# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00006s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0356.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0356, 1058 aa vs ./tmplib.23147 library 1986447 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7542+/-0.00713; mu= 10.5592+/- 0.485 mean_var=212.3657+/-51.469, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 88 in 1/39 Lambda= 0.088010 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0226 ( 973 res) fg02838 ( 973) 485 75.1 5e-14 KIAA0842 ( 1020 res) hk05077 (1020) 240 44.1 0.00012 >>KIAA0226 ( 973 res) fg02838 (973 aa) initn: 409 init1: 211 opt: 485 Z-score: 343.7 bits: 75.1 E(): 5e-14 Smith-Waterman score: 508; 22.615% identity (51.336% similar) in 1048 aa overlap (23-1053:13-941) 10 20 30 40 50 KIAA03 VEMLSVVENGLDPQAAIPVIKKKLVGSVKALQKQYVSLDTV-VTSEDGDANTMCSALEAV .:.:..:. . :: .. : :. : . .: .... KIAA02 DLSFPREGREHWQLLGNLKTTVEGLVSTNSPNVWSKYGGLERLCRDMQSI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 KIAA03 FIHGLHAKHIRAEAGGKRKKSAHQKPLPQPVFWPLLKAVTH-KHIISELEHLTFVNTDVG . ::: :: .: :... . . . . . : ... : ...:: :. ..: . KIAA02 LYHGL----IRDQAC--RRQTDYWQ-FVKDIRWLSPHSALHVEKFISVHEN-DQSSADGA 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 KIAA03 RCRA----WLRLALNDGLMECYLKLLLQEQARLHEYYQPTA-LLRDAEEGEFLLSFLQGL :: ::. .:. . :. :: .. ....: .: :: ::. . ..:: : KIAA02 SERAVAELWLQHSLQYHCLSAQLRPLLGDRQYIRKFYTDAAFLLSDAH----VTAMLQCL 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 KIAA03 TSLSFELSYKSAILNEWTLTPLALSGLCPLSELDPLSTSGAELQRKESLDSISHSSGSED .. :. : :...: .. . :: KIAA02 EAVE---------QNNPRL----------LAQID-----ASMFARK-------------- 160 170 180 240 250 260 270 280 290 KIAA03 IEVHHSGHKIRRNQKLTASSLSLDTASSSQLSCS-LNSDSCLLQENGSKSPDHCEEPMSC :.: . ..:.::: : : .: . : ..: : : : . :.. : : KIAA02 ---HESPLLVTKSQSLTALPSSTYTPPNSYAQHSYFGSFSSLHQ----SVPNNGSERRST 190 200 210 220 230 300 310 320 330 340 350 KIAA03 DSDLGTANAEDSDRSLQEVLLEFSKAQVNSVPTNGLSQETEI-PTPQASLSLHGLNTSTY . :. . .. . : . :. : ...:.... . :. ..: .: . ... KIAA02 SFPLSGPPRKPQESRGHVSPAEDQTIQAPPVSVSALARDSPLTPNEMSSSTLTSPIEASW 240 250 260 270 280 290 360 370 380 390 400 410 KIAA03 LHCEAPAEPLPAQAASGTQD-GVHVQEPRPQAPSPLDLQQPVESTSGQQPSSTVSETARE . . . :..:. : . .. .:: .. : . .. .::.:.. ::. :. KIAA02 VSSQNDS---PGDASEGPEYLAIGNLDPRGRTASCQSHSSNAESSSSNLFSSSSSQKPDS 300 310 320 330 340 350 420 430 440 450 460 470 KIAA03 VGQGNGLQKAQAHDGAGLKLVVSSPTSPKNKSWISEDDFYRPSREQPLESASDHPIASYR .... : :.. ... . : :: . .. . : .... ..: :: ::: : KIAA02 AASSLGDQEGGGESQLSSVLRRSSFSEGQTLTVTS------GAKKSHIRSHSDTSIAS-R 360 370 380 390 400 480 490 500 510 520 KIAA03 GTPGSRPGLHRHFSQEP-RKNCSLGALDQACVPSPGRRQAQAAPSQGHKSFRVVHRRQMG :.::. : . ..: ..:. : .. .: :. . ..::. . . . : KIAA02 GAPGG-PRNITIIVEDPIAESCNDKAKLRGPLPYSGQSSEVSTPSSLYMEY------EGG 410 420 430 440 450 530 540 550 560 570 580 KIAA03 LSNPFRGLMKLGTVERRGAMGIWKELFCELSPLEFRLYLSNEEHTCVENCSLLRCESVGP : : . . :: . : . :. :: .: . :. :: . ::. KIAA02 -----RYLCSGEGMFRRPSEG--QSLISYLSEQDFGSCADLEK----ENAHFSISESLIA 460 470 480 490 500 590 600 610 620 630 640 KIAA03 AHSDGRFELVFSGKKLALRASSQDEAEDWLDRVREALQKVRPQQEDEWVNVQYPDQPEEP : .::. . . : :: ...: ::.: .... .. . KIAA02 A-----IELMKCNMMSQCLEEEEVEEEDSDREIQELKQKIRLRRQQ----IRTKNLLPMY 510 520 530 540 550 650 660 670 680 690 700 KIAA03 PEAPQGCLSPSDLLSEPAALQGTQF-DWSSAQVPEPDAIKESLLYLYMDRTWMPYIFSLS :: .: . .. :. .. ...:. : .::. . :... . . .. : : KIAA02 QEAEHGSFRVTSSSSQFSSRDSAQLSDSGSADEVDEFEIQDADIRRNTASSSKSFVSSQS 560 570 580 590 600 610 710 720 730 740 750 760 KIAA03 LEALKCFRIRNNEKMLSDSHGVETIRDILPDTSLGGPSFFKIITAKAVLKLQAGNAEEAA . .:: . : : .:.. ..: . :. . :. .:. :. : KIAA02 FS--HCF-------LHSTS--AEAV-------AMGLLKQFEGMQLPAASELEWLVPEHDA 620 630 640 650 770 780 790 800 810 820 KIAA03 LWRDL-VRKVLASYLETAEEAVTLGGSLDENCQEVLKFATRENGFLLQYLVAIPMEKGLD . : . : . ...: .: . :..: . .... : . .. KIAA02 PQKLLPIPDSLPISPDDGQHADIY--KLRIRVRGNLEWAPPRPQIIFNVHPAPTRKIAVA 660 670 680 690 700 710 830 840 850 860 870 880 KIAA03 SQGCFCAGCSRQIGFSFV-RPKLCAFSGLYYCDICHQDDASVIPARIIHNWDLTKRPICR .:. ::::. . ... : . : . : :.:. ::.. .::.:....::..: . KIAA02 KQNYRCAGCGIRTDPDYIKRLRYCEYLGKYFCQCCHENAQMAIPSRVLRKWDFSKYYVSN 720 730 740 750 760 770 890 900 910 920 930 940 KIAA03 QALKFLTQIRAQPLINLQMVNASLYEHVERMHLIGRRREQLKLLGDYLGLCRSGALKELS . .: .: .::.:.: .:..::..:. .. . : :: . ... :: . ::: KIAA02 FSKDLLIKIWNDPLFNVQDINSALYRKVKLLNQVRLLRVQLCHMKNMFKTCRLA--KELL 780 790 800 810 820 830 950 960 970 980 990 1000 KIAA03 KRLNHR-NYLLESPHRFSVADLQQIADGVYEGFLKALIEFASQHVYHCDLCTQRGFICQI .. ..: :. : .:. :: : : : . .. :: .: :: .::::.. KIAA02 DSFDTVPGHLTEDLHLYSLNDLTATRKGELGPRLAELTRAGATHVERCMLCQAKGFICEF 840 850 860 870 880 890 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA03 CQHHD-IIFPFEFDTTVRCAECKTVFHQSCQAVVKKG-CPRCARRRKYQEQNIFA ::..: ::::::. : :::. .:..: :.: :::: : . .: KIAA02 CQNEDDIIFPFELHKCRTCEECKACYHKAC---FKSGSCPRCERLQARREALARQSLESY 900 910 920 930 940 950 KIAA02 LSDYEEEPAEALALEAAVLEAT 960 970 >>KIAA0842 ( 1020 res) hk05077 (1020 aa) initn: 257 init1: 199 opt: 240 Z-score: 175.3 bits: 44.1 E(): 0.00012 Smith-Waterman score: 270; 25.050% identity (49.499% similar) in 499 aa overlap (11-477:2-447) 10 20 30 40 50 KIAA03 VEMLSVVENGLDPQAAIPVIKKKLVGSVKALQKQYVSL-DTV--VTSEDGDANTMCSALE ..: . : ... ::: ::. ... : . . ..: . .: :. KIAA08 AMEPGEVKDRILENISLSVKKLQSYFAACEDEIPAIRNHDKVLQRLCEHLD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 KIAA03 AVFIHGLHAKHIRAEAGGKRKKSAHQKPLPQPVFWPLLKAVTHKHIISELEHLTFVNTDV ....::. ..: .: :. :... :...: : : :.. KIAA08 HALLYGLQDL-----SSG---------------YWVLVVHFTRREAIKQIEVLQHVATNL 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 KIAA03 GRCRAWLRLALNDGLMECYLKLLLQEQARLHEYYQPTALLRDAEEGEFLLSFLQGLTSLS :: :::: ::::.. .: ::.:. .. . ::.:: .::. . .. ..:....:: . KIAA08 GRSRAWLYLALNENSLESYLRLFQENLGLLHKYYVKNALVCSHDHLTLFLTLVSGLEFIR 100 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 KIAA03 FELSYKSAILNEWTLTPLALSGLCPLSELD-----PLSTSGAELQRKESLDSISHSSGSE :::. . :. :.: . : :: : :. :.. .:..:.. : KIAA08 FELDLDAPYLD---LAPYMPDYYKPQYLLDFEDRLPSSVHGSDSLSLNSFNSVT----ST 160 170 180 190 200 240 250 260 270 280 290 KIAA03 DIEVHHSGHKIRRNQKLTASSLSLDTASSSQLSCSLNSDSCLLQENGSKSPDHCEEPMSC ..: :. .. :: . : .. :. : . :.:. . : : : KIAA08 NLEWDDSA--------IAPSSEDYDFGDVFPAVPSVPSTD---WEDGDLT-DTVSGPRST 210 220 230 240 250 300 310 320 330 340 KIAA03 DSDLGTANAEDSDRSLQEVLLEFSKAQVNSV------PTNGLSQETE----IPTPQASLS ::: ...: : :: . :.. ...: :.. ::: : . :.: KIAA08 ASDLTSSKA--STRSPTQRQNPFNEEPAETVSSSDTTPVHTTSQEKEEAQALDPPDACTE 260 270 280 290 300 310 350 360 370 380 KIAA03 LH----------GLNTSTYLHCEA-PAEPLPAQAASGTQ-DG-VHVQEPRPQAPSPLDLQ :. : . .. :: : .: .: . : :: . : :: : . KIAA08 LEVIRVTKKKKIGKKKKSRSDEEASPLHPACSQKKCAKQGDGDSRNGSPSLGRDSP-DTM 320 330 340 350 360 390 400 410 420 430 440 KIAA03 QPVESTSGQQPSSTVSETAREVGQGNGLQKAQAHDGAGLKLVVSSPTSPKNKSWISEDDF . :. ::::. . : . :: . .: . .: ..: : . .. : KIAA08 LASPQEEGEGPSSTTESSER---SEPGLLIPEMKDTSMERL--GQPLSKVIDQLNGQLD- 370 380 390 400 410 420 450 460 470 480 490 500 KIAA03 YRPSREQPLESASDHPIASYR-GTPGSRPGLHRHFSQEPRKNCSLGALDQACVPSPGRRQ :: : .. : :.: :.::. : KIAA08 --PST---WCSRAEPPDQSFRTGSPGDAPERPPLCDFSEGLSAPMDFYRFTVESPSTVTS 430 440 450 460 470 1058 residues in 1 query sequences 1986447 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:18:04 2008 done: Thu Dec 18 15:18:04 2008 Total Scan time: 0.710 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]