# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh08981.fasta.huge -Q ../query/KIAA0600.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0600, 1080 aa vs ./tmplib.23663 library 1986425 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.1104+/-0.0106; mu= -8.9133+/- 0.719 mean_var=434.1779+/-103.615, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.061552 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0288 ( 1097 res) ha06116(revised) (1097) 1792 174.0 9.9e-44 KIAA0744 ( 619 res) hk04110 ( 619) 1319 131.8 3e-31 KIAA0901 ( 1233 res) hk09716 (1233) 732 79.9 2.3e-15 >>KIAA0288 ( 1097 res) ha06116(revised) (1097 aa) initn: 2641 init1: 1745 opt: 1792 Z-score: 877.0 bits: 174.0 E(): 9.9e-44 Smith-Waterman score: 3472; 52.931% identity (72.703% similar) in 1143 aa overlap (44-1080:14-1097) 20 30 40 50 60 70 KIAA06 CYRLSLLTSPQLHPLPSQPPTPASCRPRAGMNSPNESDGMSGREPSLEILPRTSLHSIPV :.: .. ::.:::. .:.: . .. .: KIAA02 AISNHLKEWTLLAMSSQSHPDGLSGRDQPVELLNPARVNHMPS 10 20 30 40 80 90 100 110 120 KIAA06 TVEVKPVLP-RAMPSSMGGGGGGSPSPVELRGALVGSV---DPTLREQQLQQELLALKQQ ::.: .:: .. ::.. :..:: :. .:.:::::::::::::::. 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