# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj02896s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA0594.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0594, 1120 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7815757 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1124+/-0.000197; mu= 10.2345+/- 0.011 mean_var=120.9094+/-23.322, 0's: 31 Z-trim: 98 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.116639 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|114625255|ref|XP_520066.2| PREDICTED: SMC5 prot (1204) 7274 1236.2 0 gi|23398518|gb|AAH38225.1| Structural maintenance (1101) 7173 1219.2 0 gi|122070387|sp|Q8IY18.2|SMC5_HUMAN RecName: Full= (1101) 7172 1219.0 0 gi|14250918|emb|CAC39247.1| SMC5 protein [Homo sap (1101) 7156 1216.3 0 gi|81871233|sp|Q8CG46.1|SMC5_MOUSE RecName: Full=S (1101) 6559 1115.9 0 gi|194224777|ref|XP_001489272.2| PREDICTED: simila (1119) 6490 1104.2 0 gi|116283983|gb|AAH17666.1| SMC5 protein [Homo sap ( 941) 6055 1031.0 0 gi|73946574|ref|XP_533529.2| PREDICTED: similar to (1091) 5084 867.6 0 gi|148709653|gb|EDL41599.1| mCG5312, isoform CRA_b (1106) 4992 852.2 0 gi|148709652|gb|EDL41598.1| mCG5312, isoform CRA_a (1086) 4921 840.2 0 gi|23468222|gb|AAH38345.1| Structural maintenance (1087) 4915 839.2 0 gi|194385300|dbj|BAG65027.1| unnamed protein produ ( 729) 4623 789.9 0 gi|109111772|ref|XP_001090492.1| PREDICTED: simila (1156) 4413 754.8 6.3e-215 gi|82132695|sp|Q802R9.1|SMC5_FUGRU RecName: Full=S (1092) 3843 658.8 4.5e-186 gi|13938118|gb|AAH07174.1| Smc5 protein [Mus muscu ( 611) 3670 629.5 1.7e-177 gi|149412853|ref|XP_001505381.1| PREDICTED: simila (1083) 3622 621.6 7.1e-175 gi|149062592|gb|EDM13015.1| SMC5 structural mainte (1064) 3609 619.4 3.2e-174 gi|113911989|gb|AAI22735.1| SMC5 protein [Bos taur ( 603) 3592 616.3 1.5e-173 gi|119582905|gb|EAW62501.1| SMC5 structural mainte ( 529) 3462 594.4 5.4e-167 gi|75571298|sp|Q5ZJY5.1|SMC5_CHICK RecName: Full=S (1065) 3293 566.3 3.2e-158 gi|60098715|emb|CAH65188.1| hypothetical protein [ (1064) 3290 565.7 4.6e-158 gi|82132868|sp|Q805A1.1|SMC5_XENLA RecName: Full=S (1065) 3197 550.1 2.4e-153 gi|149062593|gb|EDM13016.1| SMC5 structural mainte (1049) 2896 499.4 4.1e-138 gi|210116442|gb|EEA64186.1| hypothetical protein B (1096) 2610 451.3 1.3e-123 gi|210091689|gb|EEA39934.1| hypothetical protein B (1061) 2398 415.6 7e-113 gi|47228744|emb|CAG07476.1| unnamed protein produc (1034) 2231 387.5 2e-104 gi|154703038|gb|EDO02777.1| hypothetical protein S (1130) 1706 299.2 8.3e-78 gi|115923268|ref|XP_786593.2| PREDICTED: similar t (1069) 1687 296.0 7.3e-77 gi|134080608|emb|CAK41274.1| unnamed protein produ (1407) 1642 288.5 1.7e-74 gi|115954844|ref|XP_001197461.1| PREDICTED: simila (1032) 1630 286.4 5.5e-74 gi|73946572|ref|XP_859146.1| PREDICTED: similar to ( 247) 1597 280.3 9.3e-73 gi|119398407|gb|EAW08837.1| structural maintenance (1185) 1606 282.4 1e-72 gi|148692416|gb|EDL24363.1| mCG1031254 [Mus muscul ( 287) 1568 275.4 3.1e-71 gi|194034189|ref|XP_001924981.1| PREDICTED: simila ( 288) 1562 274.4 6.2e-71 gi|194034187|ref|XP_001924828.1| PREDICTED: simila ( 466) 1559 274.1 1.2e-70 gi|83772645|dbj|BAE62773.1| unnamed protein produc (1185) 1542 271.7 1.7e-69 gi|119405612|gb|EAW15563.1| structural maintenance (1192) 1502 264.9 1.9e-67 gi|40741345|gb|EAA60535.1| hypothetical protein AN (1232) 1443 255.0 1.9e-64 gi|194669355|ref|XP_585794.4| PREDICTED: structura (1025) 1438 254.1 2.9e-64 gi|66845434|gb|EAL85769.1| structural maintenance (1187) 1431 253.0 7.3e-64 gi|22000946|gb|AAL82734.1| structural maintenance (1186) 1427 252.3 1.2e-63 gi|187983105|gb|EDU48593.1| structural maintenance (1128) 1422 251.4 2e-63 gi|211593314|emb|CAP99695.1| Pc22g24070 [Penicilli (1308) 1404 248.5 1.8e-62 gi|13592365|gb|AAK31464.1| Hypothetical protein C2 (1076) 1373 243.2 5.9e-61 gi|33416919|gb|AAH55623.1| Zgc:66377 protein [Dani ( 418) 1353 239.4 3.1e-60 gi|187037518|emb|CAP24184.1| Hypothetical protein (1074) 1303 231.4 2.1e-57 gi|111063770|gb|EAT84890.1| hypothetical protein S (1124) 1303 231.4 2.1e-57 gi|8489009|sp|O13710.2|SMC5_SCHPO RecName: Full=St (1065) 1296 230.2 4.7e-57 gi|212002630|gb|EEB08290.1| conserved hypothetical (1030) 1243 221.3 2.2e-54 gi|28925527|gb|EAA34557.1| predicted protein [Neur (1138) 1241 221.0 3e-54 >>gi|114625255|ref|XP_520066.2| PREDICTED: SMC5 protein (1204 aa) initn: 7274 init1: 7274 opt: 7274 Z-score: 6616.5 bits: 1236.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 7274; 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