# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk03989s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0740.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0740, 696 aa vs ./tmplib.23663 library 1986809 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5477+/-0.00556; mu= 13.2451+/- 0.380 mean_var=119.9060+/-30.311, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 109 in 1/39 Lambda= 0.117126 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0717 ( 751 res) fh19258 ( 751) 1814 317.9 2.1e-87 KIAA0878 ( 687 res) hk07361 ( 687) 370 73.9 5.7e-14 >>KIAA0717 ( 751 res) fh19258 (751 aa) initn: 3279 init1: 1811 opt: 1814 Z-score: 1661.0 bits: 317.9 E(): 2.1e-87 Smith-Waterman score: 3282; 67.972% identity (85.315% similar) in 715 aa overlap (1-694:25-735) 10 20 30 KIAA07 MDADMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARAC ::.::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA07 ACSAGRDVFLTLEATPSHVVVSRLMDSDMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARAC 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 KIAA07 NTTLTQYQLLATHVPTVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFA :.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::: KIAA07 NATLTQYQLLATHVPTVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDDVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFA 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 KIAA07 YGRSDVVVLCFSIANPNSLNHVKSMWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRAR :::::::::::::::::::.:::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::: KIAA07 YGRSDVVVLCFSIANPNSLHHVKTMWYPEIKHFCPRAPVILVGCQLDLRYADLEAVNRAR 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 KIAA07 RPLARPIKRGDILPPEKGREVAKELGLPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQF :::::::: ..:::::::::::::::.::::::: :::::::::::::::::::::::: KIAA07 RPLARPIKPNEILPPEKGREVAKELGIPYYETSVVAQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQF 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 KIAA07 WKSHLKKVQKPLLQAPFLPPKAPPPVIKIPECPSMGTNEAACLLDNPLCADVLFILQDQE :::::..::.::::::::::: :::.: .:. :: . . : ::..::::::...::.. 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KIAA07 DFLLRAASFDVCESVDEAGGSGP-AGLRASTSDGILRGNGT---GYLPGRGRVLSSWSRA 370 380 390 400 410 380 390 400 410 420 430 KIAA07 FIGMHREMQVNPISKRMGPMTVVRMDASVQPGPFRTLLQFLYTGQLDEKEKDLVGLAQIA :.....:: .:.. . :.::.::.:.::::::..:..::::.:::.:.::. .:.:: KIAA07 FVSIQEEMAEDPLTYKSRLMVVVKMDSSIQPGPFRAVLKYLYTGELDENERDLMHIAHIA 420 430 440 450 460 470 440 450 460 470 480 490 KIAA07 EVLEMFDLRMMVENIMNKEAFMNQEITKAFHVRKANRIKECLSKGTFSDVTFKLDDGAIS :.::.::::::: ::.:.:::::::::::::::..::.::::.::::::::: ::::.:: KIAA07 ELLEVFDLRMMVANILNNEAFMNQEITKAFHVRRTNRVKECLAKGTFSDVTFILDDGTIS 480 490 500 510 520 530 500 510 520 530 540 550 KIAA07 AHKPLLICSCEWMAAMFGGSFVESANSEVYLPNINKISMQAVLDYLYTKQLSPNLDLDPL ::::::: ::.:::::::: ::::.. :: .: .: :.:::.:::: ... . ::: . 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KIAA07 LKRQPKRRWLFWNSPSSPSSSAASSSSPSSSSAVV 720 730 740 750 >>KIAA0878 ( 687 res) hk07361 (687 aa) initn: 431 init1: 159 opt: 370 Z-score: 342.7 bits: 73.9 E(): 5.7e-14 Smith-Waterman score: 465; 24.059% identity (52.700% similar) in 611 aa overlap (82-671:151-681) 60 70 80 90 100 110 KIAA07 TVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIAN .:: : . : : .:..:. ... . KIAA08 NAASTVARPVFTEYQASAFGNVKLVVHDCPVWDIFDSDWYTSRNLIGGADIIVIKYNVND 130 140 150 160 170 180 120 130 140 150 160 KIAA07 PNSLNHVKSMWYPEIKHFCPRTPVIL--VGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKRGDIL :...::. . : ::. .:::. :: . . .: . :: ::. . KIAA08 KFSFHEVKDNYIPVIKRALNSVPVIIAAVGTRQN---EELPCTC----PLCTS-DRGSCV 190 200 210 220 230 170 180 190 200 210 220 KIAA07 PPEKGREVAKELGLPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLKKVQKPLL .: ..::::: : : .:.: : : .... .:. . .. .:..: . KIAA08 STTEGIQLAKELGATYLELHSLDDFYIGKYFGGVLEYFMIQALN----QKTSEKMKKRKM 240 250 260 270 280 230 240 250 260 270 280 KIAA07 QAPFLPPKAPPPVIKIPECPSMGTNEAACL---LDNPL----CADVLFILQDQEHIF-AH . : . :: .. :: . ::. :.: : :.::.: : ... :: KIAA08 SNSFHGIR--PPQLEQPEKMPVLKAEASHYNSDLNNLLFCCQCVDVVFYNPDLKKVVEAH 290 300 310 320 330 340 290 300 310 320 330 340 KIAA07 RIYLATSSSKFYDLFLMECEESPNGSEGACEKEKQSRDFQGRILSVDPEEEREEGPPRIP .: : . : :. :: .. ::. :.: KIAA08 KIVLCAVSHVFMLLFNVK---SPT-------------DIQ-------------------- 350 360 370 350 360 370 380 390 KIAA07 QADQWKSSNKSLVEALGLEAEGAVPETQTLTGWSK--GFIGMHREMQVNPISKRMGPMTV ..:.... :: : . .. .: : .: . :: :. : KIAA08 --------DSSIIRT-----------TQDLFAINRDTAFPGASHESSGNP------PLRV 380 390 400 400 410 420 430 440 450 KIAA07 VRMDASVQPGPFRTLLQFLYTG--QLDEKEKDLVGLAQIAEVLEMFDLRMMVENIMNKEA . :: . .:.:.:.: : .: :.:. .. . .. .. :. :.. . KIAA08 IVKDALFCSC-LSDILRFIYSGAFQWEELEEDI--RKKLKDSGDVSNVIEKVKCILKTPG 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 KIAA07 FMN-QEITKAFHVRKA-----NRIKECLSKGTFSDVTFKLDDGAISAHKPLLICSCEWMA .: . :....:: . .: :.: ..::.:... .. ::. .:. :: :: KIAA08 KINCLRNCKTYQARKPLWFYNTSLKFFLNKPMLADVVFEIQGTTVPAHRAILVARCEVMA 470 480 490 500 510 520 520 530 540 550 560 570 KIAA07 AMFGGSFVESANSEVYLPNINKISMQAVLDYLYTKQLSPNLDLDPLELIALANRFCLPHL :::.:...:. . . . ...: .. . :.:::: . : .. . :. :. . . .: KIAA08 AMFNGNYMEAKSVLIPVYGVSKETFLSFLEYLYTDSCCPAGIFQAMCLLICAEMYQVSRL 530 540 550 560 570 580 580 590 600 610 620 630 KIAA07 VALAEQHAVQELTKAATSGVG-IDGEVLSYLELAQFHNAHQLAAWCLHHICTNYNSVCSK . : . .: . . .. .. .... :. :.::.. :..: :: : ::: . :. KIAA08 QHICELFIITQLQSMPSRELASMNLDIVDLLKKAKFHHSDCLSTWLLHFIATNY-LIFSQ 590 600 610 620 630 640 640 650 660 670 680 690 KIAA07 FRKEIKSKSADNQEYFERHRWPPVWYLKEEDHYQRVKREREKEDIALNKHRSRRKWCFWN . :... :.... . :.:::: :::. .:.. . :. KIAA08 -KPEFQDLSVEERSFVEKHRWPSNMYLKQLAEYRKYIHSRKCRCLVM 650 660 670 680 KIAA07 SSPAVA 696 residues in 1 query sequences 1986809 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:14:11 2008 done: Thu Dec 18 15:14:12 2008 Total Scan time: 0.540 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]