# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01392s2.fasta.huge -Q ../query/KIAA0817.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0817, 2785 aa vs ./tmplib.23663 library 1984720 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5922+/-0.00977; mu= 5.2649+/- 0.661 mean_var=352.1840+/-82.169, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.068342 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 45, opt: 33, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0534 ( 1028 res) hg03820s1 (1028) 390 54.3 2.6e-07 KIAA1776 ( 2816 res) fh11044s3 (2816) 345 50.5 1e-05 KIAA0818 ( 375 res) hj00220 ( 375) 242 39.1 0.0035 >>KIAA0534 ( 1028 res) hg03820s1 (1028 aa) initn: 485 init1: 170 opt: 390 Z-score: 223.3 bits: 54.3 E(): 2.6e-07 Smith-Waterman score: 646; 22.350% identity (46.590% similar) in 953 aa overlap (283-1200:1-756) 260 270 280 290 300 310 KIAA08 GGQDLNNALGDLVLYNFSANTWESWDLSPAPAARHSHVAVAWAGSLVLMGG--ELADGSL : :..: . . .. ..:: : ::.. 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KIAA05 DQCQLCDSENRYVGNPLRG-TCYYSLLIDYQFTFSLLQEDDRHHTAINFIANPEQSNKNL 740 750 760 770 780 790 >>KIAA1776 ( 2816 res) fh11044s3 (2816 aa) initn: 268 init1: 173 opt: 345 Z-score: 194.7 bits: 50.5 E(): 1e-05 Smith-Waterman score: 575; 22.428% identity (42.614% similar) in 2586 aa overlap (145-2405:123-2513) 120 130 140 150 160 170 KIAA08 PPPIEASSGKMLLHLFSDANYNLLGFNASFRFSLCPGGCQSHGQCQPPGVCACEPGWGGP : : : .:.. : :. . : :. :. : KIAA17 CRRACGEGFCSQPNLCTCADGTLAPSCGVSRGSGCSVSCMNGGTCRGAS-CLCQKGYTGT 100 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 KIAA08 DCGLQECSAYCGSHGTCASPLGPCRCEPGFLGRAC--DLHLWENQGA----GWWHNVSA- :: :. : . : : .: . : : ::.: : : . : : :.... KIAA17 VCGQPICDRGCHNGGRCIGP-NRCACVYGFMGPQCERDYRTGPCFGQVGPEGCQHQLTGL 160 170 180 190 200 210 230 240 250 260 270 KIAA08 --RDPAFSARIGAAGAF---LSP--P-----GLLA-VFGG--QDLNN--ALGDLVLYNFS : .: : .. : : : :.. . : ::... :. : . KIAA17 VCTKALCCATVGRAWGLPCELCPAQPHPCRRGFIPNIHTGACQDVDECQAVPGLCQGGSC 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 KIAA08 ANTWESWDLSPAPAARHSHVAVA----WAGSL--VLMGGELADGSLTNDV---------- .: :. . : : ..: ::. ::.::. : :.:.. KIAA17 VNMVGSFHCRCPVGHRLSDSSAACEDYRAGACFSVLFGGRCA-GDLAGHYTRRQCCCDRG 280 290 300 310 320 320 330 340 350 360 KIAA08 --WAFSPLGRGHWELLAPPASSSSGP-------PGLAGHAAALVDDVWLYVSGGRTPHDL :: .:. . : :: .:. : : :: . : . . :.: : KIAA17 RCWAAGPVPE-----LCPPRGSNEFQQLCAQRLPLLPGHPG-LFPGLLGFGSNGMGP--- 330 340 350 360 370 380 370 380 390 400 410 420 KIAA08 FSSGLFRFRLDSTSGGYWEQVIPAGGRPPAATGHSMVFHAPSRALLVHGGH---RPSTAR : :. .... .. :... .:: .. . . : .:. ::. : KIAA17 -PLGPARLNPHGSDARGIPSLGPGNSNIGTATLNQTIDICRHFTNLCLNGRCLPTPSSYR 390 400 410 420 430 430 440 450 460 KIAA08 FSVRVNST-----ELFHVDRHVWTTLKGRDGLQGP---RERAF--------HTASVLGNY :. : : . ::. . . . : .. : . : . . : : . KIAA17 CECNVGYTQDVRGECIDVDECTSSPCHHGDCVNIPGTYHCRCYPGFQATPTRQACVDVDE 440 450 460 470 480 490 470 480 490 500 510 520 KIAA08 MVVYGGNVHTHYQEEKCYE-DGIFFYHLGCHQWVSGAELAPPG---TPEGRAAPPSGRYS .: :: : .: . .: : . :. .: ::.: : . ... : . . KIAA17 CIVSGGLCHLG----RCVNTEGSF--QCVCN---AGFELSPDGKNCVDHNECATSTMCVN 500 510 520 530 540 550 530 540 550 560 570 KIAA08 HVAAVLGGSV-LLVAGGYSGRPRG----DLMAYKVPPFVFQAPAPDYHLDY-C------S : :: : :. : : :. ..: . .. . . .. : . KIAA17 GVCLNEDGSFSCLCKPGFLLAPGGHYCMDIDECQTPGICVNGHCTNTEGSFRCQCLGGLA 560 570 580 590 600 610 580 590 600 610 620 KIAA08 MYTDHSVCSRDPECSWCQGACQ----AAPPPGTPLGA--CPAASCLGLGRLLGDCQACLA . :: :: : : :: . : : ::: . : : :.:. :: : : KIAA17 VGTDGRVCVDTHVRSTCYGAIEKGSCARPFPGTVTKSECCCANPDHGFGE---PCQLCPA 620 630 640 650 660 630 640 650 660 670 KIAA08 FSSPTAPPRGPGTLGWCVHNES---CLPRPEQ-ARCRGEQISGT------VGWW-GPAPV .: . :: . ... : :: : :.. :. .:. : . KIAA17 KNSAEFQALCSSGLGITTDGRDINECALDPEVCANGVCENLRGSYRCVCNLGYEAGASGK 670 680 690 700 710 720 680 690 700 710 720 KIAA08 FVTSLEACVTQSFL---------PGLHLLTFQQPPNTSQPDKEEVGRWVAH--QEKETRR :... :. .:.: :: . . . ::. . :. . : . . . KIAA17 DCTDVDECALNSLLCDNGWCQNSPGSY--SCSCPPGFHFWQDTEICKDVDECLSSPCVSG 730 740 750 760 770 780 730 740 750 760 770 KIAA08 LQR--PGSARLFPLPGRDHKYAVEIQGQLNGSAGPGHSELTLLWDRTGV--PGGSEISFF . : :: :: .. .: . .. : : . .: : :.: KIAA17 VCRNLAGSYTCKCGPGSR----LDPSGTFCLDSTKGTCWLKIQESRCEVNLQGAS----- 790 800 810 820 830 780 790 800 810 820 KIAA08 FLEPYRSSSCTSY-----SSCLGCLADQGC--GWC-LTSATC----HLRQGGAHCGDD-- :: :.. : : : : .: :. .:..:: . .. . : . KIAA17 ----LRSECCATLGAAWGSPCERCEIDPACARGFARMTGVTCDDVNECESFPGVCPNGRC 840 850 860 870 880 890 830 840 850 860 870 KIAA08 -GAGGSLLVLVPTLCPLCEEHRDCHACTQDP-FCEWHQST-------SRKGDAACSRRGR ...::. : : : : .: : .: .. . . :. : : KIAA17 VNTAGSFRCECPEGLMLDASGRLCVDVRLEPCFLRWDEDECGVTLPGKYRMDVCCCSIGA 900 910 920 930 940 950 880 890 900 910 920 KIAA08 GRG----ALKSPE--ECPPLCSQRL--TCEDCLANSSQCAWCQSTHTCFLFAAYLARYPH : : .:: : :: . : . .: :.. . .... : .: . . : KIAA17 VWGVECEACPDPESLEFASLCPRGLGFASRDFLSGR---PFYKDVNECKVFPGLCT---H 960 970 980 990 1000 930 940 950 960 970 980 KIAA08 GGCRGWDDSVHSEPRCRSCDGF-LTCHE--CLQSHECGWCGNEDNPTLGRCLQGDFSGPL : ::. : : : :: : .: : . :: . .: : : :: . 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KIAA17 EDIDECSTHSGICGPGTCYNTLGNYTCVCPAEYLQVNGGNNCMDMRKSVCFRHYNGTCQN 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1540 1550 1560 1570 1580 1590 KIAA08 FWVLNLTT-LQWRQEKAPQTVELPAVAGHTLTARRGLSLLLVGGYSPENGFNQQLLEYQL ..:.: . . . :. . : : : . .: :. .: :: : . . KIAA17 ELAFNVTRKMCCCSYNIGQAWNRPCEACPTPISPD--YQILCGNQAP--GF---LTDIH- 1680 1690 1700 1710 1720 1600 1610 1620 1630 1640 1650 KIAA08 ATGTWVSGAQSGTPPTGLYGHSAVYHEATDSLYVFGGFRFH-VELAAPSPELYSLHCPDR :: .. . : :. . . . .. .:: .. . :: . . .: .: KIAA17 -TGKPLDIDECGEIPAICANGICINQIGSFRCECPAGFNYNSILLACEDVD----ECGSR 1730 1740 1750 1760 1770 1660 1670 1680 1690 1700 KIAA08 TWSLLAPSQGAKRDRMRNVRGS-----SRGLGQVPGEQ-PGSWGFREVRKKMALWAALAG .: : . : . :. :: .:: :: :. ::. . . . KIAA17 E----SPCQ-QNADCI-NIPGSYRCKCTRGYKLSPGGACVGQNECREIPNVCSHGDCMDT 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1710 1720 1730 1740 1750 1760 KIAA08 TGGFLEEISPHLKEPRPRLFHASALLGDTMVVLGGRSDP-DEFSSDVLLYQVNCNAWLLP :... : : :.::: : . .: . . .. . :: .: KIAA17 EGSYMCLC--H------RGFQASADQTLCMDIDECDRQPCGNGTCKNIIGSYNC--LCFP 1840 1850 1860 1870 1880 1770 1780 1790 1800 1810 1820 KIAA08 DLTRSAS---VGPPMEESVAHAVAAVGSRLYISGGFGGVALGRLLALTLPPDPCRLLSSP .. . . : ... : : : .:.: : : .: .. KIAA17 GFVVTHNGDCVDFDECTTLVGQVCRFGHCLNTAGSFH----------CLCQDGFELTADG 1890 1900 1910 1920 1930 1830 1840 1850 1860 1870 1880 KIAA08 EACNQSGACTWCHGACLSGDQAHRLGCGGSPCSP-MPRSPEECRRLRTCSECLARHPRTL . : ... : :.:: : . : : : . . ..: . ::: .: KIAA17 KNCVDTNECLSLAGTCLPGTCQNLEGSFRCICPPGFQVQSDHCIDIDECSE----EPNLC 1940 1950 1960 1970 1980 1890 1900 1910 1920 1930 1940 KIAA08 QPGDGEASTPRCKWCTNCPEGACIGRNGS-CTSENDCRINQREVFWAGNCSEAACGAADC : ...: : :: : .. :: : . . : : ::.:: . 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