# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01354a.fasta.huge -Q ../query/KIAA0615.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0615, 943 aa vs ./tmplib.23663 library 1986562 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0290+/-0.0062; mu= 1.8842+/- 0.420 mean_var=169.4844+/-39.853, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.098517 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0323 ( 724 res) hg00467 ( 724) 799 126.0 1.6e-29 KIAA1305 ( 1819 res) fh04045s1 (1819) 684 109.9 2.8e-24 KIAA1726 ( 624 res) pf01109 ( 624) 511 85.0 3.1e-17 >>KIAA0323 ( 724 res) hg00467 (724 aa) initn: 1090 init1: 798 opt: 799 Z-score: 621.7 bits: 126.0 E(): 1.6e-29 Smith-Waterman score: 936; 30.430% identity (52.260% similar) in 907 aa overlap (44-942:46-720) 20 30 40 50 60 70 KIAA06 EGPTPPDWLGSSGSKLRGRRRRRPPAPPREAAPAMAAR-AVLDEFTAPAEKAELLEQSRG : :. .:: : :.:.. :: . ..... 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KIAA13 PQSSGTLALSSKHQFQMEGLLGAWEGAPRQPPRHLQANSTVTSFQRYHEALNTPFELNLS 650 660 670 680 690 700 660 670 680 690 700 710 KIAA06 NEPGRTDLKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAIAVEYFWKLGNRNITVFVPQWRTRRD .::: :...:::::.::..:::..::::::::.::..::. :.:..::::: :. ... KIAA13 GEPGNQGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMAVQFFWNRGHREVTVFVPTWQLKKN 710 720 730 740 750 760 720 730 740 750 760 770 KIAA06 PNVTEQHFLTQLQELGILSLTPARMVFGERIASHDDRFLLHLADKTGGIIVTNDNFREFV : :.::::.:. : .::.::... :..:...: ::...::..: ::::::.... .. KIAA13 RRVRESHFLTKLHSLKMLSITPSQLENGKKITTYDYRFMVKLAEETDGIIVTNEQIHILM 770 780 790 800 810 820 780 790 800 810 820 830 KIAA06 NESVSWREIITKRLLQYTFVGDIFMVPDDPLGRSGPRLEEFLQKEVCLRDMQPLLSALPN : : . .. ::: .::.:..::::::::::.:: :.:::.: KIAA13 NSS--KKLMVKDRLLPFTFAGNLFMVPDDPLGRDGPTLDEFLKKPNRLDTDIGNFLKVWK 830 840 850 860 870 880 840 850 860 870 880 890 KIAA06 VGMFDPSFRVPGTQAASTSHQPPTRIQGAPSSHWLPQQPHFPLLPALPSLQQNLPMPAQR KIAA13 TLPPSSASVTELSDDADSGPLESLPNMEEVREEKEERQDEEQRQGQGTQKAAEEDDLDSS 890 900 910 920 930 940 >>KIAA1726 ( 624 res) pf01109 (624 aa) initn: 504 init1: 343 opt: 511 Z-score: 401.4 bits: 85.0 E(): 3.1e-17 Smith-Waterman score: 511; 50.685% identity (80.822% similar) in 146 aa overlap (679-821:1-146) 650 660 670 680 690 700 KIAA06 IPYKLELKNEPGRTDLKHIVIDGSNVAITHGLKKFFSCRGIAIAVEYFWKLGNRNITVFV : :. :::::: .::..: . :...::::: KIAA17 GNKEVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFV 10 20 30 710 720 730 740 750 760 KIAA06 PQWR---TRRDPNVTEQHFLTQLQELGILSLTPARMVFGERIASHDDRFLLHLADKTGGI : :: .: : .:.:..: .:.. :: .::.: : :.:.. .::::...:: .. :: KIAA17 PAWRKEQSRPDALITDQEILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGI 40 50 60 70 80 90 770 780 790 800 810 820 KIAA06 IVTNDNFREFVNESVSWREIITKRLLQYTFVGDIFMVPDDPLGRSGPRLEEFLQKEVCLR ::.:::.:...::. :...: .:::.:.::.: :: ::::::: :: :..::.:. KIAA17 IVSNDNYRDLANEKPEWKKFIDERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVP 100 110 120 130 140 150 830 840 850 860 870 880 KIAA06 DMQPLLSALPNVGMFDPSFRVPGTQAASTSHQPPTRIQGAPSSHWLPQQPHFPLLPALPS KIAA17 EHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPERGSQPQRSVADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNS 160 170 180 190 200 210 943 residues in 1 query sequences 1986562 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:09:17 2008 done: Thu Dec 18 15:09:18 2008 Total Scan time: 0.650 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]