# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00360s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA0375.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0375, 1540 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7815054 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2496+/-0.000205; mu= 11.9054+/- 0.011 mean_var=131.8591+/-24.905, 0's: 45 Z-trim: 79 B-trim: 49 in 1/64 Lambda= 0.111691 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|50401601|sp|Q8N2Y8.2|RUSC2_HUMAN RecName: Full= (1516) 10516 1707.2 0 gi|55660887|emb|CAH70650.1| RUN and SH3 domain con (1516) 10511 1706.4 0 gi|109111104|ref|XP_001089960.1| PREDICTED: RUN an (1516) 10283 1669.7 0 gi|187954751|gb|AAI41187.1| Rusc2 protein [Mus mus (1520) 9221 1498.5 0 gi|148670535|gb|EDL02482.1| RUN and SH3 domain con (1523) 9192 1493.9 0 gi|74205110|dbj|BAE21009.1| unnamed protein produc (1523) 9184 1492.6 0 gi|50401536|sp|Q80U22.2|RUSC2_MOUSE RecName: Full= (1514) 9161 1488.9 0 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[Mus musc ( 491) 2938 485.6 3.9e-134 gi|26343529|dbj|BAC35421.1| unnamed protein produc ( 366) 1910 319.8 2.3e-84 gi|149429469|ref|XP_001519557.1| PREDICTED: hypoth (1504) 1823 306.4 1e-79 gi|52078408|gb|AAH82245.1| RUSC2 protein [Homo sap ( 250) 1767 296.6 1.5e-77 gi|20987692|gb|AAH29647.1| RUSC2 protein [Homo sap ( 225) 1588 267.7 6.8e-69 gi|47226632|emb|CAG07791.1| unnamed protein produc (1610) 1582 267.6 5.3e-68 gi|122890792|emb|CAM14139.1| novel protein similar ( 829) 1243 212.7 9.2e-52 gi|168984675|emb|CAQ12721.1| RUN and SH3 domain co ( 161) 981 169.8 1.5e-39 gi|210128071|gb|EEA75750.1| hypothetical protein B (1196) 895 156.8 9e-35 gi|189524175|ref|XP_001337290.2| PREDICTED: simila (1003) 765 135.8 1.6e-28 gi|139948764|ref|NP_082464.2| RUN and SH3 domain c (1030) 674 121.1 4.3e-24 gi|26328159|dbj|BAC27820.1| unnamed protein produc ( 431) 661 118.7 9.9e-24 gi|5821424|dbj|BAA77507.2| NESCA [Homo sapiens] ( 433) 659 118.3 1.2e-23 gi|32527731|gb|AAP86267.1| Ac2-125 [Rattus norvegi ( 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10511 opt: 10511 Z-score: 9153.3 bits: 1706.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 10511; 99.934% identity (100.000% similar) in 1516 aa overlap (25-1540:1-1516) 10 20 30 40 50 60 KIAA03 NVFCPTGLQGQCLVLLKPLFELSRMDSPPKLTGETLIVHHIPLVHCQVPDRQCCGGAGGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|556 MDSPPKLTGETLIVHHIPLVHCQVPDRQCCGGAGGG 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA03 GGSTRPNPFCPPELGITQPDQDLGQADSLLFSSLHSAPGGTARSIDSTKSRSRDGRGPGA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::: gi|556 GGSTRPNPFCPPELGITQPDQDLGQADSLLFSSLHSTPGGTARSIDSTKSRSRDGRGPGA 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 KIAA03 PKRHNPFLLQEGVGEPGLGDLYDDSIGDSATQQSFHLHGTGQPNFHLSSFQLPPSGPRVG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|556 PKRHNPFLLQEGVGEPGLGDLYDDSIGDSATQQSFHLHGTGQPNFHLSSFQLPPSGPRVG 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 KIAA03 RPWGTTRSRAGVVEGQEQEPVMTLDTQQCGTSHCCRPELEAETMELDECGGPGGSGSGGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|556 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