# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk04053.fasta.huge -Q ../query/KIAA0696.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0696, 550 aa vs ./tmplib.23663 library 1986955 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.3899+/-0.00505; mu= 16.4297+/- 0.345 mean_var=101.6090+/-24.753, 0's: 0 Z-trim: 17 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.127235 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0413 ( 1237 res) hh00077s1 (1237) 231 53.9 8.5e-08 KIAA1449 ( 680 res) fk04105 ( 680) 186 45.2 1.9e-05 KIAA1242 ( 504 res) fh10406 ( 504) 181 44.1 3e-05 KIAA0449 ( 1628 res) ff06247 (1628) 183 45.2 4.4e-05 KIAA0596 ( 1531 res) hg01605 (1531) 178 44.3 8.1e-05 KIAA1708 ( 1657 res) fj17878y1 (1657) 166 42.1 0.00039 KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556) 153 39.7 0.002 KIAA0982 ( 502 res) hj07125 ( 502) 145 37.5 0.0029 KIAA0541 ( 1500 res) fg05763 (1500) 145 38.2 0.0053 >>KIAA0413 ( 1237 res) hh00077s1 (1237 aa) initn: 200 init1: 119 opt: 231 Z-score: 231.9 bits: 53.9 E(): 8.5e-08 Smith-Waterman score: 315; 26.814% identity (56.151% similar) in 317 aa overlap (237-526:594-899) 210 220 230 240 250 260 KIAA06 GPPNSFYRSLYPKIIQDIETIESNWRCGRHNLQRIQCRSENSKGVY--CLQYDDEKIISG ::.:. : .. .:: :.. : ..: : KIAA04 EVYQQAKLQAKQEVDNGMLYLEWINKKNITNLSRLVVRP-HTDAVYHACFSEDGQRIASC 570 580 590 600 610 620 270 280 290 300 310 320 KIAA06 LRDNSIKIWDKTSLECLKVLTGHTGSVLCLQY--DERVIVTGSSDSTVRVWDVNTGEVLN :...... . : : . .: ::: . :.: :.: : :. :..:. :::... 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KIAA04 TSY-IKVWDIRDSAKCIRTLTSSGQVISGDACAATSTRAITSAQGEHQINQIALSPSGTM 1360 1370 1380 1390 1400 1410 390 400 410 420 430 KIAA06 IVSASGDRTIKVWSTSTCEFVRTLNGHKRGIACLQYRDR-----LVVSGSSDNTIRLWDI . .:::. ....: : . : :.:: . :: . :::.::.:. ...... KIAA04 LYAASGN-AVRIWELSRFQPVGKLTGHIGPVMCLTVTQTASQHDLVVTGSKDHYVKMFEL 1420 1430 1440 1450 1460 1470 440 450 460 470 480 490 KIAA06 -EC-----GACLRVLEGHEELVRCIRFDNKRIVSGAYDGKIKVWDL-QAALDPRAPASTL :: : : . ..:. ... . ::. :. :: ::: : : . : . KIAA04 GECVTGTIGPTHNFEPPHYDGIECLAIQGDILFSGSRDNGIKKWDLDQQELIQQIPNA-- 1480 1490 1500 1510 1520 1530 500 510 520 530 540 KIAA06 CLRTLVEHSGRVFRLQF--DEFQIISSSHDDTILIWDFLNVPPSAQNETRSPSRTYTYIS :. : : : . ...:. . .: .:. : : KIAA04 -------HKDWVCALAFIPGRPMLLSACRAGVIKVWNVDNFTPIGEIKGHDSPINAICTN 1540 1550 1560 1570 1580 550 KIAA06 R KIAA04 AKHIFTASSDCRVKLWNYVPGLTPCLPRRVLAIKGRATTLP 1590 1600 1610 1620 >>KIAA0596 ( 1531 res) hg01605 (1531 aa) initn: 151 init1: 100 opt: 178 Z-score: 178.3 bits: 44.3 E(): 8.1e-05 Smith-Waterman score: 255; 24.603% identity (60.714% similar) in 252 aa overlap (253-482:503-753) 230 240 250 260 270 280 KIAA06 DIETIESNWRCGRHNLQRIQCRSENSKGVYCLQYDDEKIISGLRDNSIKIWDKTSL-ECL :.. . ... :: : ..... . :: : : KIAA05 NTQALLDTELPGGDKADASLLDPRVGIRSVCVSPNGQHLASGDRMGTLRVHELQSLSEML 480 490 500 510 520 530 290 300 310 320 330 KIAA06 KVLTGHTGSVLCLQYDE-----RVIVTGSSDSTVRVWDVNTGEVLN-TLIHHNEAVLHLR :: .: . .:::.:.. ......: : ..: :.. :. :: .:. .. .. KIAA05 KV-EAHDSEILCLEYSKPDTGLKLLASASRDRLIHVLDAGREYSLQQTLDEHSSSITAVK 540 550 560 570 580 590 340 350 360 370 380 KIAA06 F--SNGL--MVTCSKDRSIAVWDMASATD-ITLRRVL-VGHRAAVNVVDFDDKYIVSASG : :.: :..:. :.:: .. : . . :. : ..... .: . .. .: : KIAA05 FAASDGQVRMISCGADKSIYFRTAQKSGDGVQFTRTHHVVRKTTLYDMDVEPSWKYTAIG 600 610 620 630 640 650 390 400 410 420 430 440 KIAA06 --DRTIKVWSTSTCEFVRTLNGHK--RGIACLQYRDR---LVVSGSSDNTIRLWDIECGA ::.:.... :. . . ..: . : : .... ::... ..:. : KIAA05 CQDRNIRIFNISSGKQKKLFKGSQGEDGTLIKVQTDPSGIYIATSCSDKNLSIFDFSSGE 660 670 680 690 700 710 450 460 470 480 490 500 KIAA06 CLRVLEGHEELVRCIRFDN--KRIVSGAYDGKIKVWDLQAALDPRAPASTLCLRTLVEHS :. .. :: :.: ..:.: :...: . :. : :: :.. . 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KIAA17 RTCKVWNLVTGQEIMSLGGHPNNVVSVKYCNYTSLVFTVSTSY-IKVWDIRDSAKCIRTL 1350 1360 1370 1380 1390 1400 360 370 380 390 400 KIAA06 ASATDITL---------RRVLV-GHRAAVNVVDFDDK--YIVSASGDRTIKVWSTSTCEF .:. ..:: : : . . . .: . .. .. .:::. ....:. . . KIAA17 TSSGQVTLGDACSASTSRTVAIPSGENQINQIALNPTGTFLYAASGN-AVRMWDLKRFQS 1410 1420 1430 1440 1450 1460 410 420 430 440 450 KIAA06 VRTLNGHKRGIACLQYRD-----RLVVSGSSDNTIRLWDIECGACLRVLEGHE------E . :.:: . :: . :...::.:. :...:. :: : :. . KIAA17 TGKLTGHLGPVMCLTVDQISSGQDLIITGSKDHYIKMFDVTEGALGTVSPTHNFEPPHYD 1470 1480 1490 1500 1510 1520 460 470 480 490 500 510 KIAA06 LVRCIRFDNKRIVSGAYDGKIKVWDL-QAALDPRAPASTLCLRTLVEHSGRVFRLQFDEF .. . ... . ::. :. :: ::: : : ..: KIAA17 GIEALTIQGDNLFSGSRDNGIKKWDLTQKDLLQQVPNAHKDWVCALGVVPDHPVLLSGCR 1530 1540 1550 1560 1570 1580 520 530 540 550 KIAA06 QIISSSHDDTILIWDFLNVPPSAQNETRSPSRTYTYISR KIAA17 GGILKVWNMDTFMPVGEMKGHDSPINAICVNSTHIFTAADDRTVRIWKARNLQDGQISDT 1590 1600 1610 1620 1630 1640 >>KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556 aa) initn: 133 init1: 84 opt: 153 Z-score: 153.5 bits: 39.7 E(): 0.002 Smith-Waterman score: 224; 20.466% identity (53.886% similar) in 386 aa overlap (91-439:912-1277) 70 80 90 100 110 KIAA06 GTSSVIVSRKRPSEGNYQKEKDLCIKYFDQWSESDQVEFVE-HLISRMCHYQHGHINSYL :...: ::.. : . : : .:.. .. KIAA09 YLPEFLFNSNNFDLGCKQNGTKLGDVILPPWAKGDPREFIRVHREALECDYVSAHLHEWI 890 900 910 920 930 940 120 130 140 150 160 170 KIAA06 KPMLQRDFITALPEQGLDHI-AENILSYLDARSLCAAELVCKEWQRVISEGML--WKKLI :.: . .:: . : :.. .: .. . ... . :.. . .. KIAA09 ------DLIFGYKQQGPAAVEAVNVFHHLFYEGQVDIYNINDPLKETATIGFINNFGQIP 950 960 970 980 990 180 190 200 210 220 230 KIAA06 ERMVRTDPLWKGLSERRGWDQYLFKNRPTDGPPNSFYRSLYPKIIQDIETIESNWRCGRH ... . : . : . :. .. : . . :.. : .... . . .. KIAA09 KQLFKKPHPPKRVRSRLNGDNAGISVLPGSTSDKIFFHHL-----DNLRPSLTPVKELKE 1000 1010 1020 1030 1040 1050 240 250 260 270 280 KIAA06 NLQRIQCRSENSKGVYCLQYDDEKIISGLRDNSIKIWDKTSLECL-------KVLTGHT- . .: : ..::. : ...:.. :. : ..: : :..: . 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