# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk08775.fasta.huge -Q ../query/KIAA0894.ptfa ./tmplib.23663 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA0894, 553 aa
 vs ./tmplib.23663 library

1986952 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6298+/-0.00697; mu= 9.4768+/- 0.474
 mean_var=206.7659+/-50.262, 0's: 0 Z-trim: 1  B-trim: 5 in 1/39
 Lambda= 0.089194

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA0777  ( 1171 res)   hk05279                    (1171)  211 40.0  0.0012


>>KIAA0777  ( 1171 res)   hk05279                         (1171 aa)
 initn: 274 init1: 123 opt: 211  Z-score: 157.6  bits: 40.0 E(): 0.0012
Smith-Waterman score: 365;  27.158% identity (50.000% similar) in 556 aa overlap (11-507:374-904)

                                   10        20          30        
KIAA08                     WVYLFYSACLPVDRKGGNAHMISSS--SVHSRTFNTSNAL
                                     :   :::.   :  :  :  . . : :. :
KIAA07 SASRTSPGRVDLPGSSTTLTKSFTSSSPSSPSRAKGGDDSKICPSLCSYSGLNGNPSSEL
           350       360       370       380       390       400   

       40        50        60          70         80        90     
KIAA08 GPVCKHKKPLSAAKACISEILPSKFKP--RLSAPSA-LLQEQKSILLPSEKAQSCENLCV
            ... :.. .     :   .::   ...  .: . .  .  . :. :..::..:  
KIAA07 DYCSTYRQHLDVPRDSPRAI---SFKNGWQMARQNAEIWSSTEETVSPKIKSRSCDDL--
           410       420          430       440       450          

         100       110       120        130            140         
KIAA08 SGSLNDSKRGLPLQVGGSIENLLMRSRR-DYDSKSSSTMS-----LQEYSTSGR-RPCPL
          :::.  ..:     ....  : :   . ::: :  :.     . :  ..:: :    
KIAA07 ---LNDDCDSFP---DPKVKSESMGSLLCEEDSKESCPMAWGSPYVPEVRSNGRSRIRHR
         460          470       480       490       500       510  

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KIAA08 SRKAGMQFTMLYRDMHQINRSGLFLGSISSSSSVRDLASHFEKSSLALSRGELGPSQEGS
       : . .  :  .:. ::.:::. :. . .  : . : :  . :..   : :.    :: ..
KIAA07 SARNAPGFLKMYKKMHRINRKDLMNSEVICSVKSRILQYESEQQHKDLLRAW---SQCST
            520       530       540       550       560            

      210       220       230         240       250         260    
KIAA08 EHIPKHTVSSRITAFEQLIQRSRSMPSL--DLSGRLSKSPTPVLSRGSLTSAR--SAESL
       :..:.  : .::. ::.:::.:.:::.:  :. . ..  : :   ...:   :  : : :
KIAA07 EEVPRDMVPTRISEFEKLIQKSKSMPNLGDDMLSPVTLEP-P---QNGLCPKRRFSIEYL
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           270         280          290       300                  
KIAA08 LES-TKLHP--KEMDGMNSSG---VYASPTCSNMAHHALSFR-----GLVPS-------E
       ::  ..  :  .   : .:..   ..   : ... .  . :      :.: .       :
KIAA07 LEEENQSGPPARGRRGCQSNALVPIHIEVTSDEQPRAHVEFSDSDQDGVVSDHSDYIHLE
         630       640       650       660       670       680     

        310        320       330       340          350       360  
KIAA08 PLSTCSD-DVDRCSNISTDSREGSGGSVHGDFPKHR---LNKCKGTCPASYTRFTTIRKH
         : ::. : :. :  :..:  ::.   :    .:.   ...::: ::::::::::. ::
KIAA07 GSSFCSESDFDHFSFTSSESFYGSSHHHHHHHHHHHRHLISSCKGRCPASYTRFTTMLKH
         690       700       710       720       730       740     

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KIAA08 EQQQTSRQPEWRLDARGDKSTLLRNI-YLMSPLPFRLKKPLHHHPRQPSPGDSSGLLVGQ
       :. .     : :   : . .  : .. .:.::.::: ::  .  :.. .   .    : .
KIAA07 ERARHENTEEPR---RQEMDPGLSKLAFLVSPVPFRRKK--NSAPKKQTEKAKCKASVFE
         750          760       770       780         790       800

             430                         440       450       460   
KIAA08 KPDLPSQPHQDQPPSGGK------------------PVVPTRLSSRHTMARLSRSSEPSQ
         :   .   ::  .  :                  : :: : :: ... : :   .: .
KIAA07 ALDSALKDICDQIKAEKKRGSLPDNSILHRLISELLPDVPERNSSLRALRR-SPLHQPLH
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             470       480       490       500       510       520 
KIAA08 ERPT--ALEDYPRAINNGNSVPYSDHSLDRNNNPQSELAPSRGGGILCVCLVSPARPSTL
         :   :..  :   :. . .: :    : ..  .:    .:::..              
KIAA07 PLPPDGAIHCPPYQ-NDCGRMPRSASFQDVDTANSSCHHQDRGGALQDRESPRSYSSTLT
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KIAA07 DMGRSAPRERRGTPEKEKLPAKAVYDFKAQTSKELSFKKGDTVYILRKIDQNWYEGEHHG
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553 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]