# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01528mrp1.fasta.nr -Q ../query/KIAA0347.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0347, 1281 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7803695 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1832+/-0.000201; mu= 10.9045+/- 0.011 mean_var=127.5148+/-24.327, 0's: 47 Z-trim: 117 B-trim: 250 in 2/64 Lambda= 0.113578 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|14917029|sp|O15055.2|PER2_HUMAN RecName: Full=P (1255) 8470 1400.3 0 gi|114584104|ref|XP_001154675.1| PREDICTED: period (1255) 8451 1397.2 0 gi|194378450|dbj|BAG57975.1| unnamed protein produ (1236) 8108 1341.0 0 gi|109101623|ref|XP_001086845.1| PREDICTED: simila (1248) 7941 1313.6 0 gi|148708082|gb|EDL40029.1| period homolog 2 (Dros (1257) 6106 1013.0 0 gi|6174896|sp|O54943.3|PER2_MOUSE RecName: Full=Pe (1257) 6105 1012.8 0 gi|3258605|gb|AAC53592.1| PERIOD 2 [Mus musculus] (1257) 6103 1012.5 0 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protein (1305) 2865 481.9 1.1e-132 gi|149640318|ref|XP_001506324.1| PREDICTED: simila (1322) 2831 476.3 5.4e-131 gi|60476831|gb|AAX21532.1| period 2 [Arvicanthis n ( 427) 2516 424.2 8.4e-116 gi|190337630|gb|AAI63549.1| Per2 protein [Danio re (1399) 2367 400.3 4.3e-108 gi|5821134|dbj|BAA83709.1| Per2S [Homo sapiens] ( 404) 2354 397.7 7.9e-108 gi|82940587|emb|CAI43981.1| PER2 protein [Podarcis (1268) 2295 388.5 1.4e-104 gi|9885292|gb|AAG01391.1|AF199499_1 period 2 [Xeno (1427) 2268 384.1 3.3e-103 gi|85720532|gb|AAR27058.2| Period circadian protei ( 719) 2217 375.5 6.8e-101 gi|183985684|gb|AAI66199.1| Per2 protein [Xenopus ( 923) 2173 368.4 1.2e-98 gi|33415270|gb|AAQ18143.1| period 1 [Xenopus laevi (1142) 2130 361.4 1.8e-96 gi|124263789|gb|ABM97610.1| period 2 [Siganus gutt ( 798) 2126 360.6 2.2e-96 gi|47228239|emb|CAG07634.1| unnamed protein produc (1271) 2103 357.0 4.2e-95 gi|119591991|gb|EAW71585.1| period homolog 3 (Dros (1174) 2098 356.2 7.1e-95 gi|33468665|emb|CAE30400.1| period homolog 1 (Dros (1229) 2070 351.6 1.8e-93 gi|45239465|gb|AAG01398.2|AF250547_1 period 1 [Xen (1128) 2069 351.4 1.9e-93 gi|112418506|gb|AAI21905.1| Per1 protein [Xenopus ( 940) 2065 350.7 2.6e-93 gi|33286370|gb|AAO38747.1| period 2 circadian cloc (1404) 2031 345.3 1.6e-91 gi|37572420|dbj|BAC98490.1| period 1 [Cynops pyrrh (1365) 2022 343.8 4.4e-91 gi|190337432|gb|AAI63718.1| Period homolog 4 [Dani (1398) 2021 343.6 5e-91 gi|50261915|gb|AAT72508.1| period 1-like protein [ (1398) 2017 343.0 7.9e-91 gi|37962936|gb|AAR05819.1| period 4 [Danio rerio] (1398) 2016 342.8 8.9e-91 gi|9502117|gb|AAF87986.1|AF254792_1 Period3 circad (1281) 1959 333.4 5.4e-88 gi|189525495|ref|XP_001918805.1| PREDICTED: hypoth (1281) 1959 333.4 5.4e-88 gi|190340183|gb|AAI62472.1| Period homolog 3 (Dros (1281) 1950 332.0 1.5e-87 gi|81866701|sp|Q8K3T3.1|PER1_SPAJD RecName: Full=P (1285) 1928 328.4 1.8e-86 gi|190339177|gb|AAI63543.1| Per1 protein [Danio re (1352) 1909 325.3 1.6e-85 gi|2435507|gb|AAC51765.1| Rigui [Homo 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99.761% identity (99.920% similar) in 1255 aa overlap (27-1281:1-1255) 10 20 30 40 50 60 KIAA03 HRGLGTRTPASQLRSLRSESFVPEPSMNGYAEFPPSPSNPTKEPVEPQPSQVPLQEDVDM :::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 MNGYAEFPPSPSNPTKEPVEPQPSQVPLQEDVDM 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA03 SSGSSGHETNENCSTGRDSQGSDCDDSGKELGMLVEPPDARQSPDTFSLMMAKSEHNPST :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 SSGSSGHETNENCSTGRDSQGSDCDDSGKELGMLVEPPDARQSPDTFSLMMAKSEHNPST 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 KIAA03 SGCSSDQSSKVDTHKELIKTLKELKVHLPADKKAKGKASTLATLKYALRSVKQVKANEEY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 SGCSSDQSSKVDTHKELIKTLKELKVHLPADKKAKGKASTLATLKYALRSVKQVKANEEY 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 KIAA03 YQLLMSSEGHPCGADVPSYTVEEMESVTSEHIVKNADMFAVAVSLVSGKILYISDQVASI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|114 YQLLMSSEGHPCGADVPSYTVEEMESVTSEHIVKNADMFAVAVSLVSGKILYISDQVASI 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 KIAA03 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