# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00869.fasta.huge -Q ../query/KIAA0552.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0552, 709 aa vs ./tmplib.23663 library 1986796 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9094+/-0.0111; mu= -4.2862+/- 0.756 mean_var=445.1228+/-103.963, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.060790 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1813 ( 673 res) ph00819b ( 673) 994 101.6 2.5e-22 KIAA0341 ( 546 res) hg01438 ( 546) 432 52.2 1.5e-07 >>KIAA1813 ( 673 res) ph00819b (673 aa) initn: 897 init1: 537 opt: 994 Z-score: 492.6 bits: 101.6 E(): 2.5e-22 Smith-Waterman score: 1114; 38.937% identity (59.483% similar) in 696 aa overlap (37-675:5-641) 10 20 30 40 50 60 KIAA05 VDLAGVVGIGVGSYLSLPSHLCPQCPPGLVMAKLETLPVRADPGRDPLLAFAPRPSELGP :: ..:::: .:. : : ::. .: KIAA18 ASATMAIVQTLPVPLEPA--PEAATAPQ----AP 10 20 70 80 90 100 110 120 KIAA05 PDPRLAMGSVGSGVAHAQEFAMKSVGTRTGGGGSQGSFPGPRG-----SGSGASRERPGR .::::.: .. : :: . :: : . .: : : KIAA18 -----VMGSVSSLIS----------GRPCPGGPAPPRHHGPPGPTFFRQQDGLLR---GG 30 40 50 60 70 130 140 150 160 170 KIAA05 YPSEDKGLANSLYLNGELRGSDHTDVCGNVVGSSGGSSSSGGSDKAPPQYREPSH----P : ... : .. . .. : . . : : :: : : : . .: : KIAA18 YEAQEP-LCPAVPPRKAVPVTSFTYINEDFRTESPPSPSSDVED-AREQRAHNAHLRGPP 80 90 100 110 120 180 190 200 210 220 KIAA05 PKLLATSGKLDQCSEP-LVRPSAFKPVVPK--NFHSMQNLCPPQTNGTPEGRQGP----- :::. .::::.. : :.::.:::::.:: . :. .. :...: : :: KIAA18 PKLIPVSGKLEKNMEKILIRPTAFKPVLPKPRGAPSLPSFMGPRATGLS-GSQGSLTQLF 130 140 150 160 170 180 230 240 250 260 270 KIAA05 GGLKGGLDKSRTMT----P------AGGSGSG-LSDSGRNSLTSLPTYSSSYSQHLAPLS :: .. ..: . . : :.: :: :::::::::.::::::.. .. : . KIAA18 GGPASSSSSSSSSSAADKPLAFSGWASGCPSGTLSDSGRNSLSSLPTYSTGGAE---PTT 190 200 210 220 230 240 280 290 300 310 320 330 KIAA05 ASTS-HINRIGTASYGSGSGGSSGGGSGYQDLGT-SDSGRASSKSGSSSSMGR--PGHLG .: . :. :.::: :. : . : . :::::.::.....: :: : :: KIAA18 SSPGGHL-----PSHGSGRGALPGPARGVPTGPSHSDSGRSSSSKSTGSLGGRVAGGLLG 250 260 270 280 290 340 350 360 370 380 KIAA05 SGEGG-------GGGLPFAACSPPSPSALIQE-LEERLWEKEQEVAALRRSLEQSEAAVA :: . : : ::: ::.. :: .: ..: :. :: ::...::.. KIAA18 SGTRASPDSSSCGERSPPPPPPPPSDEALLHCVLEGKLRDREAELQQLRDSLDENEATMC 300 310 320 330 340 350 390 400 410 420 430 440 KIAA05 QVLEERQKAWERELAELRQGCSGKLQQVARRAQRAQQGLQLQVLRLQQDKKQLQEEAARL :. ::::. :.:: ::. :... :.::::::: :::::..:::.:.:::.. :.: KIAA18 QAYEERQRHWQREREALREDCAAQ----AQRAQRAQQLLQLQVFQLQQEKRQLQDDFAQL 360 370 380 390 400 410 450 460 470 480 490 500 KIAA05 MRQREELEDKVAACQKEQADFLPRIEETKWEVCQKAGEISLLKQQLKDSQADVSQKLSEI ...::.:: . :. ..:: .. ::.::::::::::.:::::::::::.:::.. :: ::. 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KIAA18 EQELQQLSLELEARELADLGLAEQAPCICLEEITATEI 640 650 660 670 >>KIAA0341 ( 546 res) hg01438 (546 aa) initn: 654 init1: 237 opt: 432 Z-score: 227.2 bits: 52.2 E(): 1.5e-07 Smith-Waterman score: 668; 31.832% identity (54.193% similar) in 644 aa overlap (105-709:7-546) 80 90 100 110 120 KIAA05 SVGSGVAHAQEFAMKSVGTRTGGGGSQGSFPGPRG--SGS-GASRERPGRYPSEDK---- ::: : :: :. :: : : . KIAA03 NFMATAPGPAGIAMGSVGSLLERQDFSPEEPRAALA 10 20 30 130 140 150 160 170 KIAA05 GLANSLYLNGELR-GSDHTDVCGNVVGSSGGSSSSGGSDKAP---PQ------YREPSHP : .: .: :: : . . . . . :.:. .. .:: : ::: :. KIAA03 GSRGSRQPDGLLRKGLGQREFLSYLHLPKKDSKSTKNTKRAPRNEPADYATLYYREHSRA 40 50 60 70 80 90 180 190 200 210 220 230 KIAA05 PKLLATS----GKLDQCSEPLVRPSAFKPVVP--KNFHSMQNLCPPQTNGTPEGRQGPGG . :: :..:.: .:::.:::.. :.: :::.: .. .:.. 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KIAA03 ---LAELKRLYVERLHEVTQKAERSERNLQLQLFMAQQEQRRLRKE---LRAQQGLAPEP 300 310 320 330 340 460 470 480 490 500 510 KIAA05 VAACQKEQADFLPRIEE-TKWEVCQKAGEISLLKQQLKDSQADVSQKLSEIVGLRSQLRE : .:: : :: ..::::::..:::::::::...::...:::.:: .:..::: KIAA03 RAPGTLPEADPSARPEEEARWEVCQKTAEISLLKQQLREAQAELAQKLAEIFSLKTQLRG 350 360 370 380 390 400 520 530 540 550 560 570 KIAA05 GRASLREKEEQLLSLRDSFSSKQASLELGEGELPAACLKPALTPVDPAEPQDALATCESD .::. . .. .:. ::.. : : . : ..: ..::.: KIAA03 SRAQAQAQDAELVRLREAVRSLQ----------------------EQAPREEAPGSCETD 410 420 430 440 580 590 600 610 620 630 KIAA05 EAKMRRQAGVAAAASLVSVDGEAEAGGESGTRALRREVGRLQAELAAERRARERQGASFA . : : : :::: . : . .:.::: :: ..:. : KIAA03 DCKSRGLLG--------------EAGGSEA----RDSAEQLRAELLQERLRGQEQALRFE 450 460 470 480 640 650 660 670 680 690 KIAA05 EERRVWLEEKEKVIEYQKQLQLSYVEMYQRNQQLERRLRERGAAGGASTPTPQHGEEKKA .:::.: ::::.:..::...: .:..::.::: ::..:: . ::: KIAA03 QERRTWQEEKERVLRYQREIQGGYMDMYRRNQALEQELR-----ALREPPTP-------- 490 500 510 520 530 700 KIAA05 WTPSRLERIESTEI :.: :.::..: KIAA03 WSP----RLESSKI 540 709 residues in 1 query sequences 1986796 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:43 2008 done: Thu Dec 18 15:06:43 2008 Total Scan time: 0.570 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]