# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj02755.fasta.nr -Q ../query/KIAA0590.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0590, 1468 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7825778 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1550+/-0.000183; mu= 15.4088+/- 0.010 mean_var=72.9652+/-14.142, 0's: 31 Z-trim: 38 B-trim: 0 in 0/67 Lambda= 0.150147 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|168273040|dbj|BAG10359.1| intraflagellar transp (1462) 9743 2120.9 0 gi|149750895|ref|XP_001497463.1| PREDICTED: simila (1463) 8333 1815.5 0 gi|184186088|ref|NP_598887.3| intraflagellar trans (1464) 8075 1759.6 0 gi|187954153|gb|AAI39006.1| Intraflagellar transpo (1464) 8067 1757.8 0 gi|82400102|gb|ABB72790.1| intraflagellar transpor (1464) 8041 1752.2 0 gi|126335468|ref|XP_001364681.1| PREDICTED: simila (1464) 7967 1736.2 0 gi|194678514|ref|XP_001789840.1| PREDICTED: simila (1466) 7911 1724.0 0 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:::.::::::::::::: gi|149 EQIAHCCMRQGNYHLATKKYTQAGNKLKAMRALLKSGDTEKIIFFAGVSRQKEIYIMAAN 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 KIAA05 YLQSLDWRKEPEIMKNIIGFYTKGRALDLLAGFYDACAQVEIDEYQNYDKAHGALTEAYK ::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|149 YLQSLDWRREPEIMKNIIGFYTKGRALDLLAGFYDACAQVEIDEYQNYDKAHGALTEAYK 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 KIAA05 CLAKAKAKSPLDQETRLAQLQSRMALVKRFIQARRTYTEDPKESIKQCELLLEEPDLDST ::.:::::::::::.:::.:::.::::.::.:::::::::::::..:::::::::::::: gi|149 CLSKAKAKSPLDQEARLARLQSKMALVERFVQARRTYTEDPKESVRQCELLLEEPDLDST 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA05 IRIGDVYGFLVEHYVRKEEYQTAYRFLEEMRRRLPLANMSYYVSPQAVDAVHRGLGLPLP ::.:::::::::::.. ::.: ::..::::::::: :::::::: ..:::::.:::.:: gi|149 IRVGDVYGFLVEHYLQMEEFQMAYKYLEEMRRRLPSANMSYYVSQRTVDAVHQGLGIPLL 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA05 RTVPEQVRHNSMEDARELDEEVVEEADDDP :..::..::::::: ::. :::.::...:: gi|149 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