# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg03949mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0801.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0801, 1058 aa vs ./tmplib.23663 library 1986447 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8630+/-0.0097; mu= -9.4904+/- 0.654 mean_var=371.7426+/-89.750, 0's: 0 Z-trim: 22 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.066520 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0111 ( 412 res) ha00659 ( 412) 744 86.2 1e-17 KIAA1595 ( 471 res) fj09517 ( 471) 398 53.0 1.1e-07 KIAA0853 ( 967 res) hk06136 ( 967) 327 46.6 2e-05 KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800) 320 46.4 6.3e-05 KIAA0536 ( 1028 res) hg03863 (1028) 278 41.9 0.00054 KIAA1019 ( 2309 res) fg00188s1 (2309) 285 43.0 0.00057 KIAA0670 ( 1286 res) hk02359s1 (1286) 239 38.3 0.0083 KIAA0553 ( 1450 res) pf08859 (1450) 240 38.4 0.0084 >>KIAA0111 ( 412 res) ha00659 (412 aa) initn: 580 init1: 476 opt: 744 Z-score: 410.0 bits: 86.2 E(): 1e-17 Smith-Waterman score: 744; 33.245% identity (65.957% similar) in 376 aa overlap (404-778:45-411) 380 390 400 410 420 430 KIAA08 EEVNVFRLEMEGITVKGKGCPKPIKSWVQCGISMKILNSLKKHGYEKPTPIQTQAIPAIM :. .: .. .:.:::. :: .:: :. 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KIAA01 LTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVI-FCNTKRKVDWLTEKMREANFTV 250 260 270 280 290 300 680 690 700 710 720 730 KIAA08 MSLHGGIDQYDRDSIINDFKNGTCKLLVATSVAARGLDVKHLILVVNYSCPNHYEDYVHR :.:: . : .:.::...:..:. ..:..:.: :::::: .. :..::. ::. : :.:: KIAA01 SSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHR 310 320 330 340 350 360 740 750 760 770 780 790 KIAA08 AGRTGRAGNKGYAYTFITEDQARYAGDIIKALELSGTAVPPDLEKLWSDFKDQQKAEGKI ::.:: : :: : .:. .:. : :: . . .: .. : KIAA01 IGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI 370 380 390 400 410 800 810 820 830 840 850 KIAA08 IKKSSGFSGKGFKFDETEQALANERKKLQKAALGLQDSDDEDAAVDIDEQIESMFNSKKR >>KIAA1595 ( 471 res) fj09517 (471 aa) initn: 347 init1: 174 opt: 398 Z-score: 229.9 bits: 53.0 E(): 1.1e-07 Smith-Waterman score: 398; 32.258% identity (64.113% similar) in 248 aa overlap (520-756:4-250) 490 500 510 520 530 540 KIAA08 ECKKFSKTLGLRVVCVYGGTGISEQIAELKRGAEIIVCTPGRMIDML---AANSGRVTNL ....::: ::::. ::. : . .. . 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KIAA08 RERERERERDREKEREREREERERERERERERERERERERERARERDKERERQRDWEDKD 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 KIAA08 PG--NKSKKTENRSRSKEKTDGGESSKEKKKDKDD-KEDEKEKDAGNFDQNKLEEEMRKR : .. .: :. .... :: . : ::. ... . . ... ... . . . KIAA08 KGRDDRREKREEIREDRNPRDGHDERKSKKRYRNEGSPSPRQSPKRRREHSPDSDAYNSG 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 KIAA08 KERVEKWRE-EQRKKAMENIGELKKEIEEMKQGKKWSLEDDDDDEDDPAEAEKEGNEMEG .. :: : : . .:. . ... : .::. :. :.: : . . : .:.. KIAA08 DDKNEKHRLLSQVVRPQESRSLSPSHLTEDRQGR-WK-EEDRKPERKESSRRYEEQELK- 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 KIAA08 EELDPLDAYMEEVKEEVKKFNMRSVKGGGGNEKKSGPTVTKVVTVVTTKKAVVDSD---K :... .: :.. : ... ::. : ..... : .. . ::: ... : KIAA08 EKVSSVDKQREQT-EILESSRMRAQDIIGHHQSEDRETSDRAHDE-NKKKAKIQKKPIKK 220 230 240 250 260 310 320 330 340 350 360 KIAA08 KKGELMENDQDAMEYSSEEEEVDLQTALTGYQTKQRKLLEPVDHGKIEYEPFRKNFYVEV :: . . .. .: .::. .: KIAA08 KKEDDVGIERGNIETTSEDGQVFSPKKGQKKKSIEKKRKKSKGDSDISDEEAAQQSKKKR 270 280 290 300 310 320 >>KIAA0324 ( 2800 res) ee08846s1 (2800 aa) initn: 817 init1: 288 opt: 320 Z-score: 180.3 bits: 46.4 E(): 6.3e-05 Smith-Waterman score: 321; 36.232% identity (59.903% similar) in 207 aa overlap (31-213:593-799) 10 20 30 40 50 KIAA08 GQLSLLVCPVRLCVVLKGTSIPAVGSMGRESRHYRKRSASRGRSGSRSRSRSPSDK-RSK ::. ..:. ::. .::.::::. . ::. KIAA03 RSRSAQRWGRSRSPQRRGRSRSPQRPGWSRSRNTQRRGRSRSARRGRSHSRSPATRGRSR 570 580 590 600 610 620 60 70 80 90 100 110 KIAA08 -RGDDRRSRSRDRDRRRERSRSRDKRRSRSRDRKRLRRSRSRERDRSRERRRSRSRDRRR : ::.:::.: :.::::: : :::.: ::.::: : .:.: :.:: ::: KIAA03 SRTPARRGRSRSRTPARRRSRSRTPTRRRSRSRTPARRGRSRSRTPARRRSRTRSPVRRR 630 640 650 660 670 680 120 130 140 150 160 KIAA08 SRSRSRGRRS---RSSSPG----NKSKKTENRSRSKEKTDGGESSKEKKKD--KDDKEDE ::::: .::: :: .:. ..:. :.::. .: . .:.. ... . . KIAA03 SRSRSPARRSGRSRSRTPARRGRSRSRTPARRGRSRSRTPARRSGRSRSRTPARRGRSRS 690 700 710 720 730 740 170 180 190 200 210 KIAA08 KEKDAGNFDQNKLEEEMR------KRK-------ERVEKWREEQRKKAMENIGELKKEIE . : . .: .. : .:. :: .: : ::.. .. :.:: KIAA03 RTPRRGRSRSRSLVRRGRSHSRTPQRRGRSGSSSERKNKSRTSQRRSRSNSSPEMKKSRI 750 760 770 780 790 800 220 230 240 250 260 270 KIAA08 EMKQGKKWSLEDDDDDEDDPAEAEKEGNEMEGEELDPLDAYMEEVKEEVKKFNMRSVKGG KIAA03 SSRRSRSLSSPRSKAKSRLSLRRSLSGSSPCPKQKSQTPPRRSRSGSSQTKAKSRTPPRR 810 820 830 840 850 860 >>KIAA0536 ( 1028 res) hg03863 (1028 aa) initn: 471 init1: 165 opt: 278 Z-score: 163.6 bits: 41.9 E(): 0.00054 Smith-Waterman score: 308; 30.690% identity (58.966% similar) in 290 aa overlap (29-282:366-646) 10 20 30 40 50 KIAA08 GQLSLLVCPVRLCVVLKGTSIPAVGSMGRESRHYRKRSAS-RGRSGSRSRSRSP--SD : .: ..:: : . :. :: ::::: .: KIAA05 KRSETDKEKKPIKSPSKDASSGKENRSPSRRPGRSPKRRSLSPKPRDKSR-RSRSPLLND 340 350 360 370 380 390 60 70 80 90 100 KIAA08 KRSKRGDD--------RRSRSRDRDR-RRERSRSR-DKRRSRSRDRKRLRRSRSRER--- .:::.. . ::..::. .: ::: : : .. :.: :: :: ::.. KIAA05 RRSKQSKSPSRTLSPGRRAKSRSLERKRREPERRRLSSPRTRPRDDILSRRERSKDASPI 400 410 420 430 440 450 110 120 130 140 150 KIAA08 DR-SRERRRSRSRDRRRSRS---RSRGRRSRSSSPG--NKSKKTENRSRSKEKTDGGESS .: : :::::: :::::: :::. : :: :: ........: : . .. ::. KIAA05 NRWSPTRRRSRSPIRRRSRSPLRRSRSPRRRSRSPRRRDRGRRSRSRLRRRSRSRGGRRR 460 470 480 490 500 510 160 170 180 190 200 KIAA08 KEKKKDKDDK-----------EDEKEKDAG--NFDQNKLEEEMRKRKERVEKWREEQRKK . ..: :.:: :.:. .: . .:: .. .:: ...:... :. : KIAA05 RSRSKVKEDKFKGSLSEGMKVEQESSSDDNLEDFDVEEEDEEALIEQRRIQRQAIVQKYK 520 530 540 550 560 570 210 220 230 240 250 260 KIAA08 AMENIGELKKEIEEMKQGKKWSLEDDDDDEDDPAE-AEKEGNEMEGEELDPLDAYMEEVK . . .... . .. . : . . . :: : . . .:.: :..: ..: .. KIAA05 YLAEDSNMS--VPSEPSSPQSSTRTRSPSPDDILERVAADVKEYERENVDTFEASVKA-- 580 590 600 610 620 630 270 280 290 300 310 320 KIAA08 EEVKKFNMRSVKGGGGNEKKSGPTVTKVVTVVTTKKAVVDSDKKKGELMENDQDAMEYSS : :. .:. ..:. .: KIAA05 ----KHNLMTVEQNNGSSQKKLLAPDMFTESDDMFAAYFDSARLRAAGIGKDFKENPNLR 640 650 660 670 680 >>KIAA1019 ( 2309 res) fg00188s1 (2309 aa) initn: 719 init1: 212 opt: 285 Z-score: 163.1 bits: 43.0 E(): 0.00057 Smith-Waterman score: 299; 41.259% identity (66.434% similar) in 143 aa overlap (31-172:1871-2005) 10 20 30 40 50 60 KIAA08 GQLSLLVCPVRLCVVLKGTSIPAVGSMGRESRHYRKRSASRGRSGSRSRSRSPSDKRSKR :: :.: .::.:: ::.: :: : .. :: KIAA10 KSRKRTSESRSRARKRSSKSKSHRSQTRSRSRSRRRRRSSRSRSKSRGR-RSVSKEKRKR 1850 1860 1870 1880 1890 70 80 90 100 110 KIAA08 GDDRRSRSRDRDRRRERSRSRDKRRS-RSRDRKRLRRSRSRERDRSRERRRSRSRDRRRS . .::.::.: .:.:: :::.:.. :.:.: :::::. .: :::::: :::: KIAA10 SPKHRSKSRER--KRKRSSSRDNRKTVRARSRTPSRRSRSHTPSR---RRRSRSVGRRRS 1900 1910 1920 1930 1940 1950 120 130 140 150 160 170 KIAA08 RSRSRGRRSRSSSPGNKSKKTENRSRSKEKTDGGESSKEKKKDKDDKEDEKEKDAGNFDQ : : .:::: .:. .:. :::. . . : . . .. .. ... KIAA10 FSISPSRRSR--TPSRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSRRRRSRSVVR 1960 1970 1980 1990 2000 2010 180 190 200 210 220 230 KIAA08 NKLEEEMRKRKERVEKWREEQRKKAMENIGELKKEIEEMKQGKKWSLEDDDDDEDDPAEA KIAA10 RRSFSISPVRLRRSRTPLRRRFSRSPIRRKRSRSSERGRSPKRLTDLDKAQLLEIAKANA 2020 2030 2040 2050 2060 2070 >>KIAA0670 ( 1286 res) hk02359s1 (1286 aa) initn: 350 init1: 231 opt: 239 Z-score: 142.3 bits: 38.3 E(): 0.0083 Smith-Waterman score: 239; 36.697% identity (69.725% similar) in 109 aa overlap (21-129:1172-1280) 10 20 30 40 50 KIAA08 GQLSLLVCPVRLCVVLKGTSIPAVGSMGRESRHYRKRSASRGRSGSRSRS .: . :. ... : . :.. .. . . KIAA06 EKKEKAQEEPPAKLLDDLFRKTKAAPCIYWLPLTDSQIVQKEAERAERAKEREKRRKEQE 1150 1160 1170 1180 1190 1200 60 70 80 90 100 110 KIAA08 RSPSDKRSKRGDDRRSRSRDRDRRRERSRSRDKRRSRSRDRKRLRRSRSRERDRSRERRR . . .: :... .:.:. .:..:::.:: ::..: : :.: : :.:.::::: : :.: KIAA06 EEEQKEREKEAERERNRQLEREKRREHSRERDRERERERERDRGDRDRDRERDRERGRER 1210 1220 1230 1240 1250 1260 120 130 140 150 160 170 KIAA08 SRSRDRRRSRSRSRGRRSRSSSPGNKSKKTENRSRSKEKTDGGESSKEKKKDKDDKEDEK .: .:.::::::. : KIAA06 DRRDTKRHSRSRSRSTPVRDRGGRR 1270 1280 >>KIAA0553 ( 1450 res) pf08859 (1450 aa) initn: 313 init1: 212 opt: 240 Z-score: 142.2 bits: 38.4 E(): 0.0084 Smith-Waterman score: 254; 26.648% identity (51.576% similar) in 349 aa overlap (28-347:805-1150) 10 20 30 40 KIAA08 GQLSLLVCPVRLCVVLKGTSIPAVGSMGRESRHYRKRSASRGRSGSR---------S :: :: .::. :. :.: : KIAA05 RLHQKSPSQYSEEEEEEDSGSEHSRSRSRSGR--RHSSHRSSRRSYSSSSDASSDQSCYS 780 790 800 810 820 830 50 60 70 80 90 100 KIAA08 RSRSPSDK-------RSKRGDDRRSRSRDRDRRRERSRSRDKRRSRSRDRKRLRRSRSRE :.:: :: ::.: . : : : : . ::. .. : : : : :.:: KIAA05 RQRSYSDDSYSDYSDRSRRHSKRSHDSDDSDYASSKHRSKRHKYSSSDDDYSLSCSQSRS 840 850 860 870 880 890 110 120 130 140 150 KIAA08 RDRSRERRRSRSRDRRRSRS--RSRG-RRSRSSSPGN-KSKKTENRSRSKEKTDGGESSK :.::. :.::::: : :: : :::. :::::.. . . ... .:.::. . .. : KIAA05 RSRSHTRERSRSRGRSRSSSCSRSRSKRRSRSTTAHSWQRSRSYSRDRSRSTRSPSQRSG 900 910 920 930 940 950 160 170 180 190 200 210 KIAA08 EKKKDKDDKEDEKEKDAGNFDQNKLEEEMRKRKERVEKWREEQRKKAMENIGELKKEIEE .:.. .:. .:. .: : . . . . .. : : : .. :. .: KIAA05 SRKRSWG-HESPEERHSGRRDFIRSKIYRSQSPHYFRSGRGEGPGKKDDGRGDDSKATGP 960 970 980 990 1000 1010 220 230 240 250 260 270 KIAA08 MKQ----GKKWSLEDDDDDED-DPAEAEKEGNEMEGEELDPLDAYMEEVKEEVKKFN--M .: : . : : . :: . . :. ......... . :::. .: . . KIAA05 PSQNSNIGTGRGSEGDCSPEDKNSVTAKLLLEKIQSRKVERKPSVSEEVQATPNKAGPKL 1020 1030 1040 1050 1060 1070 280 290 300 310 320 KIAA08 RSVKGGGGNEKKSGPTVTKVVTVVTTKKAVVDSDKKKGEL--MENDQDAMEYSSEEEEVD .. : . : .: : . : .. . .:: : .: .. . .:: KIAA05 KDPPQGYFGPKLPPSLGNKPVLPLIGKLPATRKPNKKCEESGLERGEEQEQSETEEGPPG 1080 1090 1100 1110 1120 1130 330 340 350 360 370 380 KIAA08 LQTALTGYQTKQRKLLEPVDHGKIEYEPFRKNFYVEVPELAKMSQEEVNVFRLEMEGITV . :: :.: ... :. KIAA05 SSDALFGHQFPSEETTGPLLDPPPEESKSGEATADHPVAPLGTPAHSDCYPGDPTISHNY 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1058 residues in 1 query sequences 1986447 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:16:36 2008 done: Thu Dec 18 15:16:37 2008 Total Scan time: 0.680 Total Display time: 0.230 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]