# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk01741s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0720.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0720, 1091 aa vs ./tmplib.23663 library 1986414 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.9602+/-0.0104; mu= -16.9319+/- 0.699 mean_var=410.2938+/-98.392, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.063318 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0382 ( 1443 res) ef00443 (1443) 498 60.5 2e-09 KIAA0380 ( 1539 res) hh00518 (1539) 407 52.2 6.5e-07 KIAA1256 ( 1676 res) hh15293 (1676) 262 39.0 0.0068 >>KIAA0382 ( 1443 res) ef00443 (1443 aa) initn: 294 init1: 206 opt: 498 Z-score: 261.3 bits: 60.5 E(): 2e-09 Smith-Waterman score: 568; 23.758% identity (54.788% similar) in 825 aa overlap (115-886:370-1144) 90 100 110 120 130 140 KIAA07 TMHYDGHVRFDLPPQGSVLARNVSTRSCPPRTSPAVD--LEEEEEESSVDGKGDRKSTGL :. : :. ::. ... :. : .: KIAA03 PDEMSADLEKRRPELIPEDLHRHYIQTMQERVHPEVQRHLEDFRQKRSM-GLTLAESELT 340 350 360 370 380 390 150 160 170 180 190 KIAA07 KLSKKKARRRHTDDPSKEC---FTLKFDLNVDIETEIVPAMKKKSLGEVLLPVFERKGIA ::. .. . : : . . : .. :.. .: . .. : :.... :.: ... :. 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KIAA03 PMPVHPPPPGPREPAQQGPTPSRVELDDSDVFHGEPEPEELPGGTGSQQRVQGKHQVLLE 1110 1120 1130 1140 1150 1160 830 840 850 860 870 880 KIAA07 SSGSPDSQHCASDGSTETLAMVVVEPGDTLSSPEFDSGPFSSQSDETSLSTTASSATPTS .:... ::.: . :. : : .: . : . . .: KIAA03 ---DPEQE-----GSAEEEELGVL-PC-----------PSTSLDGE---NRGIRTRNPIH 1170 1180 1190 1200 890 900 910 920 930 940 KIAA07 ELLPLGPV--DGRSCSMDSAYGTLSPTSLQDFVAPGPMAELVPRAPESPRVPSPPP-SPR .: ::. .: . : .: : ... : . . ::. .:.: : KIAA03 LAFP-GPLFMEGLADSALEDVENLRHLILWSLLPGHTMETQAAQEPEDDLTPTPSVISVT 1210 1220 1230 1240 1250 1260 950 960 970 980 990 1000 KIAA07 LRRRTPVQLLSCPPHLLKSKSEASLLQLLAGAGTHGTPSAPSRSLSELCLAVPAPGIRTQ . : . . :: .:.. :: :: .: : . :: : ::. 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