# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh01904mrp2.fasta.huge -Q ../query/KIAA0565.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0565, 641 aa vs ./tmplib.23663 library 1986864 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1009+/-0.00987; mu= -6.3886+/- 0.664 mean_var=461.6534+/-114.579, 0's: 0 Z-trim: 26 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.059692 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1074 ( 1715 res) hj06637 (1715) 1782 169.1 2.8e-42 KIAA2015 ( 996 res) fk09763 ( 996) 730 78.1 4e-15 KIAA1641 ( 718 res) fj10609s1 ( 718) 690 74.5 3.6e-14 KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984) 338 44.8 8.4e-05 KIAA1601 ( 690 res) fj10228 ( 690) 256 37.1 0.0063 >>KIAA1074 ( 1715 res) hj06637 (1715 aa) initn: 1503 init1: 794 opt: 1782 Z-score: 850.8 bits: 169.1 E(): 2.8e-42 Smith-Waterman score: 2107; 50.493% identity (67.118% similar) in 812 aa overlap (6-625:797-1603) 10 20 30 KIAA05 SMFNCRLALKQENEEKRNADMLYNKDSEQLRIKEE :..:.::.:..:::: ::.: :::: ::: KIAA10 VLQRELSETKEIKSQLEHQKVEWERELCSLRFSLNQEEEKRRNADTLYEKIREQLRRKEE 770 780 790 800 810 820 40 50 60 70 80 90 KIAA05 ECGKVVETKQQLKWNLRRLVKELRTVRNNLDLVVQERNDAQKQLSEEQDARILQDQILT- . : ::.::::. .:. : :::::..::. :::::::::.:::.::.::.::: ::: KIAA10 QYRKEVEVKQQLELSLQTLEMELRTVKSNLNQVVQERNDAQRQLSREQNARMLQDGILTN 830 840 850 860 870 880 100 110 120 130 140 150 KIAA05 --SKQKELEMARKKMNSEISHRHQKEKDLFHEDCMLQEEIALLRLEIDTIKNQNKQKEKK :::::.:::.:::::: :: :..:::: :.. :::::::.::::::::::::..:::: KIAA10 HLSKQKEIEMAQKKMNSENSHSHEEEKDLSHKNSMLQEEIAMLRLEIDTIKNQNQEKEKK 890 900 910 920 930 940 160 170 180 190 200 210 KIAA05 YFEDIEAVKEKNDNLQKIIKLNEETLTETILQYSGQLNNLTAENKILNSELENGKQNQER :::.. :::::..::: :: ::::::.:: ::.:.:. ::::: .:::.::: ::..:: KIAA10 CFEDLKIVKEKNEDLQKTIKQNEETLTQTISQYNGRLSVLTAENAMLNSKLENEKQSKER 950 960 970 980 990 1000 220 230 240 250 260 270 KIAA05 LEIEMESYRCRLAAAVRDCDQSQTA-RDLKLDFQRTRQEWVRLHDKMKVDMSGLQAKNEI :: :.:::. :::::..: :::.:. :.:.: :::.:.: ::.:::. :.:.:. .::: KIAA10 LEAEVESYHSRLAAAIHDRDQSETSKRELELAFQRARDECSRLQDKMNFDVSNLKDNNEI 1010 1020 1030 1040 1050 1060 280 290 300 310 320 330 KIAA05 LSEKLSNAESKINSLQIQLHNTRDALGRESLILERVQRDLSQTQCQKKETEQMYQIEQSK ::..: ..:::.:::.:..:.::::: ...: :::::.:::::::: :: :: :: :: : KIAA10 LSQQLFKTESKLNSLEIEFHHTRDALREKTLGLERVQKDLSQTQCQMKEMEQKYQNEQVK 1070 1080 1090 1100 1110 1120 340 350 360 370 380 390 KIAA05 LKKYIAKQESVEERLSQLQSENMLLRQQLDDAHKKANSQEKTSSTIQDQFHSAAKNLQAE ..:::.:::::::::::::::::::::::::::.::...::: .::::::. ...:::: KIAA10 VNKYIGKQESVEERLSQLQSENMLLRQQLDDAHNKADNKEKTVINIQDQFHAIVQKLQAE 1130 1140 1150 1160 1170 1180 400 410 420 KIAA05 SEKQILSLQEKNKELMDEYNHLKERMDQCEKEKAGRKI---------------------- :::: : :.:.::::..: ::::::. : :.::: :.. KIAA10 SEKQSLLLEERNKELISECNHLKERQYQYENEKAEREVVVRQLQQELADTLKKQSMSEAS 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA05 ------------------------------------------------------------ KIAA10 LEVTSRYRINLEDETQDLKKKLGQIRNQLQEAQDRHTEAVRCAEKMQDHKQKLEKDNAKL 1250 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA05 ------------------------------------------------------------ KIAA10 KVTVKKQMDKIEELQKNLLNANLSEDEKEQLKKLMELKQSLECNLDQEMKKNVELEREIT 1310 1320 1330 1340 1350 1360 430 440 KIAA05 ----------------------------------------------DLTEAQETVPSRCL ::: ::. :.:: KIAA10 GFKNLLKMTRKKLNEYENGEFSFHGDLKTSQFEMDIQINKLKHKIDDLTAELETAGSKCL 1370 1380 1390 1400 1410 1420 450 460 470 480 490 500 KIAA05 HLDAENEVLQLQQTLFSMKAIQKQCETLQKNKKQLKQEVVNLKSYMERNMLERGKAEWHK :::..:..:: . :.:::..::.:: ::::::.:.:::.::.:..::::.: :... .: KIAA10 HLDTKNQILQ--EELLSMKTVQKKCEKLQKNKKKLEQEVINLRSHIERNMVELGQVKQYK 1430 1440 1450 1460 1470 1480 510 520 530 540 550 560 KIAA05 LLIEERARKEIEEKLNEAILTLQKQAAVSHEQLVQLREDNTTSIKTQMELTIKDLESEIS ::::::.:: :::.:. : :: ::: :.:.: :.::.: .:.:.:::: :::::::.: KIAA10 QEIEERARQEIAEKLKEVNLFLQAQAA-SQENLEQFRENNFASMKSQMELRIKDLESELS 1490 1500 1510 1520 1530 1540 570 580 590 600 610 620 KIAA05 RIKTSQADFNKTELERYKELYLEEVKVRESLSNELSRTNEMIAEVSTQLTVEKEQTRSRS .::::: ::::::::.::.:::::.:::.:::..:..::: .:::.:.: :::.: ::: KIAA10 KIKTSQEDFNKTELEKYKQLYLEELKVRKSLSSKLTKTNERLAEVNTKLLVEKQQ--SRS 1550 1560 1570 1580 1590 1600 630 640 KIAA05 LFCLCYKASPRVTLRWKS :: KIAA10 LFTTLTTRPVMEPPCVGNLNNSLDLNRKLIPRENLVISTSNPRASNNSMENYLSKMQQEL 1610 1620 1630 1640 1650 1660 >>KIAA2015 ( 996 res) fk09763 (996 aa) initn: 998 init1: 359 opt: 730 Z-score: 363.5 bits: 78.1 E(): 4e-15 Smith-Waterman score: 1007; 31.769% identity (60.456% similar) in 746 aa overlap (9-620:223-938) 10 20 30 KIAA05 SMFNCRLALKQENEEKRNADMLYNKDSEQLRIKEEECG : :.: . . :: ... .:. . :. KIAA20 NQANIHAVDNFKRTALILAVQHNLSSIVTLLLQQNIRISSQDM-FGQTAEDYAL----CS 200 210 220 230 240 40 50 60 70 80 90 KIAA05 KVVETKQQLKWNLRRLVKE-LRTVRNNLDLVVQERNDAQKQLSEEQDARILQDQILTSKQ . .::. . ...:. ::. .: . .... . .:. .. :. .. ..:.. KIAA20 DLRSIRQQILEHKNKMLKNHLRN--DNQETAAMKPANLKKR---KERAKAEHNLKVASEE 250 260 270 280 290 300 100 110 120 130 140 150 KIAA05 KELEMARKKMNS-EISHRHQKEKDLFHEDCMLQEEIALLRLEIDTIKNQNKQKEKKYFED :. .. :.. .. . :. . :.:: .. . ::...::.:. :. .:::.. .:::::... KIAA20 KQERLQRSENKQPQDSQSYGKKKDAMYGNFMLKKDIAMLKEELYAIKNDSLRKEKKYIQE 310 320 330 340 350 360 160 170 180 190 200 210 KIAA05 IEAVKEKNDNLQKIIKLNEETLTETILQYSGQLNNLTAENKILNSELENGKQNQERLEIE :... : : :..: ..:::. .:.:. .:: :::.: ::: ::::::. :.:.:::: : KIAA20 IKSITEINANFEKSVRLNEKMITKTVARYSQQLNDLKAENARLNSELEKEKHNKERLEAE 370 380 390 400 410 420 220 230 240 250 260 270 KIAA05 MESYRCRLAAAVRDCDQSQTARDLKLDFQRTRQEWVRLHDKMKVDMSGLQAKNEILSEKL .:: . ::.:. . .. .::.: . :. . : :.:: ..: : :::.:.:.. KIAA20 VESLHSSLATAINEYNEIVERKDLELVLWRADD--VSRHEKMGSNISQLTDKNELLTEQV 430 440 450 460 470 480 280 290 300 310 320 330 KIAA05 SNAESKINSLQIQLHNTRDALGRESLILERVQRDLSQTQCQKKETEQMYQIEQSKLKKYI .:. :.:.:. .:..::::: ...: : :: :: :.: . :: .::. ..: .. : KIAA20 HKARVKFNTLKGKLRETRDALREKTLALGSVQLDLRQAQHRIKEMKQMHPNGEAKESQSI 490 500 510 520 530 540 340 350 360 370 380 390 KIAA05 AKQESVEERLSQLQSENMLLRQQLDDAHKKANSQEKTSSTIQDQFHSAAKNLQAESEKQI .::.:.:::. : . ::.::..::.::.:.....: . . .: .... ..: KIAA20 GKQNSLEERIRQQELENLLLERQLEDARKEGDNKEIVINIHRDCLENGKEDL-------- 550 560 570 580 590 400 410 420 KIAA05 LSLQEKNKELMDEYNHLKERMDQCEKEKAGRKI--------------------------- :.:.::::: :::.:::.. ::::::: :.. KIAA20 --LEERNKELMKEYNYLKEKLLQCEKEKAEREVIVREFQEELVDHLKTFSISESPLEGTS 600 610 620 630 640 650 KIAA05 ------------------------------------------------------------ KIAA20 HCHINLNETWTSKKKLFQVEIQPEEKHEEFRKLFELISLLNYTADQIRKKNRELEEEATG 660 670 680 690 700 710 430 440 KIAA05 ---------------------------------------------DLTEAQETVPSRCLH ::. .:.: :.:.. KIAA20 YKKCLEMTINMLNAFANEDFNCHGDLNTDQLKMDILFKKLKQKFNDLVAEKEAVSSECVN 720 730 740 750 760 770 450 460 470 480 490 500 KIAA05 LDAENEVLQLQQTLFSMKAIQKQCETLQKNKKQLKQEVVNLKSYMERNMLERGKAEWHKL : .:::: .: :.::. .:..:: :.:.::.:..::.:::..::..:.: :: . .: KIAA20 LAKDNEVL--HQELLSMRNVQEKCEKLEKDKKMLEEEVLNLKTHMEKDMVELGKLQEYKS 780 790 800 810 820 510 520 530 540 550 560 KIAA05 LIEERARKEIEEKLNEAILTLQKQAAVSHEQLVQLREDNTTSIKTQMELTIKDLESEISR ..::: .::: ::.: . ::::: ..:: :: .:::.:.: . :::.::.: ..:. KIAA20 ELDERAVQEIE-KLEE--IHLQKQAEY-EKQLEQLNKDNTASLKKK-ELTLKDVECKFSK 830 840 850 860 870 880 570 580 590 600 610 620 KIAA05 IKTSQADFNKTELERYKELYLEEVKVRESLSNELSRTNEMIAEVSTQLTVEKEQTRSRSL .::. . . ::::..::.. ::. .:.:..: .... :: .::.: .::.. . KIAA20 MKTAYEEVT-TELEEFKEVFAAAVKANNSMSKKLMKSDKKIAVISTKLFTEKQRMKYFLS 890 900 910 920 930 940 630 640 KIAA05 FCLCYKASPRVTLRWKS KIAA20 TLPTRPEPELPCVENLNSIELNRKYIPKTAIRIPTSNPQTSNNCKNFLTEVLLC 950 960 970 980 990 >>KIAA1641 ( 718 res) fj10609s1 (718 aa) initn: 835 init1: 308 opt: 690 Z-score: 346.3 bits: 74.5 E(): 3.6e-14 Smith-Waterman score: 894; 41.784% identity (69.718% similar) in 426 aa overlap (16-436:253-662) 10 20 30 40 KIAA05 SMFNCRLALKQENEEKRNADMLYNKDSEQLRIKEEECGKVVETKQ : .:..: .. ::. .:: . ...: .. KIAA16 KIKNTFCLWKRLIKLKDNHCEQLRVKIRKLKNKASVLQKRISEKEEIKSQLKHEILELEK 230 240 250 260 270 280 50 60 70 80 90 100 KIAA05 QLKWNLRRLVKELRTVRNNLDLVVQERNDAQKQLSEEQ---DARILQDQILTSKQKELEM .: .:: ... . : :.. . :. . . ...::: .: . . . :. :.:. KIAA16 ELC-SLRFAIQQEKKKRRNVEELHQKVRE-KLRITEEQYRIEADVTKPIKPALKSAEVEL 290 300 310 320 330 340 110 120 130 140 150 160 KIAA05 ARKKMNS-EISHRHQKEKDLFHEDCMLQEEIALLRLEIDTIKNQNKQKEKKYFEDIEAVK :: ..:. .:: ::.::. ..:.::: :::: ::::::: ::::..:.: :: KIAA16 KTGGNNSNQVSETDEKE-DLLHENRLMQDEIARLRLEKDTIKNQNL--EKKYLKDFEIVK 350 360 370 380 390 170 180 190 200 210 220 KIAA05 EKNDNLQKIIKLNEETLTETILQYSGQLNNLTAENKILNSELENGKQNQERLEIEMESYR .:...::: .: : :::..:: ::::: :: :: : :.::. .....::: ::.::. KIAA16 RKHEDLQKALKRNGETLAKTIACYSGQLAALTDENTTLRSKLEKQRESRQRLETEMQSYH 400 410 420 430 440 450 230 240 250 260 270 280 KIAA05 CRLAAAVRDCDQSQTA-RDLKLDFQRTRQEWVRLHDKMKVDMSGLQAKNEILSEKLSNAE ::: :: : :::... :: .: :: : :: . . .:... ::: .::.:: KIAA16 CRLNAARCDHDQSHSSKRDQELAFQGTV-------DKCRHLQENLNSHVLILSLQLSKAE 460 470 480 490 500 510 290 300 310 320 330 340 KIAA05 SKINSLQIQLHNTRDALGRESLILERVQRDLSQTQCQKKETEQMYQIEQSKLKKYIAKQE :: :. .:: : .:: ...:..:.:: .:.: : : :. :.::. . ..: : :: KIAA16 SKSRVLKTELHYTGEALKEKALVFEHVQSELKQKQSQMKDIEKMYKSGYNTMEKCIEKQ- 520 530 540 550 560 350 360 370 380 390 400 KIAA05 SVEERLSQLQSENMLLRQQLDDAHKKANSQEKTSSTIQDQFHSAAKNLQAESEKQILSLQ ::. ::...::::.::::::..::..:::. .:: . . ..::::: .:. : :. KIAA16 ---ERFCQLKKQNMLLQQQLDDARNKADNQEKAILNIQARCDARVQNLQAECRKHRLLLE 570 580 590 600 610 620 410 420 430 440 450 460 KIAA05 EKNKELMDEYNHLKERMDQCEKEKAGRKIDLTEAQETVPSRCLHLDAENEVLQLQQTLFS : :: :..: .: ::. : ::::: :.. . . :. KIAA16 EDNKMLVNELTHSKEKECQYEKEKAEREVAVRQLQQKRDDVLNKGSATKALLDASSRHCT 630 640 650 660 670 680 470 480 490 500 510 520 KIAA05 MKAIQKQCETLQKNKKQLKQEVVNLKSYMERNMLERGKAEWHKLLIEERARKEIEEKLNE KIAA16 YLENGMQDSRKKLDQMRSQVCMQLCTPTTVNL 690 700 710 >>KIAA0866 ( 1984 res) hk00546s1 (1984 aa) initn: 137 init1: 86 opt: 338 Z-score: 178.1 bits: 44.8 E(): 8.4e-05 Smith-Waterman score: 361; 22.671% identity (57.143% similar) in 644 aa overlap (15-618:984-1587) 10 20 30 40 KIAA05 SMFNCRLALKQENEEKRNADMLYNKDSEQLRIKEEECGKVVETK :: .:. .: ... . ... .:. . . KIAA08 QAERKKMAQQMLDLEEQLEEEEAARQKLQLEKVTAEAKIKKLEDEILVMDDQNNKLSKER 960 970 980 990 1000 1010 50 60 70 80 90 100 KIAA05 QQLKWNLRRLVKELRTVRNNLDLVVQERNDAQKQLSEEQDARILQDQILTSKQKELEMAR . :. . :. .: ... ... .: ....:: ..:. ... :.: ::: . KIAA08 KLLEERISDLTTNLAEEEEKAKNLTKLKNKHESMISE-LEVRLKKEE--KSRQ-ELEKLK 1020 1030 1040 1050 1060 110 120 130 140 150 160 KIAA05 KKMNSEISHRHQKEKDLFHEDCMLQEEIALLRLEIDTIKNQNKQKEKKYFEDIEAVKEKN .:.... : :.. : :: .:: :.... :... : ..: . .:: KIAA08 RKLEGDASDFHEQIAD-------LQAQIAELKMQLAK-KEEELQAALARLDD--EIAQKN 1070 1080 1090 1100 1110 170 180 190 200 210 220 KIAA05 DNLQKIIKLNEETLTETILQYSGQLNNLTAENKILNSE--LENGKQNQER-LEIEMESYR . :.:: .:. :....: . :.:: .: ..:.: : :.:. . KIAA08 NALKKIRELE------------GHISDLQED---LDSERAARNKAEKQKRDLGEELEALK 1120 1130 1140 1150 1160 230 240 250 260 270 280 KIAA05 CRLAAAVRDCDQSQTARDLKLDFQRTRQEWVRLHDKMKVDMSGLQAKNEILSEKLSNAES .: .. :.. : ..:. . .:: . :. . . . .:. . . .: ..: KIAA08 TELEDTL---DSTATQQELR---AKREQEVTVLKKALDEETRSHEAQVQEMRQKHAQAVE 1170 1180 1190 1200 1210 290 300 310 320 330 KIAA05 KINSLQIQLHNTRDALGRESLILERVQRDLS-----------QTQCQKKETEQMYQIEQS ... :.. .. : ... ::. . ::. ... .::. : . : :: KIAA08 ELTEQLEQFKRAKANLDKNKQTLEKENADLAGELRVLGQAKQEVEHKKKKLEAQVQELQS 1220 1230 1240 1250 1260 1270 340 350 360 370 380 390 KIAA05 KLKKYIAKQESVEERLSQLQSENMLLRQQLDDAHKKANSQEKTSSTIQDQFHSAAKNLQA : . . ..... .::.: . .:..:. :: . : .....:.... . :: KIAA08 KCSDGERARAELNDKVHKLQNEVESVTGMLNEAEGKAIKLAKDVASLSSQLQDTQELLQE 1280 1290 1300 1310 1320 1330 400 410 420 430 440 KIAA05 ESEKQILSLQEKNKELMDEYNHLKERMDQCEKEKAG--RKIDLTEAQETVPSRCLH-LDA :. .: :... : ..: .: : :....:. . : . :.:. . : . .. :. . . KIAA08 ET-RQKLNVSTKLRQLEEERNSLQDQLDEEMEAKQNLERHISTLNIQLSDSKKKLQDFAS 1340 1350 1360 1370 1380 1390 450 460 470 480 490 KIAA05 ENEVLQLQQTLFS--MKAIQKQCET-------LQKNKKQLKQE----VVNLKSYMER-NM :.:. . :. .. . .: : :.:.:..:.:: ::.: . . . KIAA08 TVEALEEGKKRFQKEIENLTQQYEEKAAAYDKLEKTKNRLQQELDDLVVDLDNQRQLVSN 1400 1410 1420 1430 1440 1450 500 510 520 530 540 550 KIAA05 LERGKAEWHKLLIEER--ARKEIEEK-LNEAILTLQKQAAVSHEQLVQLREDNTTSIKTQ ::. . .. .:: ::. . : .:. :: .. :.: :.. :. . : . KIAA08 LEKKQRKFDQLLAEEKNISSKYADERDRAEAEAREKETKALS---LARALEEALEA-KEE 1460 1470 1480 1490 1500 1510 560 570 580 590 600 KIAA05 MELTIKDLESEISRIKTSQADFNKT--ELERYK---ELYLEEVKVR-ESLSNELSRTNEM .: : : :..:. . .:. : .:. :::. : : .::.:.. : : .::. :.. 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