# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh01037.fasta.huge -Q ../query/KIAA0819.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0819, 989 aa vs ./tmplib.23663 library 1986516 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.3530+/-0.0136; mu= -37.4949+/- 0.919 mean_var=720.2855+/-170.570, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.047788 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1668 ( 791 res) fh11717 ( 791) 402 43.2 0.00016 KIAA0903 ( 962 res) hk09970 ( 962) 345 39.3 0.0028 KIAA0845 ( 1034 res) hk05234s1 (1034) 339 38.9 0.004 >>KIAA1668 ( 791 res) fh11717 (791 aa) initn: 423 init1: 266 opt: 402 Z-score: 173.1 bits: 43.2 E(): 0.00016 Smith-Waterman score: 499; 27.451% identity (50.377% similar) in 663 aa overlap (335-984:182-753) 310 320 330 340 350 360 KIAA08 LRRSDLVEEFWMKSAEIRRSLGLTPVDRSKGPEPSFPTPAFRPVSLKSYSVEKSPQDEGL : :: .:: .. . : : :: KIAA16 GTRSGTRPGPFSQPKQQHQQQLAEDAKDVPGGGPSSSAPAGAEADGPKASPEARPQIP-- 160 170 180 190 200 370 380 390 400 410 420 KIAA08 HLLKPLSIPKRLG--LPKPEGEPLSLPTPRSPSDRELRSAQEERRELSSSSGLGLHGSSS :: .: .: : :.: :.::. :. : : :: . .: KIAA16 --TKP-RVPGKLQELASPPAGRPT--PAPRKASESTT-PAPPTPRPRSSLQQENL----- 210 220 230 240 250 430 440 450 460 470 KIAA08 NMKTLGSQSF-NTSDSAMLTP-PSSPPPP----PPPGEEPATLRRKLREAEPNASVVPPP .. ::.:. : . .: : . : : : : ..: . : .:::. . : : KIAA16 -VEQAGSSSLVNGRLHELPVPKPRGTPKPSEGTPAPRKDPPWIT--LVQAEPKKK--PAP 260 270 280 290 300 310 480 490 500 510 520 530 KIAA08 LPATWMRPPREPAQPPREEVRKSFVESVEEIPFADDVEDTYDDKTEDSSLQEKFFTPPSC :: . : :.: :. . : .. : :. :. :. .:. 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