# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh07536.fasta.nr -Q ../query/KIAA0802.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0802, 1578 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7818643 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9555+/-0.000196; mu= 12.8145+/- 0.011 mean_var=107.1280+/-20.767, 0's: 35 Z-trim: 63 B-trim: 371 in 1/64 Lambda= 0.123915 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119622018|gb|EAX01613.1| hCG38133, isoform CRA_ (1387) 9389 1690.4 0 gi|220941781|emb|CAX15676.1| novel protein (111001 (1893) 8585 1546.8 0 gi|109486448|ref|XP_237548.4| PREDICTED: similar t (1942) 8179 1474.2 0 gi|220941782|emb|CAX15677.1| novel protein (111001 (1496) 7644 1378.5 0 gi|38614206|gb|AAH60225.1| RIKEN cDNA 1110012J17 g (1431) 7504 1353.4 0 gi|47077564|dbj|BAD18666.1| unnamed protein produc (1586) 6287 1135.9 0 gi|163644316|ref|NP_056025.2| hypothetical protein (1586) 6287 1135.9 0 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gi|151556458|gb|AAI48415.1| Chromosome 20 open rea (1016) 1622 301.7 1.8e-78 gi|34533183|dbj|BAC86621.1| unnamed protein produc (1016) 1622 301.7 1.8e-78 gi|119596503|gb|EAW76097.1| chromosome 20 open rea (1082) 1622 301.8 1.9e-78 gi|109471191|ref|XP_001067659.1| PREDICTED: simila (1560) 1622 301.9 2.5e-78 gi|26342182|dbj|BAC34753.1| unnamed protein produc ( 461) 1597 297.0 2.3e-77 gi|47224068|emb|CAG12897.1| unnamed protein produc (1649) 1498 279.8 1.2e-71 gi|12857720|dbj|BAB31090.1| unnamed protein produc ( 633) 1414 264.4 2e-67 gi|42406348|gb|AAH66079.1| 6330407J23Rik protein [ ( 919) 1414 264.5 2.7e-67 gi|148672885|gb|EDL04832.1| RIKEN cDNA 6330407J23, ( 942) 1414 264.5 2.7e-67 gi|122063307|sp|Q6NZL0.2|CF174_MOUSE RecName: Full ( 945) 1414 264.5 2.7e-67 gi|149032835|gb|EDL87690.1| similar to intracellul ( 941) 1412 264.2 3.5e-67 gi|109460631|ref|XP_001059656.1| PREDICTED: simila (1576) 1412 264.4 5.1e-67 gi|109457682|ref|XP_217724.4| PREDICTED: similar t (1614) 1412 264.4 5.2e-67 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: .:: : ::::..::::::::::: :::::::: gi|220 SASENLYLDALSLDDDPGDPP---P---LRNCLAEEEESRKGNLQRAVSVSCMSEFQRLM 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA08 DISPFLPEKGLPSTSSKEDVTPPLSPDDLKYIEEFNKS-WDYTPNRGHNGGGPDLWADRT :.:::::::::::..::::::::::::::::::::... :::. :.. :: ::::: gi|220 DVSPFLPEKGLPSAGSKEDVTPPLSPDDLKYIEEFHSNDWDYASPRAEADRPPDPWADRT 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA08 EVGRAGHEDSTEPFPDSSWYLTTSVTMTTDTMTSPEHCQKQPLRSHVLTEQSGLRVLHSP :.::.::: .::: :: :::::::::::::::::::::::::::.::::::::..::::: gi|220 EMGRVGHEATTEPCPDPSWYLTTSVTMTTDTMTSPEHCQKQPLRTHVLTEQSGVHVLHSP 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA08 PAVRRVDSITAAGGEG--------PFPTSRARGSPGDTKGGPPEPMLSRWPCTSPRHSRD ::.:::::: :.:::: ::: :::::. .:.::: :::.:.::::: ::: :: gi|220 PAIRRVDSI-ASGGEGRSRADPEGPFPMSRARGNLADAKGGHPEPVLNRWPCTPPRHPRD 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1250 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA08 YVEGARRPLDSPLCTSLGFASPLHSLEMSKNLSDDMKEVAFSVRNAICSGPGELQVKDMA :::. :::: 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::::::::.::.::.:.::::::::::::::.::::.: ::.::::: gi|109 EGSLRPLDRPLCPSLGFASPLNSLDMSRNMSDDMKEVAFSVRNAMCSGPAEPQVRDMACQ 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1310 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA08 TNGSRTMGTQTVQTISVGLQTEALRGSGVTSSPHKCLTPKAGGGATPVSSPSRSLRSRQV :::::: ::::.:::::::::::::.::::::::::::::::::.::::::::::::::: gi|109 TNGSRTAGTQTIQTISVGLQTEALRASGVTSSPHKCLTPKAGGGTTPVSSPSRSLRSRQV 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1370 1380 1390 1400 1410 1420 KIAA08 APAIEKVQAKFERTCCSPKYGSPKLQRKPLPKADQPNNRTSPGMAQKGYSESAWARSTTT ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::.:::::: :::.::::::::::: gi|109 APAIEKVQAKFERTCCSPKYGSPKLQRKPPSKADQPNSRTSPGMPQKGFSESAWARSTTT 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1430 1440 1450 1460 1470 1480 KIAA08 RESPVHTTINDGLSSLFNIIDHSPVVQDPFQKGLRAGSRSRSAEPRPELGPGQETGTNSR ::::::::::::::::::::::::: :.:::::::::::: ::::::::::.:: gi|109 RESPVHTTINDGLSSLFNIIDHSPV-------GVRAGSRSRSAEPRQELGPGQETGTSSR 1750 1760 1770 1780 1790 1490 1500 1510 1520 1530 1540 KIAA08 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