# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04834s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0829.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0829, 1277 aa vs ./tmplib.23663 library 1986228 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1129+/-0.00542; mu= 10.0474+/- 0.368 mean_var=107.2368+/-24.882, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 3 in 1/39 Lambda= 0.123852 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0667 ( 1111 res) hk02319 (1111) 3147 574.1 4.3e-164 >>KIAA0667 ( 1111 res) hk02319 (1111 aa) initn: 4132 init1: 1741 opt: 3147 Z-score: 3037.9 bits: 574.1 E(): 4.3e-164 Smith-Waterman score: 4304; 55.248% identity (78.356% similar) in 1229 aa overlap (56-1277:1-1111) 30 40 50 60 70 80 KIAA08 RRRQRQRAAAPAAPAGGIEAVNMASASYHISNLLEKMTSSDKDFRFMATNDLMTELQKDS :.:::::::::::::::::.:::.:::::: KIAA06 SSLLEKMTSSDKDFRFMATSDLMSELQKDS 10 20 30 90 100 110 120 130 140 KIAA08 IKLDDDSERKVVKMILKLLEDKNGEVQNLAVKCLGPLVSKVKEYQVETIVDTLCTNMLSD :.::.:::::::::.:.::::::::::::::: :: KIAA06 IQLDEDSERKVVKMLLRLLEDKNGEVQNLAVKWLG------------------------- 40 50 60 150 160 170 180 190 200 KIAA08 KEQLRDISSIGLKTVIGELPPASSGSALAANVCKKITGRLTSAIAKQEDVSVQLEALDIM .: :.: KIAA06 ------------------VP-------LGA------------------------------ 70 210 220 230 240 250 260 KIAA08 ADMLSRQGGLLVNFHPSILTCLLPQLTSPRLAVRKRTIIALGHLVMSCGNIVFVDLIEHL :: :.: ::::::.:::::::::.. :::::. .:.. .::.: .:: KIAA06 -------------FHASLLHCLLPQLSSPRLAVRKRAVGALGHLATACSTDLFVELADHL 80 90 100 110 270 280 290 300 310 320 KIAA08 LSELSKN---DSMSTTRTYIQCIAAISRQAGHRIGEYLEKIIPLVVKFCNVDDDELREYC :..: : .. :: :::.....::::::.: .:....::: :::.::::::: : KIAA06 LDRLPGPRVPTSPTAIRTLIQCLGSVGRQAGHRLGAHLDRLVPLVEDFCNLDDDELRESC 120 130 140 150 160 170 330 340 350 360 370 380 KIAA08 IQAFESFVRRCPKEVYPHVSTIINICLKYLTYDPNYNYDDEDEDENAMDADGGDDDDQGS .::::.:.:.::::. ::: .. ..::.:. .:::::::. ::::. :... .. ..: : KIAA06 LQAFEAFLRKCPKEMGPHVPNVTSLCLQYIKHDPNYNYDS-DEDEEQMETEDSEFSEQES 180 190 200 210 220 230 390 400 410 420 430 440 KIAA08 DDEYSDDDDMSWKVRRAAAKCLDAVVSTRHEMLPEFYKTVSPALISRFKEREENVKADVF .::::::::::::::::::::. :..:.: ..::.:. :..:.:: :::::::::::::: KIAA06 EDEYSDDDDMSWKVRRAAAKCIAALISSRPDLLPDFHCTLAPVLIRRFKEREENVKADVF 240 250 260 270 280 290 450 460 470 480 490 500 KIAA08 HAYLSLLKQTRPVQSWLCDPDAMEQGETPLTMLQSQVPNIVKALHKQMKEKSVKTRQCCF ::. ::.:::: ..:: . : . : ::..::: .::::..:.:..::..:: :: KIAA06 TAYIVLLRQTRPPKGWLEAMEEPTQTGSNLHMLRGQVPLVVKALQRQLKDRSVRARQGCF 300 310 320 330 340 350 510 520 530 540 550 560 KIAA08 NMLTELVNVLPGALTQHIPVLVPGIIFSLNDKSSSSNLKIDALSCLYVILCNHSPQVFHP ..::::..::::.:..:.:::: :::::: :.::::....:::. : .: .. ..::: KIAA06 SLLTELAGVLPGSLAEHMPVLVSGIIFSLADRSSSSTIRMDALAFLQGLLGTEPAEAFHP 360 370 380 390 400 410 570 580 590 600 610 620 KIAA08 HVQALVPPVVACVGDPFYKITSEALLVTQQLVKVIRPLDQPSSFDATPYIKDLFTCTIKR :. :.:::.:::.: ::::..:::.: :.::... :: .: .: ::. .. . :. : KIAA06 HLPILLPPVMACVADSFYKIAAEALVVLQELVRALWPLHRPRMLDPEPYVGEMSAVTLAR 420 430 440 450 460 470 630 640 650 660 670 680 KIAA08 LKAADIDQEVKERAISCMGQIICNLGDNLGSDLPNTLQIFLERLKNEITRLTTVKALTLI :.:.:.:::::::::::::... .::: ::.:: :: ..:.::.:::::: ..:::::. 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