# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk03846.fasta.huge -Q ../query/KIAA0736.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0736, 748 aa vs ./tmplib.23663 library 1986757 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7427+/-0.00567; mu= 16.9858+/- 0.387 mean_var=119.8228+/-27.997, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 5 in 2/38 Lambda= 0.117167 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0735 ( 707 res) hj00943 ( 707) 2850 493.5 3e-140 KIAA1054 ( 480 res) hh05240 ( 480) 2125 370.7 1.9e-103 >>KIAA0735 ( 707 res) hj00943 (707 aa) initn: 2988 init1: 2187 opt: 2850 Z-score: 2609.7 bits: 493.5 E(): 3e-140 Smith-Waterman score: 3042; 62.448% identity (84.979% similar) in 719 aa overlap (31-747:7-706) 10 20 30 40 50 60 KIAA07 SAPSPIMEEGFRDRAAFIRGAKDIAKEVKKHAAKKVVKGLDRVQDEYSRRSYSRFEEEDD : :. ...: : . . .... .. .:. KIAA07 NSPNLYHRARDIAQGATR---QSQNQGMDDYKYQDN 10 20 30 70 80 90 100 110 KIAA07 DDDFPAPSDGYYRGEGTQDEEEGGASSDATEGHDEDDEIYEGEYQGIPRAES-GGKGERM . :::::::::. .. ::. :.::.::::::.::::::::::::. .. .: .: KIAA07 YGGY-APSDGYYRGNESNPEED--AQSDVTEGHDEEDEIYEGEYQGIPHPDDVKAKQAKM 40 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 KIAA07 ADGAPLAGVRGGLSDGEGPPGGRGEAQRRKEREELAQQYEAILRECGHGRFQWTLYFVLG : . . ..:: .: :.: ...:.::.:::.:. ::::::::: :.:::: KIAA07 AP-SRMDSLRGQ-TDLM--------AERLEDEEQLAHQYETIMDECGHGRFQWILFFVLG 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 230 KIAA07 LALMADGVEVFVVGFVLPSAEKDMCLSDSNKGMLGLIVYLGMMVGAFLWGGLADRLGRRQ :::::::::::::.:.:::::::::::.:.:::::.:::::::.:::. :::::.:::.. 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KIAA07 RYFQDEEYKSKMKVFFGEHVYGATINFTMENQIHQHGKLVNDKFTRMYFKHVLFEDTFFD 440 450 460 470 480 490 540 550 560 570 580 590 KIAA07 ECYFEDVTSSNTFFRNCTFINTVFYNTDLFEYKFVNSRLINSTFLHNKEGCPLDVTGTGE :::::::::..:.:.:::. .:.::::::.:.::.: :.::::::..:::: .:. .. KIAA07 ECYFEDVTSTDTYFKNCTIESTIFYNTDLYEHKFINCRFINSTFLEQKEGCHMDLEQDND 500 510 520 530 540 550 600 610 620 630 640 650 KIAA07 GAYMVYFVSFLGTLAVLPGNIVSALLMDKIGRLRMLAGSSVMSCVSCFFLSFGNSESAMI ...:.:::::.:.::::::.::::::.::::.:..:: ..: : :::: ::::::::: KIAA07 --FLIYLVSFLGSLSVLPGNIISALLMDRIGRLKMIGGSMLISAVCCFFLFFGNSESAMI 560 570 580 590 600 610 660 670 680 690 700 710 KIAA07 ALLCLFGGVSIASWNALDVLTVELYPSDKRTTAFGFLNALCKLAAVLGISIFTSFVGITK . ::: :.:::.::::::.::::::...:.::::.::.:::..:.:: .::.::::::: KIAA07 GWQCLFCGTSIAAWNALDVITVELYPTNQRATAFGILNGLCKFGAILGNTIFASFVGITK 620 630 640 650 660 670 720 730 740 KIAA07 AAPILFASAALALGSSLALKLPETRGQVLQ ..:::.:.:.:. :. .::.::::: ::: KIAA07 VVPILLAAASLVGGGLIALRLPETREQVLM 680 690 700 >>KIAA1054 ( 480 res) hh05240 (480 aa) initn: 2216 init1: 1485 opt: 2125 Z-score: 1949.0 bits: 370.7 E(): 1.9e-103 Smith-Waterman score: 2125; 64.167% identity (84.167% similar) in 480 aa overlap (268-747:1-479) 240 250 260 270 280 290 KIAA07 RQCLLISLSVNSVFAFFSSFVQGYGTFLFCRLLSGVGIGGSIPIVFSYFSEFLAQEKRGE ::::: ::::.:: :::::.: ::.::::: KIAA10 RLLSGFGIGGAIPTVFSYFAEVLAREKRGE 10 20 30 300 310 320 330 340 350 KIAA07 HLSWLCMFWMIGGVYAAAMAWAIIPHYGWSFQMGSAYQFHSWRVFVLVCAFPSVFAIGAL :::::::::::::.::.::::::::::::::.::::::::::::::.:::.: : .. :: KIAA10 HLSWLCMFWMIGGIYASAMAWAIIPHYGWSFSMGSAYQFHSWRVFVIVCALPCVSSVVAL 40 50 60 70 80 90 360 370 380 390 400 410 KIAA07 TTQPESPRFFLENGKHDEAWMVLKQVHDTNMRAKGHPERVFSVTHIKTIHQEDELIEIQS : .::::::.:: ::::::::.:: .:::::::.:.::.::.:..::: .: ::::::.: KIAA10 TFMPESPRFLLEVGKHDEAWMILKLIHDTNMRARGQPEKVFTVNKIKTPKQIDELIEIES 100 110 120 130 140 150 420 430 440 450 460 470 KIAA07 DTGTWYQRWGVRALSLGGQVWGNFLSCFGPEYRRITLMMMGVWFTMSFSYYGLTVWFPDM ::::::.: :: . .: .:. ::. : :. . ::::.::.::::.:::::. 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KIAA10 KSCTFEDVTSVNTYFKNCTFIDTVFDNTDFEPYKFIDSEFKNCSFFHNKTGCQITFDDD- 280 290 300 310 320 600 610 620 630 640 650 KIAA07 EGAYMVYFVSFLGTLAVLPGNIVSALLMDKIGRLRMLAGSSVMSCVSCFFLSFGNSESAM .:: .:::.:::::::::::::::::::.:::: ::.:: :.: .::::: ::.::: : KIAA10 YSAYWIYFVNFLGTLAVLPGNIVSALLMDRIGRLTMLGGSMVLSGISCFFLWFGTSESMM 330 340 350 360 370 380 660 670 680 690 700 710 KIAA07 IALLCLFGGVSIASWNALDVLTVELYPSDKRTTAFGFLNALCKLAAVLGISIFTSFVGIT :..:::..:..:..::.:::.::::::.:.:.:.::::::::: ::::: :: :.:.:: KIAA10 IGMLCLYNGLTISAWNSLDVVTVELYPTDRRATGFGFLNALCKAAAVLGNLIFGSLVSIT 390 400 410 420 430 440 720 730 740 KIAA07 KAAPILFASAALALGSSLALKLPETRGQVLQ :. :::.::..:. :. ..: ::.:: ::: KIAA10 KSIPILLASTVLVCGGLVGLCLPDTRTQVLM 450 460 470 480 748 residues in 1 query sequences 1986757 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:14:02 2008 done: Thu Dec 18 15:14:03 2008 Total Scan time: 0.560 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]