# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01266mrp1.fasta.nr -Q ../query/KIAA0393.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0393, 1433 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7826325 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2679+/-0.000185; mu= 15.2063+/- 0.010 mean_var=78.4111+/-15.213, 0's: 41 Z-trim: 48 B-trim: 4 in 1/66 Lambda= 0.144839 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119578072|gb|EAW57668.1| hCG2006901, isoform CR (2948) 8846 1859.3 0 gi|119578070|gb|EAW57666.1| hCG2006901, isoform CR (2984) 8846 1859.3 0 gi|126032348|ref|NP_004658.3| hect domain and RLD (4834) 8839 1858.0 0 gi|74739702|sp|O95714.1|HERC2_HUMAN RecName: Full= (4834) 8813 1852.6 0 gi|109080433|ref|XP_001109429.1| PREDICTED: simila (4819) 8790 1847.8 0 gi|194206384|ref|XP_001917973.1| PREDICTED: hect d (4840) 8506 1788.4 0 gi|73952408|ref|XP_536160.2| PREDICTED: similar to (4837) 8468 1780.5 0 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