA17 -----QSEGH---PFITSRSSSPLQLNLLQ-EEMPRPSESPDRMRRNTCPQTEYQCVTGN 950 960 970 980 990 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA03 -GADCKPGTSRDQQPKAPLTRDEPSDTQNSDALSTSSGLLNLLLNEDLCSAS----GS-- :.. .:.:. . .: :..:: : ::::.: .. : . .:: :: KIAA17 NGSESSPATTGALSTGSP-PRENPSHPTAS-ALSTGSPPMK---NPSHPTASALSTGSPP 1000 1010 1020 1030 1040 1100 1110 1120 1130 KIAA03 --------AASESLG----------SGSLGCDASP-------SGAGSSDTSHTSKYF-GS :.. :.: .... .:: .:...: .: .: :. .: KIAA17 MKNPSHPTASTLSMGLPPSRTPSHPTATVLSTGSPPSESPSRTGSAASGSSDSSIYLTSS 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA03 IDSSENNHKAKMNTGMEESEHFIKCVLQDPIWLLMADADSSVMMTYQLPSRNLEAVLKED . ::. ....... ....: : : ..::: .. .. ..::::.: : :.::::: KIAA17 VYSSKISQNGQQSQDVQKKETF-PNVAEEPIWRMIRQTPERILMTYQVPERVKEVVLKED 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1200 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA03 REKLKLLQKLQPRFTESQKQELREVHQWMQTGGLPAAIDVAECVYCENKEKGNICIPYEE :::. ... ::.:...::.:: .:..:.:. . ::. :: :::..... KIAA17 LEKLESMRQQQPQFSHGQKEELAKVYNWIQSQTVTQEIDIQACVTCENEDSADGAATSCG 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1260 1270 1280 KIAA03 DIPSLGLSEVSDTKEDENGSPLNHRIEEQT KIAA17 QVLVEDSC 1230 1281 residues in 1 query sequences 1986224 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:42 2008 done: Thu Dec 18 15:17:43 2008 Total Scan time: 0.780 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]