# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj00203s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0437.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0437, 1605 aa vs ./tmplib.23147 library 1985900 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.3814+/-0.0127; mu= -20.9574+/- 0.860 mean_var=653.0853+/-155.290, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.050187 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1420 ( 1349 res) hk03917(revised) (1349) 864 79.0 7.4e-15 >>KIAA1420 ( 1349 res) hk03917(revised) (1349 aa) initn: 1002 init1: 338 opt: 864 Z-score: 358.5 bits: 79.0 E(): 7.4e-15 Smith-Waterman score: 1033; 32.110% identity (58.028% similar) in 872 aa overlap (240-1018:505-1347) 210 220 230 240 250 260 KIAA04 FTGDTLKPKHQQKSSSQNHMDWSTNSDSGPVTQNCFISPESGR-ETASTSKIPALEPVAS . :. : : :.: ::.. : : . .. KIAA14 RQNKESILEKFSVRKEIINLEKEMFNEGTCIQQDSFSSSEKGSYETSKHEKQPPVYCTSP 480 490 500 510 520 530 270 280 290 300 310 320 KIAA04 FAKAQGKK--GSAGNTWSQLSNNNKDLLLGGVAPSPSSHSSP---APPSSSAECNGLQPL : : . ..: . .: ....: .:::. .: .:: .:.. : KIAA14 DFKMGGASDVSTAKSPFSAVGESNLP------SPSPTVSVNPLTRSPPETSSQLAPNPLL 540 550 560 570 580 330 340 350 360 370 KIAA04 VDQDGGGTKEPPEPPTVGSKKKSSKKDVI---------SQTIPNPDLDWVKNAQKA---- ... .: : .::... .:.. . : .: .: : .:. KIAA14 LSSTTELIEEISE--SVGKNQFTSESTHLNVGHRSVGHSISIECKGIDKEVNDSKTTHID 590 600 610 620 630 640 380 390 400 410 KIAA04 ---FDNTEGKREGYSADSA-QEASPARQNVSS--ASNP-------ENDSSHVRITIPIKA .... ::. . ...:. . .:. : .: ...: ...: .. : KIAA14 IPRISSSLGKKPSLTSESSIHTITPSVVNFTSLFSNKPFLKLGAVSASDKHCQV-----A 650 660 670 680 690 700 420 430 440 450 460 KIAA04 PSLDPTNHKR--KKRQSIKAVVEKIMPEKALAS--GITMS-SEVVNRI----LSNSEG-- ::. . ... :::.. : :.. ... : :. . ::. . . ::::.. KIAA14 ESLSTSLQSKPLKKRKGRKPRWTKVVARSTCRSPKGLELERSELFKNVSCSSLSNSNSEP 710 720 730 740 750 760 470 480 490 500 510 KIAA04 -----NKKDP----------RVPKLSKMIENESPSVGLETGGNAEKVIPGGVSKPR-KPP : : :.::::: . .::..: . ..:: . . . . KIAA14 AKFMKNIGPPSFVDHDFLKRRLPKLSK---STAPSLALLA--DSEKPSHKSFATHKLSSS 770 780 790 800 810 520 530 540 550 560 KIAA04 MVMTPPTCTD-HSPSRKLPEIQH-PKFAAKRRWTCSKPKPSTMLREAVMATSDKLMLEPP : .. .: ..:.: :. .. :.. . . : . : . :.. ..: ::: KIAA14 MCVSSDLLSDIYKPKRGRPKSKEMPQLEGPPKRTLKIPASK------VFSLQSKEEQEPP 820 830 840 850 860 870 570 580 590 600 610 620 KIAA04 SAYPITPSSPLYTNTDSLTVITPVKKKRGRPKKQPLLTVETIHEGTSTSPV----SPISR . : . . ..:.: .: :::::::.: :. :..: :: . KIAA14 I---LQPEIEIPSFKQGLSV-SPFPKKRGRPKRQMRSPVKMKPPVLSVAPFVATESPSKL 880 890 900 910 920 630 640 650 660 670 KIAA04 EFPGTKKRKRRRNLAKLAQLVPGED-----KP----MS--EMKFHKKVGKL--GVLDKKT : . ..:. . . :: .: .: :: ::. ::. : : : : KIAA14 ESESDNHRSSSDFFESEDQLQDPDDLDDSHRPSVCSMSDLEMEPDKKITKRNNGQLMKTI 930 940 950 960 970 980 680 690 700 710 720 KIAA04 IKTINKMKTLKRKNILNQILSCSSSVALKAKAPPE----TSPGAAAIESKLGKQINVSKR :. ::::::::::..:::::: : . :.:. . .: ::.. ::::.::::::. KIAA14 IRKINKMKTLKRKKLLNQILSSSVESSNKGKVQSKLHNTVSSLAATFGSKLGQQINVSKK 990 1000 1010 1020 1030 1040 730 740 750 760 770 780 KIAA04 GTIYIGKKRGRKPRAELPPPSEEPKTAIKHPRPVSSQPDVPAV----PSNFQSLVASSPA :::::::.:::::.. : :.. . ...: :. : . : ..:: KIAA14 GTIYIGKRRGRKPKTVLNGILSGSPTSLAVLEQTAQQAAGSALGQILPPLLPSSASSSEI 1050 1060 1070 1080 1090 1100 790 800 810 820 830 KIAA04 AMHPLSTQLGGSNGNLSPASTETNFSELKTMPNLQ----PISALPTKTQKGIHSGTWKLS :. .: .:..:. ::.:....: : ...: :. : . : ..: .: .:: KIAA14 LPSPICSQSSGTSGGQSPVSSDAGFVEPSSVPYLHLHSRQGSMIQTLAMKKASKGRRRLS 1110 1120 1130 1140 1150 1160 840 850 860 870 880 890 KIAA04 PPRLMANSPSHLCEIGSLKEITLSPVSESHSEETIPSDSGIGTDNNSTSDQAEK-SSESR :: :. :::::: :. :::: : ::.:::::.::::::::::::::::::.::: .... KIAA14 PPTLLPNSPSHLSELTSLKEATPSPISESHSDETIPSDSGIGTDNNSTSDRAEKFCGQKK 1170 1180 1190 1200 1210 1220 900 910 920 930 940 950 KIAA04 RRYSFDFCSLDNPEAIPSDTSTKNRHGHRQKHLIVDNFLAHESLKKPKHKRKRK--SLQN ::.::. :: ::. .: :..: :. :. : .:.....:. :.:::.: .:.: KIAA14 RRHSFEHVSLIPPETSTVLSSLKEKHKHKCKRRNHD-YLSYDKMKRQKRKRKKKYPQLRN 1230 1240 1250 1260 1270 1280 960 970 980 990 1000 1010 KIAA04 RDDLQFLADLEELITKFQVFRISHRSYTFYHENPYPSIFRINFDHYYPVPYIQYDPLLYL :.: .:.:.:::::.... .::.:::. : .. :.::::::. .: : . ::: :. KIAA14 RQDPDFIAELEELISRLSEIRITHRSHHFIPRDLLPTIFRINFNSFYTHPSFPLDPLHYI 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA04 RRTSDLKSKKKRGRPAKTNDTMTKVPFLQGFSYPIPSGSYYAPYGMPYTSMPMMNLGYYG :. KIAA14 RKPD 1605 residues in 1 query sequences 1985900 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:32 2008 done: Thu Dec 18 15:21:33 2008 Total Scan time: 0.840 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]